BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224C24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 11,114,828 - 11,268,279
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC030045D06Rik
Upstream geneCspp1, Arfgef1, Cpa6, LOC433271
Downstream geneA830018L16Rik, LOC665262
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224C24.bB6Ng01-224C24.g
ACCGA038719GA038720
length1,0981,160
definitionB6Ng01-224C24.b B6Ng01-224C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,267,184 - 11,268,279)(11,114,828 - 11,115,977)
sequence
gaattctcccttcctggaatgacccaacaaaacaagctttacaagaaagc
cccaagcacaaggcaggtgcagataatgaccacttacatttcagttccca
tttctggtgactaagacctcacctcacctggggctatcaatgcagctcag
gggctagcctcttcagaagggagcggctaattaccatttctaaagggggg
aatgaaaaggtcagctagggctaacaatgggcttaaaccagctcaagctg
ttaccaaaatccgcccacaaaagctgaataaaaggcgtgtgttttgtgtg
tttagggtcgcttctgcccctttgcaggacgaccccagtgcgctggatca
ataaacctcttgcttattgcatcaatctccagctctgtgcttctgtgagt
gggacttcctggacttaaggctctttgggtcttacagctccttttctttg
gactataataaaaagaaatctaatgaaccagctatgttagaggttcattg
acctgagaaaaaaattaatttattaaataaaatttaatttattaaggaca
caggttagaaggattttaaaaacgtggtccaaccattgccattttcataa
gtccattctggagtgatttctgatggtctctccacattccattaaaggtg
gtgtatgatcatcaatcccacagcatcaagtttaacttatccattcccag
gaaatcaatgcatgtgtgcaatgaattactatgtcaccaaagaacattcc
aatcttattcattttctatttttaactacctcttaaatctccgctctcta
ctatatcactaatgctatctattgtgtatactgatacaacctcaccctga
cccttatgtgtgggcctcgtcctggtttcctccactaagatgtttgtcct
cttaaaatgcaatgaaaatgcaattatgtgaatggcttaggtcttctgga
tgaagtataaggtcttcacaatgtagtcgtggtttcggctaactacacaa
gcttcaacccccacagcttacattctcttgcagtaaccaggccctacttg
cacaattgcttttcaatatttctgtcagtgggcactgggtttaggtcc
gaattcccttttacatcacataaagattgtgaggaggttcttcaggagag
ctgcacgtcttgctacctatttgtcctgaataaatatctgctttagcagc
aggcttcacagtgtaaagttgggaaagagtgtgaactctataatgtactg
ctgctatagattgctttcatatgttttgaataaattaatattaaatactt
agcaatgatgtatctcctgctaatcaaatagaaaagaataatagctaact
cttcatgttatttgcacatatataaataatatgtgtatgtatgaaaaata
tgtttagaaaaatacatcttaaaaattattattattattttattgttgtt
gttgatgttgttgctgtatgagatttgatatcaaggaagttacagtcctt
aggaaccaataggaattaattattttttgggtaaaaatgaccattattta
tgtgttgtatcagaaaatatatggaattaaaacataaaacagatgtactg
tatgatagttattcattaatacatatgactttaatttatagagaaaaaaa
tctggctgataggaaccagacccccgcatttggcccatgactaaccaaat
gatactcgtatctggcccataactaacaagacacccacatctggcccatg
actagctctttctttcttgttgatgcttatggaaatcaaggtgaaagtga
taggttttagaaagatggcagtaaacgtaaataaaggaaaatgaattaga
ttcccagggaacccagttcacatactgaaagccaaaagttttagtcacac
ttcagagagttttatatgcatgtgaatagagggatatggatatcatggat
tatcagctataaattactgacaaggctaaaggacaggacatataggcagg
gcttattagtccactcaagctattagcagcctacattatttttttctttt
tgacattttacaggactgtcatttctcattcctcctctaatcttgaccct
aacaaatgaaatcatttcgattctggccttttgtgccacaggactggttc
atggagactttaaggtttttcactctgacccgttgaatgattttcagggc
tggaaaggtctgaatgagcaagaggagctctgctgagagagagccagtcc
atccccaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_11267184_11268279
seq2: B6Ng01-224C24.b_46_1143 (reverse)

seq1  GGACTTAAA-CCAGTGCCCACTGACAG-AATA-TGAAAAGCATTTTGTGC  47
      |||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||
seq2  GGACCTAAACCCAGTGCCCACTGACAGAAATATTGAAAAGCA-ATTGTGC  49

seq1  AAAGTAGGGGCTGGTTACTGC-AGAGGATGTAAGCTGT-GGGGTTGAAGC  95
       |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  -AAGTAGGGCCTGGTTACTGCAAGAGAATGTAAGCTGTGGGGGTTGAAGC  98

seq1  TTGTGGTAGTTAGCCGAAACCACGACTACATTGTGAAGACCTTATACTTC  145
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGT-GTAGTTAGCCGAAACCACGACTACATTGTGAAGACCTTATACTTC  147

seq1  ATCCAGAAGACCTAAGCCATTCACATAATTGCATTTTCATTTGCATTTTA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATCCAGAAGACCTAAGCCATTCACATAATTGCATTTTCA-TTGCATTTTA  196

seq1  AGAGGACAAACATCTTAGTGGAGGAAACCAGGACGAGG-CCACACATAAG  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGGACAAACATCTTAGTGGAGGAAACCAGGACGAGGCCCACACATAAG  246

seq1  GGTCAGGGTGAGGTTGTATCAGTATACACAATAGATAGCATTAGTGATAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGGTGAGGTTGTATCAGTATACACAATAGATAGCATTAGTGATAT  296

seq1  AGTAGAGAGCGGAGATTTAAGAGGTAGTTAAAAATAGAAAATGAATAAGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGAGCGGAGATTTAAGAGGTAGTTAAAAATAGAAAATGAATAAGA  346

seq1  TTGGAATGTTCTTTGGTGACATAGTAATTCATTGCACACATGCATTGATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGTTCTTTGGTGACATAGTAATTCATTGCACACATGCATTGATT  396

seq1  TCCTGGGAATGGATAAGTTAAACTTGATGCTGTGGGATTGATGATCATAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAATGGATAAGTTAAACTTGATGCTGTGGGATTGATGATCATAC  446

seq1  ACCACCTTTAATGGAATGTGGAGAGACCATCAGAAATCACTCCAGAATGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTTTAATGGAATGTGGAGAGACCATCAGAAATCACTCCAGAATGG  496

seq1  ACTTATGAAAATGGCAATGGTTGGACCACGTTTTTAAAATCCTTCTAACC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGAAAATGGCAATGGTTGGACCACGTTTTTAAAATCCTTCTAACC  546

seq1  TGTGTCCTTAATAAATTAAATTTTATTTAATAAATTAATTTTTTTCTCAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTTAATAAATTAAATTTTATTTAATAAATTAATTTTTTTCTCAG  596

seq1  GTCAATGAACCTCTAACATAGCTGGTTCATTAGATTTCTTTTTATTATAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGAACCTCTAACATAGCTGGTTCATTAGATTTCTTTTTATTATAG  646

seq1  TCCAAAGAAAAGGAGCTGTAAGACCCAAAGAGCCTTAAGTCCAGGAAGTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAAAAGGAGCTGTAAGACCCAAAGAGCCTTAAGTCCAGGAAGTC  696

seq1  CCACTCACAGAAGCACAGAGCTGGAGATTGATGCAATAAGCAAGAGGTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACAGAAGCACAGAGCTGGAGATTGATGCAATAAGCAAGAGGTTT  746

seq1  ATTGATCCAGCGCACTGGGGTCGTCCTGCAAAGGGGCAGAAGCGACCCTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCCAGCGCACTGGGGTCGTCCTGCAAAGGGGCAGAAGCGACCCTA  796

seq1  AACACACAAAACACACGCCTTTTATTCAGCTTTTGTGGGCGGATTTTGGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACAAAACACACGCCTTTTATTCAGCTTTTGTGGGCGGATTTTGGT  846

seq1  AACAGCTTGAGCTGGTTTAAGCCCATTGTTAGCCCTAGCTGACCTTTTCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTGAGCTGGTTTAAGCCCATTGTTAGCCCTAGCTGACCTTTTCA  896

seq1  TTCCCCCCTTTAGAAATGGTAATTAGCCGCTCCCTTCTGAAGAGGCTAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCCTTTAGAAATGGTAATTAGCCGCTCCCTTCTGAAGAGGCTAGC  946

seq1  CCCTGAGCTGCATTGATAGCCCCAGGTGAGGTGAGGTCTTAGTCACCAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCTGCATTGATAGCCCCAGGTGAGGTGAGGTCTTAGTCACCAGA  996

seq1  AATGGGAACTGAAATGTAAGTGGTCATTATCTGCACCTGCCTTGTGCTTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAACTGAAATGTAAGTGGTCATTATCTGCACCTGCCTTGTGCTTG  1046

seq1  GGGCTTTCTTGTAAAGCTTGTTTTGTTGGGTCATTCCAGGAAGGGAGAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTCTTGTAAAGCTTGTTTTGTTGGGTCATTCCAGGAAGGGAGAAT  1096

seq1  TC  1096
      ||
seq2  TC  1098

seq1: chr1_11114828_11115977
seq2: B6Ng01-224C24.g_67_1226

seq1  GAATTCCCTTTTACATCACATAAAGATTGTGAGGAGGTTCTTCAGGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTTACATCACATAAAGATTGTGAGGAGGTTCTTCAGGAGAG  50

seq1  CTGCACGTCTTGCTACCTATTTGTCCTGAATAAATATCTGCTTTAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACGTCTTGCTACCTATTTGTCCTGAATAAATATCTGCTTTAGCAGC  100

seq1  AGGCTTCACAGTGTAAAGTTGGGAAAGAGTGTGAACTCTATAATGTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCACAGTGTAAAGTTGGGAAAGAGTGTGAACTCTATAATGTACTG  150

seq1  CTGCTATAGATTGCTTTCATATGTTTTGAATAAATTAATATTAAATACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATAGATTGCTTTCATATGTTTTGAATAAATTAATATTAAATACTT  200

seq1  AGCAATGATGTATCTCCTGCTAATCAAATAGAAAAGAATAATAGCTAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGATGTATCTCCTGCTAATCAAATAGAAAAGAATAATAGCTAACT  250

seq1  CTTCATGTTATTTGCACATATATAAATAATATGTGTATGTATGAAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGTTATTTGCACATATATAAATAATATGTGTATGTATGAAAAATA  300

seq1  TGTTTAGAAAAATACATCTTAAAAATTATTATTATTATTTTATTGTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGAAAAATACATCTTAAAAATTATTATTATTATTTTATTGTTGTT  350

seq1  GTTGATGTTGTTGCTGTATGAGATTTGATATCAAGGAAGTTACAGTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGTTGTTGCTGTATGAGATTTGATATCAAGGAAGTTACAGTCCTT  400

seq1  AGGAACCAATAGGAATTAATTATTTTTTGGGTAAAAATGACCATTATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCAATAGGAATTAATTATTTTTTGGGTAAAAATGACCATTATTTA  450

seq1  TGTGTTGTATCAGAAAATATATGGAATTAAAACATAAAACAGATGTACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGTATCAGAAAATATATGGAATTAAAACATAAAACAGATGTACTG  500

seq1  TATGATAGTTATTCATTAATACATATGACTTTAATTTATAGAGAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAGTTATTCATTAATACATATGACTTTAATTTATAGAGAAAAAAA  550

seq1  TCTGGCTGATAGGAACCAGACCCCCGCATTTGGCCCATGACTAACCAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGATAGGAACCAGACCCCCGCATTTGGCCCATGACTAACCAAAT  600

seq1  GATACTCGTATCTGGCCCATAACTAACAAGACACCCACATCTGGCCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCGTATCTGGCCCATAACTAACAAGACACCCACATCTGGCCCATG  650

seq1  ACTAGCTCTTTCTTTCTTGTTGATGCTTATGGAAATCAAGGTGAAAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTCTTTCTTTCTTGTTGATGCTTATGGAAATCAAGGTGAAAGTGA  700

seq1  TAGGTTTTAGAAAGATGGCAGTAAACGTAAAATAAAGGAAAATGAATTAG  750
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTTAGAAAGATGGCAGTAAACGT-AAATAAAGGAAAATGAATTAG  749

seq1  ATTCCCAGGGAACCCAGTTCACATACTGAAGGCCAAAAGTTTTAGTCACA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGGGAACCCAGTTCACATACTGAAAGCCAAAAGTTTTAGTCACA  799

seq1  CTTCAGAGAGTTTTATATGCATGTGAATAGA-GGATATGGATATCATGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGAGTTTTATATGCATGTGAATAGAGGGATATGGATATCATGGA  849

seq1  -TATCAGCTATAAATTACTGACAAGGCTAAAGGACAGGACATATAGGCAG  898
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGCTATAAATTACTGACAAGGCTAAAGGACAGGACATATAGGCAG  899

seq1  GGCTTATTAGTCACCTCAAGCTATTAGCAGCCTACAATTATTTTTTC-TT  947
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||
seq2  GGCTTATTAGTCCACTCAAGCTATTAGCAGCCTACATTATTTTTTTCTTT  949

seq1  TTGACATTTTACAAGGACTGTCATTTTCTCATTC--TCTCTTATCTGGA-  994
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||   |||| |||| || 
seq2  TTGACATTTTAC-AGGACTGTCA-TTTCTCATTCCTCCTCTAATCTTGAC  997

seq1  CCTACAAAATGAAATCAATTTTCGATTCTG--CCTTTGTG-CACAGGACT  1041
      ||||  |||||||||||  |||||||||||  | |||||| |||||||||
seq2  CCTAACAAATGAAATCA--TTTCGATTCTGGCCTTTTGTGCCACAGGACT  1045

seq1  GG-TCAT-GAGACTTTTAAAGTTTTTCA--CTGA-CCGTTGAATGATTTT  1086
      || |||| ||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||
seq2  GGTTCATGGAGAC-TTTAAGGTTTTTCACTCTGACCCGTTGAATGA-TTT  1093

seq1  TCAGGCCTGGAAA-GTCTG-ATGAGCAGGAAGGAGC-CTGCT--GAGAGA  1131
      ||||| ||||||| ||||| ||||||| | |||||| |||||  ||||||
seq2  TCAGGGCTGGAAAGGTCTGAATGAGCAAG-AGGAGCTCTGCTGAGAGAGA  1142

seq1  GCCAGTCAATCCCCCAATT  1150
      ||||||| || ||||||||
seq2  GCCAGTCCAT-CCCCAATT  1160