BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228L09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 188,718,131 - 188,802,147
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666832, LOC100042375, D1Pas1
Upstream geneLyplal1, Tgfb2, Rrp15
Downstream geneSpata17, Gpatch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228L09.bB6Ng01-228L09.g
ACCGA042058GA042059
length1,179487
definitionB6Ng01-228L09.b B6Ng01-228L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(188,718,131 - 188,719,283)(188,801,656 - 188,802,147)
sequence
gaattctgtgctcacagggactgcaaagggatgtcagaaatgtagacctg
tataccagattcttcttcgctcacacccatgttctattgtccgggcagac
ttggtcacaaaatgctacttgctttatgtacacagctacagtaaagttag
aattttaaagcatccacactaaaagattaatagccaggctgggatagagt
acttgggtaatgtgagtgagaccccaagataagtgtttaggaggagagac
agagacacacagagatattaatttataccatagaacagttataaactgta
ataagtgttactggaatgccaatgaaccccactctctgaagatatgtgac
tgccccgcaccgacatttctctaagtaggacaatgtgagattgcacagtg
tatctcagggagatagtgtgaggtagtggggacagtcactgtgcctggca
ttaggacactgctggccttcatatggtgccttttaaaagggaaggtgggg
ccatggcgttgttagttaaccacaggttatcagactacagtgttaaggta
gctcccaaactaggttagtcctttagtcaacgtctcccgctgcctctctt
tcagggctttgctctcgtgaaggagactgtaaatgcactacactcatggt
ctacttgatgaaccgggatgctatacaccaggtcctctgttcccctctat
tgcttctgtataaatgtaagacagccccttcactagtaacctagaaccca
aacatctggtgccccctggaagcttttcacctctggagaacacatgtaag
ttctagtcacacaattttactcaagaatcattttatagctccctttcaat
atggctgctctggtcagtattgattgactggaaaagctagtggttattat
ttattattttttttaaagataagacttcctttgtttgaaagttattgcac
acgtcatgtgagagcacatttggatagataacttggttttggggttacag
agtgccaaccatgggtcttaaaggaaattccaactaaaggaatcaaacat
tcacctgaatgttctgcccccgggtgctgaatccgtgccctgttaacgtc
catgaaagatgaacgcctgaatgttcaagctcagcggaatctctaccagt
gagctctgggacggccaggctacagagtc
tatgtatcccagtgcggccccctccctgaccacactgccagtcatcttgc
attctgggggttgggggtggagtcagtaaggtaggagactgacatattag
gccctggcagagaggagagcagaaaggaagaatggagggaggacctccca
gagaaactcccatttgagtaaaatattgaatgagacagggtgacactggc
tgcttgtggcaacctaataaaagtctctcagacactgaaagtggggtgaa
ggggttgaggaagaggagaagccaagaggggtaagaaccagcgatgtctg
ctgaggatcctgctcatagtaagaactacccttggtgtcaacatttaggc
agtgggcagtaggacactcttgctgtcactgacagaatcatactatcttg
tgtgactagagaacatcaaggtggtggcctgtgtgtgtgtgtacagcaga
gatcggagaacatcaaggtggtggtggtggtggtggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_188718131_188719283
seq2: B6Ng01-228L09.b_46_1224

seq1  GAATTCTGTGCTCACAGGGACTGCAAAGGGATGTCAGAAATGTAGACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCTCACAGGGACTGCAAAGGGATGTCAGAAATGTAGACCTG  50

seq1  TATACCAGATTCTTCTTCGCTCACACCCATGTTCTATTGTCCGGGCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAGATTCTTCTTCGCTCACACCCATGTTCTATTGTCCGGGCAGAC  100

seq1  TTGGTCACAAAATGCTACTTGCTTTATGTACACAGCTACAGTAAAGTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCACAAAATGCTACTTGCTTTATGTACACAGCTACAGTAAAGTTAG  150

seq1  AATTTTAAAGCATCCACACTAAAAGATTAATAGCCAGGCTGGGATAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAAGCATCCACACTAAAAGATTAATAGCCAGGCTGGGATAGAGT  200

seq1  ACTTGGGTAATGTGAGTGAGACCCCAAGATAAGTGTTTAGGAGGAGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGTAATGTGAGTGAGACCCCAAGATAAGTGTTTAGGAGGAGAGAC  250

seq1  AGAGACACACAGAGATATTAATTTATACCATAGAACAGTTATAAACTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACACAGAGATATTAATTTATACCATAGAACAGTTATAAACTGTA  300

seq1  ATAAGTGTTACTGGAATGCCAATGAACCCCACTCTCTGAAGATATGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTTACTGGAATGCCAATGAACCCCACTCTCTGAAGATATGTGAC  350

seq1  TGCCCCGCACCGACATTTCTCTAAGTAGGACAATGTGAGATTGCACAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCGCACCGACATTTCTCTAAGTAGGACAATGTGAGATTGCACAGTG  400

seq1  TATCTCAGGGAGATAGTGTGAGGTAGTGGGGACAGTCACTGTGCCTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGGGAGATAGTGTGAGGTAGTGGGGACAGTCACTGTGCCTGGCA  450

seq1  TTAGGACACTGCTGGCCTTCATATGGTGCCTTTTAAAAGGGAAGGTGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACACTGCTGGCCTTCATATGGTGCCTTTTAAAAGGGAAGGTGGGG  500

seq1  CCATGGCGTTGTTAGTTAACCACAGGTTATCAGACTACAGTGTTAAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCGTTGTTAGTTAACCACAGGTTATCAGACTACAGTGTTAAGGTA  550

seq1  GCTCCCAAACTAGGTTAGTCCTTTAGTCAACGTCTCCCGCTGCCTCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAAACTAGGTTAGTCCTTTAGTCAACGTCTCCCGCTGCCTCTCTT  600

seq1  TCAGGGCTTTGCTCTCGTGAAGGAGACTGTAAATGCACTACACTCATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCTTTGCTCTCGTGAAGGAGACTGTAAATGCACTACACTCATGGT  650

seq1  CTACTTGATGAACCGGGATGCTATACACCAGGTCCTCTGTTCCCCTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGATGAACCGGGATGCTATACACCAGGTCCTCTGTTCCCCTCTAT  700

seq1  TGCTTCTGTATAAATGTAAGACAGCCCCTTCACTAGTAACCTAGAACCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGTATAAATGTAAGACAGCCCCTTCACTAGTAACCTAGAACCCA  750

seq1  AACATCTGGTGCCCCCTGGAAGC-TTTCACCTCTGGAGAACACATGTAAG  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTGGTGCCCCCTGGAAGCTTTTCACCTCTGGAGAACACATGTAAG  800

seq1  TTCTAGTCACACAATTTTACTCAAGAATCATTTTATAGCTCCCTTTCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTCACACAATTTTACTCAAGAATCATTTTATAGCTCCCTTTCAAT  850

seq1  ATGGCTGCTCTGGTCAGTATTGA-TGACTGGAAAAGCTAGTGGTTATTA-  897
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGGCTGCTCTGGTCAGTATTGATTGACTGGAAAAGCTAGTGGTTATTAT  900

seq1  TTATTA-TTTTTTTAAAGAT-AGACTTCC-TTGTTTG-AAGT--ATGCAC  941
      |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||   |||||
seq2  TTATTATTTTTTTTAAAGATAAGACTTCCTTTGTTTGAAAGTTATTGCAC  950

seq1  ACGTCATGTGAGAGCACAATTGGATAGATAACTTGGTTTT-GGGTTACAG  990
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACGTCATGTGAGAGCACATTTGGATAGATAACTTGGTTTTGGGGTTACAG  1000

seq1  AGTGCCAACCAT-GGTC-TAAAGGAAATT-CAACT-AAGGAATC-AACA-  1034
      |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| 
seq2  AGTGCCAACCATGGGTCTTAAAGGAAATTCCAACTAAAGGAATCAAACAT  1050

seq1  TCA-CTG-ATG-TCTGCCCC--GGTGCTTGATCCGTG-CCTGTAAA--GC  1076
      ||| ||| ||| ||||||||  ||||||  ||||||| ||||| ||   |
seq2  TCACCTGAATGTTCTGCCCCCGGGTGCTGAATCCGTGCCCTGTTAACGTC  1100

seq1  CA-GGAAGAGGAACG-CTGAAAGTTCCAGGTCAGCCGGATCTACA-CAGT  1123
      || | |||| ||||| ||||| |||| || ||||| | ||||  | ||||
seq2  CATGAAAGATGAACGCCTGAATGTTCAAGCTCAGCGGAATCTCTACCAGT  1150

seq1  GAGCTCTGGGACGGCCAGGGCTACAGAGTC  1153
      ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAGCTCTGGGACGGCCA-GGCTACAGAGTC  1179

seq1: chr1_188801656_188802147
seq2: B6Ng01-228L09.g_69_561 (reverse)

seq1  ACCACCACCACCACCACCACCTTGATGTTCTCCGATCTCTGCTGTACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACCACCACCACCACCTTGATGTTCTCCGATCTCTGCTGTACACA  50

seq1  CACACACAGGCCACCACCTTGATGTTCTCTAGTCACACAAGATAGTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGGCCACCACCTTGATGTTCTCTAGTCACACAAGATAGTATGA  100

seq1  TTCTGTCAGTGACAGCAAGAGTGTCCTACTGCCCACTGCCTAAATGTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCAGTGACAGCAAGAGTGTCCTACTGCCCACTGCCTAAATGTTGA  150

seq1  CACCAAGGGTAGTTCTTACTATGAGCAGGATCCTCAGCAGACATCGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGGGTAGTTCTTACTATGAGCAGGATCCTCAGCAGACATCGCTGG  200

seq1  TTCTTACCCCTCTTGGCTTCTCCTCTTCCTCAACCCCTTCACCCCACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACCCCTCTTGGCTTCTCCTCTTCCTCAACCCCTTCACCCCACTTT  250

seq1  CAGTGTCTGAGAGACTTTTATTAGGTTGCCACAAGCAGCCAGTGTCACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTGAGAGACTTTTATTAGGTTGCCACAAGCAGCCAGTGTCACCC  300

seq1  TGTCTCATTCAATATTTTACTCAAATGGGAGTTTCTCTGGGAGGTCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCATTCAATATTTTACTCAAATGGGAGTTTCTCTGGGAGGTCCTCC  350

seq1  CTCCATTCTTCCTTTCTGCTCTCCTCTCTGCCAGGGCCTAATATGTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTCTTCCTTTCTGCTCTCCTCTCTGCCAGGGCCTAATATGTCAGT  400

seq1  CTCCTACCTTACTGACTCCACCCCCAACCCCCAGAATGCAAGATGACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCTTACTGACTCCACCCCCAACCCCCAGAATGCAAGATGACTGG  450

seq1  CAGTGTGGTCAGGGAGGGGGCCGC-CTGGGATACATAGAATTC  492
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGTCAGGGAGGGGGCCGCACTGGGATACATAGAATTC  493