BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235C12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,114,625 - 92,271,158
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383542, EG665688, Centg2, Gbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7
Downstream geneCops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235C12.bB6Ng01-235C12.g
ACCGA046709GA046710
length1,1511,134
definitionB6Ng01-235C12.b B6Ng01-235C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,114,625 - 92,115,769)(92,270,040 - 92,271,158)
sequence
gaattctgtcacatggtgtgctagctagttttatgtcaactagacacaag
ctagaagtcatttttttggaagaaggcacttcaactgagaaaatgttccc
actagactgccttgtgggccagcctgtggtacattttcttggtttgtgac
tgatatgcaaaagcccagttgactatgggtagtgtcatctctgggatgat
gtccctgggttctataagaaagcagactgatcaagccatggagagcaagc
tggtaagcactcctctgtggcttctgctttagttcctgcctccaggttcc
tgccttgagttcttgtcctaacttccctcagagttagactgttgcctgga
attggaagctgaaatgtacccttttcacagcaataggagccctaactgtg
acacttgggacccacttacacggcttcctttgtggaggagggtagatctt
tcaaaacatcagcctccagcctccaaagtatgtaagccacttggtgcctt
accaaccagtgacacttggactttaggaggtgtatagggtgtgccccagg
gtcaggagaaaagcagcttttgcttcccccgtgcttcttccagggagagt
gcgggagagtgaccttcactctctgtccctgcactggtgaggcagacgtt
tcctgtacaccaggcagtgcttggtactgctgcccactgtgtcacttgac
gtgctccaccaggcttgacgcattaactacttaccttgaatgtggcctgg
gctttctggaaataaagaatgatggctgacagagcctttgtcaccaaaga
acaaagcctaaccactacacagtggcctgtggtcctctgaggagcctcat
gcaagtgcccatcccagctaccaggggagatccaccccaacactctcatg
ttcacagctgtcagaggcaggtttaagccattgttccctgaggcttcttg
gggcctctcttagaagcagcttgaggtgtctgtttttatttagtagactt
ggggaattctgccttctgggactctccttggggcactctgttatggtggt
tccttgagaccatccatctagccaaaatgatgccctttgagccttgggag
aaacctcaaagatctatgtacctgtatagggatgggtgtgtgggttgaga
t
gaattcctgtgatccaaggctacaattactcgtgtggattaagaacactg
cgatgcgcagatggtccctgtgacccaggatctgctggaaaccaagcaga
gcaagcaccggaaatgtagcacacaggcctggtgtcttccctggtcctat
ctgctgcctatgggtagggctttccagagcccctgacttcagaggtactg
atgccagtccttttggccattctccatccagagccacagctgaagcacca
cttccagttctgttactccctccactccacccgccatgtactttcagtga
tgggggcctctgcctgctctggccgagtcctcttatgcccatggtgagtg
cagctcccaaccacggaaatatttcaatctgtaacgggcttgtccttcct
gttcacaatgtccaatgtgcacaaaaccaagggtgagtttgagtagtttg
aggttctttaccgccctccatggcagggctataggcatccacaatggcta
tcctcagtggagagcatctatgtccacgacagtgtcttcctgtggggctg
ctgagtgcctaagaaaacggaagatatgtttatgattgactctattccat
cagagacaggagccggagggattgtcccttatactctcagatctgtttcc
tattttaatggtactgttttctagtatgtatagtcccaccagttgctatg
agaaaggatggctatacatacacgctgatagcctaattctagaagttgtt
aattctaagcccagtgggtcagccagaccatgcttccacccaagtccaga
tgaaaggacccttccatttccccttgtagcccctgcatactccctgggca
tagggcagcatagctcttgggtcttcccatgggattcttttccttagtgt
ccctgcccagagcccacttctctgaggaactacctgacttccaaacttcc
tcctttcacaaggaccagacatattgcataagggtctgccagactgactt
tcattttgatctggttatattctgcaagggtccacattggtgaagtacta
ggggccgatcacaccttcaaccatgttttgggggggatttcagccaccca
cttaacctaagtgtgtccagtggtatgagaactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92114625_92115769
seq2: B6Ng01-235C12.b_46_1195

seq1  GAATTCTGTCACATGGTGTGCTAGCTAGTTTTATGTCAACTAGACACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCACATGGTGTGCTAGCTAGTTTTATGTCAACTAGACACAAG  50

seq1  CTAGAAGTCATTTTTTTGGAAGAAGGCACTTCAACTGAGAAAATGTTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGTCATTTTTTTGGAAGAAGGCACTTCAACTGAGAAAATGTTCCC  100

seq1  ACTAGACTGCCTTGTGGGCCAGCCTGTGGTACATTTTCTTGGTTTGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACTGCCTTGTGGGCCAGCCTGTGGTACATTTTCTTGGTTTGTGAC  150

seq1  TGATATGCAAAAGCCCAGTTGACTATGGGTAGTGTCATCTCTGGGATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGCAAAAGCCCAGTTGACTATGGGTAGTGTCATCTCTGGGATGAT  200

seq1  GTCCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGACTGATCAAGCCATGGAGAGCAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGACTGATCAAGCCATGGAGAGCAAGC  250

seq1  TGGTAAGCACTCCTCTGTGGCTTCTGCTTTAGTTCCTGCCTCCAGGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGCACTCCTCTGTGGCTTCTGCTTTAGTTCCTGCCTCCAGGTTCC  300

seq1  TGCCTTGAGTTCTTGTCCTAACTTCCCTCAGAGTTAGACTGTTGCCTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGAGTTCTTGTCCTAACTTCCCTCAGAGTTAGACTGTTGCCTGGA  350

seq1  ATTGGAAGCTGAAATGTACCCTTTTCACAGCAATAGGAGCCCTAACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGCTGAAATGTACCCTTTTCACAGCAATAGGAGCCCTAACTGTG  400

seq1  ACACTTGGGACCCACTTACACGGCTTCCTTTGTGGAGGAGGGTAGATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGGGACCCACTTACACGGCTTCCTTTGTGGAGGAGGGTAGATCTT  450

seq1  TCAAAACATCAGCCTCCAGCCTCCAAAGTATGTAAGCCACTTGGTGCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACATCAGCCTCCAGCCTCCAAAGTATGTAAGCCACTTGGTGCCTT  500

seq1  ACCAACCAGTGACACTTGGACTTTAGGAGGTGTATAGGGTGTGCCCCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCAGTGACACTTGGACTTTAGGAGGTGTATAGGGTGTGCCCCAGG  550

seq1  GTCAGGAGAAAAGCAGCTTTTGCTTCCCCCGTGCTTCTTCCAGGGAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAGAAAAGCAGCTTTTGCTTCCCCCGTGCTTCTTCCAGGGAGAGT  600

seq1  GCGGGAGAGTGACCTTCACTCTCTGTCCCTGCACTGGTGAGGCAGACGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGAGAGTGACCTTCACTCTCTGTCCCTGCACTGGTGAGGCAGACGTT  650

seq1  TCCTGTACACCAGGCAGTGCTTGGTACTGCTGCCCACTGTGTCACTTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTACACCAGGCAGTGCTTGGTACTGCTGCCCACTGTGTCACTTGAC  700

seq1  GTGCTCCACCAGGCTTGACGCATTAACTACTTACCTTGAATGTGGCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCACCAGGCTTGACGCATTAACTACTTACCTTGAATGTGGCCTGG  750

seq1  GCTTTCTGGAAATAAAGAATGATGGCTGACAGAGCCTTTGTCACCAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGGAAATAAAGAATGATGGCTGACAGAGCCTTTGTCACCAAAGA  800

seq1  ACAAAGCCTAACCACTACACAGTGGCCTGTGGTCCTCTGAGGAGCCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCTAACCACTACACAGTGGCCTGTGGTCCTCTGAGGAGCCTCAT  850

seq1  GCAAGTGCCCATCCCAGCAACCAGGGGAGATCCACCCCAACACTCTCATG  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGCCCATCCCAGCTACCAGGGGAGATCCACCCCAACACTCTCATG  900

seq1  TTCACAGCTGTCAGAGGCAGGTTTAAAGCCATTGTT-CCTGAGGCTTCTT  949
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCACAGCTGTCAGAGGCAGGTTT-AAGCCATTGTTCCCTGAGGCTTCTT  949

seq1  GGGGCCTCTCTTAGAAGCAGCTGAAGGTGTCTG-TTTTATTTAGTAGGAC  998
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||   
seq2  GGGGCCTCTCTTAGAAGCAGCTTGAGGTGTCTGTTTTTATTTAGTAGACT  999

seq1  TGGGGAATTCTGCCTTCTGGGCCTCTCCCTGGGGGCACTCTGTAATGGGT  1048
      ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || |||
seq2  TGGGGAATTCTGCCTTCTGGGACTCT-CCTTGGGGCACTCTGTTAT-GGT  1047

seq1  GGGTCCTAGAGA-CACCCATCTAAGCCAAAAATGATG-CCTTTGAG-CTT  1095
      || |||| |||| || |||||| |||| ||||||||| |||||||| |||
seq2  GGTTCCTTGAGACCATCCATCT-AGCC-AAAATGATGCCCTTTGAGCCTT  1095

seq1  GGGAGAAA-CACAAAGATCTATGGACCTGTATA-GGATGGG---GTGGGG  1140
      |||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||   ||||| 
seq2  GGGAGAAACCTCAAAGATCTATGTACCTGTATAGGGATGGGTGTGTGGGT  1145

seq1  TGAGA  1145
      |||||
seq2  TGAGA  1150

seq1: chr1_92270040_92271158
seq2: B6Ng01-235C12.g_67_1200 (reverse)

seq1  GAGTTCTCATACCACCTG-CACACTAAG--TTAGTGGGTGGCTGATAT-C  46
      |||||||||||||||  | |||||| ||  | ||||||||||||| || |
seq2  GAGTTCTCATACCACTGGACACACTTAGGTTAAGTGGGTGGCTGAAATCC  50

seq1  CCCCCAAAACATTGGTGGAAGTGTTGATC-GCCCCTAGTACTTCA-CAAT  94
      ||||||||||| |||| ||||   ||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CCCCCAAAACA-TGGTTGAAGGTGTGATCGGCCCCTAGTACTTCACCAAT  99

seq1  GT-GACCCCTGCAG-ATATAACCAGATCAAAATG-AAGTCAGTCTGGCAG  141
      || ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTGGACCCTTGCAGAATATAACCAGATCAAAATGAAAGTCAGTCTGGCAG  149

seq1  ACCCTTATGCAATATGTCTGGTCCTTGTGAAAGG-GGAAGTTTGG-AGTC  189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ACCCTTATGCAATATGTCTGGTCCTTGTGAAAGGAGGAAGTTTGGAAGTC  199

seq1  AGGTAGTTCCTCAGAG-AGTGGGCTCTGGGCA-GGACACTAAGGGAAAGA  237
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  AGGTAGTTCCTCAGAGAAGTGGGCTCTGGGCAGGGACACTAAGGAAAAGA  249

seq1  ATCCCATGGGAAGACCC-AGAGCTATGCTGCCCTATGCCCA-GGAGTATG  285
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCCCATGGGAAGACCCAAGAGCTATGCTGCCCTATGCCCAGGGAGTATG  299

seq1  CAGGGGCTACAAGGGGAAATGGAAGGGTCC-TTCATCTGGACTTGGGTGG  334
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCTACAAGGGGAAATGGAAGGGTCCTTTCATCTGGACTTGGGTGG  349

seq1  AAGCATGGTCTGGCTGACCCACTGGGCTTAGAATTAACAACTTCTAGAAT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGTCTGGCTGACCCACTGGGCTTAGAATTAACAACTTCTAGAAT  399

seq1  TAGGCTATCAGCGTGTATGTATAGCCATCCTTTCTCATAGCAACTGGTGG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTATCAGCGTGTATGTATAGCCATCCTTTCTCATAGCAACTGGTGG  449

seq1  GACTATACATACTAGAAAACAGTACCATTAAAATAGGAAACAGATCTGAG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATACATACTAGAAAACAGTACCATTAAAATAGGAAACAGATCTGAG  499

seq1  AGTATAAGGGACAATCCCTCCGGCTCCTGTCTCTGATGGAATAGAGTCAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAGGGACAATCCCTCCGGCTCCTGTCTCTGATGGAATAGAGTCAA  549

seq1  TCATAAACATATCTTCCGTTTTCTTAGGCACTCAGCAGCCCCACAGGAAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACATATCTTCCGTTTTCTTAGGCACTCAGCAGCCCCACAGGAAG  599

seq1  ACACTGTCGTGGACATAGATGCTCTCCACTGAGGATAGCCATTGTGGATG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCGTGGACATAGATGCTCTCCACTGAGGATAGCCATTGTGGATG  649

seq1  CCTATAGCCCTGCCATGGAGGGCGGTAAAGAACCTCAAACTACTCAAACT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGCCCTGCCATGGAGGGCGGTAAAGAACCTCAAACTACTCAAACT  699

seq1  CACCCTTGGTTTTGTGCACATTGGACATTGTGAACAGGAAGGACAAGCCC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTGGTTTTGTGCACATTGGACATTGTGAACAGGAAGGACAAGCCC  749

seq1  GTTACAGATTGAAATATTTCCGTGGTTGGGAGCTGCACTCACCATGGGCA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGATTGAAATATTTCCGTGGTTGGGAGCTGCACTCACCATGGGCA  799

seq1  TAAGAGGACTCGGCCAGAGCAGGCAGAGGCCCCCATCACTGAAAGTACAT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGACTCGGCCAGAGCAGGCAGAGGCCCCCATCACTGAAAGTACAT  849

seq1  GGCGGGTGGAGTGGAGGGAGTAACAGAACTGGAAGTGGTGCTTCAGCTGT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGTGGAGTGGAGGGAGTAACAGAACTGGAAGTGGTGCTTCAGCTGT  899

seq1  GGCTCTGGATGGAGAATGGCCAAAAGGACTGGCATCAGTACCTCTGAAGT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGATGGAGAATGGCCAAAAGGACTGGCATCAGTACCTCTGAAGT  949

seq1  CAGGGGCTCTGGAAAGCCCTACCCATAGGCAGCAGATAGGACCAGGGAAG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCTCTGGAAAGCCCTACCCATAGGCAGCAGATAGGACCAGGGAAG  999

seq1  ACACCAGGCCTGTGTGCTACATTTCCGGTGCTTGCTCTGCTTGGTTTCCA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGCCTGTGTGCTACATTTCCGGTGCTTGCTCTGCTTGGTTTCCA  1049

seq1  GCAGATCCTGGGTCACAGGGACCATCTGCGCATCGCAGTGTTCTTAATCC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCCTGGGTCACAGGGACCATCTGCGCATCGCAGTGTTCTTAATCC  1099

seq1  ACACGAGTAATTGTAGCCTTGGATCACAGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGTAATTGTAGCCTTGGATCACAGGAATTC  1134