BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230B11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 67,759,197 - 67,856,259
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRpe, 1110028C15Rik, Acadl, Myl1, LOC100043192, Lancl1, Cps1, Kif22-ps
Downstream geneErbb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230B11.bB6Ng01-230B11.g
ACCGA043047GA043048
length1,1811,036
definitionB6Ng01-230B11.b B6Ng01-230B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,759,197 - 67,760,367)(67,855,232 - 67,856,259)
sequence
gaattcatgaaattcttaggcaaatgggtggaattagaaaatatcatcct
gagtgaggtaacccaatcacagaagatcacacatgttatacactcactga
taagtggatattagtccagaagctcagaatacccaagatacaattcacag
accaaatgaagctcaagaagaaggaagcacaaagtatgggtactttggac
cttcttagaaggaggaacaaaatactcatgggaggagatacagagacaaa
gtgtggagcagagactgaaggatgggccatccagagactgccccaccttg
tgatccatcccatatatagtcaccaaatccagacgctattgtagatgtca
acaagtgcttgctaacaggagcatggatacggatttttaacagatttcct
gttcttaatctcttactagaactactcttctctatgtatacaccaacaga
cctcaaaagacagtcaacaaattttcctaatacttctagctactgttgaa
atattaaacactaaaattaagaaattgtatctgcttaggggtttgaagag
agcttaaaattttttccctaatgaatcataattgctgtaactattttctt
ttctacacaaattttgaagtgtataggctataaacatgaggatagtctta
atgtaattgtgtagatgctagtgaaatattggaaaaaatatgcttcctgt
ggacaaatctatggatgtaatgactctagagttgatcaaaatcaaaaccc
agaaactcattgatttttaacttggaatttatcattagttattttgagca
ggtaactcagctttaactgaatcatgtctctgagactctaatttgattat
gtaacctttttatacttctacaactgcaacatgaaatgaaatcagtgatg
atttctgttatctagtgtatcttttctcattcaataactgtaagaaattg
cttctactctttcctataactacattttttttcattattttggtcttaga
gtttgaaagaaaaacattgtaatacatgtgtgcgtaacatatacaccagg
gccacaaattaagactgttaagctggggcggcaacattcttcggctcaga
caactgggcacttcctggtgaagagcacaggggttccgccctgacggtaa
ggatttctgccttcaggcccaacgtgggagc

gaattcttttatgtttattcttggcatctgttgggtggctcatgaaaata
ggattccctcatttattcatttatccctctttaagaaaacatattaatag
actgaaggatattcttacacaggtcttctaatgatcctggaacccaaatt
agtttctccaatttcatgtataaaataaattacagtttaatgcatctgct
actttcttttatagtaagccgagtgccaattcttacaacgtggattaact
gagagtcttcattagacaagaagtcctttggagagatagcaagggaagga
gggcagaaatgaagacttcactttggtgggagaggggaagagggaaagtt
gaacctcttccacttttaacaaagatgcatccctggtgtctttatgaaag
atctattgaaagttataaggaaagggaaaatccatatagcacagcaagtg
gtatatcatcctgcatgttattttcacatacatcaaaccagaagtatccc
ctacaaatgtgctcaaaacactaattcttgggtcttacataattcttggg
tcttaccagagacatactgagaatgggcctggaaaggtttaacaaactat
ccaggtcatatttgctaatatctgtgaacaactgcttcacttttatccac
agaagaaatttttaggctttagtaattgtctggatatgcagagtctaaag
ttccttacaagtacactgaaataatccctttgcctggggcctcagagttg
cacacctatgagaggcaaaagtactctggttttgagattttaggagatcc
tgagttctgaatgccttctccctgactggagtccttctttgcactttcct
tgacactcatctttctttttccctaaaggattcatgatgtccacagctaa
ttgagtcatggccatgagaaggataattgtacaagatgtaaagatgggaa
gccagacagtactttggtgacctcggtgatgggctcagtgaatggagtta
cgaagccttcccacctgggtaaatgagttcagttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_67759197_67760367
seq2: B6Ng01-230B11.b_47_1227

seq1  GAATTCATGAAATTCTTAGGCAAATGGGTGGAATTAGAAAATATCATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAATTCTTAGGCAAATGGGTGGAATTAGAAAATATCATCCT  50

seq1  GAGTGAGGTAACCCAATCACAGAAGATCACACATGTTATACACTCACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGGTAACCCAATCACAGAAGATCACACATGTTATACACTCACTGA  100

seq1  TAAGTGGATATTAGTCCAGAAGCTCAGAATACCCAAGATACAATTCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGATATTAGTCCAGAAGCTCAGAATACCCAAGATACAATTCACAG  150

seq1  ACCAAATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGCACAAAGTATGGGTACTTTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGCACAAAGTATGGGTACTTTGGAC  200

seq1  CTTCTTAGAAGGAGGAACAAAATACTCATGGGAGGAGATACAGAGACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGAAGGAGGAACAAAATACTCATGGGAGGAGATACAGAGACAAA  250

seq1  GTGTGGAGCAGAGACTGAAGGATGGGCCATCCAGAGACTGCCCCACCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAGCAGAGACTGAAGGATGGGCCATCCAGAGACTGCCCCACCTTG  300

seq1  TGATCCATCCCATATATAGTCACCAAATCCAGACGCTATTGTAGATGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATCCCATATATAGTCACCAAATCCAGACGCTATTGTAGATGTCA  350

seq1  ACAAGTGCTTGCTAACAGGAGCATGGATACGGATTTTTAACAGATTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGCTTGCTAACAGGAGCATGGATACGGATTTTTAACAGATTTCCT  400

seq1  GTTCTTAATCTCTTACTAGAACTACTCTTCTCTATGTATACACCAACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAATCTCTTACTAGAACTACTCTTCTCTATGTATACACCAACAGA  450

seq1  CCTCAAAAGACAGTCAACAAATTTTCCTAATACTTCTAGCTACTGTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAGACAGTCAACAAATTTTCCTAATACTTCTAGCTACTGTTGAA  500

seq1  ATATTAAACACTAAAATTAAGAAATTGTATCTGCTTAGGGGTTTGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAACACTAAAATTAAGAAATTGTATCTGCTTAGGGGTTTGAAGAG  550

seq1  AGCTTAAAATTTTTTCCCTAATGAATCATAATTGCTGTAACTATTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAATTTTTTCCCTAATGAATCATAATTGCTGTAACTATTTTCTT  600

seq1  TTCTACACAAATTTTGAAGTGTATAGGCTATAAACATGAGGATAGTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACACAAATTTTGAAGTGTATAGGCTATAAACATGAGGATAGTCTTA  650

seq1  ATGTAATTGTGTAGATGCTAGTGAAATATTGGAAAAAATATGCTTCCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTGTGTAGATGCTAGTGAAATATTGGAAAAAATATGCTTCCTGT  700

seq1  GGACAAATCTATGGATGTAATGACTCTAGAGTTGATCAAAATCAAAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATCTATGGATGTAATGACTCTAGAGTTGATCAAAATCAAAACCC  750

seq1  AGAAACTCATTGATTTTTAACTTGGAATTTATCATTAGTTATTTTGAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCATTGATTTTTAACTTGGAATTTATCATTAGTTATTTTGAGCA  800

seq1  GGTAACTCAGGCTTTAACTGAATCATGTCTCTGAGACTCTAATTTGATTA  850
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTCA-GCTTTAACTGAATCATGTCTCTGAGACTCTAATTTGATTA  849

seq1  TGTAACCTTTTTATACTTCTACAACTGCAACATGAAATGAAATCAGTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCTTTTTATACTTCTACAACTGCAACATGAAATGAAATCAGTGAT  899

seq1  GATTTCTGTTATCTAGTGTATCTTTTCTCATTCAATAACTGT-AGGAATT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  GATTTCTGTTATCTAGTGTATCTTTTCTCATTCAATAACTGTAAGAAATT  949

seq1  GCTTCTACTCTTTCCTATAACTACA-TTTTTTTCATTATTTTTGTCTTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTTCTACTCTTTCCTATAACTACATTTTTTTTCATTATTTTGGTCTTAG  999

seq1  AGTTTGAAAG-AAAACATTGT-ATACATGTGTGCGT-ACATATACA-CAG  1044
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  AGTTTGAAAGAAAAACATTGTAATACATGTGTGCGTAACATATACACCAG  1049

seq1  G--CACAAATAAGAACTG-TAAGCT-GGGCGGCACCA-TCTTCGGCTCCA  1089
      |  ||||||| |  |||| |||||| |||||||| || ||||||||| ||
seq2  GGCCACAAATTAAGACTGTTAAGCTGGGGCGGCAACATTCTTCGGCT-CA  1098

seq1  GACAACTGGCCACCTTCCTGGTG-AGAGCACAGGGG-TCCGCCC-GGCCG  1136
      ||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||| | | |
seq2  GACAACTGGGCA-CTTCCTGGTGAAGAGCACAGGGGTTCCGCCCTGACGG  1147

seq1  TAGAGGTTTCTGCC-TCAGGCCCCAGCGGTGGGAGC  1171
      ||  | |||||||| |||||||| |   ||||||||
seq2  TAAGGATTTCTGCCTTCAGGCCCAA--CGTGGGAGC  1181


seq1: chr1_67855232_67856259
seq2: B6Ng01-230B11.g_71_1106 (reverse)

seq1  CTAACTGAAACTCATTTACCCAGGTGAGAAGGC-TCGT-ACTC--ATCAC  46
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||   ||||
seq2  CTAACTG-AACTCATTTACCCAGGTGGGAAGGCTTCGTAACTCCATTCAC  49

seq1  TGAGCCCATCACCGA-GTCACCAAAGT-CTGTCTGCTTCCCCTTCTTTAC  94
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||| |||||||
seq2  TGAGCCCATCACCGAGGTCACCAAAGTACTGTCTGGCTTCCCATCTTTAC  99

seq1  ATCTTGTACATTTATTCTTCTCAT-GCCATGACTCAATTAGCTGTGGACA  143
      |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTACAATTATCCTTCTCATGGCCATGACTCAATTAGCTGTGGACA  149

seq1  TCATGAATCCTTTAGGG-AAAAGAAAGATGAGTGTCAAGG-AAGTGCAAA  191
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATGAATCCTTTAGGGAAAAAGAAAGATGAGTGTCAAGGAAAGTGCAAA  199

seq1  GAA-GACTCCAGTCAGGGAGAAGGCATTTCAGAACTCAGGATCTCCTAAA  240
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTCCAGTCAGGGAGAAGGCA-TTCAGAACTCAGGATCTCCTAAA  248

seq1  ATCTCAAAACCAGAGTACTTTTGCCTCTCATAGGTGTGCAACTCTGAGGC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAAACCAGAGTACTTTTGCCTCTCATAGGTGTGCAACTCTGAGGC  298

seq1  CCCAGGCAAAGGGATTATTTCAGTGTACTTGTAAGGAACTTTAGACTCTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCAAAGGGATTATTTCAGTGTACTTGTAAGGAACTTTAGACTCTG  348

seq1  CATATCCAGACAATTACTAAAGCCTAAAAATTTCTTCTGTGGATAAAAGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCAGACAATTACTAAAGCCTAAAAATTTCTTCTGTGGATAAAAGT  398

seq1  GAAGCAGTTGTTCACAGATATTAGCAAATATGACCTGGATAGTTTGTTAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTTGTTCACAGATATTAGCAAATATGACCTGGATAGTTTGTTAA  448

seq1  ACCTTTCCAGGCCCATTCTCAGTATGTCTCTGGTAAGACCCAAGAATTAT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCAGGCCCATTCTCAGTATGTCTCTGGTAAGACCCAAGAATTAT  498

seq1  GTAAGACCCAAGAATTAGTGTTTTGAGCACATTTGTAGGGGATACTTCTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACCCAAGAATTAGTGTTTTGAGCACATTTGTAGGGGATACTTCTG  548

seq1  GTTTGATGTATGTGAAAATAACATGCAGGATGATATACCACTTGCTGTGC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGTATGTGAAAATAACATGCAGGATGATATACCACTTGCTGTGC  598

seq1  TATATGGATTTTCCCTTTCCTTATAACTTTCAATAGATCTTTCATAAAGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGATTTTCCCTTTCCTTATAACTTTCAATAGATCTTTCATAAAGA  648

seq1  CACCAGGGATGCATCTTTGTTAAAAGTGGAAGAGGTTCAACTTTCCCTCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGGATGCATCTTTGTTAAAAGTGGAAGAGGTTCAACTTTCCCTCT  698

seq1  TCCCCTCTCCCACCAAAGTGAAGTCTTCATTTCTGCCCTCCTTCCCTTGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTCCCACCAAAGTGAAGTCTTCATTTCTGCCCTCCTTCCCTTGC  748

seq1  TATCTCTCCAAAGGACTTCTTGTCTAATGAAGACTCTCAGTTAATCCACG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTCCAAAGGACTTCTTGTCTAATGAAGACTCTCAGTTAATCCACG  798

seq1  TTGTAAGAATTGGCACTCGGCTTACTATAAAAGAAAGTAGCAGATGCATT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGAATTGGCACTCGGCTTACTATAAAAGAAAGTAGCAGATGCATT  848

seq1  AAACTGTAATTTATTTTATACATGAAATTGGAGAAACTAATTTGGGTTCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTAATTTATTTTATACATGAAATTGGAGAAACTAATTTGGGTTCC  898

seq1  AGGATCATTAGAAGACCTGTGTAAGAATATCCTTCAGTCTATTAATATGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCATTAGAAGACCTGTGTAAGAATATCCTTCAGTCTATTAATATGT  948

seq1  TTTCTTAAAGAGGGATAAATGAATAAATGAGGGAATCCTATTTTCATGAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAAGAGGGATAAATGAATAAATGAGGGAATCCTATTTTCATGAG  998

seq1  CCACCCAACAGATGCCAAGAATAAACATAAAAGAATTC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAACAGATGCCAAGAATAAACATAAAAGAATTC  1036


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |