BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237C12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,793,391 - 93,908,609
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHdac4
Upstream geneMlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
Downstream geneLOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237C12.bB6Ng01-237C12.g
ACCGA048193GA048194
length1,2011,147
definitionB6Ng01-237C12.b B6Ng01-237C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,907,424 - 93,908,609)(93,793,391 - 93,794,528)
sequence
gaattcatttggtttatagttccacaagggctgggtctattatggtagag
aagacaacagaagcaggaagcaggctgatcacgtttcatatgagagagag
agagagagagagagagaccccatgacatacttcctctagcaaggctgcgc
ctcctaaaggttcctaactttgatttatatcacgccaactgggacttatt
cgagtacaggagcctaggggggacatttctcaatcaaaccatcacatgga
cagaccccccaaatcttttatctgcaaacactgaaaatggctagccattt
taacaaattattgtagcaaatttttgtatgaattttaatctccatctgta
ctacagaacacgatgcgtatgcttaaaacattcttgtaaagtctgttatt
tgacgttgtttgaaaatcgttttggcatgtgatatacaaagatgcagaca
gataggtctatgacaacaaagaatgaaagggaagctggcacctagggacc
agctagcaaagagtccaagcagttggacgacagggcctcagagcctccat
ggccttacccttcccagggctgcggctgccagttctctcagtcccagctc
tgtagtggaaggggatctctctagcatctagttccctgactgccattaag
gtgcgatgtgagtctatgactagcctggcagagctccccttccagagagt
gttcagtcaggcctttgcctgtgcttcaggtaagagctcctttggtcttg
gtgtaaagctgctccttgtgtgttatggaacagtccttgttgtgagttgt
gtgcatgatcagcccttttctcccttcgaggggttgaccttttgatcata
atgctgtttgttagtctctcagttttctccgtgtacttttgggttgtgtt
tttaaaaatacacatttctcccaaccattttgcccttgagtagtttccta
cttgtgtggatgtccattctgctggaagtggtgtatgtattgcatagttt
agagtgtgcatctgaccccctcagatctcttgagaaccagtgtctgcacc
catggtgcttccatgctcccttgttggtgacgtcagccctttgcttgtca
ttgccttcagtttacccacaaacctaagaaggtgagctgggccccaggaa
gtgcctaggtcttcctattcttggaactttggtgtttttcattggaagtc
t
gaattcagtagcttttcagtccacatggctagatgtctcagctggttttg
agtaatcctgaggaagtaggctctaatgccattgaagaaatgaacttcca
gctagagtaagggcaaacaggcaaagagcaaagcttccttcttccatgtc
ctcatacaggctgccagcagaaggtgtggtccagattaaaggtagacctt
cccacctcaaaagacctggattaaaggtggggtcttcccactttagatga
tttaattaagaaaacaatctctcacagatgtacctagctgtgccccagaa
ctccatatgagaaatccaaattcttctgctagagacaaggccaaagcaag
gggcactgcgcccaggataggaagccagcctcctgacagaacttgacagg
catctgtgctcttcctaaagagcccagcctgactaccctgccctgctgga
aagtagccagcagggggtgcctgggagcaaaggcaccatcttgggcagct
ggctaaggtatggtgatgcactgtgaagcaagaagtgcccagctgagcac
agtccacctcagctcttccgggtaagaagatgtgtaatgatctgggatgc
agtaacaagcaacactatagaaacaaaccaacaatttcagggtttggttt
tgttttctaagagaaccccagtccacaaacacaatatccccattttgaca
gtatggatttcccaccatatgtttgctttgaattgttttgtgcatgccct
gtgtataacacagagggcgaaggagtttccatagatgaaattcctgcctg
ttttccttattccttccagtctttctcatgtcagacagatctgagaaagg
gccagggtgtaaggcaggtgtgtgcatatacacatgtgcctgaggctgag
gctttgggccaccataaaagctgaggcacattcgcatcaacatctcagca
ctgagcactgataaccagatgtgacccatgtggagaatcctcttctctga
ggaaagaatcagagttcagagaaatggccagtgaaaggctgatgctcccc
acagcctagaaacctccttgttctgtcaccattgattctgatctaacttt
ctgccatggggtggttattctgtgttcaaggttaaccacatgtcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_93907424_93908609
seq2: B6Ng01-237C12.b_46_1246 (reverse)

seq1  AGACTTTCAATG-AAAACA-CAAAGTCCCAAGAATAGGGAAGA-CTA-GC  46
      |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| ||
seq2  AGACTTCCAATGAAAAACACCAAAGTTCCAAGAATA-GGAAGACCTAGGC  49

seq1  ACTT-CTGGGCCCAAGCTCA-CTTCT--AGTTTGTGG--TAACTGAA-GC  89
      |||| ||||| || |||||| |||||   ||||||||   ||||||| ||
seq2  ACTTCCTGGGGCCCAGCTCACCTTCTTAGGTTTGTGGGTAAACTGAAGGC  99

seq1  AATGAC-AGCAAA-GGCTGACGTCACCAAC-AGGGAGCATGGAAGCA-CA  135
      |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AATGACAAGCAAAGGGCTGACGTCACCAACAAGGGAGCATGGAAGCACCA  149

seq1  TGGGTGCAGACACTGGTTCTCAAGAGATCTGA-GGGGTCAGATGCACACT  184
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCAGACACTGGTTCTCAAGAGATCTGAGGGGGTCAGATGCACACT  199

seq1  CTAAACTATGCAATACATACACCACTTCCAGCAGAATGGACATCCACACA  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTATGCAATACATACACCACTTCCAGCAGAATGGACATCCACACA  249

seq1  AGTAGGAAACTACTCAAGGGCAAAATGGTTTGGGAGAAATGTGTATTTTT  284
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAAACTACTCAAGGGCAAAATGG-TTGGGAGAAATGTGTATTTTT  298

seq1  AAAAACACAACCCAAAAGTACACGGAGAAAACTGAGAGACTAACAAACAG  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAACCCAAAAGTACACGGAGAAAACTGAGAGACTAACAAACAG  348

seq1  CATTATGATCAAAAGGTCAA-CCCTCGAAGGGAGAAAAGGGCTGATCATG  383
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGATCAAAAGGTCAACCCCTCGAAGGGAGAAAAGGGCTGATCATG  398

seq1  CACACAACTCACAACAAGGACTGTTCCATAACACACAAGGAGCAGCTTTA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACTCACAACAAGGACTGTTCCATAACACACAAGGAGCAGCTTTA  448

seq1  CACCAAGACCAAAGGAGCTCTTACCTGAAGCACAGGCAAAGGCCTGACTG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGACCAAAGGAGCTCTTACCTGAAGCACAGGCAAAGGCCTGACTG  498

seq1  AACACTCTCTGGAAGGGGAGCTCTGCCAGGCTAGTCATAGACTCACATCG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTCTGGAAGGGGAGCTCTGCCAGGCTAGTCATAGACTCACATCG  548

seq1  CACCTTAATGGCAGTCAGGGAACTAGATGCTAGAGAGATCCCCTTCCACT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTAATGGCAGTCAGGGAACTAGATGCTAGAGAGATCCCCTTCCACT  598

seq1  ACAGAGCTGGGACTGAGAGAACTGGCAGCCGCAGCCCTGGGAAGGGTAAG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTGGGACTGAGAGAACTGGCAGCCGCAGCCCTGGGAAGGGTAAG  648

seq1  GCCATGGAGGCTCTGAGGCCCTGTCGTCCAACTGCTTGGACTCTTTGCTA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGAGGCTCTGAGGCCCTGTCGTCCAACTGCTTGGACTCTTTGCTA  698

seq1  GCTGGTCCCTAGGTGCCAGCTTCCCTTTCATTCTTTGTTGTCATAGACCT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCCCTAGGTGCCAGCTTCCCTTTCATTCTTTGTTGTCATAGACCT  748

seq1  ATCTGTCTGCATCTTTGTATATCACATGCCAAAACGATTTTCAAACAACG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTGCATCTTTGTATATCACATGCCAAAACGATTTTCAAACAACG  798

seq1  TCAAATAACAGACTTTACAAGAATGTTTTAAGCATACGCATCGTGTTCTG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAACAGACTTTACAAGAATGTTTTAAGCATACGCATCGTGTTCTG  848

seq1  TAGTACAGATGGAGATTAAAATTCATACAAAAATTTGCTACAATAATTTG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACAGATGGAGATTAAAATTCATACAAAAATTTGCTACAATAATTTG  898

seq1  TTAAAATGGCTAGCCATTTTCAGTGTTTGCAGATAAAAGATTTGGGGGGT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGCTAGCCATTTTCAGTGTTTGCAGATAAAAGATTTGGGGGGT  948

seq1  CTGTCCATGTGATGGTTTGATTGAGAAATGTCCCCCCTAGGCTCCTGTAC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCATGTGATGGTTTGATTGAGAAATGTCCCCCCTAGGCTCCTGTAC  998

seq1  TCGAATAAGTCCCAGTTGGCGTGATATAAATCAAAGTTAGGAACCTTTAG  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATAAGTCCCAGTTGGCGTGATATAAATCAAAGTTAGGAACCTTTAG  1048

seq1  GAGGCGCAGCCTTGCTAGAGGAAGTATGTCATGGGGTCTCTCTCTCTCTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGCAGCCTTGCTAGAGGAAGTATGTCATGGGGTCTCTCTCTCTCTC  1098

seq1  TCTCTCTCTCTCATATGAAACGTGATCAGCCTGCTTCCTGCTTCTGTTGT  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCATATGAAACGTGATCAGCCTGCTTCCTGCTTCTGTTGT  1148

seq1  CTTCTCTACCATAATAGACCCAGCCCTTGTGGAACTATAAACCAAATGAA  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTACCATAATAGACCCAGCCCTTGTGGAACTATAAACCAAATGAA  1198

seq1  TTC  1186
      |||
seq2  TTC  1201

seq1: chr1_93793391_93794528
seq2: B6Ng01-237C12.g_67_1213

seq1  GAATTCAGTAGCTTTTCAGTCCACATGGCTAGATGTCTCAGCTGGTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGCTTTTCAGTCCACATGGCTAGATGTCTCAGCTGGTTTTG  50

seq1  AGTAATCCTGAGGAAGTAGGCTCTAATGCCATTGAAGAAATGAACTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCCTGAGGAAGTAGGCTCTAATGCCATTGAAGAAATGAACTTCCA  100

seq1  GCTAGAGTAAGGGCAAACAGGCAAAGAGCAAAGCTTCCTTCTTCCATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGTAAGGGCAAACAGGCAAAGAGCAAAGCTTCCTTCTTCCATGTC  150

seq1  CTCATACAGGCTGCCAGCAGAAGGTGTGGTCCAGATTAAAGGTAGACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACAGGCTGCCAGCAGAAGGTGTGGTCCAGATTAAAGGTAGACCTT  200

seq1  CCCACCTCAAAAGACCTGGATTAAAGGTGGGGTCTTCCCACTTTAGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCAAAAGACCTGGATTAAAGGTGGGGTCTTCCCACTTTAGATGA  250

seq1  TTTAATTAAGAAAACAATCTCTCACAGATGTACCTAGCTGTGCCCCAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTAAGAAAACAATCTCTCACAGATGTACCTAGCTGTGCCCCAGAA  300

seq1  CTCCATATGAGAAATCCAAATTCTTCTGCTAGAGACAAGGCCAAAGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATATGAGAAATCCAAATTCTTCTGCTAGAGACAAGGCCAAAGCAAG  350

seq1  GGGCACTGCGCCCAGGATAGGAAGCCAGCCTCCTGACAGAACTTGACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTGCGCCCAGGATAGGAAGCCAGCCTCCTGACAGAACTTGACAGG  400

seq1  CATCTGTGCTCTTCCTAAAGAGCCCAGCCTGACTACCCTGCCCTGCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGCTCTTCCTAAAGAGCCCAGCCTGACTACCCTGCCCTGCTGGA  450

seq1  AAGTAGCCAGCAGGGGGTGCCTGGGAGCAAAGGCACCATCTTGGGCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCCAGCAGGGGGTGCCTGGGAGCAAAGGCACCATCTTGGGCAGCT  500

seq1  GGCTAAGGTATGGTGATGCACTGTGAAGCAAGAAGTGCCCAGCTGAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGGTATGGTGATGCACTGTGAAGCAAGAAGTGCCCAGCTGAGCAC  550

seq1  AGTCCACCTCAGCTCTTCCGGGTAAGAAGATGTGTAATGATCTGGGATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACCTCAGCTCTTCCGGGTAAGAAGATGTGTAATGATCTGGGATGC  600

seq1  AGTAACAAGCAACACTATAGAAACAAACCAACAATTTCAGGGTTTGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAAGCAACACTATAGAAACAAACCAACAATTTCAGGGTTTGGTTT  650

seq1  TGTTTTCTAAGAGAACCCCAGTCCACAAACACAATATCCCCATTTTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTAAGAGAACCCCAGTCCACAAACACAATATCCCCATTTTGACA  700

seq1  GTATGGATTTCCCACCATATGTTTGCTTTGAATTGTTTTGTGCATGCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGATTTCCCACCATATGTTTGCTTTGAATTGTTTTGTGCATGCCCT  750

seq1  GTGTATAACACAGAGGGCGAAGGAGTTTCCATAGATGAAATTCCTGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAACACAGAGGGCGAAGGAGTTTCCATAGATGAAATTCCTGCCTG  800

seq1  TTTTCCTTATTCCTTCCAGTCTTTCTCATGTCAGACAGATCTGAG-AAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTCCTTATTCCTTCCAGTCTTTCTCATGTCAGACAGATCTGAGAAAGG  850

seq1  GCCAGGGTGTAAGGCAGGTGTGTGCATATACACATGTGCCTGAGGCTGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGTGTAAGGCAGGTGTGTGCATATACACATGTGCCTGAGGCTGAG  900

seq1  GCTTT-GGCCACCATAAAAGCTGAGGCACATTCGCATCAACATCTCAGCA  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGGCCACCATAAAAGCTGAGGCACATTCGCATCAACATCTCAGCA  950

seq1  CTGAGCACTGATAACCAGATGTGACCCATGTGGAGAATCCTCTTCTCTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCACTGATAACCAGATGTGACCCATGTGGAGAATCCTCTTCTCTGA  1000

seq1  GGAAAGAATCAGAGTTCAGAGAAATGGCCAGTGAAAGGCTGATGCTCCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAATCAGAGTTCAGAGAAATGGCCAGTGAAAGGCTGATGCTCCCC  1050

seq1  ACAGCCTAG-AACCTCC-TGTTCTGTCA-CATTGATTCTGATCT-ACTTT  1094
      ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  ACAGCCTAGAAACCTCCTTGTTCTGTCACCATTGATTCTGATCTAACTTT  1100

seq1  CTGCCATGGGGTTGGTTA-TCTGTGTTC-AGGT--ACCACATGTCTTG  1138
      ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||
seq2  CTGCCATGGGG-TGGTTATTCTGTGTTCAAGGTTAACCACATGTCTTG  1147