BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240H18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 163,833,996 - 163,974,765
singlet/doubletdoublet
Overlap genePigc, Dnm3
Upstream geneRc3h1, Serpinc1, Zbtb37, Gas5, Dars2, Cenpl, Klhl20, Ankrd45, 4930469G21Rik, EG665117, EG640200, EG620839, Prdx6, Tnfsf4, Tnfsf18, EG435650, LOC100039623, LOC269134, Fasl, AI848100, EG665109
Downstream geneLOC100039703, Dnm3os, 5630401D24Rik, Vamp4, LOC435651, Myoc, Bat2d, Fmo4, Fmo1, Fmo2, Fmo6, Fmo3, 4921528O07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240H18.bB6Ng01-240H18.g
ACCGA050644GA050645
length1,1811,132
definitionB6Ng01-240H18.b B6Ng01-240H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(163,833,996 - 163,835,174)(163,973,639 - 163,974,765)
sequence
gaattcagagatctgcctgtctctgcctaccaggatcccctggaactgga
gttatagatgattatagatcctatgtggatgctggcaatggaactcagag
cagctacaagagaaaccatcgctcttaacccctgagccacctctccagct
ccacttatttacttcttaccccaagcacaatgttgtgtacctactaacca
atacactccaggcacagtgctgaactctgagatatagagataaaaggtgt
tattccctgtctttgaggtgcacacacagcatgatttggaggaaagaaaa
gttctatgacatgccaccaagaatcacagacttaaagtcagatctaactt
cttagaggatggaggttgcactcacatgatttagtatgtgattaagagga
agaagacttaaacaagataggagattgatacccagctgagaccagaaggg
ttgagagcaggatggcaaagacagtccagaaagataaaaaataaacaaac
aaacaaacaaaaaaacccagtgtgtacaaaagaaataacgagcatgctga
cattgaggtatgacaaagacatcggaatgtctggatcttgggatgaatat
agggaagagtttggagaacaagagagggagaggctgtgccattatctttg
cagtggatacaaagcctgtatagctgtagttttaccatgtcctccctgtc
taaggaaccaagtagttcatagcccttagggaccatctccatcagttttc
cattccttatcatactgctgtagatatagggagaacaagattctgatact
cagaaaggctatttcagcatttcccctcagaaatgttacctagcatctac
tagcagacaaggctatagctcattcaactccagagaggatcccatgagat
agaaagaggtttttatgtttagtagaagctgaaggaagaaagacattaga
cttaagtagtcatatatacattagtagccattatactgtaggttatattc
atatgggctagggtcttcttttgatagtcttgacctagctaatagctgaa
gagagtatgacctttactgcctgtgttttatggtcctcatgaactccaaa
tttgttagaatactagtggaaacatatttttcctttaacatgagaacctc
agtggagaactatgctttttgtgtgactata
gaattcagcattttacaaagcagccacatggtctgtcgcccaggactccc
tgagcagactgccttgagaggctgggcaacatctgtcagcatctttagca
taaaccatcagccccaagcattcttcaggctgcaacttgagctatcaggt
ctcagctcaggaggttttgtatgctttcaggaaaatgagctctgttcttt
tcaagtgaaagccattatggaggaaatgtgatcatagcatttcaagacaa
ccttctgctctttccatggctaaaggcaaagccagcctcaactcgactga
aagagacagaaaatacccaaacaagcagagtgtggtgaggttttcttcac
actgcgttcctggagcaggatgtcttccccagagctgtatgaccacacgc
ttagcagcacagtgtatgaaacttggcccgactatgatgctaccagaggt
caggacatgttcccctctccgcagctgagggtgaagggctgaagtgacaa
attctgatcctccagcttcccaaactatcatacagacacaggaaactcat
atagcaaacaatagtttgccaaaaggtatcatatcccctagtggattgtg
gttttgcacagtttcaacacatatcacccgagtgtctaaaattacttctc
agaatacatctgtctgtgcaatacaggacttcactccaccactgatccca
tatagcccattgaacaataggggtgtacttttgaacctaatgctgtcact
cccaatcttattgtgggtgttaaaaattcacagtgtgttccagtttatcc
tccgtgcaagaacttgactatgaagtcagagagagtggatcttgaaattg
ccaatccattcaaagtagaaaggtcattttctctgaatgaggtccaggta
gctttgagttcttctatagagaggcctcccagccacataactatggtgta
agtttaataatgcactcagtagaaagccatactggaattatgaaattgtt
aagcttctctctggctaagaagtatgcactagtagacacccccaatgata
tggggtagtgcagcaggcaagctccccagcagccacacagaggaaactta
tggatgtgtagtagttggacacattctatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_163833996_163835174
seq2: B6Ng01-240H18.b_47_1227

seq1  GAATTCAGAGATCTGCCTGTCTCTGCCTACCAGGATCCCCTGGAACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATCTGCCTGTCTCTGCCTACCAGGATCCCCTGGAACTGGA  50

seq1  GTTATAGATGATTATAGATCCTATGTGGATGCTGGCAATGGAACTCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGATGATTATAGATCCTATGTGGATGCTGGCAATGGAACTCAGAG  100

seq1  CAGCTACAAGAGAAACCATCGCTCTTAACCCCTGAGCCACCTCTCCAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACAAGAGAAACCATCGCTCTTAACCCCTGAGCCACCTCTCCAGCT  150

seq1  CCACTTATTTACTTCTTACCCCAAGCACAATGTTGTGTACCTACTAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTATTTACTTCTTACCCCAAGCACAATGTTGTGTACCTACTAACCA  200

seq1  ATACACTCCAGGCACAGTGCTGAACTCTGAGATATAGAGATAAAAGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTCCAGGCACAGTGCTGAACTCTGAGATATAGAGATAAAAGGTGT  250

seq1  TATTCCCTGTCTTTGAGGTGCACACACAGCATGATTTGGAGGAAAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCTGTCTTTGAGGTGCACACACAGCATGATTTGGAGGAAAGAAAA  300

seq1  GTTCTATGACATGCCACCAAGAATCACAGACTTAAAGTCAGATCTAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATGACATGCCACCAAGAATCACAGACTTAAAGTCAGATCTAACTT  350

seq1  CTTAGAGGATGGAGGTTGCACTCACATGATTTAGTATGTGATTAAGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGGATGGAGGTTGCACTCACATGATTTAGTATGTGATTAAGAGGA  400

seq1  AGAAGACTTAAACAAGATAGGAGATTGATACCCAGCTGAGACCAGAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTTAAACAAGATAGGAGATTGATACCCAGCTGAGACCAGAAGGG  450

seq1  TTGAGAGCAGGATGGCAAAGACAGTCCAGAAAGATAAAAAATAAACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGCAGGATGGCAAAGACAGTCCAGAAAGATAAAAAATAAACAAAC  500

seq1  AAACAAACAAAAAAACCCAGTGTGTACAAAAGAAATAACGAGCATGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAAAAACCCAGTGTGTACAAAAGAAATAACGAGCATGCTGA  550

seq1  CATTGAGGTATGACAAAGACATCGGAATGTCTGGATCTTGGGATGAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGGTATGACAAAGACATCGGAATGTCTGGATCTTGGGATGAATAT  600

seq1  AGGGAAGAGTTTGGAGAACAAGAGAGGGAGAGGCTGTGCCATTATCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAGTTTGGAGAACAAGAGAGGGAGAGGCTGTGCCATTATCTTTG  650

seq1  CAGTGGATACAAAGCCTGTATAGCTGTAGTTTTACCATGTCCTCCCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATACAAAGCCTGTATAGCTGTAGTTTTACCATGTCCTCCCTGTC  700

seq1  TAAGGAACCAAGTAGTTCATAGCCCTTAGGGACCATCTCCATCAGTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAACCAAGTAGTTCATAGCCCTTAGGGACCATCTCCATCAGTTTTC  750

seq1  CATTCCTTATCATACTGCTGTAGATATAGGGAGAACAAGATTCTGATACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTATCATACTGCTGTAGATATAGGGAGAACAAGATTCTGATACT  800

seq1  CAGAAAGGCTATTTCAGCATTTCCCCTCAGAAATGTTACCTAGCATCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGCTATTTCAGCATTTCCCCTCAGAAATGTTACCTAGCATCTAC  850

seq1  TAGCAGACAAGGCTATAGCTCATTCAACTCCAGAGAGGATCCCATGAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGACAAGGCTATAGCTCATTCAACTCCAGAGAGGATCCCATGAGAT  900

seq1  AGAAAGAGGTTTTTATGTTTAGTAGAAGCTGAAGGAAGAAAGACATTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGGTTTTTATGTTTAGTAGAAGCTGAAGGAAGAAAGACATTAGA  950

seq1  CTTAAGTAGTCATATATACATTAGTAGCCATTATACTGTAGGTTATATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTAGTCATATATACATTAGTAGCCATTATACTGTAGGTTATATTC  1000

seq1  ATAT-GGCTAGGGTCTCTTTTTGATAGTCTTGACCTAGCT-ATAGCTGGA  1048
      |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  
seq2  ATATGGGCTAGGGTCTTCTTTTGATAGTCTTGACCTAGCTAATAGCTG--  1048

seq1  AAGAGAAGTATTGACC-TTACTG-CTGTGTTTTATGGT-CTCATGGACTC  1095
      ||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AAGAG-AGTA-TGACCTTTACTGCCTGTGTTTTATGGTCCTCATGAACTC  1096

seq1  AAAATTTG-TAG-ATACTAATTG-AACATATTTTTTCTTTTAACAATGAG  1142
       ||||||| ||| |||||| | | |||||| |||||| |||||| |||||
seq2  CAAATTTGTTAGAATACTAGTGGAAACATA-TTTTTCCTTTAAC-ATGAG  1144

seq1  AAACTCAGGTTTAGAG-ACTATGCTTTTT-TGTGA-TATA  1179
      || |||||   | ||| |||||||||||| ||||| ||||
seq2  AACCTCAG---TGGAGAACTATGCTTTTTGTGTGACTATA  1181

seq1: chr1_163973639_163974765
seq2: B6Ng01-240H18.g_68_1199 (reverse)

seq1  CTCATAGAATGTGTCCAACCTACTACACAT-CAT-AGTTTCCTCTTGTGT  48
      |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||
seq2  CTCATAGAATGTGTCCAA-CTACTACACATCCATAAGTTTCCTC-TGTGT  48

seq1  GGCTGCTGGGGAGCTTGCCTGCTGCCACTACCCCATATCA-TGGGGGTGT  97
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCTGCTGGGGAGCTTGCCTGCTG-CACTACCCCATATCATTGGGGGTGT  97

seq1  CTACTAGTGCATACTTC-TAGCCAGAGAGAAGCTT-ACAA-TTCATAATT  144
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  CTACTAGTGCATACTTCTTAGCCAGAGAGAAGCTTAACAATTTCATAATT  147

seq1  CCAAGTATGGC-TTCTACTGAGTGCATTATTAAACTTACACCATAGTTAT  193
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-AGTATGGCTTTCTACTGAGTGCATTATTAAACTTACACCATAGTTAT  196

seq1  GTGGCTGGGAGGCCTCTCTATAG-AGAACTCAAAGCTACCTGGACCTCAT  242
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGGGAGGCCTCTCTATAGAAGAACTCAAAGCTACCTGGACCTCAT  246

seq1  TCAGAG-AAATGACCTTTCTACTTTGAATGGATTGGCAATTTCAAGATCC  291
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAAATGACCTTTCTACTTTGAATGGATTGGCAATTTCAAGATCC  296

seq1  ACTCTCTCTGACTTCATAGTCAAGTTCTTGCACGGAGGATAAACTGGAAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCTGACTTCATAGTCAAGTTCTTGCACGGAGGATAAACTGGAAC  346

seq1  ACACTGTGAATTTTTAACACCCACAATAAGATTGGGAGTGACAGCATTAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGAATTTTTAACACCCACAATAAGATTGGGAGTGACAGCATTAG  396

seq1  GTTCAAAAGTACACCCCTATTGTTCAATGGGCTATATGGGATCAGTGGTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAAGTACACCCCTATTGTTCAATGGGCTATATGGGATCAGTGGTG  446

seq1  GAGTGAAGTCCTGTATTGCACAGACAGATGTATTCTGAGAAGTAATTTTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGTCCTGTATTGCACAGACAGATGTATTCTGAGAAGTAATTTTA  496

seq1  GACACTCGGGTGATATGTGTTGAAACTGTGCAAAACCACAATCCACTAGG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTCGGGTGATATGTGTTGAAACTGTGCAAAACCACAATCCACTAGG  546

seq1  GGATATGATACCTTTTGGCAAACTATTGTTTGCTATATGAGTTTCCTGTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATGATACCTTTTGGCAAACTATTGTTTGCTATATGAGTTTCCTGTG  596

seq1  TCTGTATGATAGTTTGGGAAGCTGGAGGATCAGAATTTGTCACTTCAGCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATGATAGTTTGGGAAGCTGGAGGATCAGAATTTGTCACTTCAGCC  646

seq1  CTTCACCCTCAGCTGCGGAGAGGGGAACATGTCCTGACCTCTGGTAGCAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCCTCAGCTGCGGAGAGGGGAACATGTCCTGACCTCTGGTAGCAT  696

seq1  CATAGTCGGGCCAAGTTTCATACACTGTGCTGCTAAGCGTGTGGTCATAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCGGGCCAAGTTTCATACACTGTGCTGCTAAGCGTGTGGTCATAC  746

seq1  AGCTCTGGGGAAGACATCCTGCTCCAGGAACGCAGTGTGAAGAAAACCTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGGGAAGACATCCTGCTCCAGGAACGCAGTGTGAAGAAAACCTC  796

seq1  ACCACACTCTGCTTGTTTGGGTATTTTCTGTCTCTTTCAGTCGAGTTGAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTCTGCTTGTTTGGGTATTTTCTGTCTCTTTCAGTCGAGTTGAG  846

seq1  GCTGGCTTTGCCTTTAGCCATGGAAAGAGCAGAAGGTTGTCTTGAAATGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTTGCCTTTAGCCATGGAAAGAGCAGAAGGTTGTCTTGAAATGC  896

seq1  TATGATCACATTTCCTCCATAATGGCTTTCACTTGAAAAGAACAGAGCTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCACATTTCCTCCATAATGGCTTTCACTTGAAAAGAACAGAGCTC  946

seq1  ATTTTCCTGAAAGCATACAAAACCTCCTGAGCTGAGACCTGATAGCTCAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTGAAAGCATACAAAACCTCCTGAGCTGAGACCTGATAGCTCAA  996

seq1  GTTGCAGCCTGAAGAATGCTTGGGGCTGATGGTTTATGCTAAAGATGCTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGCCTGAAGAATGCTTGGGGCTGATGGTTTATGCTAAAGATGCTG  1046

seq1  ACAGATGTTGCCCAGCCTCTCAAGGCAGTCTGCTCAGGGAGTCCTGGGCG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTGCCCAGCCTCTCAAGGCAGTCTGCTCAGGGAGTCCTGGGCG  1096

seq1  ACAGACCATGTGGCTGCTTTGTAAAATGCTGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCATGTGGCTGCTTTGTAAAATGCTGAATTC  1132