BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234I06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,563,719 - 187,724,258
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC677785
Upstream geneMosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Downstream geneLyplal1, Tgfb2, Rrp15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234I06.bB6Ng01-234I06.g
ACCGA046260GA046261
length1,1101,131
definitionB6Ng01-234I06.b B6Ng01-234I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,563,719 - 187,564,826)(187,723,128 - 187,724,258)
sequence
gaattcttgttcctggaaccaccacaataactctaactcactaacactct
tgtttcctgcttgtaatcacagaatcataagagatgggtaaggtgaagac
tggagaggtgactgcaggtaagacacttgcaaaaaagcatgaagaccatg
aaaaatgccacgtggggtagatatgcctggaatgccagcattcaggaggc
tgggggtaggatggctgtgaattagagactagcccccaatacataataag
agcctgtctcaaaagccagaaaaaagaaagtctggtgagttgcaatctat
agttctgcatatattttatttaggtacatattatctattggccaagtaac
tgtgtttgaaattatccagtgctctgattctaagaaaataaatgttggtt
cttagagagatggctcagtggttaagagcactgactgctcttccagaggt
cctgagttcaattcccagcaagcacttggcggctcacagccatctgtaat
gggatctgatgccctctcctctggtgtgtctgaagacagctacagtgtat
tcatatacatcaaataaatacacaatttttaaaaaacagagattcaggaa
tattttaaaaagaaaacaaatgttgaacctcacattttataaggcatcag
tgtaatttgattaaaagatgtgaataccttttttaaaatgtcatgttggt
gtggtggcccagcatatggaaggcagagacaggacatccccacacaagca
ggctacctgcaccagatgaaacagtgagttcttggtttattgagagatgc
tacctcaatttaaaaggtggagagctatcatggaagacacccatgtgtgc
ttgcatatatacacatctaggcaaaccatgagaccaggcatatacacatg
taggaaacacacacgcgcgtgcgcacgcacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacatccatcacagaaaaatgataataaa
ttcttctttttattgaatcagttttaacttgatacaaaagacagtgtgtg
tcccagcattagatgaaacaccactcagtgtcttattacaccgttacaga
aggtgggatg
gaattcttcagttatgattttaagaaagaaatccttcctctgccctcact
ctctccggaatgcattcagctttcaaggcagtccctggggagtgtactac
tcccatgagagaccctccctgctcaggaaaacagaaattctctcactttg
catttgctttattgcagctatttaagaaatagaaagtggccatcatcatg
cggcagcagccaccgagctattgaatcgagcaactgtaatggatgacgct
tactgtggggggatggtttctgagacccgtaaggatttggtgtcagttag
cacagctttatctttatcactttagggacgaagtgttagagcaaatcccg
atcgccttacctggggctagcatggctaggagcaccattgtaaattagat
ttccttgctctcccatctctgaattccactacaatagtttgcttcctata
ccaaagtaattttagtttggggtgattacatataatcatcctcaagtcct
ctgattttccctccttggtcctgtgacctttccctgttatgccttgtctt
agtcataactaccctttgcattagtgcggccaccatcaactcccttacgg
actgtaactgcctctaatctgtctgctccactgtgacaattctgagctca
gatgggacagccattgcgtatacctggtcctaggtagcaccagctttgaa
gcacaggagccaacaaggagatgtggggaagatccaagtccagactccgt
tgtgccctgttgaagaatctcagttggtatggtttaacgttttaaatttt
gtaagtagtccctagagaactgtccatggaaaggacacccatcctttatg
ggtaagatgtttattgctttatgaattcaaaattctttattctcttgaaa
gttgttctacaacctaaatacagagaagttaggttgggagggataactca
gcagcaaaggagcactgactgctctctggaggtcctgagttcaatttcca
gcaccatatggtggctcacaacaatctataataggatttgatgctctctc
tgggtgtgtctaaagtcaggctagctgcgtgtatcagttacataaaggta
aataattaactgaaaggtacataaaccttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187563719_187564826
seq2: B6Ng01-234I06.b_43_1152

seq1  GAATTCTTGTTCCTGGAACCACCACAATAACTCTAACTCACTAACACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTCCTGGAACCACCACAATAACTCTAACTCACTAACACTCT  50

seq1  TGTTTCCTGCTTGTAATCACAGAATCATAAGAGATGGGTAAGGTGAAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTGCTTGTAATCACAGAATCATAAGAGATGGGTAAGGTGAAGAC  100

seq1  TGGAGAGGTGACTGCAGGTAAGACACTTGCAAAAAAGCATGAAGACCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGTGACTGCAGGTAAGACACTTGCAAAAAAGCATGAAGACCATG  150

seq1  AAAAATGCCACGTGGGGTAGATATGCCTGGAATGCCAGCATTCAGGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGCCACGTGGGGTAGATATGCCTGGAATGCCAGCATTCAGGAGGC  200

seq1  TGGGGGTAGGATGGCTGTGAATTAGAGACTAGCCCCCAATACATAATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTAGGATGGCTGTGAATTAGAGACTAGCCCCCAATACATAATAAG  250

seq1  AGCCTGTCTCAAAAGCCAGAAAAAAGAAAGTCTGGTGAGTTGCAATCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTCTCAAAAGCCAGAAAAAAGAAAGTCTGGTGAGTTGCAATCTAT  300

seq1  AGTTCTGCATATATTTTATTTAGGTACATATTATCTATTGGCCAAGTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGCATATATTTTATTTAGGTACATATTATCTATTGGCCAAGTAAC  350

seq1  TGTGTTTGAAATTATCCAGTGCTCTGATTCTAAGAAAATAAATGTTGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGAAATTATCCAGTGCTCTGATTCTAAGAAAATAAATGTTGGTT  400

seq1  CTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGT  450

seq1  CCTGAGTTCAATTCCCAGCAAGCACTTGGCGGCTCACAGCCATCTGTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTCAATTCCCAGCAAGCACTTGGCGGCTCACAGCCATCTGTAAT  500

seq1  GGGATCTGATGCCCTCTCCTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGATGCCCTCTCCTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAT  550

seq1  TCATATACATCAAATAAATACACAATTTTTAAAAAACAGAGATTCAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATACATCAAATAAATACACAATTTTTAAAAAACAGAGATTCAGGAA  600

seq1  TATTTTAAAAAGAAAACAAATGTTGAACCTCACATTTTATAAGGCATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAAAAGAAAACAAATGTTGAACCTCACATTTTATAAGGCATCAG  650

seq1  TGTAATTTGATTAAAAGATGTGAATACCTTTTTTAAAATGTCATGTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTTGATTAAAAGATGTGAATACCTTTTTTAAAATGTCATGTTGGT  700

seq1  GTGGTGGCCCAGCATATGGAAGGCAGAGACAGGACATCCCCACACAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCCCAGCATATGGAAGGCAGAGACAGGACATCCCCACACAAGCA  750

seq1  GGCTACCTGCACCAGATGAAACAGTGAGTTCTTGGTTTATTGAGAGATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACCTGCACCAGATGAAACAGTGAGTTCTTGGTTTATTGAGAGATGC  800

seq1  TACCTCAATTTAAAAGGTGGAGAGCTATCATGGAAGACACCCATGTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCAATTTAAAAGGTGGAGAGCTATCATGGAAGACACCCATGTGTGC  850

seq1  TTGCATATATACACATCTAGGCAAACCATGAGACCAGGCATATACACATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATATACACATCTAGGCAAACCATGAGACCAGGCATATACACATG  900

seq1  TAGGAAACACACACGCGCGTGCGCACGCACACACACACACACACACACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAACACACACGCGCGTGCGCACGCACACACACACACACACACACAC  950

seq1  ACACACACACACACACACACACACATCCATCACAGAAAAAATGATAATAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACATCCATCACAG-AAAAATGATAATAA  999

seq1  ATTCT--CTTTTATTGAATCAGTTTTAACTTGATACAAAAGACAGTGGTG  1048
      |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTCTTCTTTTTATTGAATCAGTTTTAACTTGATACAAAAGACAGT-GTG  1048

seq1  TGTCCCAGCATAGGATGAAACAACCACTCAGTGTCT--ATACA-CGTTAC  1095
      |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||
seq2  TGTCCCAGCATTAGATGAAAC-ACCACTCAGTGTCTTATTACACCGTTAC  1097

seq1  AGAAGGTGGGATG  1108
      |||||||||||||
seq2  AGAAGGTGGGATG  1110

seq1: chr1_187723128_187724258
seq2: B6Ng01-234I06.g_62_1192 (reverse)

seq1  TTAAGTTTTATGTACTTTTAAATTTATTATTTA-CTTTATGTAACTGAAT  49
      ||||| ||||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTAAGGTTTATGTACCTTTCAGTTAATTATTTACCTTTATGTAACTG-AT  49

seq1  ACACTGCAGCTAG-CTGACTTTAGACACACCAGAAGAGAGCATCAAATCC  98
      |||| |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  ACAC-GCAGCTAGCCTGACTTTAGACACACCCAGAGAGAGCATCAAATCC  98

seq1  TATTATAGATGGTTGTGAGCCACCATATGGTTGCTGGGAATTGAACTCAG  148
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TATTATAGATTGTTGTGAGCCACCATATGG-TGCTGGAAATTGAACTCAG  147

seq1  GACCTCCAGAGGAGCAGTCAGTGCT-CTTTGCTGCTGAGTTATCCCT-CC  196
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACCTCCAGA-GAGCAGTCAGTGCTCCTTTGCTGCTGAGTTATCCCTCCC  196

seq1  AACCTAACTTCTCTGTATTTAGGTTGTAGAACAACTTTCAAGAGAATAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAACTTCTCTGTATTTAGGTTGTAGAACAACTTTCAAGAGAATAAA  246

seq1  GAATTTTGAATTTCATAAAGCAATAAACATCTTACCCATAAAGGATGGGT  296
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGAA-TTCATAAAGCAATAAACATCTTACCCATAAAGGATGGGT  295

seq1  GTCC-TTCCATGGACAGTTCTCTAGGGACTACTTACAAAATTTAAAACGT  345
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTCCATGGACAGTTCTCTAGGGACTACTTACAAAATTTAAAACGT  345

seq1  TAAACCATACCAACTGAGATTCTTCAACAGGGCACAACGGAGTCTGGACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCATACCAACTGAGATTCTTCAACAGGGCACAACGGAGTCTGGACT  395

seq1  TGGATCTTCCCCACATCTCCTTGTTGGCTCCTGTGCTTCAAAGCTGGTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTTCCCCACATCTCCTTGTTGGCTCCTGTGCTTCAAAGCTGGTGC  445

seq1  TACCTAGGACCAGGTATACGCAATGGCTGTCCCATCTGAGCTCAGAATTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGACCAGGTATACGCAATGGCTGTCCCATCTGAGCTCAGAATTG  495

seq1  TCACAGTGGAGCAGACAGATTAGAGGCAGTTACAGTCCGTAAGGGAGTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGGAGCAGACAGATTAGAGGCAGTTACAGTCCGTAAGGGAGTTG  545

seq1  ATGGTGGCCGCACTAATGCAAAGGGTAGTTATGACTAAGACAAGGCATAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCCGCACTAATGCAAAGGGTAGTTATGACTAAGACAAGGCATAA  595

seq1  CAGGGAAAGGTCACAGGACCAAGGAGGGAAAATCAGAGGACTTGAGGATG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAGGTCACAGGACCAAGGAGGGAAAATCAGAGGACTTGAGGATG  645

seq1  ATTATATGTAATCACCCCAAACTAAAATTACTTTGGTATAGGAAGCAAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGTAATCACCCCAAACTAAAATTACTTTGGTATAGGAAGCAAAC  695

seq1  TATTGTAGTGGAATTCAGAGATGGGAGAGCAAGGAAATCTAATTTACAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAGTGGAATTCAGAGATGGGAGAGCAAGGAAATCTAATTTACAAT  745

seq1  GGTGCTCCTAGCCATGCTAGCCCCAGGTAAGGCGATCGGGATTTGCTCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCTAGCCATGCTAGCCCCAGGTAAGGCGATCGGGATTTGCTCTA  795

seq1  ACACTTCGTCCCTAAAGTGATAAAGATAAAGCTGTGCTAACTGACACCAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCGTCCCTAAAGTGATAAAGATAAAGCTGTGCTAACTGACACCAA  845

seq1  ATCCTTACGGGTCTCAGAAACCATCCCCCCACAGTAAGCGTCATCCATTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACGGGTCTCAGAAACCATCCCCCCACAGTAAGCGTCATCCATTA  895

seq1  CAGTTGCTCGATTCAATAGCTCGGTGGCTGCTGCCGCATGATGATGGCCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCTCGATTCAATAGCTCGGTGGCTGCTGCCGCATGATGATGGCCA  945

seq1  CTTTCTATTTCTTAAATAGCTGCAATAAAGCAAATGCAAAGTGAGAGAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTATTTCTTAAATAGCTGCAATAAAGCAAATGCAAAGTGAGAGAAT  995

seq1  TTCTGTTTTCCTGAGCAGGGAGGGTCTCTCATGGGAGTAGTACACTCCCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTCCTGAGCAGGGAGGGTCTCTCATGGGAGTAGTACACTCCCC  1045

seq1  AGGGACTGCCTTGAAAGCTGAATGCATTCCGGAGAGAGTGAGGGCAGAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGCCTTGAAAGCTGAATGCATTCCGGAGAGAGTGAGGGCAGAGG  1095

seq1  AAGGATTTCTTTCTTAAAATCATAACTGAAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTCTTTCTTAAAATCATAACTGAAGAATTC  1131