BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235F23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 139,141,861 - 139,288,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042567
Upstream geneGpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14, Zfp281, LOC667686, EG623818, Nr5a2, Rnu7-ps3
Downstream geneLOC100043143, Ptprc, LOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235F23.bB6Ng01-235F23.g
ACCGA046864GA046865
length1,1481,074
definitionB6Ng01-235F23.b B6Ng01-235F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,287,518 - 139,288,685)(139,141,861 - 139,142,937)
sequence
gaattccttcacacagagaaatatatagtaaccatacactatgcatcaac
tctcctaccattgaactagagggaaagccacaaatgaattagaaaccact
ttcttgaatttctaggaaaaaaaaaaaactattgtcaagcaaaaaaaaga
aataagaataacaagtatattattagtgctttttcatgtataagtttata
agatattagaaggttctattataagaatgtaaataacatacatatagcat
gagagaactaggaatttaatagcatcaggctaaggtagcaggctaaccca
tcagagcacccaatgatcactttgttagatcctgcagaattaactgaagg
taatgctgctagctctacacaccccttcctttccctgtgcctctgaaatg
acccaactttatttttattgcagccatgtctctatagattcataccttat
gaagcccatataacctatcactttcaggtggctttgccaaccttagtcct
gacatgtcatatgtcttacatttggacacttagacaaaaatccatcccat
gattatttatgattcttgccacataattactgtggggattgaacaataca
gtgtgtgtaaaaatggctaatacaattccaaacagataggaggggctcaa
tagtacactacaagagacacacacaaaggcagtaatctagactacaacac
aaggcgtagtatgctatacaaatggtacacactaagcactgtatgtaatg
aactatagatgaaatgctttcaagacttcttcagtcttcaacatacatct
gactggaatcgtttcttcaccacctttgtcacatttccctggctatagtc
cacagcatacatacccgacttcacatggggcccatcatttaacactgcac
cttggaatgtgttcccactcctgctgagtgcagcataaacatcacctttt
ctgttaactcagaccaagccaagacactgctcacatggggttactgctac
cggctcctgtggctcctgttatgtcatgattttacatcaagttactcaat
cctggtttatagactgaatcagtgggaacaaaagatccaatagtacacta
ctgaaccatttatcctcaaccccaaataccctgtttctctgcatgtga
gaattcaaaataatggggcttcatttgacctgagtatctgttactagtta
tgtctgtacttgtgacaaagacaaaggataagcggaagggtgcagtctct
tatagggaattaaataaatagttaacccgaagtaattgaccaaaaaaaaa
aaaaaatctctcagctgggtcgagaggatcgaggaaatggatgagatagt
ctttaggagttagataatattttcattttctctggtaaccctttgagaaa
actcaaaagaattgagaattttaaatttaattttaaaatttaaaacaaga
ctataaaatacaagaacatcaactcctaatgtgatttagacctacccgga
aactgcctggcccacccccctcaggctttgtggatgggggaaagcataga
gaacggttgccccttggcatttagacctgctagagatatctgcatatcaa
tttgatctccatatagacaagcagtgtttctgtgtagttatgagttatca
agagaggttgggacagtaaggagtctctcacagagcaattggcacacagt
gtattgaatagctgggcagggaaatggataagcaggaaacatggcgattt
ttctttgctgagacgtcatgctgcctggtgagagcggacttcttgtccag
cattttgcttaacacagcctgtctttccacccttagcacagcctgccttt
ctacccttttctcattgctccatttttctccaccaagctgatgttttatt
gtgcttacttatttagagtgtgaattctgagaatgcaggtctttgttttg
cccttagctgtgtccctagaacctccatgggagcctgacacatgacaggc
agagaagaaatgttgttaaataagtggatggatcaacgcatgatcacatt
cattattatctctttaccaaaacattaagaagcatattgcccacttacta
agtacatctgacttagaattacgttatactatttcccaaatagcaaatgt
tcttttaaaaagagaaacttggtattccatggagcattaaacagcatgat
acgtatctcaaatatgattatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_139287518_139288685
seq2: B6Ng01-235F23.b_48_1195 (reverse)

seq1  TCACAATGCAGAAAGGAAAACAGGGTATTTGTGGTGTAGAAGAAATAAAT  50
      |||| |||||||     |||||||||||||| |||  ||     ||||||
seq2  TCAC-ATGCAGA----GAAACAGGGTATTTGGGGTTGAG----GATAAAT  41

seq1  TGTGTCAGTAAGTGTACTATTTGGATCTTTTTGTTCCCACTGAATTCAGT  100
       || ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| 
seq2  GGT-TCAGT-AGTGTACTA-TTGGATC-TTTTGTTCCCACTG-ATTCAG-  85

seq1  TCTATAAAACCAGGATTGGAGTAACTTGATGTAAAAATCATTGACATAAC  150
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCTAT-AAACCAGGATT-GAGTAACTTGATGT-AAAATCA-TGACATAAC  131

seq1  AGGAGCCACAGGAGCCGGGTAGCAGTAAACCCCATGTGAGCAGTGTCTTG  200
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCACAGGAGCC-GGTAGCAGT-AACCCCATGTGAGCAGTGTCTTG  179

seq1  GCTTGGTCTGAGTTAACAG-AAAGGTGATGTTTATGCTGCACTCAGCAGG  249
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTCTGAGTTAACAGAAAAGGTGATGTTTATGCTGCACTCAGCAGG  229

seq1  AGTGGGAACACATTCCAAGGTGCAGTGTTAAATGATGGGCCCCATGTGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAACACATTCCAAGGTGCAGTGTTAAATGATGGGCCCCATGTGAA  279

seq1  GTCGGGTATGTATGCTGTGGACTATAGCCAGGGAAATGTGACAAAGGTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGGTATGTATGCTGTGGACTATAGCCAGGGAAATGTGACAAAGGTGG  329

seq1  TGAAGAAACGATTCCAGTCAGATGTATGTTGAAGACTGAAGAAGTCTTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAACGATTCCAGTCAGATGTATGTTGAAGACTGAAGAAGTCTTGA  379

seq1  AAGCATTTCATCTATAGTTCATTACATACAGTGCTTAGTGTGTACCATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTCATCTATAGTTCATTACATACAGTGCTTAGTGTGTACCATTT  429

seq1  GTATAGCATACTACGCCTTGTGTTGTAGTCTAGATTACTGCCTTTGTGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCATACTACGCCTTGTGTTGTAGTCTAGATTACTGCCTTTGTGTG  479

seq1  TGTCTCTTGTAGTGTACTATTGAGCCCCTCCTATCTGTTTGGAATTGTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTGTAGTGTACTATTGAGCCCCTCCTATCTGTTTGGAATTGTAT  529

seq1  TAGCCATTTTTACACACACTGTATTGTTCAATCCCCACAGTAATTATGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATTTTTACACACACTGTATTGTTCAATCCCCACAGTAATTATGTG  579

seq1  GCAAGAATCATAAATAATCATGGGATGGATTTTTGTCTAAGTGTCCAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAATCATAAATAATCATGGGATGGATTTTTGTCTAAGTGTCCAAAT  629

seq1  GTAAGACATATGACATGTCAGGACTAAGGTTGGCAAAGCCACCTGAAAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACATATGACATGTCAGGACTAAGGTTGGCAAAGCCACCTGAAAGT  679

seq1  GATAGGTTATATGGGCTTCATAAGGTATGAATCTATAGAGACATGGCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTTATATGGGCTTCATAAGGTATGAATCTATAGAGACATGGCTGC  729

seq1  AATAAAAATAAAGTTGGGTCATTTCAGAGGCACAGGGAAAGGAAGGGGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATAAAGTTGGGTCATTTCAGAGGCACAGGGAAAGGAAGGGGTG  779

seq1  TGTAGAGCTAGCAGCATTACCTTCAGTTAATTCTGCAGGATCTAACAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGCTAGCAGCATTACCTTCAGTTAATTCTGCAGGATCTAACAAAG  829

seq1  TGATCATTGGGTGCTCTGATGGGTTAGCCTGCTACCTTAGCCTGATGCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATTGGGTGCTCTGATGGGTTAGCCTGCTACCTTAGCCTGATGCTA  879

seq1  TTAAATTCCTAGTTCTCTCATGCTATATGTATGTTATTTACATTCTTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCCTAGTTCTCTCATGCTATATGTATGTTATTTACATTCTTATA  929

seq1  ATAGAACCTTCTAATATCTTATAAACTTATACATGAAAAAGCACTAATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACCTTCTAATATCTTATAAACTTATACATGAAAAAGCACTAATAA  979

seq1  TATACTTGTTATTCTTATTTCTTTTTTTTGCTTGACAATAGTTTTTTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTGTTATTCTTATTTCTTTTTTTTGCTTGACAATAGTTTTTTTTT  1029

seq1  TTTCCTAGAAATTCAAGAAAGTGGTTTCTAATTCATTTGTGGCTTTCCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAGAAATTCAAGAAAGTGGTTTCTAATTCATTTGTGGCTTTCCCT  1079

seq1  CTAGTTCAATGGTAGGAGAGTTGATGCATAGTGTATGGTTACTATATATT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCAATGGTAGGAGAGTTGATGCATAGTGTATGGTTACTATATATT  1129

seq1  TCTCTGTGTGAAGGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGAAGGAATTC  1148

seq1: chr1_139141861_139142937
seq2: B6Ng01-235F23.g_67_1140

seq1  GAATTCAAAATAATGGGGCTTCATTTGACCTGAGTATCTGTTACTAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATAATGGGGCTTCATTTGACCTGAGTATCTGTTACTAGTTA  50

seq1  TGTCTGTACTTGTGACAAAGACAAAGGATAAGCGGAAGGGTGCAGTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTACTTGTGACAAAGACAAAGGATAAGCGGAAGGGTGCAGTCTCT  100

seq1  TATAGGGAATTAAATAAATAGTTAACCCGAAGTAATTGACCAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGAATTAAATAAATAGTTAACCCGAAGTAATTGACCAAAAAAAAA  150

seq1  AAAAAATCTCTCAGCTGGGTCGAGAGGATCGAGGAAATGGATGAGATAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTCTCAGCTGGGTCGAGAGGATCGAGGAAATGGATGAGATAGT  200

seq1  CTTTAGGAGTTAGATAATATTTTCATTTTCTCTGGTAACCCTTTGAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGAGTTAGATAATATTTTCATTTTCTCTGGTAACCCTTTGAGAAA  250

seq1  ACTCAAAAGAATTGAGAATTTTAAATTTAATTTTAAAATTTAAAACAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAAGAATTGAGAATTTTAAATTTAATTTTAAAATTTAAAACAAGA  300

seq1  CTATAAAATACAAGAACATCAACTCCTAATGTGATTTAGACCTACCCGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAATACAAGAACATCAACTCCTAATGTGATTTAGACCTACCCGGA  350

seq1  AACTGCCTGGCCCACCCCCCTCAGGCTTTGTGGATGGGGGAAAGCATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCTGGCCCACCCCCCTCAGGCTTTGTGGATGGGGGAAAGCATAGA  400

seq1  GAACGGTTGCCCCTTGGCATTTAGACCTGCTAGAGATATCTGCATATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGTTGCCCCTTGGCATTTAGACCTGCTAGAGATATCTGCATATCAA  450

seq1  TTTGATCTCCATATAGACAAGCAGTGTTTCTGTGTAGTTATGAGTTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCTCCATATAGACAAGCAGTGTTTCTGTGTAGTTATGAGTTATCA  500

seq1  AGAGAGGTTGGGACAGTAAGGAGTCTCTCACAGAGCAATTGGCACACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTTGGGACAGTAAGGAGTCTCTCACAGAGCAATTGGCACACAGT  550

seq1  GTATTGAATAGCTGGGCAGGGAAATGGATAAGCAGGAAACATGGCGATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGAATAGCTGGGCAGGGAAATGGATAAGCAGGAAACATGGCGATTT  600

seq1  TTCTTTGCTGAGACGTCATGCTGCCTGGTGAGAGCGGACTTCTTGTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGCTGAGACGTCATGCTGCCTGGTGAGAGCGGACTTCTTGTCCAG  650

seq1  CATTTTGCTTAACACAGCCTGTCTTTCCACCCTTAGCACAGCCTGCCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGCTTAACACAGCCTGTCTTTCCACCCTTAGCACAGCCTGCCTTT  700

seq1  CTACCCTTTTCTCATTGCTCCATTTTTCTCCACCAAGCTGATGTTTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTTTTCTCATTGCTCCATTTTTCTCCACCAAGCTGATGTTTTATT  750

seq1  GTGCTTACTTATTTAGAGTGTGAATTCTGAGAATGCAGGTCTTTGTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTACTTATTTAGAGTGTGAATTCTGAGAATGCAGGTCTTTGTTTTG  800

seq1  CCCTTAGCTGTGTCCCTAGAACCTCCATGGGAGCCTGACACATGACAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGCTGTGTCCCTAGAACCTCCATGGGAGCCTGACACATGACAGGC  850

seq1  AGAGAAGAAATGTTTGTTAAATAAGTGGATGGATCAACGCATGATCACAT  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAAATG-TTGTTAAATAAGTGGATGGATCAACGCATGATCACAT  899

seq1  TCATTATTATCTCTTTACCAAAACATTAAGAAGCATAATTGCCCACTTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TCATTATTATCTCTTTACCAAAACATTAAGAAGCAT-ATTGCCCAC-TTA  947

seq1  CTAAGTACATCTGACTTAGAATTACGTTATACTATTT-CCAAATAGCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTAAGTACATCTGACTTAGAATTACGTTATACTATTTCCCAAATAGCAAA  997

seq1  TGTTCTTTTAAAAAGAGAAAACTTGGTATT-CAT-GAGCATTTAAAACAG  1047
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  ||||||
seq2  TGTTCTTTTAAAAAGAG-AAACTTGGTATTCCATGGAGCATT--AAACAG  1044

seq1  CATGATACGTATCTCAAATATGATTATATG  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACGTATCTCAAATATGATTATATG  1074