BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238L07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 10,821,684 - 10,977,480
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSgk3, LOC100039643, 6030422M02Rik, LOC100039596, 4930418G15Rik, Cops5, Cspp1, Arfgef1, Cpa6, LOC433271
Downstream geneC030045D06Rik, A830018L16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238L07.bB6Ng01-238L07.g
ACCGA049331GA049332
length7931,030
definitionB6Ng01-238L07.b B6Ng01-238L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,821,684 - 10,822,476)(10,976,457 - 10,977,480)
sequence
gaattccacaatatgtacaattatctaaataatactgttttgtccattat
aaaaatctccaacttttatttgttgcttaaaattaatcaaacttaacaaa
agaaggacaaaattcacgttggtagcaggattctcagactaagtctcagt
ttgccaactctaccaatgaaccaaatggccaaagaagactggtgcttaga
ccagagaggaccatttacgttttttcttaaagccagatttttagtgctta
gctgcatctgtgttaaagcaatcctctctatatcatgtgtattcaatata
cttgcttatcctttaaaatacaaataatgctgcttccacgaagcttccct
acagttacaattctgcaatctccacatgctgctgttataatacacatcac
agtcatctatgtacattgcattgctgattaacagaacttaatcgtattca
tgtttgaatcttctatataataagtgtcttggcatataataagcagtcaa
ttaatatttttaaagatttatttattattacatttatatgagtacacagt
agctgtcttcagacacaccagaagagggcatcacaaccattaaaggtggt
tgtgaaccactatgtggttgctggtagttgaacttaggtcctctggaaga
gcaagcagccagtgctcttaattgctgagccatctctccagtccataata
tttttaaagggtgatttaaattttttccaaactatttgaatgctagtgtg
tctatgtggatacgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtg

gaattccagactaaaacaccaagcttcacagtaaattacagctctcctat
ataatggatttcataagtctattgcaattgcagatccaccaacaagatga
actacagtttttgtcaatgtgaccaatagtctatctagatcctggcctgc
aattaccagtcaacaaacatttgcttgctgaatacatgatacagaggatg
ggatgggaaagggcattcactgggatgattctgttctcccggggcttcac
catcacacttctaaataaggatgagtctggctttgctttctgcttctcca
ttatctattcttcaataggagaagcaaatataaacgttccttagaggaaa
aaacgtatatgtaaagcattctcactgcagattgtgagcctgcttaagga
aaaagaataaacaaaaaatgtacttatttcactgttttatcaaagaagta
ttactcatcttgttaatgacttaatggaacccatctagtctattctcaag
ctaacagtaaaacacaagaaatacctgatggtaattagcaaaaaacaatc
acagttactaaagcacaaaggtaattttaccaccataggtatttaatacg
ccagctatcccttagacacggaaaagagtcttccaatatactttaggaat
aatatcattagaaactaaaaccacattaaacagttaattacattgtttat
aaaaagagtactggattttatactttaaatatttacagaacaatcaggag
gaaaatagaatttccatatgtcctttcctatacttctccctaggcccatt
actaacattttgcattaacatgtccattttacttttgatttttcagtttt
gtattacaataacaaaataccccaagaggacctaactattatttaataac
tgtcccccaccctccagatttgaagactgggaaattcaaaagcaggctca
tatgcggtgggaatttggctaccatatcacatcatgttgggaatacacat
gtatcttttgtattcttctccctcccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_10821684_10822476
seq2: B6Ng01-238L07.b_44_836

seq1  GAATTCCACAATATGTACAATTATCTAAATAATACTGTTTTGTCCATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAATATGTACAATTATCTAAATAATACTGTTTTGTCCATTAT  50

seq1  AAAAATCTCCAACTTTTATTTGTTGCTTAAAATTAATCAAACTTAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTCCAACTTTTATTTGTTGCTTAAAATTAATCAAACTTAACAAA  100

seq1  AGAAGGACAAAATTCACGTTGGTAGCAGGATTCTCAGACTAAGTCTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACAAAATTCACGTTGGTAGCAGGATTCTCAGACTAAGTCTCAGT  150

seq1  TTGCCAACTCTACCAATGAACCAAATGGCCAAAGAAGACTGGTGCTTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACTCTACCAATGAACCAAATGGCCAAAGAAGACTGGTGCTTAGA  200

seq1  CCAGAGAGGACCATTTACGTTTTTTCTTAAAGCCAGATTTTTAGTGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGGACCATTTACGTTTTTTCTTAAAGCCAGATTTTTAGTGCTTA  250

seq1  GCTGCATCTGTGTTAAAGCAATCCTCTCTATATCATGTGTATTCAATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATCTGTGTTAAAGCAATCCTCTCTATATCATGTGTATTCAATATA  300

seq1  CTTGCTTATCCTTTAAAATACAAATAATGCTGCTTCCACGAAGCTTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATCCTTTAAAATACAAATAATGCTGCTTCCACGAAGCTTCCCT  350

seq1  ACAGTTACAATTCTGCAATCTCCACATGCTGCTGTTATAATACACATCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTACAATTCTGCAATCTCCACATGCTGCTGTTATAATACACATCAC  400

seq1  AGTCATCTATGTACATTGCATTGCTGATTAACAGAACTTAATCGTATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTATGTACATTGCATTGCTGATTAACAGAACTTAATCGTATTCA  450

seq1  TGTTTGAATCTTCTATATAATAAGTGTCTTGGCATATAATAAGCAGTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAATCTTCTATATAATAAGTGTCTTGGCATATAATAAGCAGTCAA  500

seq1  TTAATATTTTTAAAGATTTATTTATTATTACATTTATATGAGTACACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTTTTAAAGATTTATTTATTATTACATTTATATGAGTACACAGT  550

seq1  AGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCACAACCATTAAAGGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCACAACCATTAAAGGTGGT  600

seq1  TGTGAACCACTATGTGGTTGCTGGTAGTTGAACTTAGGTCCTCTGGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCACTATGTGGTTGCTGGTAGTTGAACTTAGGTCCTCTGGAAGA  650

seq1  GCAAGCAGCCAGTGCTCTTAATTGCTGAGCCATCTCTCCAGTCCATAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAGCCAGTGCTCTTAATTGCTGAGCCATCTCTCCAGTCCATAATA  700

seq1  TTTTTAAAGGGTGATTTAAATTTTTTCCAAACTATTTGAATGCTAGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGGGTGATTTAAATTTTTTCCAAACTATTTGAATGCTAGTGTG  750

seq1  TCTATGTGGATACGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  793
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTGGATACGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  793


seq1: chr1_10976457_10977480
seq2: B6Ng01-238L07.g_66_1095 (reverse)

seq1  GGGAGGGAGGGAG-AGAATAC-AAAGATACATGTGTATTCCCAACATGAT  48
      || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAGGGAGAAGAATACAAAAGATACATGTGTATTCCCAACATGAT  50

seq1  GTGATATGGTAGCCAAATTCCCACCGCATATGAGCCTGCTTTTGAATTT-  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGATATGGTAGCCAAATTCCCACCGCATATGAGCCTGCTTTTGAATTTC  100

seq1  CCAGTCTTCAAATCTGGA-GGTGGGGGACAGTTATTAAAT-ATAGTTAGG  145
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAGTCTTCAAATCTGGAGGGTGGGGGACAGTTATTAAATAATAGTTAGG  150

seq1  T-CTCTTGGGGTATTTTGTTATTGTAATACAAAACTGAAAAATCAAAAGT  194
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGGGGTATTTTGTTATTGTAATACAAAACTGAAAAATCAAAAGT  200

seq1  AAAATGGACATGTTAATGCAAAATGTTAGTAATGGGCCTAGGGAGAAGTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGACATGTTAATGCAAAATGTTAGTAATGGGCCTAGGGAGAAGTA  250

seq1  TAGGAAAGGACATATGGAAATTCTATTTTCCTCCTGATTGTTCTGTAAAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGGACATATGGAAATTCTATTTTCCTCCTGATTGTTCTGTAAAT  300

seq1  ATTTAAAGTATAAAATCCAGTACTCTTTTTATAAACAATGTAATTAACTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGTATAAAATCCAGTACTCTTTTTATAAACAATGTAATTAACTG  350

seq1  TTTAATGTGGTTTTAGTTTCTAATGATATTATTCCTAAAGTATATTGGAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTGGTTTTAGTTTCTAATGATATTATTCCTAAAGTATATTGGAA  400

seq1  GACTCTTTTCCGTGTCTAAGGGATAGCTGGCGTATTAAATACCTATGGTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTTCCGTGTCTAAGGGATAGCTGGCGTATTAAATACCTATGGTG  450

seq1  GTAAAATTACCTTTGTGCTTTAGTAACTGTGATTGTTTTTTGCTAATTAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTACCTTTGTGCTTTAGTAACTGTGATTGTTTTTTGCTAATTAC  500

seq1  CATCAGGTATTTCTTGTGTTTTACTGTTAGCTTGAGAATAGACTAGATGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGTATTTCTTGTGTTTTACTGTTAGCTTGAGAATAGACTAGATGG  550

seq1  GTTCCATTAAGTCATTAACAAGATGAGTAATACTTCTTTGATAAAACAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATTAAGTCATTAACAAGATGAGTAATACTTCTTTGATAAAACAGT  600

seq1  GAAATAAGTACATTTTTTGTTTATTCTTTTTCCTTAAGCAGGCTCACAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGTACATTTTTTGTTTATTCTTTTTCCTTAAGCAGGCTCACAAT  650

seq1  CTGCAGTGAGAATGCTTTACATATACGTTTTTTCCTCTAAGGAACGTTTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGAGAATGCTTTACATATACGTTTTTTCCTCTAAGGAACGTTTA  700

seq1  TATTTGCTTCTCCTATTGAAGAATAGATAATGGAGAAGCAGAAAGCAAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCTTCTCCTATTGAAGAATAGATAATGGAGAAGCAGAAAGCAAAG  750

seq1  CCAGACTCATCCTTATTTAGAAGTGTGATGGTGAAGCCCCGGGAGAACAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCATCCTTATTTAGAAGTGTGATGGTGAAGCCCCGGGAGAACAG  800

seq1  AATCATCCCAGTGAATGCCCTTTCCCATCCCATCCTCTGTATCATGTATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCCCAGTGAATGCCCTTTCCCATCCCATCCTCTGTATCATGTATT  850

seq1  CAGCAAGCAAATGTTTGTTGACTGGTAATTGCAGGCCAGGATCTAGATAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCAAATGTTTGTTGACTGGTAATTGCAGGCCAGGATCTAGATAG  900

seq1  ACTATTGGTCACATTGACAAAAACTGTAGTTCATCTTGTTGGTGGATCTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGGTCACATTGACAAAAACTGTAGTTCATCTTGTTGGTGGATCTG  950

seq1  CAATTGCAATAGACTTATGAAATCCATTATATAGGAGAGCTGTAATTTAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCAATAGACTTATGAAATCCATTATATAGGAGAGCTGTAATTTAC  1000

seq1  TGTGAAGCTTGGTGTTTTAGTCTGGAATTC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGCTTGGTGTTTTAGTCTGGAATTC  1030


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |