BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226G09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 3,493,007 - 3,658,251
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXkr4, LOC100038975, LOC664792
Upstream genenone
Downstream geneLOC619785, Rp1h, Sox17, LOC664830, LOC664838, LOC664853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226G09.bB6Ng01-226G09.g
ACCGA040350GA040351
length9671,189
definitionB6Ng01-226G09.b B6Ng01-226G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,493,007 - 3,493,975)(3,657,076 - 3,658,251)
sequence
gaattcacagcacactaaactgttctgagacgtgggtctcctacctctgt
cactcagaatttcttatactttatgttatgtagtgtcttatagcaagata
cctaaggtcaagtgcatcataagaaaagtagttaataattttgttgactg
aaagaccagtgagatgcttaatattaattgttatcttgaatatatttaaa
accatgagaaacaccccttggtgtttctgtaggagcatgtccagaaggat
ttaatggagaagaatcatcatggatgtaagcagcattttccatggtcaga
gtcaaggattgaataaaatgaggaaaaggagaactctggttaggtgcaag
ttctatgattcctggtctgctcagatgttcccaaccctggacacatgctt
ctgctaccatgtgctctgtactccttcctgtaataatggactataccctc
ttaaaccacgagcccatacaaatcctttgtcaggtatttagtcacaggaa
agacaaaagtagcaaagtaactaatacatccaaacagcatgtcattgggg
ttctgatggagtcattgttggcatgaaagtacagcacagaagcaggaaga
gatacaggcacatagagaaattaagcatgtatgggcgcctcacattttaa
catactcagctgagaaataatttgttcctatgagacttaaatccctcctg
gagacaagcttgaacccactctcaaggaggaactatcatgaccaatcttc
tactaggatccacatcttacatggtgctgcgtcttagcactgctccacaa
gggacacattttcagcagaggaaactcttggagacaaaccacccctaaaa
tgaagcagccctatttagttaacaggagaaggtggcaagacagagtctag
cagaagaaatacaagtttttccttatatacaagtcatatgtggcctaaag
ggtggtgtgtgtgtatg

gaattcaatgctcagatgcttttttgatatgtttcagtttctccatgtta
aacatgcgaatagaactttgtagggaggtatgtaccattcataataacta
gtagaaaggggctcacctaagattattgcattggatcctgtataacattt
tagactaccatacatctttaaattagaagcattccttggcctgttccagt
tctccttttcaaagcattctatccaaatactgcactaacagcagggtact
gagtgttttaaagcccagaagtcattattcatgttttaaagggctgctat
cttggataagatagcttttttttttttttttttaaatcagggttgctaac
ctttcattgcattggcaggaaattgtaggcattttagggaaggatcagag
tctaaaatctttctatagctaaaatcttttaaaaataacatccatgtgtt
tgtttgttctgaaataagccacttgaaacattgtgaacaaaatttgcatg
tattatatatgtattatgaagaaaactgctaaaagcaatgatacatgctc
attttaattaacatttactaatgggaaattaatggaagcttttaaagtca
taggaagtggttctgggaaggagccatacaaaataatgaagtgagctttt
gcttccatgtgggaagagcaaccattgctttaaggaactgtgcctgcaaa
tgaatgagaacatgctttttattattctctttatataatttcagaatgac
taagaatgcagatcagccagtgggaatcatgaatggcacatctgttaact
ctgcctttaatcataaggtctgcaaaagaaagttattctgtgctattcct
aagcctgggttaaaacagtgatataatatttggctaacttcctgtgtcca
cttggaagatcatgacacagtatgtgcaaatgatgatttttctgctctga
ggttgggagggtagagagttacagtgtagattgggttggaagggattctc
ttcagtagacaccacttcagaatagggcaggaaatacagaacatggtgct
cacaagttcagtcttatactactctggcctacatcactggttgttcaatt
gagtctggcctttgtagcatgatccatgttagcctcttatgagtagtgtc
cactgtatgtgacgttgccaatatagcaattgccaagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_3493007_3493975
seq2: B6Ng01-226G09.b_42_1008

seq1  GAATTCACAGCACACTAAACTGTTCTGAGACGTGGGTCTCCTACCTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCACACTAAACTGTTCTGAGACGTGGGTCTCCTACCTCTGT  50

seq1  CACTCAGAATTTCTTATACTTTATGTTATGTAGTGTCTTATAGCAAGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGAATTTCTTATACTTTATGTTATGTAGTGTCTTATAGCAAGATA  100

seq1  CCTAAGGTCAAGTGCATCATAAGAAAAGTAGTTAATAATTTTGTTGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGTCAAGTGCATCATAAGAAAAGTAGTTAATAATTTTGTTGACTG  150

seq1  AAAGACCAGTGAGATGCTTAATATTAATTGTTATCTTGAATATATTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAGTGAGATGCTTAATATTAATTGTTATCTTGAATATATTTAAA  200

seq1  ACCATGAGAAACACCCCTTGGTGTTTCTGTAGGAGCATGTCCAGAAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGAAACACCCCTTGGTGTTTCTGTAGGAGCATGTCCAGAAGGAT  250

seq1  TTAATGGAGAAGAATCATCATGGATGTAAGCAGCATTTTCCATGGTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGAGAAGAATCATCATGGATGTAAGCAGCATTTTCCATGGTCAGA  300

seq1  GTCAAGGATTGAATAAAATGAGGAAAAGGAGAACTCTGGTTAGGTGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGATTGAATAAAATGAGGAAAAGGAGAACTCTGGTTAGGTGCAAG  350

seq1  TTCTATGATTCCTGGTCTGCTCAGATGTTCCCAACCCTGGACACATGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGATTCCTGGTCTGCTCAGATGTTCCCAACCCTGGACACATGCTT  400

seq1  CTGCTACCATGTGCTCTGTACTCCTTCCTGTAATAATGGACTATACCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACCATGTGCTCTGTACTCCTTCCTGTAATAATGGACTATACCCTC  450

seq1  TTAAACCACGAGCCCATACAAATCCTTTGTCAGGTATTTAGTCACAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCACGAGCCCATACAAATCCTTTGTCAGGTATTTAGTCACAGGAA  500

seq1  AGACAAAAGTAGCAAAGTAACTAATACATCCAAACAGCATGTCATTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAAGTAGCAAAGTAACTAATACATCCAAACAGCATGTCATTGGGG  550

seq1  TTCTGATGGAGTCATTGTTGGCATGAAAGTACAGCACAGAAGCAGGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGGAGTCATTGTTGGCATGAAAGTACAGCACAGAAGCAGGAAGA  600

seq1  GATACAGGCACATAGAGAAATTAAGCATGTATGGGCGCCTCACATTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGGCACATAGAGAAATTAAGCATGTATGGGCGCCTCACATTTTAA  650

seq1  CATACTCAGCTGAGAAATAATTTGTTCCTATGAGACTTAAATCCCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCAGCTGAGAAATAATTTGTTCCTATGAGACTTAAATCCCTCCTG  700

seq1  GAGACAAGCTTGAACCCACTCTCAAGGAGGAACTATCATGACCAATCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGCTTGAACCCACTCTCAAGGAGGAACTATCATGACCAATCTTC  750

seq1  TACTAGGATCCACATCTTACATGGTGCTGCGTCTTAGCACTGCTCCACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGATCCACATCTTACATGGTGCTGCGTCTTAGCACTGCTCCACAA  800

seq1  GGGACACATTTTCAGCAGAGGAAACTCTTGGAGACAAACCACCCCTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACATTTTCAGCAGAGGAAACTCTTGGAGACAAACCACCCCTAAAA  850

seq1  TGAAGCAGGCCCTATTTAGTTAACAGGAGAAGGTGGCAAGACAGAGTCTA  900
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCA-GCCCTATTTAGTTAACAGGAGAAGGTGGCAAGACAGAGTCTA  899

seq1  GCAGAAGAAAATACAAGTTTTTCCTTATATACAAGTCATATGTGGCCTAA  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAG-AAATACAAGTTTTTCCTTATATACAAGTCATATGTGGCCTAA  948

seq1  GGGGTGGTGTGTGTGTATG  969
       ||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGTGTGTGTGTATG  967


seq1: chr1_3657076_3658251
seq2: B6Ng01-226G09.g_63_1251 (reverse)

seq1  TACTT-GCAATTGC--TATTTGCACATTCACATACATTGTACCACCTACT  47
      ||||| ||||||||  |||| |||   ||||||||| || ||   |||||
seq2  TACTTGGCAATTGCTATATTGGCAACGTCACATACAGTGGAC--ACTACT  48

seq1  CATAAGA-GCTAACATTGGATCATGCTACAAAGCCAGGACTCAATGAAAC  96
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||  |||
seq2  CATAAGAGGCTAACA-TGGATCATGCTACAAAGGCCAGACTCAATTGAAC  97

seq1  AACCCAGTGATGTA-GCCAGAGTAGTATAGGACTGGAC-TGTGAGCA-CA  143
      || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||
seq2  AA-CCAGTGATGTAGGCCAGAGTAGTATAAGACTGAACTTGTGAGCACCA  146

seq1  TG-TCTGTATT--CTGCCCTTATCTGAAGT-GTGTCTACTGAAGAG-ATC  188
      || ||||||||  |||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TGTTCTGTATTTCCTGCCCTATTCTGAAGTGGTGTCTACTGAAGAGAATC  196

seq1  CC-TCCA--CCAATCTACACTGTAACTCTCTA-CCTTCCAACCTCAGAGC  234
      || ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  CCTTCCAACCCAATCTACACTGTAACTCTCTACCCTCCCAACCTCAGAGC  246

seq1  AG-AAAATCATCATTTGCACATACTGTTGTCATGATCTTCCAAGTGGACA  283
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATCATCATTTGCACATACTG-TGTCATGATCTTCCAAGTGGACA  295

seq1  CAGGAAGTTAGCC-AATATTATATCACTGTTTTAACCCAGGCTTAGGAAT  332
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTTAGCCAAATATTATATCACTGTTTTAACCCAGGCTTAGGAAT  345

seq1  AGCACAGAATAACTTTCTTTTGCAGACCTTATGATTAAAGGCAGAGTTAA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAATAACTTTCTTTTGCAGACCTTATGATTAAAGGCAGAGTTAA  395

seq1  CAGATGTGCCATTCATGATTCCCACTGGCTGATCTGCATTCTTAGTCATT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCCATTCATGATTCCCACTGGCTGATCTGCATTCTTAGTCATT  445

seq1  CTGAAATTATATAAAGAGAATAATAAAAAGCATGTTCTCATTCATTTGCA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTATATAAAGAGAATAATAAAAAGCATGTTCTCATTCATTTGCA  495

seq1  GGCACAGTTCCTTAAAGCAATGGTTGCTCTTCCCACATGGAAGCAAAAGC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGTTCCTTAAAGCAATGGTTGCTCTTCCCACATGGAAGCAAAAGC  545

seq1  TCACTTCATTATTTTGTATGGCTCCTTCCCAGAACCACTTCCTATGACTT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCATTATTTTGTATGGCTCCTTCCCAGAACCACTTCCTATGACTT  595

seq1  TAAAAGCTTCCATTAATTTCCCATTAGTAAATGTTAATTAAAATGAGCAT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCTTCCATTAATTTCCCATTAGTAAATGTTAATTAAAATGAGCAT  645

seq1  GTATCATTGCTTTTAGCAGTTTTCTTCATAATACATATATAATACATGCA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATTGCTTTTAGCAGTTTTCTTCATAATACATATATAATACATGCA  695

seq1  AATTTTGTTCACAATGTTTCAAGTGGCTTATTTCAGAACAAACAAACACA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTCACAATGTTTCAAGTGGCTTATTTCAGAACAAACAAACACA  745

seq1  TGGATGTTATTTTTAAAAGATTTTAGCTATAGAAAGATTTTAGACTCTGA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTTATTTTTAAAAGATTTTAGCTATAGAAAGATTTTAGACTCTGA  795

seq1  TCCTTCCCTAAAATGCCTACAATTTCCTGCCAATGCAATGAAAGGTTAGC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCTAAAATGCCTACAATTTCCTGCCAATGCAATGAAAGGTTAGC  845

seq1  AACCCTGATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATCTTATCCAAGATAGCA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATCTTATCCAAGATAGCA  895

seq1  GCCCTTTAAAACATGAATAATGACTTCTGGGCTTTAAAACACTCAGTACC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTAAAACATGAATAATGACTTCTGGGCTTTAAAACACTCAGTACC  945

seq1  CTGCTGTTAGTGCAGTATTTGGATAGAATGCTTTGAAAAGGAGAACTGGA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTAGTGCAGTATTTGGATAGAATGCTTTGAAAAGGAGAACTGGA  995

seq1  ACAGGCCAAGGAATGCTTCTAATTTAAAGATGTATGGTAGTCTAAAATGT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCAAGGAATGCTTCTAATTTAAAGATGTATGGTAGTCTAAAATGT  1045

seq1  TATACAGGATCCAATGCAATAATCTTAGGTGAGCCCCTTTCTACTAGTTA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGGATCCAATGCAATAATCTTAGGTGAGCCCCTTTCTACTAGTTA  1095

seq1  TTATGAATGGTACATACCTCCCTACAAAGTTCTATTCGCATGTTTAACAT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATGGTACATACCTCCCTACAAAGTTCTATTCGCATGTTTAACAT  1145

seq1  GGAGAAACTGAAACATATCAAAAAAGCATCTGAGCATTGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAACTGAAACATATCAAAAAAGCATCTGAGCATTGAATTC  1189


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |