BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232F13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 17,714,383 - 17,819,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrispld1
Upstream geneLOC100040056, LOC665496, EG545306, Jph1, Gdap1, LOC383495, Rbm6-ps1, Ppia-ps1_125.1, Pi15
Downstream geneLOC665564, LOC100040126, Crisp4, EG574082, EG654460, Defb17, LOC383499
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232F13.bB6Ng01-232F13.g
ACCGA044707GA044708
length1,1951,137
definitionB6Ng01-232F13.b B6Ng01-232F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,818,673 - 17,819,858)(17,714,383 - 17,715,526)
sequence
gaattccatgcagttttcaactttgagttgttgagtgtttttactgtctt
cagaaaaatgttgttctcctctgcccagtgttgtcttctgattcccatct
gtgtttgtagattttgtatgcaaggttttaggtctgagtgtgctcaaact
aacaaaacaagtttgatatcaaattagttatcaacttttctgacattatg
ttcactttctcatagttttcccttgacctgagttttatattctctctcta
atccactgtaaatctcagagaaacattttgatgtttcatgcccacaatga
ctgtcatgaaatatgcaacatctgtttattcttttattttgtacaaaaag
gtcaaaacttttcatatacatattcatgtttttacatatgtacataattc
tctactgttttaaaagataacatgtctgtagtagattataatgacatttt
tatatctatctgtactgtccagtcattttgcatcactgagaataataatg
ttttcctaagggttcagacctatagtctggatgattctgaaggagaactt
cagactcagtaaataagtgaagagaggtgttccatgtgaattataagttg
tttatttttattaaaataaaaaccaatccaaatagtttacatggagcttt
ccactacacaaatgttccctacacatctcagaagacatgggagtgtcaag
ttggcaaaggaatagccagttgaattattctagctcagaaatagtcttgg
agccaaacttttctatatggtgactcctgagaaattttctgttagatcca
gcagataaggctctgtttccctttatgacaatatgttacaaggcatgact
ttagctcatcaacattctacaactgtaagagaatttgaagaaatctgaaa
tttacaaaagggtttcatagacaaataaatgtgagaaatttgatgggaaa
gaaaaatttaagcatcatttaacttgcaagattcagtgtgctaaaataag
catacagtgttagagcaaatattcttgggtttcaacttaagtttaaacag
atccaataaacttgtgtgtgccaggatcttgtttatgttttgtatggaga
agactgtagttaactgctctccaacagccctggatgcttgcatactccct
aaacagaacctttccgttgcaatctgagcccagtcacagagtcaa
gaattcctgaaggtaatgcatgagcagcacccagactgcaaaataacaac
agtgtctcattcaaatctaaaatcaggttaatttcccccctagacctcaa
gacacactaaaagagttaccaacatataacgtgaatgcggatctgaatag
ttacagtgctactaacctaacccaagcatcataataaagctggtcttgac
aatggaatttatttctgtaccttagttatgaaatcgtgaaggtgactcta
tatgaagggccttcttcacatgagagcacaaatctaccctgtatggaaca
aagacatgattggaaaatggctagcagtacaggtgaaacataatatagca
gtgttttcttcatgactttgggataggcaagtatttctcctgcagggtcc
agggctggtaaaatggctcaggaattaagaattggtgctgctgttggagc
gaacctgcgtttgcctctcaacactgacttggtggctcatgacctcctgt
aattcctactccagagcactggttgccctctctgtatatacacacaaaca
ttcaggcacttacaccatatgtacattaaaggcttccctggataccaggc
atcatataatgtcatatacagatatatgcaggcactgacatttacacaga
agaggaaaataagtaagcctttaaaataaattaatacattgacacaagtt
ctatttattaaagtactaaacacaggaaatgtagcattacacatctccag
gagaagagatgtaaagatgtcttgatagaggttatagagagaagatgtga
ggttatggcagtatggagtaactgtcacctctacaacatgtactcacttg
gaaattcagaggtaggttagcatacattttaaaggtagttccttactttc
cacatacatggataattacagcatgcggaatagaatactagcaaaagaaa
atcattctttgcaagaaacatgtcaattccagtgcttaggctacaagtag
ctaatactcaagccaagccagtgtgcttaacatccattttgttatcttcc
atacaaggaaatggagtgatgttcagaacaggagaacagacactattatt
ctttgttcaacagtaaagagttcatccttaagtctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_17818673_17819858
seq2: B6Ng01-232F13.b_47_1241 (reverse)

seq1  TTGACTCTGTGACTTGGCTTCCAGATTGGAAAGGAAAAGTGTCTGTTTGG  50
      |||||||||||||| ||||  ||||||| || ||||| || ||||||| |
seq2  TTGACTCTGTGACTGGGCT--CAGATTGCAACGGAAAGGT-TCTGTTTAG  47

seq1  GGAGTATGCAGGCA-CCA-GGCTGTTGG-GAGCAATTTAACTACAGTCTT  97
      |||||||||| ||| ||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||
seq2  GGAGTATGCAAGCATCCAGGGCTGTTGGAGAGC-AGTTAACTACAGTCTT  96

seq1  CCTCATAC-AAACATAA--CAGATCTTGGCACACACAAGTTTATTGGATT  144
      |  ||||| ||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCCATACAAAACATAAACAAGATCCTGGCACACACAAGTTTATTGGA-T  145

seq1  CTG-TTAAACTTAAGTTGAAA-CCAAGATATTTTGCTCT-ACACTGTATG  191
      ||| ||||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||||||
seq2  CTGTTTAAACTTAAGTTGAAACCCAAGAATATTTGCTCTAACACTGTATG  195

seq1  CTTATTTTAG--CACTGAATCTTGCAAGTTAAATGATGCTTTAATTTTTC  239
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTATTTTAGCACACTGAATCTTGCAAGTTAAATGATGCTTAAATTTTTC  245

seq1  TTT-CCATC-AATTTCTCACATTTATTTGTCTATGAAACCC-TTTGTAAA  286
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTCCCATCAAATTTCTCACATTTATTTGTCTATGAAACCCTTTTGTAAA  295

seq1  TTTCAGATTTCTTCAAATTCTCTTACAGTTGTAGAATGTTGATGAGCTAA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATTTCTTCAAATTCTCTTACAGTTGTAGAATGTTGATGAGCTAA  345

seq1  AGTCATGCCTTGTAACATATTGTCATAAAGGGAAACAGAGCCTTATCTGC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGCCTTGTAACATATTGTCATAAAGGGAAACAGAGCCTTATCTGC  395

seq1  TGGATCTAACAGAAAATTTCTCAGGAGTCACCATATAGAAAAGTTTGGCT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTAACAGAAAATTTCTCAGGAGTCACCATATAGAAAAGTTTGGCT  445

seq1  CCAAGACTATTTCTGAGCTAGAATAATTCAACTGGCTATTCCTTTGCCAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACTATTTCTGAGCTAGAATAATTCAACTGGCTATTCCTTTGCCAA  495

seq1  CTTGACACTCCCATGTCTTCTGAGATGTGTAGGGAACATTTGTGTAGTGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACACTCCCATGTCTTCTGAGATGTGTAGGGAACATTTGTGTAGTGG  545

seq1  AAAGCTCCATGTAAACTATTTGGATTGGTTTTTATTTTAATAAAAATAAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCCATGTAAACTATTTGGATTGGTTTTTATTTTAATAAAAATAAA  595

seq1  CAACTTATAATTCACATGGAACACCTCTCTTCACTTATTTACTGAGTCTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTATAATTCACATGGAACACCTCTCTTCACTTATTTACTGAGTCTG  645

seq1  AAGTTCTCCTTCAGAATCATCCAGACTATAGGTCTGAACCCTTAGGAAAA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTCCTTCAGAATCATCCAGACTATAGGTCTGAACCCTTAGGAAAA  695

seq1  CATTATTATTCTCAGTGATGCAAAATGACTGGACAGTACAGATAGATATA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTATTCTCAGTGATGCAAAATGACTGGACAGTACAGATAGATATA  745

seq1  AAAATGTCATTATAATCTACTACAGACATGTTATCTTTTAAAACAGTAGA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCATTATAATCTACTACAGACATGTTATCTTTTAAAACAGTAGA  795

seq1  GAATTATGTACATATGTAAAAACATGAATATGTATATGAAAAGTTTTGAC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATGTACATATGTAAAAACATGAATATGTATATGAAAAGTTTTGAC  845

seq1  CTTTTTGTACAAAATAAAAGAATAAACAGATGTTGCATATTTCATGACAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGTACAAAATAAAAGAATAAACAGATGTTGCATATTTCATGACAG  895

seq1  TCATTGTGGGCATGAAACATCAAAATGTTTCTCTGAGATTTACAGTGGAT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGGGCATGAAACATCAAAATGTTTCTCTGAGATTTACAGTGGAT  945

seq1  TAGAGAGAGAATATAAAACTCAGGTCAAGGGAAAACTATGAGAAAGTGAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGAGAATATAAAACTCAGGTCAAGGGAAAACTATGAGAAAGTGAA  995

seq1  CATAATGTCAGAAAAGTTGATAACTAATTTGATATCAAACTTGTTTTGTT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGTCAGAAAAGTTGATAACTAATTTGATATCAAACTTGTTTTGTT  1045

seq1  AGTTTGAGCACACTCAGACCTAAAACCTTGCATACAAAATCTACAAACAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGCACACTCAGACCTAAAACCTTGCATACAAAATCTACAAACAC  1095

seq1  AGATGGGAATCAGAAGACAACACTGGGCAGAGGAGAACAACATTTTTCTG  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGAATCAGAAGACAACACTGGGCAGAGGAGAACAACATTTTTCTG  1145

seq1  AAGACAGTAAAAACACTCAACAACTCAAAGTTGAAAACTGCATGGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTAAAAACACTCAACAACTCAAAGTTGAAAACTGCATGGAATTC  1195

seq1: chr1_17714383_17715526
seq2: B6Ng01-232F13.g_68_1204

seq1  GAATTCCTGAAGGTAATGCATGAGCAGCACCCAGACTGCAAAATAACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAAGGTAATGCATGAGCAGCACCCAGACTGCAAAATAACAAC  50

seq1  AGTGTCTCATTCAAATCTAAAATCAGGTTAATTTCCCCCCTAGACCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCATTCAAATCTAAAATCAGGTTAATTTCCCCCCTAGACCTCAA  100

seq1  GACACACTAAAAGAGTTACCAACATATAACGTGAATGCGGATCTGAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTAAAAGAGTTACCAACATATAACGTGAATGCGGATCTGAATAG  150

seq1  TTACAGTGCTACTAACCTAACCCAAGCATCATAATAAAGCTGGTCTTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTGCTACTAACCTAACCCAAGCATCATAATAAAGCTGGTCTTGAC  200

seq1  AATGGAATTTATTTCTGTACCTTAGTTATGAAATCGTGAAGGTGACTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAATTTATTTCTGTACCTTAGTTATGAAATCGTGAAGGTGACTCTA  250

seq1  TATGAAGGGCCTTCTTCACATGAGAGCACAAATCTACCCTGTATGGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGGGCCTTCTTCACATGAGAGCACAAATCTACCCTGTATGGAACA  300

seq1  AAGACATGATTGGAAAATGGCTAGCAGTACAGGTGAAACATAATATAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGATTGGAAAATGGCTAGCAGTACAGGTGAAACATAATATAGCA  350

seq1  GTGTTTTCTTCATGACTTTGGGATAGGCAAGTATTTCTCCTGCAGGGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCTTCATGACTTTGGGATAGGCAAGTATTTCTCCTGCAGGGTCC  400

seq1  AGGGCTGGTAAAATGGCTCAGGAATTAAGAATTGGTGCTGCTGTTGGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGGTAAAATGGCTCAGGAATTAAGAATTGGTGCTGCTGTTGGAGC  450

seq1  GAACCTGCGTTTGCCTCTCAACACTGACTTGGTGGCTCATGACCTCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGCGTTTGCCTCTCAACACTGACTTGGTGGCTCATGACCTCCTGT  500

seq1  AATTCCTACTCCAGAGCACTGGTTGCCCTCTCTGTATATACACACAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTACTCCAGAGCACTGGTTGCCCTCTCTGTATATACACACAAACA  550

seq1  TTCAGGCACTTACACCATATGTACATTAAAGGCTTCCCTGGATACCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCACTTACACCATATGTACATTAAAGGCTTCCCTGGATACCAGGC  600

seq1  ATCATATAATGTAATATACAGATATATGCAGGCACTGACATTTACACAGA  650
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATAATGTCATATACAGATATATGCAGGCACTGACATTTACACAGA  650

seq1  AGAGGAAAATAAGTAAGCCTTTAAAATAAATTAATACATTGACACAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAATAAGTAAGCCTTTAAAATAAATTAATACATTGACACAAGTT  700

seq1  CTATTTATTAAAGTACTAAACACAGGAAATGTAGCATTACACATCTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATTAAAGTACTAAACACAGGAAATGTAGCATTACACATCTCCAG  750

seq1  GAGAAGAGATGTAAAGATGTCTTGATAGAGGTTATAGAGAGAAGATGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGATGTAAAGATGTCTTGATAGAGGTTATAGAGAGAAGATGTGA  800

seq1  GGTTATGGCAGTATGGAGTAACTGTCACCTCTACAACATGTACTCACTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGGCAGTATGGAGTAACTGTCACCTCTACAACATGTACTCACTTG  850

seq1  GAAATTCAGAGGTAGGTTAGCATACATTTT-AAGGTAGTTCCTTACTTTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAGAGGTAGGTTAGCATACATTTTAAAGGTAGTTCCTTACTTTC  900

seq1  CACATACATGGATAATTACAGCATGCGGAATAGAATACTAGCAAAAGAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATGGATAATTACAGCATGCGGAATAGAATACTAGCAAAAGAAA  950

seq1  ATCA-TCTTTGC-AGAAACATGTCAATTCCAGTGCTTTAGGCTACAAGTA  997
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCATTCTTTGCAAGAAACATGTCAATTCCAGTGC-TTAGGCTACAAGTA  999

seq1  GCTAATACTCAAGCCAAGCCAGTGTGGCTTAAACATCCA-TTTGTTATCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||
seq2  GCTAATACTCAAGCCAAGCCAGTGT-GCTT-AACATCCATTTTGTTATCT  1047

seq1  CCCATAACAAGAAAATGGAGTGATTGGTCAGGAACAGGGAGGAACAGACA  1096
       |||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||||   |||||||||
seq2  TCCAT-ACAAGGAAATGGAGTGA-TGTTCA-GAACAGG--AGAACAGACA  1092

seq1  CTATTTATTCTTTTGTTCAACAGGTAAAGAGGTCATTCTTTAGTCTGT  1144
      ||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||
seq2  CTA-TTATTC-TTTGTTCAACA-GTAAAGAGTTCATCCTTAAGTCTGT  1137