BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232G22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 110,615,491 - 110,769,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG626474
Upstream geneLOC435640
Downstream geneEG666508
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232G22.bB6Ng01-232G22.g
ACCGA044773GA044774
length1,1721,126
definitionB6Ng01-232G22.b B6Ng01-232G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,615,491 - 110,616,663)(110,768,841 - 110,769,978)
sequence
gaattcctgtcttgaggcgttctgggccctcatttcccctcatgatatac
tgtaagctgtaagatgaaatgaccatgttcccctctaaagttgttttgga
cgtagtgttaaacacagaaatagaaatgaactaagacaatgggagaatca
gtagcagttccagcactgtaaataattgaccccatcatgattgaggattc
ataaatgctgcatcatggaaacatctcaccactcaagagtctctctagac
acctgttacttcctacatagccttgagccaaagccttgtgaatcttagaa
ttttcatgagctccttgtgccttggaagatccataatcctttcaaatcat
atgagatttggctttctccagaaaagcatattaaaattaggatgaaatag
ctacacaacaggcacgcatggttcaagtgaataatacacccatcaggact
tttctgttagctatagtgttgtcccattttcttgttttatgtatgataca
tatagtaatgtgcttgaaaagtgctcattcattttctggatactgaatca
gtaataggaatttcacaatcacatttacacataaataggcatgtacctta
gcacatttataaatcaaatataaatattttatcatgctgtcaccatgcta
attttcatggaatattaacctcagaaataagctgtaatttttaaagtcca
aaagtgagctgagaacttttctatagcctgcttacttatataagtaagaa
ccagacagcatagaaagtttctatacacataatactcggagaagcaggaa
ccttattctgagttacttataggaacatacctaagatatctgcatcactg
tagtttcctccataaagttcaaaaatctctgccaaaaggaatgctctcct
atagtaaccatgtcttttcttacaaagtccaatttagggcctcatgtgtg
gtgagttgtttgaatatctctcctcctccaagattggtgtttcaatctgg
gaatgcctctcaacagagaaatggatatagaaaatgtggtacattacaca
tggaagtactactcagcttataaaaaagaatgaatttatgaatttctagg
caaatggatgggactctggagggcatcatcctgagtgagtaaaccaattc
acaaaagactcaccaatatgta

gaattctagggatacataatattaaacagtaacaaagtataaattataaa
ataaaatacaaagtataaattatataaataatttctgtttataaataatg
tcttctttctgtttttgtttctattaattgtattaatacattgacattgg
ctttcactatataccattagtcttcactttgtatatgatcaaaatttgta
aattttattagaatgttttcataaatatctcaaatttttgtagaagagat
aatatatgagcaattaaaacaatactgaagatatcttctataaaacttta
agtatgtttcctgcataatctttcatgactttcatagtcatgttccaact
gaatagccattactgtttagttttgccattaaataggatacaacatattt
tagtaatttagagaatacaaaattatctaattgatctaaaatttgggtca
caaaattatttcaataattgatttctcctattattttttctaaatttact
tatctatttttcatttaatatcattggcatatagctaacttcatatctgt
agggcacttgctattacatttttaattaaattttatgtgaatgttggtga
gtctgtaaaagtgtaaatattaggattatggagtacatggaagcataaat
gtcaaaaaaggaagtcagtcacagagaataagacccttgtactttgaagc
ctttaaaaccacttctctgtaaatagattcaggagtcctgaaagcaaagc
agtatagtctgatgagagccccctactggaatcatgagaactttgcttgg
taaaccttgagacttgagtcttttcttcccttttattaaattatttattt
atttatttaggcaaggtaaagttgcactttatttttcatatacagatatt
tatatacctttataaaatgtagtacaaatattatttataataaccttttt
tccatatcatacaaatcatgttgcatatataaaatcaaatatgtgtacat
gtatgtacaatcaaacacataattctcaatcaacattgcacatgttagag
ttagagggagataatggagtagtatccataaactggtcttaatgaaacat
taaatactacatacggataatctaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_110615491_110616663
seq2: B6Ng01-232G22.b_47_1218

seq1  GAATTCCTGTCTTGAGGCGTTCTGGGCCCTCATTTCCCCTCATGATATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCTTGAGGCGTTCTGGGCCCTCATTTCCCCTCATGATATAC  50

seq1  TGTAAGCTGTAAGATGAAATGACCATGTTCCCCTCTAAAGTTGTTTTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCTGTAAGATGAAATGACCATGTTCCCCTCTAAAGTTGTTTTGGA  100

seq1  CGTAGTGTTAAACACAGAAATAGAAATGAACTAAGACAATGGGAGAATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTGTTAAACACAGAAATAGAAATGAACTAAGACAATGGGAGAATCA  150

seq1  GTAGCAGTTCCAGCACTGTAAATAATTGACCCCATCATGATTGAGGATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGTTCCAGCACTGTAAATAATTGACCCCATCATGATTGAGGATTC  200

seq1  ATAAATGCTGCATCATGGAAACATCTCACCACTCAAGAGTCTCTCTAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTGCATCATGGAAACATCTCACCACTCAAGAGTCTCTCTAGAC  250

seq1  ACCTGTTACTTCCTACATAGCCTTGAGCCAAAGCCTTGTGAATCTTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTACTTCCTACATAGCCTTGAGCCAAAGCCTTGTGAATCTTAGAA  300

seq1  TTTTCATGAGCTCCTTGTGCCTTGGAAGATCCATAATCCTTTCAAATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGAGCTCCTTGTGCCTTGGAAGATCCATAATCCTTTCAAATCAT  350

seq1  ATGAGATTTGGCTTTCTCCAGAAAAGCATATTAAAATTAGGATGAAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTTGGCTTTCTCCAGAAAAGCATATTAAAATTAGGATGAAATAG  400

seq1  CTACACAACAGGCACGCATGGTTCAAGTGAATAATACACCCATCAGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAACAGGCACGCATGGTTCAAGTGAATAATACACCCATCAGGACT  450

seq1  TTTCTGTTAGCTATAGTGTTGTCCCATTTTCTTGTTTTATGTATGATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTAGCTATAGTGTTGTCCCATTTTCTTGTTTTATGTATGATACA  500

seq1  TATAGTAATGTGCTTGAAAAGTGCTCATTCATTTTCTGGATACTGAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAATGTGCTTGAAAAGTGCTCATTCATTTTCTGGATACTGAATCA  550

seq1  GTAATAGGAATTTCACAATCACATTTACACATAAATAGGCATGTACCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGGAATTTCACAATCACATTTACACATAAATAGGCATGTACCTTA  600

seq1  GCACATTTATAAATCAAATATAAATATTTTATCATGCTGTCACCATGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTTATAAATCAAATATAAATATTTTATCATGCTGTCACCATGCTA  650

seq1  ATTTTCATGGAATATTAACCTCAGAAATAAGCTGTAATTTTTAAAGTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATGGAATATTAACCTCAGAAATAAGCTGTAATTTTTAAAGTCCA  700

seq1  AAAGTGAGCTGAGAACTTTTCTATAGCCTGCTTACTTATATAAGTAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAGCTGAGAACTTTTCTATAGCCTGCTTACTTATATAAGTAAGAA  750

seq1  CCAGACAGCATAGAAAGTTTCTATACACATAATACTCGGAGAAGCAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAGCATAGAAAGTTTCTATACACATAATACTCGGAGAAGCAGGAA  800

seq1  CCTTATTCTGAGTTACTTATAGGAACATACCTAAGATATCTGCATCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTCTGAGTTACTTATAGGAACATACCTAAGATATCTGCATCACTG  850

seq1  TAGTTTCCTCCATAAAGTTCAAAAATCTCTGCCAAAAGGAATGCTCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCTCCATAAAGTTCAAAAATCTCTGCCAAAAGGAATGCTCTCCT  900

seq1  ATAGTAACCATGTC-TTTCTTACAAAGTCCAATTTAGGGCCTCATGTGTG  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAACCATGTCTTTTCTTACAAAGTCCAATTTAGGGCCTCATGTGTG  950

seq1  GTGAGTTGTTTGAATATCTCTCCTCCTCCAAGATTGGGTGTTTCAATCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGAGTTGTTTGAATATCTCTCCTCCTCCAAGATT-GGTGTTTCAATCTG  999

seq1  GGAATGCCCCTCAACAGAGAAATGGATATAGAAAATGTGGTACATTTACA  1049
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGAATGCCTCTCAACAGAGAAATGGATATAGAAAATGTGGTACA-TTACA  1048

seq1  CAATGGAGTACTACTCAGC-TATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCT  1098
      ||  | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||
seq2  CATGGAAGTACTACTCAGCTTATAAAAAAGAATGAATTTATG-AATTTCT  1097

seq1  AGGCAAATGGAT-GGAC-CTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACCCA  1146
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |
seq2  AGGCAAATGGATGGGACTCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGTAAACCAA  1147

seq1  ATCACAAAAGAACTCACACAATATGTA  1173
       ||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TTCACAAAAG-ACTCAC-CAATATGTA  1172


seq1: chr1_110768841_110769978
seq2: B6Ng01-232G22.g_67_1192 (reverse)

seq1  CTTAGAATTATCCTGTATGTAGTATTTTATGTTTTCATTAAGA-CAGTTT  49
      ||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||
seq2  CTTAG-ATTATCC-GTATGTAGTATTTAATG-TTTCATTAAGACCAGTTT  47

seq1  ATGGATTACTACTCATTTAATTCTCCTCTTAACTCTAAACAATGTGCAAT  99
      ||||| ||||||||  |||  |||||   |||||||||   |||||||||
seq2  ATGGA-TACTACTCCATTA--TCTCCCTCTAACTCTAA--CATGTGCAAT  92

seq1  GTTGATTTGAGGAATTATGTGTTTGATTTGTACATACATGTACACATATT  149
      ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  GTTGA-TTGA-GAATTATGTGTTTGA-TTGTACATACATGTACACATA-T  138

seq1  TTGATTTTTATATATGCAACATGATTTGTATGATATGGAAAAAAGGTTAT  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGA-TTTTATATATGCAACATGATTTGTATGATATGGAAAAAAGGTTAT  187

seq1  TATAAATAAATATTTGTACTACATTTTATAAAGGTATATAAATATCTGTA  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAT-AATATTTGTACTACATTTTATAAAGGTATATAAATATCTGTA  236

seq1  TATGAAAAATAAAGTGCAACTTTACCTTGCCTAAATAAATAAATAAATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAATAAAGTGCAACTTTACCTTGCCTAAATAAATAAATAAATAA  286

seq1  TTTAATAAAA-GGAAGAAAAGACTCAAGTCTCAAGGTTTACCAAGCAAAG  348
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAAAAGGGAAGAAAAGACTCAAGTCTCAAGGTTTACCAAGCAAAG  336

seq1  TTCTCATGATTCCAGTAGGGGGCTCTCATCAGACTATACTGCTTTGCTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATGATTCCAGTAGGGGGCTCTCATCAGACTATACTGCTTTGCTTT  386

seq1  CAGGACTCCTGAATCTATTTACAGAGAAGTGGTTTTAAAGGCTTCAAAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTCCTGAATCTATTTACAGAGAAGTGGTTTTAAAGGCTTCAAAGT  436

seq1  ACAAGGGTCTTATTCTCTGTGACTGACTTCCTTTTTTGACATTTATGCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGTCTTATTCTCTGTGACTGACTTCCTTTTTTGACATTTATGCTT  486

seq1  CCATGTACTCCATAATCCTAATATTTACACTTTTACAGACTCACCAACAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTACTCCATAATCCTAATATTTACACTTTTACAGACTCACCAACAT  536

seq1  TCACATAAAATTTAATTAAAAATGTAATAGCAAGTGCCCTACAGATATGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAAATTTAATTAAAAATGTAATAGCAAGTGCCCTACAGATATGA  586

seq1  AGTTAGCTATATGCCAATGATATTAAATGAAAAATAGATAAGTAAATTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCTATATGCCAATGATATTAAATGAAAAATAGATAAGTAAATTTA  636

seq1  GAAAAAATAATAGGAGAAATCAATTATTGAAATAATTTTGTGACCCAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATAATAGGAGAAATCAATTATTGAAATAATTTTGTGACCCAAAT  686

seq1  TTTAGATCAATTAGATAATTTTGTATTCTCTAAATTACTAAAATATGTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATCAATTAGATAATTTTGTATTCTCTAAATTACTAAAATATGTTG  736

seq1  TATCCTATTTAATGGCAAAACTAAACAGTAATGGCTATTCAGTTGGAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTATTTAATGGCAAAACTAAACAGTAATGGCTATTCAGTTGGAACA  786

seq1  TGACTATGAAAGTCATGAAAGATTATGCAGGAAACATACTTAAAGTTTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGAAAGTCATGAAAGATTATGCAGGAAACATACTTAAAGTTTTA  836

seq1  TAGAAGATATCTTCAGTATTGTTTTAATTGCTCATATATTATCTCTTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGATATCTTCAGTATTGTTTTAATTGCTCATATATTATCTCTTCTA  886

seq1  CAAAAATTTGAGATATTTATGAAAACATTCTAATAAAATTTACAAATTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATTTGAGATATTTATGAAAACATTCTAATAAAATTTACAAATTTT  936

seq1  GATCATATACAAAGTGAAGACTAATGGTATATAGTGAAAGCCAATGTCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATATACAAAGTGAAGACTAATGGTATATAGTGAAAGCCAATGTCAA  986

seq1  TGTATTAATACAATTAATAGAAACAAAAACAGAAAGAAGACATTATTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAATACAATTAATAGAAACAAAAACAGAAAGAAGACATTATTTAT  1036

seq1  AAACAGAAATTATTTATATAATTTATACTTTGTATTTTATTTTATAATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAATTATTTATATAATTTATACTTTGTATTTTATTTTATAATTT  1086

seq1  ATACTTTGTTACTGTTTAATATTATGTATCCCTAGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTGTTACTGTTTAATATTATGTATCCCTAGAATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |