BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227G14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 159,234,322 - 159,348,385
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasal2, Gabarapl2-ps1_1522.1, 2810025M15Rik
Upstream geneNphs2, 9430070O13Rik, LOC100038991, Soat1, LOC100039026, Abl2, Tor3a, C530043G21Rik, LOC433368, Ralgps2, Angptl1, 4930439D14Rik, 1700057K13Rik
Downstream geneBC026585, Lztr2, LOC664935, LOC100039217, 6430517E21Rik, Astn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227G14.bB6Ng01-227G14.g
ACCGA041087GA041088
length1,1501,180
definitionB6Ng01-227G14.b B6Ng01-227G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(159,234,322 - 159,235,470)(159,347,208 - 159,348,385)
sequence
gaattcctcacagagactgtgaggaatgggaggttaatgtaataggctag
tctactctcctagatgataagaatccattccagattggtcagagtgcaaa
cagtacggtaaagcttatgtgatcccgattttgaaacaggaatcaggaca
gataattctcttgcagtctatggtggaagaacggcacaaaagaggggaga
aaataaaagaacaatgagtgcaaagacaaagtaataaatactcataaagt
aagcacaatggactagcattaaagcagagcaatgctacttccattagctt
agaacattcaatgcttcaaatatatttcttttaacccaaatttccttttt
aagaacaaattagatattttaaaatgtattttaacaaggtttttatttat
tttatgtatgaatataccattgctatcatcagacacaccagaagagagta
tcagatgccattacagatggttgtgagccattatgtagttgctgggaatt
gaactcaggacctttggaagaatagtcagagtgctcttaaccactaagcc
atctctccaggccccttaacccaaattttcaaaacagttctagtcagcat
tatgataatacatttagcaggtcaatttagaaggtatacttttagaagca
atttttcccctgacagatagtacatctttgttcacagctttaaaaaaaaa
aaaaaaattcttcctttggttgtattctataggcaatttttctccacagt
gctaaggactaaagttagggctttgtgcttgttatgcaagtgcttatcac
taaactatatgttccatccctagagatgactcctagcaatggcaataatt
acacatgatgctcagagcagtctataagataataaagataggtggccgaa
tcattttaagttactgtattaatgccatctgcttacaccttcctataggt
accatcaattcagtcttttattacttatgctaaggtatgtatgtactcat
gtatgtacatgtgtacagatgcacttgtgttctatctgagtatcctccac
tttaatttttagacatatttatctcttctgtacttatgtctataacacat
gtacatgcatgtcacattcacatatgggaggtcggagaaccacctgtggc

gaattcctaaagttgaatgctgaggtgaggtcataattttgaaggcgttt
ctgccaagaagaagtcactggtagagagagagagagctgtttgtctctgg
catgtagcatggcttttccaaacaacagtgtcagcggctgctacaagcag
tggctttctcttagggcgcttggacaaaagggttctctggcgggtcttcc
ttccttcctcctctccaccccctcccttccttccttcccttttgtcccga
ttcctacctaagatcacggagcctctgtgttttaatcattatcaaatgtt
gctgggaggccccagctcccttccttacatttactttctgaactcgatct
gcttccaaacataacttgttgttcagttttggctctcatgcatcttctac
caagaatgcaagagagagtggcagcaacctaccaaagcacttgagactgg
ctgtctcatgctctagaacaaagggactaagaaagtagagaaataatagt
tcctttaaagttcagaacccttttgggaagtaagggatgcatgtttcttt
tattacgttaggttctgcttgcaagccgggatgcaggatgctatcttgat
gaggggcagacaaggttgaaaaggggacatactgagcagggagcaacagc
tgagagctacaaagatagggctgtgctcatgtataaatagaaacggtgct
gttgccctgatgaatcagaccagatgtttctctgatgtctctgtttggtc
ctttggttaaaaaaaaaaaaaagtataattttgctaaaattatatgtggg
gctaggaatgtggcacaaatgctttaagcttaaataatatgcaaaagagt
aaaattttttctaacgaggaaaccttttataaataaggaaaacgtgggaa
gcaagcctttgactggtgagtttgagactccgatgattcaatttgactct
tcctatgtctctagttataatgacctgggcaagccaagcaattctttcaa
ggtctagatgtgtttcctctatttcattttcgaaggtggggatctcaata
tttgctcagctagtctcccaacttagtgatccctccaagtctccagtagc
ttggtacctacttaagcaggaatgcttaggttcacctgaggagggcagta
cgaaatgatgaaggacctgggaatgattaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_159234322_159235470
seq2: B6Ng01-227G14.b_43_1192

seq1  GAATTCCTCACAGAGACTGTGAGGAATGGGAGGTTAATGTAATAGGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACAGAGACTGTGAGGAATGGGAGGTTAATGTAATAGGCTAG  50

seq1  TCTACTCTCCTAGATGATAAGAATCCATTCCAGATTGGTCAGAGTGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCTCCTAGATGATAAGAATCCATTCCAGATTGGTCAGAGTGCAAA  100

seq1  CAGTACGGTAAAGCTTATGTGATCCCGATTTTGAAACAGGAATCAGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACGGTAAAGCTTATGTGATCCCGATTTTGAAACAGGAATCAGGACA  150

seq1  GATAATTCTCTTGCAGTCTATGGTGGAAGAACGGCACAAAAGAGGGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTCTCTTGCAGTCTATGGTGGAAGAACGGCACAAAAGAGGGGAGA  200

seq1  AAATAAAAGAACAATGAGTGCAAAGACAAAGTAATAAATACTCATAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAGAACAATGAGTGCAAAGACAAAGTAATAAATACTCATAAAGT  250

seq1  AAGCACAATGGACTAGCATTAAAGCAGAGCAATGCTACTTCCATTAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAATGGACTAGCATTAAAGCAGAGCAATGCTACTTCCATTAGCTT  300

seq1  AGAACATTCAATGCTTCAAATATATTTCTTTTAACCCAAATTTCCTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATTCAATGCTTCAAATATATTTCTTTTAACCCAAATTTCCTTTTT  350

seq1  AAGAACAAATTAGATATTTTAAAATGTATTTTAACAAGGTTTTTATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAAATTAGATATTTTAAAATGTATTTTAACAAGGTTTTTATTTAT  400

seq1  TTTATGTATGAATATACCATTGCTATCATCAGACACACCAGAAGAGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTATGAATATACCATTGCTATCATCAGACACACCAGAAGAGAGTA  450

seq1  TCAGATGCCATTACAGATGGTTGTGAGCCATTATGTAGTTGCTGGGAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGCCATTACAGATGGTTGTGAGCCATTATGTAGTTGCTGGGAATT  500

seq1  GAACTCAGGACCTTTGGAAGAATAGTCAGAGTGCTCTTAACCACTAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGACCTTTGGAAGAATAGTCAGAGTGCTCTTAACCACTAAGCC  550

seq1  ATCTCTCCAGGCCCCTTAACCCAAATTTTCAAAACAGTTCTAGTCAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCAGGCCCCTTAACCCAAATTTTCAAAACAGTTCTAGTCAGCAT  600

seq1  TATGATAATACATTTAGCAGGTCAATTTAGAAGGTATACTTTTAGAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAATACATTTAGCAGGTCAATTTAGAAGGTATACTTTTAGAAGCA  650

seq1  ATTTTTCCCCTGACAGATAGTACATCTTTGTTCACAGCTTTAAAAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCCCTGACAGATAGTACATCTTTGTTCACAGCTTTAAAAAAAAA  700

seq1  AAAAAAATTCTTCCTTTGGTTGTATTCTATAGGCAATTTTTCTCCACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTCTTCCTTTGGTTGTATTCTATAGGCAATTTTTCTCCACAGT  750

seq1  GCTAAGGACTAAAGTTAGGGCTTTGTGCTTGTTATGCAAGTGCTTATCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGACTAAAGTTAGGGCTTTGTGCTTGTTATGCAAGTGCTTATCAC  800

seq1  TAAACTATATGTTCCATCCCTAGAGATGACTCCTAGCAATGGCAATAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATATGTTCCATCCCTAGAGATGACTCCTAGCAATGGCAATAATT  850

seq1  ACACATGATGCTCAGGAGCAGTCTATAAGATAATAAAGATAGGTGGCCGA  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGATGCTCA-GAGCAGTCTATAAGATAATAAAGATAGGTGGCCGA  899

seq1  ATCATTTTAAGTTACTGTATTAATGCCATCTGCTTACACC-TCCTATAGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCATTTTAAGTTACTGTATTAATGCCATCTGCTTACACCTTCCTATAGG  949

seq1  TACCATCAATTCAGTCTTTTATTACTTATGCTAAGGTATGTATGTACTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCAATTCAGTCTTTTATTACTTATGCTAAGGTATGTATGTACTCA  999

seq1  TGTATGTACATGTGTACAGATGCACTTGTG-TCTATCTTGAGTATTCCTC  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  |
seq2  TGTATGTACATGTGTACAGATGCACTTGTGTTCTATC-TGAGTATCCTCC  1048

seq1  ACTTTAATTTTTAGACAATATTTATCTC-TCTGTACTTATGTCTAT-ACA  1096
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ACTTTAATTTTTAGAC-ATATTTATCTCTTCTGTACTTATGTCTATAACA  1097

seq1  CATGTACATGCATGTCACAATTCACATAT-GGAGGTCGGAGAACAACCTG  1145
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CATGTACATGCATGTCAC-ATTCACATATGGGAGGTCGGAGAACCACCTG  1146

seq1  TGGC  1149
      ||||
seq2  TGGC  1150

seq1: chr1_159347208_159348385
seq2: B6Ng01-227G14.g_66_1245 (reverse)

seq1  TTAATCATTCC--AGTCCTTCAATTCATTTTCTGTCCTGCCCCCTCCTCA  48
      |||||||||||   ||||||||  ||||||   || |||  |||||||||
seq2  TTAATCATTCCCAGGTCCTTCA--TCATTT--CGTACTG--CCCTCCTCA  44

seq1  GTTGAAACTAAGCATACCTTGCTAAGTATAGTCCCAGCTACT-GAGAC-T  96
      | |||| |||||||| |||   ||||||    || ||||||| ||||| |
seq2  GGTGAACCTAAGCATTCCTGCTTAAGTAGGTACCAAGCTACTGGAGACTT  94

seq1  GGA-GGATCACCTAAGTT-GGAGACTAGCCTGAGC-AATATTGAGAT-CC  142
      ||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||
seq2  GGAGGGATCA-CTAAGTTGGGAGACTAG-CTGAGCAAATATTGAGATCCC  142

seq1  CACC-TCGAAAATGAATTAGAAGGAACACATCTAGACCCTG-AAGAATTG  190
      |||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||| || ||||||||
seq2  CACCTTCGAAAATGAAATAGAGGAAACACATCTAGACCTTGAAAGAATTG  192

seq1  CTTGGCTTGCCCAAGGTCA-TATAACTAGAGACATAGGAAGAAGTCAAAT  239
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTTGGCTTGCCC-AGGTCATTATAACTAGAGACATAGGAAG-AGTCAAA-  239

seq1  TTGAATCATCGGAGTCTCAAACTCACCAGTCAAAGGCTTGCTTCCCACCT  289
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGAATCATCGGAGTCTCAAACTCACCAGTCAAAGGCTTGCTTCCCACGT  289

seq1  TTTCCTTATTTAT-AAAGGTTTCCTCGTTAGAAAAAATTTTACTCTTTTG  338
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTATTTATAAAAGGTTTCCTCGTTAGAAAAAATTTTACTCTTTTG  339

seq1  CATATTATTTAAGCTTAAAGCATTTGTGCCACATTCCTAGCCCCACATAT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATTTAAGCTTAAAGCATTTGTGCCACATTCCTAGCCCCACATAT  389

seq1  AATTTTAGCAAAATTATAC-TTTTTTTTTTTTTAACCAAAGGACCAAACA  437
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGCAAAATTATACTTTTTTTTTTTTTTAACCAAAGGACCAAACA  439

seq1  GAGACATCAGAGAAACATCTGGTCTGATTCATCAGGGCAACAGCACCGTT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATCAGAGAAACATCTGGTCTGATTCATCAGGGCAACAGCACCGTT  489

seq1  TCTATTTATACATGAGCACAGCCCTATCTTTGTAGCTCTCAGCTGTTGCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTATACATGAGCACAGCCCTATCTTTGTAGCTCTCAGCTGTTGCT  539

seq1  CCCTGCTCAGTATGTCCCCTTTTCAACCTTGTCTGCCCCTCATCAAGATA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTCAGTATGTCCCCTTTTCAACCTTGTCTGCCCCTCATCAAGATA  589

seq1  GCATCCTGCATCCCGGCTTGCAAGCAGAACCTAACGTAATAAAAGAAACA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTGCATCCCGGCTTGCAAGCAGAACCTAACGTAATAAAAGAAACA  639

seq1  TGCATCCCTTACTTCCCAAAAGGGTTCTGAACTTTAAAGGAACTATTATT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCCTTACTTCCCAAAAGGGTTCTGAACTTTAAAGGAACTATTATT  689

seq1  TCTCTACTTTCTTAGTCCCTTTGTTCTAGAGCATGAGACAGCCAGTCTCA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTTTCTTAGTCCCTTTGTTCTAGAGCATGAGACAGCCAGTCTCA  739

seq1  AGTGCTTTGGTAGGTTGCTGCCACTCTCTCTTGCATTCTTGGTAGAAGAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTGGTAGGTTGCTGCCACTCTCTCTTGCATTCTTGGTAGAAGAT  789

seq1  GCATGAGAGCCAAAACTGAACAACAAGTTATGTTTGGAAGCAGATCGAGT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGAGCCAAAACTGAACAACAAGTTATGTTTGGAAGCAGATCGAGT  839

seq1  TCAGAAAGTAAATGTAAGGAAGGGAGCTGGGGCCTCCCAGCAACATTTGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGTAAATGTAAGGAAGGGAGCTGGGGCCTCCCAGCAACATTTGA  889

seq1  TAATGATTAAAACACAGAGGCTCCGTGATCTTAGGTAGGAATCGGGACAA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATTAAAACACAGAGGCTCCGTGATCTTAGGTAGGAATCGGGACAA  939

seq1  AAGGGAAGGAAGGAAGGGAGGGGGTGGAGAGGAGGAAGGAAGGAAGACCC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGGAAGGAAGGGAGGGGGTGGAGAGGAGGAAGGAAGGAAGACCC  989

seq1  GCCAGAGAACCCTTTTGTCCAAGCGCCCTAAGAGAAAGCCACTGCTTGTA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGAACCCTTTTGTCCAAGCGCCCTAAGAGAAAGCCACTGCTTGTA  1039

seq1  GCAGCCGCTGACACTGTTGTTTGGAAAAGCCATGCTACATGCCAGAGACA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCGCTGACACTGTTGTTTGGAAAAGCCATGCTACATGCCAGAGACA  1089

seq1  AACAGCTCTCTCTCTCTCTACCAGTGACTTCTTCTTGGCAGAAACGCCTT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTCTCTCTCTCTCTACCAGTGACTTCTTCTTGGCAGAAACGCCTT  1139

seq1  CAAAATTATGACCTCACCTCAGCATTCAACTTTAGGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTATGACCTCACCTCAGCATTCAACTTTAGGAATTC  1180