BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241N18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 3,785,050 - 3,904,463
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneXkr4, LOC100038975, LOC664792
Downstream geneLOC619785, Rp1h, Sox17, LOC664830, LOC664838, LOC664853, LOC619596, EG619980, LOC100039121, LOC620009, Mrpl15, Lypla1, Tcea1, LOC619829, Rgs20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241N18.bB6Ng01-241N18.g
ACCGA051667GA051668
length1,164915
definitionB6Ng01-241N18.b B6Ng01-241N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,785,050 - 3,786,232)(3,903,553 - 3,904,463)
sequence
gaattctgcaagtagaactagattctttgctgtggctttaattgtatttt
cacaaattcatggattggagttctaaccttcaatatgtcacaataaggct
tgatgtataaataatgtagatataaccctttgaaataatcccaaagggta
ttcctaattcaatttggtgggtatattcatttataaaaacaaaatttccc
aagatatctaaaaattcaacactggggaaactgaggcagtagaacagtga
gcatgaggctagcttgggctacttagtgagaagttatctcagaaaaataa
aggtaagttgattaaagagaaatgtgtatgtgtactgggagaatgctagg
agcaaacctacaagtcagtgacagatgttaagactacactttcctcttga
gccccctgataaagtctactctatgaacagcttcatttcagacttataac
ctatagagtggtgagtggtgagacaacgagaggctggtgtttgtgctaca
cacttggtctaacagtctagcaaatgcatcactacaatatgatcccaggg
acagaagacagtagacagagaggtttaagggagtattatcataaaacatc
acacactgagtttaatattttatcctgaaaatatataactggaacacaag
tatgtattaatatcttatcagtagacaagtatcttaccagtggacacgtt
aagcaaacttattcattcatttctagaaaaacatgtcacatgtcaggaaa
gtatacacaaatcagcacattaacttgcgcaattgttcactagaaacact
tagccagtgtctctcaataaatgtccgcaaagaagacactactttacatt
tgcatgagttcaaccacaccaaacctatccacttgctacctacttgatag
acattccataatattcccttgagcaagttacctaaagtctcagcttccaa
gttttctcctcagagtgtgaggaataatacatctcctactatttcaaagt
cagactcctcaagtggagatcactcccctctttctgtcaagctgaacaaa
acagtgtactttcgctaaaaaacacaattccctatatcatatggtgttgg
ctgcatgctatcctccattccatgaaaatactttgacctccaattaattc
tccctgggcagaga

gaattcatccggcaaacagaggaaaggaaaacctcaattataaaaggttg
attaacttcataatacatcactttctaaatgacaattatctgctggacat
tggcatttgcaaaagaaaagcaaagagcctgtgttgacaaagaatgtcat
tctgcatctgttaaggcattgtgctccttgttgcacataagattagagct
ggaataatttgaaagaaatcaaagtggatataacaatatagattgaaatt
ttccttcttcttgggcttataaaaattctgtggcagaatctgttaaatac
agactgtggcctccattccaaacagcagatacttaaaatagttcccaaga
caaatgtttactcaaattgaacaaagtccccactccatgaaatcataccg
atatcattccctgtccttaaacagctgaaagcattcatttgatcttacat
gtcaaatctctctaagtcagaatgccttgttccctggagctgaatttctg
gcatatgcccaagtcttaaatcatctacactccttgagactgcctgtttg
tataaaggactagtggatgaagccagtatctgacactgccttgattttgg
tgtataccctacacaactctccccttttctggtgcacaggaatgttgacc
agctaatatgtagtgtagcctccccccagcctgaagggggctggcacaga
ccttgtcaccactgaggtggggccacctgaggtgcagctttcttacttgc
ttggctccttttgaagtgacaactgccctgcttttctgctacctgctgag
aggctgaacctgtctcctgagatattcctgaataagcaaccagcctggcg
accaagtgctgacagaatggctccaggcaccaagaatggactggtggggg
gtgggggggtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_3785050_3786232
seq2: B6Ng01-241N18.b_49_1212

seq1  GAATTCTGCAAGTAGAACTAGATTCTTTGCTGTGGCTTTAATTGTATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAAGTAGAACTAGATTCTTTGCTGTGGCTTTAATTGTATTTT  50

seq1  CACAAATTCATGGATTGGAGTTCTAACCTTCAATATGTCACAATAAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTCATGGATTGGAGTTCTAACCTTCAATATGTCACAATAAGGCT  100

seq1  TGATGTATAAATAATGTAGATATAACCCTTTGAAATAATCCCAAAGGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTATAAATAATGTAGATATAACCCTTTGAAATAATCCCAAAGGGTA  150

seq1  TTCCTAATTCAATTTGGTGGGTATATTCATTTATAAAAACAAAATTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATTCAATTTGGTGGGTATATTCATTTATAAAAACAAAATTTCCC  200

seq1  AAGATATCTAAAAATTCAACACTGGGGAAACTGAGGCAGTAGAACAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATCTAAAAATTCAACACTGGGGAAACTGAGGCAGTAGAACAGTGA  250

seq1  GCATGAGGCTAGCTTGGGCTACTTAGTGAGAAGTTATCTCAGAAAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGCTAGCTTGGGCTACTTAGTGAGAAGTTATCTCAGAAAAATAA  300

seq1  AGGTAAGTTGATTAAAGAGAAATGTGTATGTGTACTGGGAGAATGCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGTTGATTAAAGAGAAATGTGTATGTGTACTGGGAGAATGCTAGG  350

seq1  AGCAAACCTACAAGTCAGTGACAGATGTTAAGACTACACTTTCCTCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACCTACAAGTCAGTGACAGATGTTAAGACTACACTTTCCTCTTGA  400

seq1  GCCCCCTGATAAAGTCTACTCTATGAACAGCTTCATTTCAGACTTATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTGATAAAGTCTACTCTATGAACAGCTTCATTTCAGACTTATAAC  450

seq1  CTATAGAGTGGTGAGTGGTGAGACAACGAGAGGCTGGTGTTTGTGCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAGTGGTGAGTGGTGAGACAACGAGAGGCTGGTGTTTGTGCTACA  500

seq1  CACTTGGTCTAACAGTCTAGCAAATGCATCACTACAATATGATCCCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGTCTAACAGTCTAGCAAATGCATCACTACAATATGATCCCAGGG  550

seq1  ACAGAAGACAGTAGACAGAGAGGTTTAAGGGAGTATTATCATAAAACATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGACAGTAGACAGAGAGGTTTAAGGGAGTATTATCATAAAACATC  600

seq1  ACACAATGAGTTTAATATTTTATCCTGAAAATATATAACTGGAACACAAG  650
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGAGTTTAATATTTTATCCTGAAAATATATAACTGGAACACAAG  650

seq1  TATGTATTAATATCTTATCAGTAGACAAGTATCTTACCAGTGGACAAGTT  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATGTATTAATATCTTATCAGTAGACAAGTATCTTACCAGTGGACACGTT  700

seq1  AAGCAAACTTATTCATTCATTTCTAGAAAAACATGTCACATGTCAGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACTTATTCATTCATTTCTAGAAAAACATGTCACATGTCAGGAAA  750

seq1  GTATACACAAATCAGCACATTAACTTGCGCAATTGTTCACTAGAAACACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACAAATCAGCACATTAACTTGCGCAATTGTTCACTAGAAACACT  800

seq1  TAGCCAGTGTCTCTCAATAAATGTCCGCAAAGAAGACACTACTTTACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTGTCTCTCAATAAATGTCCGCAAAGAAGACACTACTTTACATT  850

seq1  TGCATGAGTTCAACCACACCAAACCTATCCACTTGCTACCTACTTGATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAGTTCAACCACACCAAACCTATCCACTTGCTACCTACTTGATAG  900

seq1  ACATTCCATAATATT-CCTTGAGCAAGTTACCTAAAGTCTCAGCTTCCAA  949
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACATTCCATAATATTCCCTTGAGCAAGTTACCTAAAGTCTCAGCTTCC-A  949

seq1  AGTTTTCTCCTCAGAGTGTGAGGAATAATACATCTCCTACTATTTCAAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTCCTCAGAGTGTGAGGAATAATACATCTCCTACTATTTCAAAG  999

seq1  TCAGACTCCTCAAGTGGAGGATTCACTTCCCTCTTTCTGTCAAGCTGAAC  1049
      |||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTCCTCAAGTGGAG--ATCACTCCCCTCTTTCTGTCAAGCTGAAC  1047

seq1  AAAACAAGTGTACTTTCGCCTTAAAAACACATTTCCCTATTATTCCATAT  1099
      ||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||  |||||
seq2  AAAAC-AGTGTACTTTCG-CTAAAAAACACAATTCCCTA-TAT--CATAT  1092

seq1  GTTGTTTGCTTCCATGCCTTATCTTCATTTCAATGAAAAATACTTTTTTT  1149
      | |||| || | |||||  |||| ||  ||| ||| |||||||    |||
seq2  GGTGTTGGC-TGCATGC--TATCCTCCATTCCATG-AAAATAC----TTT  1134

seq1  GACTTCTAATTTATATTCTTCTCTTGGGCAGAGA  1183
      ||| || |||| ||  ||    | ||||||||||
seq2  GACCTCCAATTAATTCTC----CCTGGGCAGAGA  1164


seq1: chr1_3903553_3904463
seq2: B6Ng01-241N18.g_66_979 (reverse)

seq1  CCCCACCCCC---ACCCCCACCAGTCCATTCTTGGTGCCTGGAGCCATTC  47
      ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCCCACCCCCCACCAGTCCATTCTTGGTGCCTGGAGCCATTC  50

seq1  TGTCAGCACTTGGTCGCCAGGCTGGTTGCTTATTCAGGAATATCTCAGGA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCACTTGGTCGCCAGGCTGGTTGCTTATTCAGGAATATCTCAGGA  100

seq1  GACAGGTTCAGCCTCTCAGCAGGTAGCAGAAAAGCAGGGCAGTTGTCACT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTTCAGCCTCTCAGCAGGTAGCAGAAAAGCAGGGCAGTTGTCACT  150

seq1  TCAAAAGGAGCCAAGCAAGTAAGAAAGCTGCACCTCAGGTGGCCCCACCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGAGCCAAGCAAGTAAGAAAGCTGCACCTCAGGTGGCCCCACCT  200

seq1  CAGTGGTGACAAGGTCTGTGCCAGCCCCCTTCAGGCTGGGGGGAGGCTAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGACAAGGTCTGTGCCAGCCCCCTTCAGGCTGGGGGGAGGCTAC  250

seq1  ACTACATATTAGCTGGTCAACATTCCTGTGCACCAGAAAAGGGGAGAGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATATTAGCTGGTCAACATTCCTGTGCACCAGAAAAGGGGAGAGTT  300

seq1  GTGTAGGGTATACACCAAAATCAAGGCAGTGTCAGATACTGGCTTCATCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGGTATACACCAAAATCAAGGCAGTGTCAGATACTGGCTTCATCC  350

seq1  ACTAGTCCTTTATACAAACAGGCAGTCTCAAGGAGTGTAGATGATTTAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCCTTTATACAAACAGGCAGTCTCAAGGAGTGTAGATGATTTAAG  400

seq1  ACTTGGGCATATGCCAGAAATTCAGCTCCAGGGAACAAGGCATTCTGACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGCATATGCCAGAAATTCAGCTCCAGGGAACAAGGCATTCTGACT  450

seq1  TAGAGAGATTTGACATGTAAGATCAAATGAATGCTTTCAGCTGTTTAAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGATTTGACATGTAAGATCAAATGAATGCTTTCAGCTGTTTAAGG  500

seq1  ACAGGGAATGATATCGGTATGATTTCATGGAGTGGGGACTTTGTTCAATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAATGATATCGGTATGATTTCATGGAGTGGGGACTTTGTTCAATT  550

seq1  TGAGTAAACATTTGTCTTGGGAACTATTTTAAGTATCTGCTGTTTGGAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAACATTTGTCTTGGGAACTATTTTAAGTATCTGCTGTTTGGAAT  600

seq1  GGAGGCCACAGTCTGTATTTAACAGATTCTGCCACAGAATTTTTATAAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCACAGTCTGTATTTAACAGATTCTGCCACAGAATTTTTATAAGC  650

seq1  CCAAGAAGAAGGAAAATTTCAATCTATATTGTTATATCCACTTTGATTTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGAAGGAAAATTTCAATCTATATTGTTATATCCACTTTGATTTC  700

seq1  TTTCAAATTATTCCAGCTCTAATCTTATGTGCAACAAGGAGCACAATGCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATTATTCCAGCTCTAATCTTATGTGCAACAAGGAGCACAATGCC  750

seq1  TTAACAGATGCAGAATGACATTCTTTGTCAACACAGGCTCTTTGCTTTTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATGCAGAATGACATTCTTTGTCAACACAGGCTCTTTGCTTTTC  800

seq1  TTTTGCAAATGCCAATGTCCAGCAGATAATTGTCATTTAGAAAGTGATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAATGCCAATGTCCAGCAGATAATTGTCATTTAGAAAGTGATGT  850

seq1  ATTATGAAGTTAATCAACCTTTTATAATTGAGGTTTTCCTTTCCTCTGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAAGTTAATCAACCTTTTATAATTGAGGTTTTCCTTTCCTCTGTT  900

seq1  TGCCGGATGAATTC  911
      ||||||||||||||
seq2  TGCCGGATGAATTC  914


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |