BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232E16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 148,790,344 - 148,894,304
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383571, B830045N13Rik, LOC100043240
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232E16.bB6Ng01-232E16.g
ACCGA044665GA044666
length1,1871,068
definitionB6Ng01-232E16.b B6Ng01-232E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,893,112 - 148,894,304)(148,790,344 - 148,791,396)
sequence
gaattcacaaggtcattcatataaagaaaacaattatacctctgagattt
tatcagtaaaggtagcttattggaacacatcacagctgttcatttgtaaa
gttttaagatgcctattaatttatctttacagaatttctctaaaataatt
tctgtttttaatctagcatacataagaccttaaatttaaactttggcacc
taaataaataaaaagagttttaaaatataaaggaagtctttctatattaa
caagtgtttttaaattttctattgaggaaaatggaggaagaaaacttgga
agtattacaaaagtttatgaatgttcgtaattgaaggatatataccttta
acgaaaggttgagtctgtacatgtaaaatgagtttgttaagaatatattt
taaaataatttttattctgcctagttcacacagacttttccagttttaca
tgaaacttacccataaaacaggaactgaataactttccaatggtgagact
ctactgagaaatatatgctatatgtgaaaattatgatcaattttagaggg
ataccttaaaattctaattttcttatgtcttgaatcagaagatctgtaga
aattatatatgaatcttaaaaaatgaaatttaaaggaaaaaccaaaatat
taagacacttaacttaattgacatttatgatgctcatgattatatattaa
gattatcaaatattcaaagtaagtatatgtatatacacatatgaataaaa
tgcatttattgatatatttgtatatatacatatatgtatgtgtgtatata
tacattcatataaacatatgcacaaatggcatatacacatatatatactt
gagaagttgaaaggcaccaagataatatcttttttacttaatttatttat
taattcactttacatctagttgtagccctagcttcttatagatttgcccc
tcacacagctcttccaccctcgcccttccccttcttctctgagatggggg
agcttcccttggttatcattttctcactggcacatcatgtcactgcagac
taggcacatctacactatgtcagaacagaaagtcctagtttgggacagat
tccatgtaagttaccgagtcatggacagccttgtgtttccagttttagga
ccatgataccagctgcaaatctgctacataattatga
gaattcaatcaaaacaaaagaaagacagaacaaattaaataccaattttg
tatgttgaaagaataatggagtggaatcaaatgctaatgttcaagtaagt
aaatttatagtcaaaattacactcctttgaaataatttgtagatgttgag
aattaataatttttgctcattcatattataatttaatgcagagaaatgta
atccataaaaaatgatcagctatgtgtatatactatattatatgagagaa
cttgttactggaaaatacttttagtatttagaaaatatgtaatatcatct
cataattggagggtccacactgaatgatgccaattcatatatctgcaaca
agattttaaaagcatactatcatttcttcaaagaatgtgtgttaaagaaa
tattagaactttgataatgaaacaaaatgaattgttatcctatatgacag
ctgtcaattaaagaaatggaagatgattttcttgcaaaattatgtggagg
tttctggctaatgtgaagattcttcacaaatagtccacagcttagtttat
acaccaggctatttaaattctgagcatccattaatcctcagtacttgaag
atctttggatcaaagtggcaaaagttcagatcttacagatgaacacatat
atgttaaacttctgagccataaggtaaccataaagttgaaaatagtccag
aaaatcaccaaacaaccctcatttctgataaaagattatgtataatctag
tgattcttcctatactgtcttgatatagtaagagaatactctatgcagtt
aaaataatggacagattatacacttcacaaagttttctatatgtttattt
tcttccttcttcttccctgtaaaagagttgtttaacaagaatcgatgtgt
gtgacaacttacatggtcccacttgattccctttatctatcattacactt
ctgagccatacaatgtagtggtagttgatacaggcttataagccaatgca
ttaaggcctttggggtttggataacctgcatgaataaatacctggtaggt
gaccacatacctgtaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_148893112_148894304
seq2: B6Ng01-232E16.b_46_1232 (reverse)

seq1  TCATA--TATGTAGCAGATTTGCAGCTTGGTATTCATGGGGTCCCCCTAA  48
      |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||      |||||
seq2  TCATAATTATGTAGCAGATTTGCAGC-TGGTA-TCATGG-----TCCTAA  43

seq1  AACTGG-AACAC-AGGCTGTCCATGACTCTGTTACTTTCCTGGGAATCCT  96
      |||||| ||||| |||||||||||||||| || |||| | | ||||| ||
seq2  AACTGGAAACACAAGGCTGTCCATGACTCGGTAACTTACAT-GGAAT-CT  91

seq1  GTTCCCCAACT-GGGCTCTCCTGTCTGACCTTAGTTGTAGATGTGCCTAG  145
      | |||| |||| || || ||   ||||| | ||| |||||||||||||||
seq2  G-TCCCAAACTAGGACTTTCTGTTCTGA-CATAG-TGTAGATGTGCCTAG  138

seq1  TCCTGCAGTGACATGATGTGCCAGTGAG-AAATGAT-ACCAAGGGAGCCT  193
      | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||
seq2  T-CTGCAGTGACATGATGTGCCAGTGAGAAAATGATAACCAAGGGAAGCT  187

seq1  CCCCCATCTCAGAGAAGAAGGGG-AGGGCGAGGGTGGAAGAGCTGTGTGA  242
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCTCAGAGAAGAAGGGGAAGGGCGAGGGTGGAAGAGCTGTGTGA  237

seq1  GGGGCAAATCTATAAGAAGCTAGGGCTACAAACTAGATGTAAAGTGAATT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAAATCTATAAGAAGCTAGGGCTAC-AACTAGATGTAAAGTGAATT  286

seq1  AATAAATAAATTAAGTAAAAAAGATATTATCTTGGTGCCTTTCAACTTCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATTAAGTAAAAAAGATATTATCTTGGTGCCTTTCAACTTCT  336

seq1  CAAGTATATATATGTGTATATGCCATTTGTGCATATGTTTATATGAATGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATATATATGTGTATATGCCATTTGTGCATATGTTTATATGAATGT  386

seq1  ATATATACACACATACATATATGTATATATACAAATATATCAATAAATGC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACACACATACATATATGTATATATACAAATATATCAATAAATGC  436

seq1  ATTTTATTCATATGTGTATATACATATACTTACTTTGAATATTTGATAAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTCATATGTGTATATACATATACTTACTTTGAATATTTGATAAT  486

seq1  CTTAATATATAATCATGAGCATCATAAATGTCAATTAAGTTAAGTGTCTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATATAATCATGAGCATCATAAATGTCAATTAAGTTAAGTGTCTT  536

seq1  AATATTTTGGTTTTTCCTTTAAATTTCATTTTTTAAGATTCATATATAAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTGGTTTTTCCTTTAAATTTCATTTTTTAAGATTCATATATAAT  586

seq1  TTCTACAGATCTTCTGATTCAAGACATAAGAAAATTAGAATTTTAAGGTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAGATCTTCTGATTCAAGACATAAGAAAATTAGAATTTTAAGGTA  636

seq1  TCCCTCTAAAATTGATCATAATTTTCACATATAGCATATATTTCTCAGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTAAAATTGATCATAATTTTCACATATAGCATATATTTCTCAGTA  686

seq1  GAGTCTCACCATTGGAAAGTTATTCAGTTCCTGTTTTATGGGTAAGTTTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCACCATTGGAAAGTTATTCAGTTCCTGTTTTATGGGTAAGTTTC  736

seq1  ATGTAAAACTGGAAAAGTCTGTGTGAACTAGGCAGAATAAAAATTATTTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAACTGGAAAAGTCTGTGTGAACTAGGCAGAATAAAAATTATTTT  786

seq1  AAAATATATTCTTAACAAACTCATTTTACATGTACAGACTCAACCTTTCG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATTCTTAACAAACTCATTTTACATGTACAGACTCAACCTTTCG  836

seq1  TTAAAGGTATATATCCTTCAATTACGAACATTCATAAACTTTTGTAATAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTATATATCCTTCAATTACGAACATTCATAAACTTTTGTAATAC  886

seq1  TTCCAAGTTTTCTTCCTCCATTTTCCTCAATAGAAAATTTAAAAACACTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGTTTTCTTCCTCCATTTTCCTCAATAGAAAATTTAAAAACACTT  936

seq1  GTTAATATAGAAAGACTTCCTTTATATTTTAAAACTCTTTTTATTTATTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATATAGAAAGACTTCCTTTATATTTTAAAACTCTTTTTATTTATTT  986

seq1  AGGTGCCAAAGTTTAAATTTAAGGTCTTATGTATGCTAGATTAAAAACAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCAAAGTTTAAATTTAAGGTCTTATGTATGCTAGATTAAAAACAG  1036

seq1  AAATTATTTTAGAGAAATTCTGTAAAGATAAATTAATAGGCATCTTAAAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTTAGAGAAATTCTGTAAAGATAAATTAATAGGCATCTTAAAA  1086

seq1  CTTTACAAATGAACAGCTGTGATGTGTTCCAATAAGCTACCTTTACTGAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAAATGAACAGCTGTGATGTGTTCCAATAAGCTACCTTTACTGAT  1136

seq1  AAAATCTCAGAGGTATAATTGTTTTCTTTATATGAATGACCTTGTGAATT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCAGAGGTATAATTGTTTTCTTTATATGAATGACCTTGTGAATT  1186

seq1  C  1193
      |
seq2  C  1187

seq1: chr1_148790344_148791396
seq2: B6Ng01-232E16.g_70_1137

seq1  GAATTCAATCAAAACAAAAGAAAGACAGAACAAATTAAATACCAATTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCAAAACAAAAGAAAGACAGAACAAATTAAATACCAATTTTG  50

seq1  TATGTTGAAAGAATAATGGAGTGGAATCAAATGCTAATGTTCAAGTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGAAAGAATAATGGAGTGGAATCAAATGCTAATGTTCAAGTAAGT  100

seq1  AAATTTATAGTCAAAATTACACTCCTTTGAAATAATTTGTAGATGTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATAGTCAAAATTACACTCCTTTGAAATAATTTGTAGATGTTGAG  150

seq1  AATTAATAATTTTTGCTCATTCATATTATAATTTAATGCAGAGAAATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATAATTTTTGCTCATTCATATTATAATTTAATGCAGAGAAATGTA  200

seq1  ATCCATAAAAAATGATCAGCTATGTGTATATACTATATTATATGAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAAAAAATGATCAGCTATGTGTATATACTATATTATATGAGAGAA  250

seq1  CTTGTTACTGGAAAATACTTTTAGTATTTAGAAAATATGTAATATCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTACTGGAAAATACTTTTAGTATTTAGAAAATATGTAATATCATCT  300

seq1  CATAATTGGAGGGTCCACACTGAATGATGCCAATTCATATATCTGCAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTGGAGGGTCCACACTGAATGATGCCAATTCATATATCTGCAACA  350

seq1  AGATTTTAAAAGCATACTATCATTTCTTCAAAGAATGTGTGTTAAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAAAAGCATACTATCATTTCTTCAAAGAATGTGTGTTAAAGAAA  400

seq1  TATTAGAACTTTGATAATGAAACAAAATGAATTGTTATCCTATATGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAACTTTGATAATGAAACAAAATGAATTGTTATCCTATATGACAG  450

seq1  CTGTCAATTAAAGAAATGGAAGATGATTTTCTTGCAAAATTATGTGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAATTAAAGAAATGGAAGATGATTTTCTTGCAAAATTATGTGGAGG  500

seq1  TTTCTGGCTAATGTGAAGATTCTTCACAAATAGTCCACAGCTTAGTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCTAATGTGAAGATTCTTCACAAATAGTCCACAGCTTAGTTTAT  550

seq1  ACACCAGGCTATTTAAATTCTGAGCATCCATTAATCCTCAGTACTTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGCTATTTAAATTCTGAGCATCCATTAATCCTCAGTACTTGAAG  600

seq1  ATCTTTGGATCAAAGTGGCAAAAGTTCAGATCTTACAGATGAACACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGATCAAAGTGGCAAAAGTTCAGATCTTACAGATGAACACATAT  650

seq1  ATGTTAAACTTCTGAGCCATAAGGTAACCATAAAGTTGAAAATAGTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAACTTCTGAGCCATAAGGTAACCATAAAGTTGAAAATAGTCCAG  700

seq1  AAAATCACCAAACAACCCTCATTTCTGATAAAAGATTATGTATAATCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCACCAAACAACCCTCATTTCTGATAAAAGATTATGTATAATCTAG  750

seq1  TGATTC-TCCTATACTGTCTTGATATAGTAAGAGAATACTCTATGCAGTT  799
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTCCTATACTGTCTTGATATAGTAAGAGAATACTCTATGCAGTT  800

seq1  AAAATAATGGACAGATTATACACTTCACAAAGTTTTCTATATGTTTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGGACAGATTATACACTTCACAAAGTTTTCTATATGTTTATTT  850

seq1  TCTT-CTTC-TCTT-CCTGTAAAAAGAG-TGTTTAACAAGAAACGATGTG  895
      |||| |||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TCTTCCTTCTTCTTCCCTGT-AAAAGAGTTGTTTAACAAGAATCGATGTG  899

seq1  TGTGACAACTTACATGGT-CCAC-TGATTCCCTTTATCTATCATTACACT  943
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGACAACTTACATGGTCCCACTTGATTCCCTTTATCTATCATTACAC-  948

seq1  TTCTGAGCCATACAATGTAGT-GTAGTTGATTACAGGCTTATAAAGC-AT  991
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | ||
seq2  TTCTGAGCCATACAATGTAGTGGTAGTTGA-TACAGGCTTATAAGCCAAT  997

seq1  GCA-TAAGG-CTTTGGG--TTTGAT-ACCTGCATG-ATATATA-CTGGTA  1034
      ||| ||||| |||||||  || ||| ||||||||| ||| ||| ||||||
seq2  GCATTAAGGCCTTTGGGGTTTGGATAACCTGCATGAATAAATACCTGGTA  1047

seq1  -GTGA-CACATACCTGTAATT  1053
       |||| |||||||||||||||
seq2  GGTGACCACATACCTGTAATT  1068