BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236M05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,659,966 - 189,753,067
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17, Gpatch2
Downstream geneEsrrg, 9330162B11Rik, Ush2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236M05.bB6Ng01-236M05.g
ACCGA047902GA047903
length9581,148
definitionB6Ng01-236M05.b B6Ng01-236M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(189,752,110 - 189,753,067)(189,659,966 - 189,661,109)
sequence
gaattccacaaagcttaagaacagtcagcacaaatgaaatcagaggagct
gtgaacgttgtggagcaggacacggggatgtggtgtctgctgtggagtcc
tgggatagagaggaaggagtgggttcaaaggaaagaaacatgactgagtt
gtgaagttcaaataattcggccctaccagctaccagttagcatgaatata
ccacgtatattcactacaggagcgatgtagcatggaccaatggaaatgct
ccatcatagttttaacttttctgttaagtctacaatgacttagaaatcca
gttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttaaccatctctgcatggagg
caaagacctatcacctgggcattctggaggctgaggcaagaagaacatac
aaaaagtcaagcatgttggtgtacacgtctgatcccatctctagcaaaac
aaacacccagatcttaggagatcactggggagctcatctacctagttggt
tagccccagatcccaggcagaaaccctgtctacctagttggttagcccca
gaccccaggcagaaaccctgtctacctagttggttagccccagaccccag
gcagaaaccctgtctacctagttggttagccccagaccccaggcagaaac
cctgtctacctagttggttagccccagaccccaggcagaaaccctgtcta
cctagttggttagccccagaccccaggcagaagccctgtctcaaaataag
acagatggcttctgaggaatgtcactggaattgttctctggactccacag
acacattcacacatatgcataaacacacttgtacatccacttgcaaacac
tcagagacagagacagagacagtgacagagaggggagagagacacagaga
ggtacagagagagacaggagagagacacaggagagagaggggggagtgag
agggggag

gaattcacaggggccttcctcctgctttattaggaattgatgtatcgggg
aagcaaggccaatggatgaatgggttgccctaacacagtctaaagcattg
aaagcattgaatacctgctttatggaactgtctaaaactgaagtcaccag
tactgcctattgattcctgacaccatttccattgctatctggtaatttag
atgtacagcagaggatattgcaccataggtcagcacaggtagccacaata
gagaaattccttttggaaatagtttgtttgactttatttcattggagatt
tttactgtcagccactttatatctgtcttgtccttatggcctggcaaggt
cagtcgtgggtgtccatgatctgtcagcctcaggacctttgattgacaga
ctgctgagttgctctctgcagaggaaagctactgtagtgtgcctagcacg
tgcaaaagccctctgcaaagaccattgcccagaaccttgggcttgaaact
ggtgcttcatcagccttctcagaagcagtcggtgggagccctgtgtcagg
gccacctccgttggatgtctgtcagtgtagagagtcagcattttgactcc
cctccctccaaactacaaagctgtcagcaattcgcttattacattcctag
agaaacccgctgagatgaagctatggctgctcagggtgtaacttccctag
gtagcaggggaaaagttaagtggtcagttttgaaacttaaattctctctc
tctggccttttgttgttcttcccttggaggggagtgctagggagagatta
ttttaggatccctcgggtggctttcattcctcttctattctctgcagcat
gacctcactgcattagcgctgccgtctccctctgatggaatccagtttcc
tttccattcacagtgggctgaggatcatatctctgatccacttagaaaca
cagtgagctgggccctggagaatgtgcccgctcttcagctcctctattga
tcttcggagctcttattttctggctctctattcacacccctcatttgcca
ccctctgttgttcctccgaggggcagaatgtaggtgggcgcctaggaacc
taactgcagaatatttctttggttcttgccagagcctgagtattatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_189752110_189753067
seq2: B6Ng01-236M05.b_44_1001 (reverse)

seq1  CTCCCCCTCTCACTCCCCCCTCTCTCTCCTGTGTCTCTCTCCTGTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTCTCACTCCCCCCTCTCTCTCCTGTGTCTCTCTCCTGTCTCTC  50

seq1  TCTGTACCTCTCTGTGTCTCTCTCCCCTCTCTGTCACTGTCTCTGTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACCTCTCTGTGTCTCTCTCCCCTCTCTGTCACTGTCTCTGTCTCT  100

seq1  GTCTCTGAGTGTTTGCAAGTGGATGTACAAGTGTGTTTATGCATATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGAGTGTTTGCAAGTGGATGTACAAGTGTGTTTATGCATATGTGT  150

seq1  GAATGTGTCTGTGGAGTCCAGAGAACAATTCCAGTGACATTCCTCAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTCTGTGGAGTCCAGAGAACAATTCCAGTGACATTCCTCAGAAG  200

seq1  CCATCCGTCTTATTTTGAGACAGGGCTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAAC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTCTTATTTTGAGACAGGGCTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAAC  250

seq1  CAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGG  300

seq1  TAGACAGGGTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGGGTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGG  350

seq1  GTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGCCTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGC  400

seq1  CTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGCCTGGGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTCTGGGGCTAACCAACTAGGTAGACAGGGTTTCTGCCTGGGATC  450

seq1  TGGGGCTAACCAACTAGGTAGATGAGCTCCCCAGTGATCTCCTAAGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTAACCAACTAGGTAGATGAGCTCCCCAGTGATCTCCTAAGATCT  500

seq1  GGGTGTTTGTTTTGCTAGAGATGGGATCAGACGTGTACACCAACATGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTTGTTTTGCTAGAGATGGGATCAGACGTGTACACCAACATGCTT  550

seq1  GACTTTTTGTATGTTCTTCTTGCCTCAGCCTCCAGAATGCCCAGGTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTTGTATGTTCTTCTTGCCTCAGCCTCCAGAATGCCCAGGTGATA  600

seq1  GGTCTTTGCCTCCATGCAGAGATGGTTAAACAAACAAACAAACAAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTGCCTCCATGCAGAGATGGTTAAACAAACAAACAAACAAACAAA  650

seq1  CAAACAACTGGATTTCTAAGTCATTGTAGACTTAACAGAAAAGTTAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACTGGATTTCTAAGTCATTGTAGACTTAACAGAAAAGTTAAAAC  700

seq1  TATGATGGAGCATTTCCATTGGTCCATGCTACATCGCTCCTGTAGTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGGAGCATTTCCATTGGTCCATGCTACATCGCTCCTGTAGTGAAT  750

seq1  ATACGTGGTATATTCATGCTAACTGGTAGCTGGTAGGGCCGAATTATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTGGTATATTCATGCTAACTGGTAGCTGGTAGGGCCGAATTATTTG  800

seq1  AACTTCACAACTCAGTCATGTTTCTTTCCTTTGAACCCACTCCTTCCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCACAACTCAGTCATGTTTCTTTCCTTTGAACCCACTCCTTCCTCT  850

seq1  CTATCCCAGGACTCCACAGCAGACACCACATCCCCGTGTCCTGCTCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCAGGACTCCACAGCAGACACCACATCCCCGTGTCCTGCTCCACA  900

seq1  ACGTTCACAGCTCCTCTGATTTCATTTGTGCTGACTGTTCTTAAGCTTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCACAGCTCCTCTGATTTCATTTGTGCTGACTGTTCTTAAGCTTTG  950

seq1  TGGAATTC  958
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  958


seq1: chr1_189659966_189661109
seq2: B6Ng01-236M05.g_66_1213

seq1  GAATTCACAGGGGCCTTCCTCCTGCTTTATTAGGAATTGATGTATCGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGGGCCTTCCTCCTGCTTTATTAGGAATTGATGTATCGGGG  50

seq1  AAGCAAGGCCAATGGATGAATGGGTTGCCCTAACACAGTCTAAAGCATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGCCAATGGATGAATGGGTTGCCCTAACACAGTCTAAAGCATTG  100

seq1  AAAGCATTGAATACCTGCTTTATGGAACTGTCTAAAACTGAAGTCACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTGAATACCTGCTTTATGGAACTGTCTAAAACTGAAGTCACCAG  150

seq1  TACTGCCTATTGATTCCTGACACCATTTCCATTGCTATCTGGTAATTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCTATTGATTCCTGACACCATTTCCATTGCTATCTGGTAATTTAG  200

seq1  ATGTACAGCAGAGGATATTGCACCATAGGTCAGCACAGGTAGCCACAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAGCAGAGGATATTGCACCATAGGTCAGCACAGGTAGCCACAATA  250

seq1  GAGAAATTCCTTTTGGAAATAGTTTGTTTGACTTTATTTCATTGGAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATTCCTTTTGGAAATAGTTTGTTTGACTTTATTTCATTGGAGATT  300

seq1  TTTACTGTCAGCCACTTTATATCTGTCTTGTCCTTATGGCCTGGCAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTCAGCCACTTTATATCTGTCTTGTCCTTATGGCCTGGCAAGGT  350

seq1  CAGTCGTGGGTGTCCATGATCTGTCAGCCTCAGGACCTTTGATTGACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGTGGGTGTCCATGATCTGTCAGCCTCAGGACCTTTGATTGACAGA  400

seq1  CTGCTGAGTTGCTCTCTGCAGAGGAAAGCTACTGTAGTGTGCCTAGCACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGTTGCTCTCTGCAGAGGAAAGCTACTGTAGTGTGCCTAGCACG  450

seq1  TGCAAAAGCCCTCTGCAAAGACCATTGCCCAGAACCTTGGGCTTGAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGCCCTCTGCAAAGACCATTGCCCAGAACCTTGGGCTTGAAACT  500

seq1  GGTGCTTCATCAGCCTTCTCAGAAGCAGTCGGTGGGAGCCCTGTGTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTCATCAGCCTTCTCAGAAGCAGTCGGTGGGAGCCCTGTGTCAGG  550

seq1  GCCACCTCCGTTGGATGTCTGTCAGTGTAGAGAGTCAGCATTTTGACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTCCGTTGGATGTCTGTCAGTGTAGAGAGTCAGCATTTTGACTCC  600

seq1  CCTCCCTCCAAACTACAAAGCTGTCAGCAATTCGCTTATTACATTCCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCAAACTACAAAGCTGTCAGCAATTCGCTTATTACATTCCTAG  650

seq1  AGAAACCCGCTGAGATGAAGCTATGGCTGCTCAGGGTGTAACTTCCCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCGCTGAGATGAAGCTATGGCTGCTCAGGGTGTAACTTCCCTAG  700

seq1  GTAGCAGGGGAAAAGTTAAGTGGTCAGTTTTGAAACTTAAATTCTCTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGGGGAAAAGTTAAGTGGTCAGTTTTGAAACTTAAATTCTCTCTC  750

seq1  TCTGGCCTTTTGTTGTTCTT-CCTTGGAGGGGAGTGCTAGGGAGAGATTA  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTTTTGTTGTTCTTCCCTTGGAGGGGAGTGCTAGGGAGAGATTA  800

seq1  TTTTAGGATCCCTCGGGTGGCTTTTCATTCCTCTTCTATTCTCTGCAGCA  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGATCCCTCGGGTGGC-TTTCATTCCTCTTCTATTCTCTGCAGCA  849

seq1  TGACCTCACTGCATTAGCGCTGCCGTCTCCCTCTGATGGAATCCAGTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCACTGCATTAGCGCTGCCGTCTCCCTCTGATGGAATCCAGTTTC  899

seq1  CTTTCCATTCACAGT-GGCTGAGGATCATATCTCTGATCCACTTAGAAAC  948
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATTCACAGTGGGCTGAGGATCATATCTCTGATCCACTTAGAAAC  949

seq1  ACAGTGAGCTGGGCCCTGGAGAATGTGCCCGCTCCTTCAGCTCCTCTATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGCTGGGCCCTGGAGAATGTGCCCGCT-CTTCAGCTCCTCTATT  998

seq1  GATCTCCGGAGCTCT--ATTTCTGGCTCTCTATTCACA-CCCTCATTTGC  1045
      ||||| |||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATCTTCGGAGCTCTTATTTTCTGGCTCTCTATTCACACCCCTCATTTGC  1048

seq1  CACCCTCTTGTTGTTCCTCCGAGGGGCAG-ATGTTAAGTTGGGCG-CTAG  1093
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||| ||||
seq2  CACCCTC-TGTTGTTCCTCCGAGGGGCAGAATGT--AGGTGGGCGCCTAG  1095

seq1  GAA-CTAACTGCAGAATATTTCTTTGGTTCT--GCAGAG-CTGAGGTTTT  1139
      ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||  | |
seq2  GAACCTAACTGCAGAATATTTCTTTGGTTCTTGCCAGAGCCTGAG--TAT  1143

seq1  TATGT  1144
      |||||
seq2  TATGT  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |