BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237A18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,263,926 - 177,436,290
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7
Upstream geneOlfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415, Olfr414, Olfr220, Fmn2, Grem2
Downstream geneFh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237A18.bB6Ng01-237A18.g
ACCGA048111GA048112
length1,1131,055
definitionB6Ng01-237A18.b B6Ng01-237A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,263,926 - 177,265,260)(177,435,240 - 177,436,290)
sequence
gaattctcagcaaacctggcagagagaacttatggacgaggttccctcta
caccatctcagcacaaaacaacactgaactgcttcattccattataatta
tgtggcttccaacaaaatccaaataacaacacatcatactccatctgtca
cagctggagtgatcaaccttgttcacatggagacaaggcgtaccttacta
ggtagctgagagaagagaatgaagtaatgcacacaaagtgttcagcacac
acaattcccatcctcctcaatgctagatgaatatgaatgctttctgaagg
acatagctcaaactgatgttcttttgtctgtgaataagtagacacacact
agggatgggcaatttgacttcttaatcaacagcctttaaatttttcctta
ctaacttaagtaaaaggcccatcatatgaacagccaaccactttgtcttt
ctggtggcaagagttatcaaaaacattccatggacatattgagacaacta
tacaaagatttcagccaacaactctggctttgtaggagtagcctcagcaa
ggatgatttgaaactatttgtaccagacttttggatacctaaactctaga
tgacccatgcaaccatttctgcctttgccagaggaggaccacttgccctg
tcaaggatctcctgactcctgccacaagatgcaaggctgtaactgctcca
ataagtagttgtgatttattctagcaaatgactggaattggtccaaagaa
atgaccacaactgttcaagatattttggtctgtcaaaacaccccttttct
agataagcagactgcccacactcatttagcaggttgcctgggagacactc
ccctgtgctgccttcctgagggtcacaacattaggtccaataaaaccctg
cttctgaagtactggatgagctggtaccatgaaaatagaagcaagagaga
gtagcggtagcagcagccacattggtaacaattggaatggcagtgccatg
gcttggcagattaacagcatgaaaagcctcgacacaagagagccaaaggt
catctcagggtaatcctggaagttttgtgctcagctcaatccactgatgt
tgggtcctccctc
gaattctgttgcaaattagacttattaagaatttctaacagtgggagcag
aggctgtccctgactgctttgcctactcatgggacccccttcctcctact
tggctgcctcatccatccttgctgtgatggtatgatcctggtcggattat
ggggttttttggttgatgttcctggttggattgtagctctttggttgatg
ttcctgggaggtctgctcttttctgaaagggaggcagggaaggggtggat
caaagggaacggggtggtaggaggaagagactcagggaagaggagggagg
agaaactgtggcacggatgcaatatgtgagagaagaatgggaactttaaa
aagaaaagagatggatagctagagatagtgcttctgggccttgtcactct
tgacaaaagtatctgagataagaatgcccaggaagggtgaggctctatga
atatggtcaaaatgggggcttagaattcctcccttttctcccttcttctc
tccctccctctcctcctctttccttccctctctcccttcctcccttcctt
ccttttttctgtgataagggtctccccaagagcacaggcttgcctcaaac
ccatgctcctcctgccttagcatcccaagtcatggtgtgttacatgtgtg
cacagaaattccaaaattgaatctattttcaatgtacctttattaatctt
gttcttttgtcaagcactaaacccacagtatcatacatggtaggcaagca
cggtaccactaagccacatttgcagctccctgatagtgtgttagggggaa
aattcttcttccattatgccactgagagttgagggcttatctgttactgc
aactctgcttgcttgtacttattgatgcaataatgtgtcgagaagaccac
atgttctttcttttcttcagtgtcttcccttcacccctcataaggttaat
agctaacatgtagggacaaaaagattaggctaatccaggattcgaacctc
aggaaaactgtcgtatttatgccccagaacttgatgaagatagtatagaa
atggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177263926_177265260
seq2: B6Ng01-237A18.b_51_1163

seq1  GAATTCTCAGCAAACCTGGCAGAGAGAACTTATGGACGAGGTTCCCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAAACCTGGCAGAGAGAACTTATGGACGAGGTTCCCTCTA  50

seq1  CACCATCTCAGCACAAAACAACACTGAACTGCTTCATTCCATTATAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTCAGCACAAAACAACACTGAACTGCTTCATTCCATTATAATTA  100

seq1  TGTGGCTTCCAACAAAATCCAAATAACAACACATCATACTCCATCTGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTCCAACAAAATCCAAATAACAACACATCATACTCCATCTGTCA  150

seq1  CAGCTGGAGTGATCAACCTTGTTCACATGGAGACAAGGCGTACCTTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGAGTGATCAACCTTGTTCACATGGAGACAAGGCGTACCTTACTA  200

seq1  GGTAGCTGAGAGAAGAGAATGAAGTAATGCACACAAAGTGTTCAGCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTGAGAGAAGAGAATGAAGTAATGCACACAAAGTGTTCAGCACAC  250

seq1  ACAATTCCCATCCTCCTCAATGCTAGATGAATATGAATGCTTTCTGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCCCATCCTCCTCAATGCTAGATGAATATGAATGCTTTCTGAAGG  300

seq1  ACATAGCTCAAACTGATGTTCTTTTGTCTGTGAATAAGTAGACACACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCTCAAACTGATGTTCTTTTGTCTGTGAATAAGTAGACACACACT  350

seq1  AGGGATGGGCAATTTGACTTCTTAATCAACAGCCTTTAAATTTTTCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGGCAATTTGACTTCTTAATCAACAGCCTTTAAATTTTTCCTTA  400

seq1  CTAACTTAAGTAAAAGGCCCATCATATGAACAGCCAACCACTTTGTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTAAGTAAAAGGCCCATCATATGAACAGCCAACCACTTTGTCTTT  450

seq1  CTGGTGGCAAGAGTTATCAAAAACATTCCATGGACATATTGAGACAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCAAGAGTTATCAAAAACATTCCATGGACATATTGAGACAACTA  500

seq1  TACAAAGATTTCAGCCAACAACTCTGGCTTTGTAGGAGTAGCCTCAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGATTTCAGCCAACAACTCTGGCTTTGTAGGAGTAGCCTCAGCAA  550

seq1  GGATGATTTGAAACTATTTGTACCAGACTTTTGGATACCTAAACTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATTTGAAACTATTTGTACCAGACTTTTGGATACCTAAACTCTAGA  600

seq1  TGACCCATGCAACCATTTCTGCCTTTGCCAGAGGAGGACCACTTGCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATGCAACCATTTCTGCCTTTGCCAGAGGAGGACCACTTGCCCTG  650

seq1  TCAAGGATCTCCTGACTCCTGCCACAAGATGCAAGGCTGTAACTGCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGATCTCCTGACTCCTGCCACAAGATGCAAGGCTGTAACTGCTCCA  700

seq1  ATAAGTAGTTGTGATTTATTCTAGCAAATGACTGGAATTGGTCCAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAGTTGTGATTTATTCTAGCAAATGACTGGAATTGGTCCAAAGAA  750

seq1  ATGACCACAACTGTTCAAGATATTTTGGTCTGTCAAAACACCCCTTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCACAACTGTTCAAGATATTTTGGTCTGTCAAAACACCCCTTTTCT  800

seq1  AGATAAGCAGACTGCCCACACTCATTTAGCAGGTTGCCTGGGAGACACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGCAGACTGCCCACACTCATTTAGCAGGTTGCCTGGGAGACACTC  850

seq1  CCCTGTGCTGCCTTCCTGAGGGTCACAACATTAGGTCCAATAAAACCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCTGCCTTCCTGAGGGTCACAACATTAGGTCCAATAAAACCCTG  900

seq1  CTTCTGAAGTACTGGATGAGCTGGTACCATGAAAATAGAAGCAAGAGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAAGTACTGGATGAGCTGGTACCATGAAAATAGAAGCAAGAGAGA  950

seq1  GTAGCGGTAGCAGCAGCCACATTGGTAACAATTGGAATGGCAGTGCCATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGGTAGCAGCAGCCACATTGGTAACAATTGGAATGGCAGTGCCATG  1000

seq1  GCTTGGCAGATTAACAGCATGAAAGGCCTCGACACAAGAAGAGCCAAAGG  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTTGGCAGATTAACAGCATGAAAAGCCTCGACACAAG-AGAGCCAAAGG  1049

seq1  TCATCTCAGGGGTAATCCTGGAAG-TTTGTGCTCAGCTTCCAAT-CACTG  1098
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||
seq2  TCATCTCA-GGGTAATCCTGGAAGTTTTGTGCTCAGCT--CAATCCACTG  1096

seq1  ATGTT-GGTC--TCCTCGTAATTCAACTGTGGTGACCCTTGGAATTCAGT  1145
      ||||| ||||   ||||                                 
seq2  ATGTTGGGTCCTCCCTC---------------------------------  1113

seq1  AGTCTAGACATATCTGGAAGATAGATGAGCAAGGTTTACAAAAGGGAATC  1195
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1113

seq1  TACACATGGTATCAAAAGGTTACCATGAAAAGGGAAAGATCACTGTCAAG  1245
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1113

seq1  AATGACATGTTAGGTCACGTGCAAAGCTATACTGCAGGGGATAAAACTGA  1295
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1113

seq1  TTCCATGAATCCAAATCTGTTCTCCAGTCAGTCCTCCCTC  1335
                                              
seq2  ----------------------------------------  1113

seq1: chr1_177435240_177436290
seq2: B6Ng01-237A18.g_67_1121 (reverse)

seq1  CCCATTTCTATACTATTCTTCATCTAG-TCT-GGGCATAAATACAGACAG  48
      ||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| |||||
seq2  CCCATTTCTATACTA-TCTTCATCAAGTTCTGGGGCATAAATAC-GACAG  48

seq1  TTTTCCCTGA-GTCTGAATCCCTGATTAG-CTTATC-TTTTGTCCCTACA  95
      |||| ||||| ||  ||||||  |||||| || ||| |||||||||||||
seq2  TTTT-CCTGAGGTTCGAATCCTGGATTAGCCTAATCTTTTTGTCCCTACA  97

seq1  TGTTAGCTATAACCCTTATGAGGGGTG-AGGGAAGACACTG-AGAAAAGA  143
      |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTAGCTATTAACCTTATGAGGGGTGAAGGGAAGACACTGAAGAAAAGA  147

seq1  AAGAACATGTGGTCTTCTCGACACATTATTGCATCAATAAGTACAAGCAA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATGTGGTCTTCTCGACACATTATTGCATCAATAAGTACAAGCAA  197

seq1  GCAGAGTTGCAGTAACAGATAAGCCCTCAACTCTCAGTGGCATAATGGAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTTGCAGTAACAGATAAGCCCTCAACTCTCAGTGGCATAATGGAA  247

seq1  GAAGAATTTTCCCCCTAACACACTATCAGGGAGCTGCAAATGTGGCTTAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTTTCCCCCTAACACACTATCAGGGAGCTGCAAATGTGGCTTAG  297

seq1  TGGTACCGTGCTTGCCTACCATGTATGATACTGTGGGTTTAGTGCTTGAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACCGTGCTTGCCTACCATGTATGATACTGTGGGTTTAGTGCTTGAC  347

seq1  AAAAGAACAAGATTAATAAAGGTACATTGAAAATAGATTCAATTTTGGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACAAGATTAATAAAGGTACATTGAAAATAGATTCAATTTTGGAA  397

seq1  TTTCTGTGCACACATGTAACACACCATGACTTGGGATGCTAAGGCAGGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGCACACATGTAACACACCATGACTTGGGATGCTAAGGCAGGAG  447

seq1  GAGCATGGGTTTGAGGCAAGCCTGTGCTCTTGGGGAGACCCTTATCACAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGGTTTGAGGCAAGCCTGTGCTCTTGGGGAGACCCTTATCACAG  497

seq1  AAAAAAGGAAGGAAGGGAGGAAGGGAGAGAGGGAAGGAAAGAGGAGGAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGGAAGGAAGGGAGGAAGGGAGAGAGGGAAGGAAAGAGGAGGAGA  547

seq1  GGGAGGGAGAGAAGAAGGGAGAAAAGGGAGGAATTCTAAGCCCCCATTTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAGAGAAGAAGGGAGAAAAGGGAGGAATTCTAAGCCCCCATTTT  597

seq1  GACCATATTCATAGAGCCTCACCCTTCCTGGGCATTCTTATCTCAGATAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATATTCATAGAGCCTCACCCTTCCTGGGCATTCTTATCTCAGATAC  647

seq1  TTTTGTCAAGAGTGACAAGGCCCAGAAGCACTATCTCTAGCTATCCATCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCAAGAGTGACAAGGCCCAGAAGCACTATCTCTAGCTATCCATCT  697

seq1  CTTTTCTTTTTAAAGTTCCCATTCTTCTCTCACATATTGCATCCGTGCCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTTTAAAGTTCCCATTCTTCTCTCACATATTGCATCCGTGCCA  747

seq1  CAGTTTCTCCTCCCTCCTCTTCCCTGAGTCTCTTCCTCCTACCACCCCGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTCCTCCCTCCTCTTCCCTGAGTCTCTTCCTCCTACCACCCCGT  797

seq1  TCCCTTTGATCCACCCCTTCCCTGCCTCCCTTTCAGAAAAGAGCAGACCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGATCCACCCCTTCCCTGCCTCCCTTTCAGAAAAGAGCAGACCT  847

seq1  CCCAGGAACATCAACCAAAGAGCTACAATCCAACCAGGAACATCAACCAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAACATCAACCAAAGAGCTACAATCCAACCAGGAACATCAACCAA  897

seq1  AAAACCCCATAATCCGACCAGGATCATACCATCACAGCAAGGATGGATGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCCATAATCCGACCAGGATCATACCATCACAGCAAGGATGGATGA  947

seq1  GGCAGCCAAGTAGGAGGAAGGGGGTCCCATGAGTAGGCAAAGCAGTCAGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAAGTAGGAGGAAGGGGGTCCCATGAGTAGGCAAAGCAGTCAGG  997

seq1  GACAGCCTCTGCTCCCACTGTTAGAAATTCTTAATAAGTCTAATTTGCAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTCTGCTCCCACTGTTAGAAATTCTTAATAAGTCTAATTTGCAA  1047

seq1  CAGAATTC  1051
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1055