BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225F13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,931,799 - 190,073,688
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEsrrg
Upstream geneSpata17, Gpatch2, 9330162B11Rik
Downstream geneUsh2a, Kctd3, Kcnk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225F13.bB6Ng01-225F13.g
ACCGA039565GA039566
length9031,128
definitionB6Ng01-225F13.b B6Ng01-225F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(189,931,799 - 189,932,700)(190,072,555 - 190,073,688)
sequence
gaattcctttaaggtgctatggaaaccagaaacagtttacaatgcagttg
gcaaaagctaaaaatgctgctagtaatgattctgatgttgtcaccaccag
agggaaagacccggactgggggagttatcctgcttagcctggcctctgcg
tttacttggctcacacctcctgtaattcccaagcatggctttgtaagcac
tgtttgagtcggaggcataaatgtgtctcctcagccccacgattaagtta
ctccaccctgtggctgcagactcccagacaactacccccagcttctgaga
taaaaagtccctcagaacagcccggaggagcttgggttttataatggcag
cctgacaggaaatggttttgacactgacgatacagtgggtgaaacaggag
aggtcactggggagatccttcctgcctcagaagaccgagctgtgctgggg
gccggggcccagcacagagaagaggtgagggactgaagaaagaacaaggc
tagagcagaaggaggctcacactgtcaagggagtcttggataccttcaga
tggtgttttaaagtcgtgaagagacaccaccaagttcctttaggtcttta
acattacccaaaatatctgttcatccactttactcatagcctccagagtt
aaaaggattcctttccaggcccagctggctgcttcctcatccctcccctt
tcgccccccccaccccattcccttcccttccctgtccttcctttccctcc
tcttctcttccccctcccccctcccttctcttttctttttcctcctattt
tatctctcctctcctccctcctttatttcaagagtattttttttaaaaat
ctcattaaaactactactattattttgtattgtgtgtgtgtgtgtgtgta
cgt

gaattctctgtttagctctgtatcccatttttaagttgggttacttggat
tttttggtctaccttcttgagttctttatatagtttggatattggccccc
tgtgagatgtaaggttggtgaagatcctttcccagtctgtaggctgtcat
ttcgttctattgacagtgtcctttgctttacaggagcttttcagtttcat
agggtcacatttactaattgtagatcttaatgtctgagctttgagtgttc
tgttcaggagcttggctcctgtaccaatgagttcaaggctatcttgtact
tcttgttctactagatttagtgtatttggttttatgttgaggtctttgat
ccactcagacttgaattttgtgtagggtgataaatatgtagatatttaac
tcttctacaagcagacataatgttacaccagcaccatttgttaaagatgt
tcttccttttccattgtataaatctttttcctctttttattttgtaatag
aaatgtaacacttatggaagagggtgactctttctcattgctcagagaaa
taactactgagttgggctgtagggtgacagtggagaacactggatattat
tagcaggagagagaccagagccttataggaatcagagagcagggatctct
ggagagatggctcacttatgggcacactctgctcttgcagaggacctgag
ttcagttcccagcatgcatggtgctcacatcctcctgtgactcctgctcc
aggaggagctggggtcttcagcttctgtaggcacatgtactacatccaca
tacccacacacagagatgattacccttgaacagcaagatgagaagaatct
cagagaagacagcatggtcctgcaagaacaaacaaagaaatacacaagag
ggaggcagtgtctaatgccagagacaccctaaaccagtataaaatactta
tatgaaggggaactgcgaactataaatgagaggagtctcctcacccatca
ataaaatgctcaccctatgcattgtcagcaggctgtgttgggaagaaaag
cagtctgggggaagatggaaaagaaaagacagtctgggtgatcgaagttg
ccaaggagtctctaatctgaaagaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_189931799_189932700
seq2: B6Ng01-225F13.b_46_948

seq1  GAATTCCTTTAAGGTGCTATGGAAACCAGAAACAGTTTACAATGCAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTAAGGTGCTATGGAAACCAGAAACAGTTTACAATGCAGTTG  50

seq1  GCAAAAGCTAAAAATGCTGCTAGTAATGATTCTGATGTTGTCACCACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCTAAAAATGCTGCTAGTAATGATTCTGATGTTGTCACCACCAG  100

seq1  AGGGAAAGACCCGGACTGGGGGAGTTATCCTGCTTAGCCTGGCCTCTGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGACCCGGACTGGGGGAGTTATCCTGCTTAGCCTGGCCTCTGCG  150

seq1  TTTACTTGGCTCACACCTCCTGTAATTCCCAAGCATGGCTTTGTAAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGGCTCACACCTCCTGTAATTCCCAAGCATGGCTTTGTAAGCAC  200

seq1  TGTTTGAGTCGGAGGCATAAATGTGTCTCCTCAGCCCCACGATTAAGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAGTCGGAGGCATAAATGTGTCTCCTCAGCCCCACGATTAAGTTA  250

seq1  CTCCACCCTGTGGCTGCAGACTCCCAGACAACTACCCCCAGCTTCTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCCTGTGGCTGCAGACTCCCAGACAACTACCCCCAGCTTCTGAGA  300

seq1  TAAAAAGTCCCTCAGAACAGCCCGGAGGAGCTTGGGTTTTATAATGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTCCCTCAGAACAGCCCGGAGGAGCTTGGGTTTTATAATGGCAG  350

seq1  CCTGACAGGAAATGGTTTTGACACTGACGATACAGTGGGTGAAACAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAGGAAATGGTTTTGACACTGACGATACAGTGGGTGAAACAGGAG  400

seq1  AGGTCACTGGGGAGATCCTTCCTGCCTCAGAAGACCGAGCTGTGCTGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACTGGGGAGATCCTTCCTGCCTCAGAAGACCGAGCTGTGCTGGGG  450

seq1  GCCGGGGCCCAGCACAGAGAAGAGGTGAGGGACTGAAGAAAGAACAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGGCCCAGCACAGAGAAGAGGTGAGGGACTGAAGAAAGAACAAGGC  500

seq1  TAGAGCAGAAGGAGGCTCACACTGTCAAGGGAGTCTTGGATACCTTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGAAGGAGGCTCACACTGTCAAGGGAGTCTTGGATACCTTCAGA  550

seq1  TGGTGTTTTAAAGTCGTGAAGAGACACCACCAAGTTCCTTTAGGTCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTTTAAAGTCGTGAAGAGACACCACCAAGTTCCTTTAGGTCTTTA  600

seq1  ACATTACCCAAAATATCTGTTCATCCACTTTACTCATAGCCTCCAGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACCCAAAATATCTGTTCATCCACTTTACTCATAGCCTCCAGAGTT  650

seq1  AAAAGGATTCCTTTCCAGGCCCAGCTGGCTGCTTCCTCATCCCTCCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATTCCTTTCCAGGCCCAGCTGGCTGCTTCCTCATCCCTCCCCTT  700

seq1  TCGCCCCCCCCACCCCATTCCCTTCCCTTCCCTGTCCTTCCTTTCCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCCCCCCCACCCCATTCCCTTCCCTTCCCTGTCCTTCCTTTCCCTCC  750

seq1  TCTTCTCTTCCCCCTCCCCCCTCCCTTCTC-TTTCTTTTTCCTCCTATTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTTCCCCCTCCCCCCTCCCTTCTCTTTTCTTTTTCCTCCTATTT  800

seq1  TATCTCTCCTCTCCTCCCTCCTTTATTTCCAAGAGTA-TTTTTTTAAAAA  848
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TATCTCTCCTCTCCTCCCTCCTTTATTT-CAAGAGTATTTTTTTTAAAAA  849

seq1  TCTCATTAAAACTACTACTATTA-TTTGTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  897
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTAAAACTACTACTATTATTTTGTA-TTGTGTGTGTGTGTGTGTG  898

seq1  TATGT  902
      || ||
seq2  TACGT  903


seq1: chr1_190072555_190073688
seq2: B6Ng01-225F13.g_67_1194 (reverse)

seq1  TTTTTCTTTTCAGATTAAGGAGACCTCCTTTGCATCTTCTGATCA-CCAG  49
      |||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| |||| ||||| ||||
seq2  TTTTTC-TTTCAGATTA--GAGA-CTCCTTGGCAACTTC-GATCACCCAG  45

seq1  ACTGTC-TTTCTTTCCCATCTTTCCCCCAGGACTGCTTTTCTTCCCAACA  98
      |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTTCTTTTCCATC-TTCCCCCA-GACTGCTTTTCTTCCCAACA  93

seq1  CAGCCTGGCTTGACAAATGCATAGGGTGAGCATTTTATTGATGGGTGAGG  148
      |||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTG--CTGAC-AATGCATAGGGTGAGCATTTTATTGATGGGTGAGG  140

seq1  AGGACTCCTCTCATTTATAGTTCGCAGTTCCCC-TCATATAAGTATTTTA  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  A-GACTCCTCTCATTTATAGTTCGCAGTTCCCCTTCATATAAGTATTTTA  189

seq1  TACTGG-TTAGGGTGTCTCTGGCATTAGACACTG-CTTCCTCTTGTGTAT  245
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  TACTGGTTTAGGGTGTCTCTGGCATTAGACACTGCCTCCCTCTTGTGTAT  239

seq1  TTCTTTGTTTGTTCTTGCAGGACCATGCTGTCTTCTCTGAGATTCTTCTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTTTGTTCTTGCAGGACCATGCTGTCTTCTCTGAGATTCTTCTC  289

seq1  ATCTTGCTGTTCAAGGGTAATCATCTCTGTGTGTGGGTATGTGGATGTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTGTTCAAGGGTAATCATCTCTGTGTGTGGGTATGTGGATGTAG  339

seq1  TACATGTGCCTACAGAAGCTGAAGACCCCAGCTCCTCCTGGAGCAGGAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGCCTACAGAAGCTGAAGACCCCAGCTCCTCCTGGAGCAGGAGT  389

seq1  CACAGGAGGATGTGAGCACCATGCATGCTGGGAACTGAACTCAGGTCCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAGGATGTGAGCACCATGCATGCTGGGAACTGAACTCAGGTCCTC  439

seq1  TGCAAGAGCAGAGTGTGCCCATAAGTGAGCCATCTCTCCAGAGATCCCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAGCAGAGTGTGCCCATAAGTGAGCCATCTCTCCAGAGATCCCTG  489

seq1  CTCTCTGATTCCTATAAGGCTCTGGTCTCTCTCCTGCTAATAATATCCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGATTCCTATAAGGCTCTGGTCTCTCTCCTGCTAATAATATCCAG  539

seq1  TGTTCTCCACTGTCACCCTACAGCCCAACTCAGTAGTTATTTCTCTGAGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCCACTGTCACCCTACAGCCCAACTCAGTAGTTATTTCTCTGAGC  589

seq1  AATGAGAAAGAGTCACCCTCTTCCATAAGTGTTACATTTCTATTACAAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAAGAGTCACCCTCTTCCATAAGTGTTACATTTCTATTACAAAA  639

seq1  TAAAAAGAGGAAAAAGATTTATACAATGGAAAAGGAAGAACATCTTTAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAGGAAAAAGATTTATACAATGGAAAAGGAAGAACATCTTTAAC  689

seq1  AAATGGTGCTGGTGTAACATTATGTCTGCTTGTAGAAGAGTTAAATATCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTGCTGGTGTAACATTATGTCTGCTTGTAGAAGAGTTAAATATCT  739

seq1  ACATATTTATCACCCTACACAAAATTCAAGTCTGAGTGGATCAAAGACCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTATCACCCTACACAAAATTCAAGTCTGAGTGGATCAAAGACCT  789

seq1  CAACATAAAACCAAATACACTAAATCTAGTAGAACAAGAAGTACAAGATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATAAAACCAAATACACTAAATCTAGTAGAACAAGAAGTACAAGATA  839

seq1  GCCTTGAACTCATTGGTACAGGAGCCAAGCTCCTGAACAGAACACTCAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAACTCATTGGTACAGGAGCCAAGCTCCTGAACAGAACACTCAAA  889

seq1  GCTCAGACATTAAGATCTACAATTAGTAAATGTGACCCTATGAAACTGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACATTAAGATCTACAATTAGTAAATGTGACCCTATGAAACTGAA  939

seq1  AAGCTCCTGTAAAGCAAAGGACACTGTCAATAGAACGAAATGACAGCCTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCTGTAAAGCAAAGGACACTGTCAATAGAACGAAATGACAGCCTA  989

seq1  CAGACTGGGAAAGGATCTTCACCAACCTTACATCTCACAGGGGGCCAATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGGAAAGGATCTTCACCAACCTTACATCTCACAGGGGGCCAATA  1039

seq1  TCCAAACTATATAAAGAACTCAAGAAGGTAGACCAAAAAATCCAAGTAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTATATAAAGAACTCAAGAAGGTAGACCAAAAAATCCAAGTAAC  1089

seq1  CCAACTTAAAAATGGGATACAGAGCTAAACAGAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTAAAAATGGGATACAGAGCTAAACAGAGAATTC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |