BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235I12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,234,273 - 56,427,728
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRftn2, Mars2, LOC666793, Boll, EG632964, LOC667237, LOC626009, 9130227L01Rik
Downstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235I12.bB6Ng01-235I12.g
ACCGA046986GA046987
length1,1391,138
definitionB6Ng01-235I12.b B6Ng01-235I12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,426,589 - 56,427,728)(56,234,273 - 56,235,405)
sequence
gaattctgtgtaactgaagccagcctggtctacatagtaagactccccca
cttcaaaaacaaggaaaaaagaagaaagaagcagttgtcatcctttgata
attcagatttacataattaagaaaagatgtgtttcaaattttaattttct
tatgtgccactctaagcacactgttcaggttgtgtttgtctgggtcagca
cataaaagaatattttatatcttataattatatttagtgaatgtatgccc
acaccacagcttacagtttgaaggcaggggctatcttgaaggtgctcctc
tctcctttcatcatgtgggtcctggggttagaactcaagtcacagggatt
ggtagcaagcacctttcctttctgagtcatattactggctcactaattac
tgcttcccattagtaattttaaaaatgtttgaaatttataaaatgctagc
aaagattaggtgaagttttacttttgagttttcagccttcataatgataa
attatcttcaaatacaattagatgagtattgctcacttgatcatagaaaa
caactaagcaagaaacagacattttgtgggttgtgaaaactgtaggcaag
agagagaagctgagtggtcttgccagtcacaaactctgacatcatgacta
gttagagaatgagagtattattcgtatttatgacactggatatataacgt
tgatagcacacaagtctcaataaccaatgacaatgataaacatgtgtatg
tgtgttctcttgctaaggtcaaagggcaacttctaatatccttttctttt
tttccacatgaactttgttttaataagacaagttcttggctctcctgaac
ttccctgataggtcatgctggctagtcagagagccccaagaatccacctg
cctctccttcaccataactgagattagaaaatcatagttgatgtttaaaa
aacatatcactctattttatttatgtgtgcattgcatgtatgtacatgca
tcatgctcatgcagtgatacaggaggtcaggaaaggcataggatcccctg
gaactgaagttataaggcaggtgtgacctcttgtgagtgctgcatctgct
acaaaagcaacagcactgcctagcactgactcttctctc

gaattctagtacacagaggggtcagagttagaggtctgtggcaaatgtcg
caccactgtcctatcagccagttctgtctattgccatgctgaaattctag
ggcctcattggaatcaggtggctgttgcaaaagatgatgagatggaagaa
tgagaaccaggcccaggtgttcttggaaaactctgcgagagcagaggagg
aactgttgagtagaaagacagggtggatttaaaaaattggggctaactga
ggttatgcacagccaagaaaatgtcatttgctatccataaaagtcatatt
tccccatgttaatccttttgttgtgtgcgtatgtgtgcaatttagcctta
attctgcttcttatatggttgagaaattcagatctctgtttatgctttcc
cagaactctattgcttgctctttgtactcaagtacaaagtggggtggctg
tattccaactctcacttggatgctgagcgggatgggagcagagatgtcac
agcaatgtgtccaaatttgctttatctttgaaatgtcgcgaatatggtgc
ttaaaatgattcatcaacgcagtacatttttctaacatagaatcatttta
tgatactactgtcttagcttgagaatcctaatgtaaaatgtgtaaataca
taaactttattaatatgcaatttcttgcatcattatactctatggttatg
tccaaacttgtcttttaaaatatacgttaaagtataatatataataacta
ttagctatttgtcagtacctgagaatatttgaatttccagaaattcctca
tttgagaaagtactgataaagacaggacaaatatgtcctgttctagttgt
cataatattgagttccaaattattgtcactgtgtcataaaatgcccaata
ttttggaatgcgtttgtaaccaaaaacaaatgggccatttaatcaggctg
ctaaatttacaaagtattttgctattgatctcaccataatgtaaaattaa
ataccacgaataagatagaattcactgctgttttattttttactattagc
acttaatagtggagtccatttaaaaactgtttttcaatgttggacattta
tggatctgacatatttttaattttttaatagggaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56426589_56427728
seq2: B6Ng01-235I12.b_44_1182 (reverse)

seq1  GAGAGAAGAGTCAGTGGCTA-GCAGTGCTTGTTGCTTTTGTAGCAGATGC  49
      ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGAGTCAGT-GCTAGGCAGTGC-TGTTGCTTTTGTAGCAGATGC  48

seq1  AGCACTCAC-AGAGGTTCACAACTGCC-TATAACTCCAGTTCCAGGGGAT  97
      ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCACTCACAAGAGG-TCACACCTGCCTTATAACTTCAGTTCCAGGGGAT  97

seq1  CCTATGCCCTTTCCTGACCTCCTGTATCACTGCATGAGCATGATGCATGT  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATG-CCTTTCCTGACCTCCTGTATCACTGCATGAGCATGATGCATGT  146

seq1  ACATACATGCAATGCACACATAAAATAAAATAGAGTGATATGTTTTTTAA  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGCAATGCACACAT-AAATAAAATAGAGTGATATGTTTTTTAA  195

seq1  ACATCAACTATGATTTTCTAATCTCAGTTATGGTGAAGGAGAGGCAGGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAACTATGATTTTCTAATCTCAGTTATGGTGAAGGAGAGGCAGGTG  245

seq1  GATTCTTGGGGCTCTCTGACTAGCCAGCATGACCTATCAGGGAAGTTCAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTGGGGCTCTCTGACTAGCCAGCATGACCTATCAGGGAAGTTCAG  295

seq1  GAGAGCCAAGAACTTGTCTTATTAAAACAAAGTTCATGTGGAAAAAAAG-  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGAGCCAAGAACTTGTCTTATTAAAACAAAGTTCATGTGGAAAAAAAGA  345

seq1  AAAGGATATTAGAAGTTGCCCTTTGACCTTAGCAAGAGAACACACATACA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATATTAGAAGTTGCCCTTTGACCTTAGCAAGAGAACACACATACA  395

seq1  CATGTTTATCATTGTCATTGGTTATTGAGACTTGTGTGCTATCAACGTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTATCATTGTCATTGGTTATTGAGACTTGTGTGCTATCAACGTTA  445

seq1  TATATCCAGTGTCATAAATACGAATAATACTCTCATTCTCTAACTAGTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCAGTGTCATAAATACGAATAATACTCTCATTCTCTAACTAGTCA  495

seq1  TGATGTCAGAGTTTGTGACTGGCAAGACCACTCAGCTTCTCTCTCTTGCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCAGAGTTTGTGACTGGCAAGACCACTCAGCTTCTCTCTCTTGCC  545

seq1  TACAGTTTTCACAACCCACAAAATGTCTGTTTCTTGCTTAGTTGTTTTCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTTTCACAACCCACAAAATGTCTGTTTCTTGCTTAGTTGTTTTCT  595

seq1  ATGATCAAGTGAGCAATACTCATCTAATTGTATTTGAAGATAATTTATCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCAAGTGAGCAATACTCATCTAATTGTATTTGAAGATAATTTATCA  645

seq1  TTATGAAGGCTGAAAACTCAAAAGTAAAACTTCACCTAATCTTTGCTAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGGCTGAAAACTCAAAAGTAAAACTTCACCTAATCTTTGCTAGC  695

seq1  ATTTTATAAATTTCAAACATTTTTAAAATTACTAATGGGAAGCAGTAATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATAAATTTCAAACATTTTTAAAATTACTAATGGGAAGCAGTAATT  745

seq1  AGTGAGCCAGTAATATGACTCAGAAAGGAAAGGTGCTTGCTACCAATCCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCCAGTAATATGACTCAGAAAGGAAAGGTGCTTGCTACCAATCCC  795

seq1  TGTGACTTGAGTTCTAACCCCAGGACCCACATGATGAAAGGAGAGAGGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTGAGTTCTAACCCCAGGACCCACATGATGAAAGGAGAGAGGAG  845

seq1  CACCTTCAAGATAGCCCCTGCCTTCAAACTGTAAGCTGTGGTGTGGGCAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCAAGATAGCCCCTGCCTTCAAACTGTAAGCTGTGGTGTGGGCAT  895

seq1  ACATTCACTAAATATAATTATAAGATATAAAATATTCTTTTATGTGCTGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACTAAATATAATTATAAGATATAAAATATTCTTTTATGTGCTGA  945

seq1  CCCAGACAAACACAACCTGAACAGTGTGCTTAGAGTGGCACATAAGAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACAAACACAACCTGAACAGTGTGCTTAGAGTGGCACATAAGAAAA  995

seq1  TTAAAATTTGAAACACATCTTTTCTTAATTATGTAAATCTGAATTATCAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTGAAACACATCTTTTCTTAATTATGTAAATCTGAATTATCAA  1045

seq1  AGGATGACAACTGCTTCTTTCTTCTTTTTTCCTTGTTTTTGAAGTGGGGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGACAACTGCTTCTTTCTTCTTTTTTCCTTGTTTTTGAAGTGGGGG  1095

seq1  AGTCTTACTATGTAGACCAGGCTGGCTTCAGTTACACAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACTATGTAGACCAGGCTGGCTTCAGTTACACAGAATTC  1139


seq1: chr1_56234273_56235405
seq2: B6Ng01-235I12.g_66_1203

seq1  GAATTCTAGTACACAGAGGGGTCAGAGTTAGAGGTCTGTGGCAAATGTCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTACACAGAGGGGTCAGAGTTAGAGGTCTGTGGCAAATGTCG  50

seq1  CACCACTGTCCTATCAGCCAGTTCTGTCTATTGCCATGCTGAAATTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGTCCTATCAGCCAGTTCTGTCTATTGCCATGCTGAAATTCTAG  100

seq1  GGCCTCATTGGAATCAGGTGGCTGTTGCAAAAGATGATGAGATGGAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCATTGGAATCAGGTGGCTGTTGCAAAAGATGATGAGATGGAAGAA  150

seq1  TGAGAACCAGGCCCAGGTGTTCTTGGAAAACTCTGCGAGAGCAGAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACCAGGCCCAGGTGTTCTTGGAAAACTCTGCGAGAGCAGAGGAGG  200

seq1  AACTGTTGAGTAGAAAGACAGGGTGGATTTAAAAAATTGGGGCTAACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTGAGTAGAAAGACAGGGTGGATTTAAAAAATTGGGGCTAACTGA  250

seq1  GGTTATGCACAGCCAAGAAAATGTCATTTGCTATCCATAAAAGTCATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGCACAGCCAAGAAAATGTCATTTGCTATCCATAAAAGTCATATT  300

seq1  TCCCCATGTTAATCCTTTTGTTGTGTGCGTATGTGTGCAATTTAGCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATGTTAATCCTTTTGTTGTGTGCGTATGTGTGCAATTTAGCCTTA  350

seq1  ATTCTGCTTCTTATATGGTTGAGAAATTCAGATCTCTGTTTATGCTTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTTCTTATATGGTTGAGAAATTCAGATCTCTGTTTATGCTTTCC  400

seq1  CAGAACTCTATTGCTTGCTCTTTGTACTCAAGTACAAAGTGGGGTGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTCTATTGCTTGCTCTTTGTACTCAAGTACAAAGTGGGGTGGCTG  450

seq1  TATTCCAACTCTCACTTGGATGCTGAGCGGGATGGGAGCAGAGATGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAACTCTCACTTGGATGCTGAGCGGGATGGGAGCAGAGATGTCAC  500

seq1  AGCAATGTGTCCAAATTTGCTTTATCTTTGAAATGTCGCGAATATGGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTGTCCAAATTTGCTTTATCTTTGAAATGTCGCGAATATGGTGC  550

seq1  TTAAAATGATTCATCAACGCAGTACATTTTTCTAACATAGAATCATTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGATTCATCAACGCAGTACATTTTTCTAACATAGAATCATTTTA  600

seq1  TGATACTACTGTCTTAGCTTGAGAATCCTAATGTAAAATGTGTAAATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTACTGTCTTAGCTTGAGAATCCTAATGTAAAATGTGTAAATACA  650

seq1  TAAACTTTATTAATATGCAATTTCTTGCATCATTATACTCTATGGTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTTATTAATATGCAATTTCTTGCATCATTATACTCTATGGTTATG  700

seq1  TCCAAACTTGTCTTTTAAAATATACGTTAAAGTATAATATATAATAACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTTGTCTTTTAAAATATACGTTAAAGTATAATATATAATAACTA  750

seq1  TTAGCTATTTGTCAGTACCTGAGAATATTTGAATTTCCAGAAATTCCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTATTTGTCAGTACCTGAGAATATTTGAATTTCCAGAAATTCCTCA  800

seq1  TTTGAGAAAGTACTGATAAAGACAGGACAAATATGTCCTGTTCTAGTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAAAGTACTGATAAAGACAGGACAAATATGTCCTGTTCTAGTTGT  850

seq1  CATAATATTGAGTTCCAAATTAATGTCACTGTGTCATAAAATGCCCAATA  900
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATAATATTGAGTTCCAAATTATTGTCACTGTGTCATAAAATGCCCAAT-  899

seq1  ATTTTGGAATGCGTTTGTAACCAAAAACAAAT-GGCCATTTAATCAGGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAATGCGTTTGTAACCAAAAACAAATGGGCCATTTAATCAGGCT  949

seq1  GCTAAATTTACAAAGTATTTTGCTA-TGATCTCA-CATAATGTAAAATTA  997
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTAAATTTACAAAGTATTTTGCTATTGATCTCACCATAATGTAAAATTA  999

seq1  AATA-CACGAATAAGATAGAATTCACTGCTGTTT--ATTTTTACTATTAG  1044
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  AATACCACGAATAAGATAGAATTCACTGCTGTTTTATTTTTTACTATTAG  1049

seq1  CACTT-ATAGT-GAGTCCATTTAAAAACTGTTTTTCAATGTTGGACATTT  1092
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAATAGTGGAGTCCATTTAAAAACTGTTTTTCAATGTTGGACATTT  1099

seq1  AT-GATCTGACATATTTTTAA--TTTTAATAGGTATAAGAATAA  1133
      || ||||||||||||||||||  ||||||||||     ||||||
seq2  ATGGATCTGACATATTTTTAATTTTTTAATAGG-----GAATAA  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |