BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-240M09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 112,016,837 - 112,123,078
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh7
Upstream geneEG666508
Downstream geneLOC100041429, EG626652, Cdh19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240M09.bB6Ng01-240M09.g
ACCGA050854GA050855
length1,0421,163
definitionB6Ng01-240M09.b B6Ng01-240M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,016,837 - 112,017,882)(112,121,902 - 112,123,078)
sequence
gaattccatatactcatgctgaataatctaagtacccagttatgataagc
aattgtatagcataggcaatacatatcttgaaatataattttcatctttc
tcctaatgttcagtattttgaaaatatttttaggatcaatttatctcagt
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acaacacagatcatgcttatgtggtgggatgttacttatgtgataagcag
aaggtcagataaccatctctttgagtacctagaaccaagaaggttctttt
ggaaaggcagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_112016837_112017882
seq2: B6Ng01-240M09.b_45_1086

seq1  GAATTCCATATACTCATGCTGAATAATCTAAGTACCCAGTTATGATAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTACCTACATTGTTTCA-GTTCACATAATATATTTTGCTATATAT  849

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGC-TGTGTGTATGTG  1042


seq1: chr1_112121902_112123078
seq2: B6Ng01-240M09.g_67_1229 (reverse)

seq1  CTTCTGC--TTCCAAAAGAAACTTCTTTGTTCCTATGTTACTCAAAAGAG  48
      |||||||  ||||||||||| |||||| ||| ||| | ||||| ||||||
seq2  CTTCTGCCTTTCCAAAAGAACCTTCTTGGTT-CTA-GGTACTC-AAAGAG  47

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      |||| ||||||||| |  |||||||||||| ||| |||| ||  ||||||
seq2  ATGG-TTATCTGACCTTCTGCTTATCACATAAGTAACATCCCACCACATA  96

seq1  AGCATTGATTCTTGTGTTTGTAGTATGGCTTTTGTTACTTCATATTTGAT  147
      |||| ||||   |||| ||||||||| |||||   ||| ||||| |||| 
seq2  AGCA-TGAT--CTGTG-TTGTAGTATTGCTTT--GTAC-TCATA-TTGA-  137

seq1  TTATGAAATCTAAACATGTAGTTTATAAAGGCAGTCACATCTTTAATAGG  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAATCT-AACATGTAGTTTATAAAGGCAGTCACATCTTTAATAGG  186

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATCTCCATTGATTCAGTACAATATGATATTCA-TTATGTGAATGTGCTG  235

seq1  CACCTTATTCATTAGTTTGTAGGCATTTAAAATTTCCCCTAATTTGAACT  297
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CTTATTCATTAGTTTGTAGGCA-TTAAAATTTCCCCTAATTTGAACT  283

seq1  AATTTGAAATAGTGCTTAACAATATGAACGTAAATTATCTTAGTGAGCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATCCATGTACTTCTTTGGAAATTCATTTATTTCAAGGAAGTTTATCGATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGTACTTCTTTGGAAATTCATTTATTTCAAGGAAGTTTATCGATA  383

seq1  ATAACATTTCCAAATAACAGTGTGTGGGATTTCTGGATGTTTCCATATGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATTTCCAAATAACAGTGTGTGGGATTTCTGGATGTTTCCATATGC  433

seq1  TGGTTAAGTTGTCTCTATCTTTATCCTATGGTAGTATTGCATCATATTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAAGTTGTCTCTATCTTTATCCTATGGTAGTATTGCATCATATTTT  483

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTGATGGTTAATTATTTTATGTTTTTGTTTATTTTCTTCTCACCTTTGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGTTAATTATTTTATGTTTTTGTTTATTTTCTTCTCACCTTTGAG  633

seq1  AGATTTATATCTTCAGTTAAGTCATTGAATTTGTTTTAAAATGCAACTTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CATACATTGGCTTACAATTTAACTTAGTGCTTAGTTTATGAATAATTTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATTGGCTTACAATTTAACTTAGTGCTTAGTTTATGAATAATTTTA  733

seq1  TTAGTTTCATTTATTCAAAGCCTATCTTCACATAATATTTAGTATACTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTCATTTATTCAAAGCCTATCTTCACATAATATTTAGTATACTTA  783

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATGAAAAGAATTACTAGACCTATAAATTAGTACTCAAACTTTTTCTCTCC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATATATGTTTTTAATAACAATAGAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTTTTAATAACAATAGAGAATTC  1163


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