BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242L15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 40,835,156 - 41,029,480
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1
Upstream geneLOC100042065, Map4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2
Downstream geneLOC100041441
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242L15.bB6Ng01-242L15.g
ACCGA052295GA052296
length1,0111,135
definitionB6Ng01-242L15.b B6Ng01-242L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,835,156 - 40,836,140)(41,028,352 - 41,029,480)
sequence
gaattcttaaacaattaaaaaaacaaagcaaaacaaacaaacaaaaacca
aaaaagaaacctattttatctaaagagtaagtgtatccgagatagaaggc
tggaaaaatgtgtcaaaatttaacatttcacaccattgcctgacacattt
gtatccaaagtatttcacattataacaattaaatttttgtaaattctttt
taaaagttaaaagccgagttatgcaaggtatccttcaaccaatagcaaaa
taccaaacaaaataaagtaagagttagcaggacttggatgaacatgtctc
caacaaatggtcagcaaaatggtgtccaacatcatcactagcaaatggag
tccaagtcacagccatacttagttgttacttcctcctctaggggattact
gaatgacatcaatgctatgataaatgagaaagcctgcacagaactgatgg
gatgtaaacctgtccagtcaccatgagagcaagagagagtgtccatggca
gggatggtgtgacatggttcccactcttggaacacagccagcagggcatg
ggcttccacaagtgttgatggttgctggatataaggcttgtttgtataaa
aatatacatattttacttcactctgggaggtgagcctgtgtctatgttct
tagcaaaaatggtaattgctgtaatcttcaagacagtccttaaggctgtg
ggaaagaactctgaaaacatgagttcaaaaatataaagttctcaaactaa
gcaaaatgtaaggctgtgatatgaactatatgaggggcttcacaaacctc
agagaacagaggcagctgcactatgagccagcttatcagaaagatacaaa
ggcaggcagatacctaagttcaaggtcagcccaggacagagagatttagc
ccaggtgtgtggagggtgatctcagagctagattattttctgtgctaata
aaggcagacagatcttctgacccatttgcatgtaagaaaatgtgcttgct
ttttttccccc
gaattctcacatcgcattccattcttggactgtgttcctccgacaggcag
caggctagtcacagagcggtacagaagtaaaccctcactgtctgaagaca
tgacacacaggcttggttatctatcagtgttttagatttatctatttcaa
cagctatggctgttacatagcactttgtgctctttggatgtttcaaagga
tttcaaaatgtttgcattactttacagctgatacaaaatgatttttgaga
cagtagtaatacacacacacacatacatatatatgtatatatagctattt
agaaatgagactggaaggactcaaccagaatttactttgaaagtcacaga
aattaaattttctgtcttctagccacagccattccatttaaaaaatttgg
acagaggtcatgccaaattatattgatattttcagggtcttgacattata
acctagaaactgcaatgctttaaaaatactctataggatgtggtaacttg
agattttgcatttcttaatgcatttgatttttaaagcagaaaattatttg
gatggacataataagaaagatactaagccaatgcctttatctgaagtgtt
aaatgtcttccaagaaaatattgaaaacaagtactctccacaattaaaaa
taattatggagactacatttttgaaatattaagtaaaaccaacaatttag
aatgaaaatatcccaaatgatttcccattaagattttaaatttaaaaagc
attttaaacaatatataaccaatcactatgaagtttctaattataatagc
taaatttcacatatcaaacactttcaagttaccctattatataaaatatg
cactttttaccttatgtgtgatatttattgtgattctcagtcatttgact
cacaaaatcctgtaaggtacttcaacatgctattcatattatttgcacag
actccagaacatatgacccaatatattcatgctatagtcaaagtcccaat
gtcataggttgcataagatgcatttaataacaataggtatagttttttct
accctacctttttacatggtggattaatattcaggagttcctcaaagctt
gtcattgaagaaaagaccctaggctctttgacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_40835156_40836140
seq2: B6Ng01-242L15.b_47_1026

seq1  GAATTCTTAAACAATTAAAAAAACAAAGCAAAACAAACAAACAAAAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAACAATTAAAAAAACAAAGCAAAACAAACAAACAAAAACCA  50

seq1  AAAAAGAAACCTATTTTATCTAAAGAGTAAGTGTATCCGAGATAGAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAACCTATTTTATCTAAAGAGTAAGTGTATCCGAGATAGAAGGC  100

seq1  TGGAAAAATGTGTCAAAATTTAACATTTCACACCATTGCCTGACACATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAATGTGTCAAAATTTAACATTTCACACCATTGCCTGACACATTT  150

seq1  GTATCCAAAGTATTTCACATTATAACAATTAAATTTTTGTAAATTCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCAAAGTATTTCACATTATAACAATTAAATTTTTGTAAATTCTTTT  200

seq1  TAAAAGTTAAAAGCCGAGTTATGCAAGGTATCCTTCAACCAATAGCAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTAAAAGCCGAGTTATGCAAGGTATCCTTCAACCAATAGCAAAA  250

seq1  TACCAAACAAAATAAAGTAAGAGTTAGCAGGACTTGGATGAACATGTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAACAAAATAAAGTAAGAGTTAGCAGGACTTGGATGAACATGTCTC  300

seq1  CAACAAATGGTCAGCAAAATGGTGTCCAACATCATCACTAGCAAATGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATGGTCAGCAAAATGGTGTCCAACATCATCACTAGCAAATGGAG  350

seq1  TCCAAGTCACAGCCATACTTAGTTGTTACTTCCTCCTCTAGGGGATTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTCACAGCCATACTTAGTTGTTACTTCCTCCTCTAGGGGATTACT  400

seq1  GAATGACATCAATGCTATGATAAATGAGAAAGCCTGCACAGAACTGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACATCAATGCTATGATAAATGAGAAAGCCTGCACAGAACTGATGG  450

seq1  GATGTAAACCTGTCCAGTCACCATGAGAGCAAGAGAGAGTGTCCATGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAACCTGTCCAGTCACCATGAGAGCAAGAGAGAGTGTCCATGGCA  500

seq1  GGGATGGTGTGACATGGTTCCCACTCTTGGAACACAGCCAGCAGGGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGTGTGACATGGTTCCCACTCTTGGAACACAGCCAGCAGGGCATG  550

seq1  GGCTTCCACAAGTGTTGATGGTTGCTGGATATAAGGCTTGTTTGTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCACAAGTGTTGATGGTTGCTGGATATAAGGCTTGTTTGTATAAA  600

seq1  AATATACATATTTTACTTCACTCTGGGAGGTGAGCCTGTGTCTATGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACATATTTTACTTCACTCTGGGAGGTGAGCCTGTGTCTATGTTCT  650

seq1  TAGCAAAAATGGTAATTGCTGTAATCTTCAAGACAGTCCTTAAGGCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAAATGGTAATTGCTGTAATCTTCAAGACAGTCCTTAAGGCTGTG  700

seq1  GGAAAGAACTCTGAAAACATGAGTTCAAAAATATAAAGTTCTCAAACTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAACTCTGAAAACATGAGTTCAAAAATATAAAGTTCTCAAACTAA  750

seq1  GCAAAATGTAAGGCTGTGATATGAACTATATGAGGGGCTTCACAAACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGTAAGGCTGTGATATGAACTATATGAGGGGCTTCACAAACCTC  800

seq1  AGAGAACAGAGGCAGCTGCACTATGAGCCAGCTTATCAGAAAGATACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAGAGGCAGCTGCACTATGAGCCAGCTTATCAGAAAGATACAAA  850

seq1  GGCAGGCAGATACCTAAGTTCAAGGTCAGCCCAGGACAGAGAGAATTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  GGCAGGCAGATACCTAAGTTCAAGGTCAGCCCAGGACAGAGAG-ATTTA-  898

seq1  GCCCAGGTGTGGTGGGAGGGGTGATCTCAGAGCTAGATTATTTTCTGTGC  950
      |||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTGT-GTGG--AGGGTGATCTCAGAGCTAGATTATTTTCTGTGC  945

seq1  TTATAAAGGCAGACAGATC-TCTGAACCCATTTGCA  985
      | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TAATAAAGGCAGACAGATCTTCTG-ACCCATTTGCA  980

seq1: chr1_41028352_41029480
seq2: B6Ng01-242L15.g_69_1203 (reverse)

seq1  TATGTCAAAAGAGCCCTAGGTCTTTCTTTCAATGGCAAGCTTTGAGGAA-  49
      |||||| ||||||||   |||||||  ||||||| |||||||||||||| 
seq2  TATGTC-AAAGAGCCTAGGGTCTTTTCTTCAATGACAAGCTTTGAGGAAC  49

seq1  TTCTGAATTATTAATCTCACATTGTAAAAA-GTAGGGTAG-AAAAACTAT  97
      | ||||| |||||||| |||  |||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TCCTGAA-TATTAATC-CACCATGTAAAAAGGTAGGGTAGAAAAAACTAT  97

seq1  ACCTA-TGTTATTAAATGCATCTTATGCAACCTATGACATTGGGACTTTG  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTGTTATTAAATGCATCTTATGCAACCTATGACATTGGGACTTTG  147

seq1  ACTATAGCATG-ATATATT-GGTCATATGTTCTGGAGTCTGTGC-AATAA  193
      ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTATAGCATGAATATATTGGGTCATATGTTCTGGAGTCTGTGCAAATAA  197

seq1  TATGAATAGCATGTTGAAGTACCTTACAGGATTTTGTGAGTCAAATGACT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATAGCATGTTGAAGTACCTTACAGGATTTTGTGAGTCAAATGACT  247

seq1  GAGAATCACAATAAATATCACACATAAGGTAAAAAGTGCATATTTTATAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCACAATAAATATCACACATAAGGTAAAAAGTGCATATTTTATAT  297

seq1  AATAGGGTAACTTGAAAGTGTTTGATATGTGAAATTTAGCTATTATAATT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGGTAACTTGAAAGTGTTTGATATGTGAAATTTAGCTATTATAATT  347

seq1  AGAAACTTCATAGTGATTGGTTATATATTGTTTAAAATGCTTTTTAAATT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTCATAGTGATTGGTTATATATTGTTTAAAATGCTTTTTAAATT  397

seq1  TAAAATCTTAATGGGAAATCATTTGGGATATTTTCATTCTAAATTGTTGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTTAATGGGAAATCATTTGGGATATTTTCATTCTAAATTGTTGG  447

seq1  TTTTACTTAATATTTCAAAAATGTAGTCTCCATAATTATTTTTAATTGTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTAATATTTCAAAAATGTAGTCTCCATAATTATTTTTAATTGTG  497

seq1  GAGAGTACTTGTTTTCAATATTTTCTTGGAAGACATTTAACACTTCAGAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTACTTGTTTTCAATATTTTCTTGGAAGACATTTAACACTTCAGAT  547

seq1  AAAGGCATTGGCTTAGTATCTTTCTTATTATGTCCATCCAAATAATTTTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCATTGGCTTAGTATCTTTCTTATTATGTCCATCCAAATAATTTTC  597

seq1  TGCTTTAAAAATCAAATGCATTAAGAAATGCAAAATCTCAAGTTACCACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAAAATCAAATGCATTAAGAAATGCAAAATCTCAAGTTACCACA  647

seq1  TCCTATAGAGTATTTTTAAAGCATTGCAGTTTCTAGGTTATAATGTCAAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAGAGTATTTTTAAAGCATTGCAGTTTCTAGGTTATAATGTCAAG  697

seq1  ACCCTGAAAATATCAATATAATTTGGCATGACCTCTGTCCAAATTTTTTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAAAATATCAATATAATTTGGCATGACCTCTGTCCAAATTTTTTA  747

seq1  AATGGAATGGCTGTGGCTAGAAGACAGAAAATTTAATTTCTGTGACTTTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAATGGCTGTGGCTAGAAGACAGAAAATTTAATTTCTGTGACTTTC  797

seq1  AAAGTAAATTCTGGTTGAGTCCTTCCAGTCTCATTTCTAAATAGCTATAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAATTCTGGTTGAGTCCTTCCAGTCTCATTTCTAAATAGCTATAT  847

seq1  ATACATATATATGTATGTGTGTGTGTGTATTACTACTGTCTCAAAAATCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATATGTATGTGTGTGTGTGTATTACTACTGTCTCAAAAATCA  897

seq1  TTTTGTATCAGCTGTAAAGTAATGCAAACATTTTGAAATCCTTTGAAACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATCAGCTGTAAAGTAATGCAAACATTTTGAAATCCTTTGAAACA  947

seq1  TCCAAAGAGCACAAAGTGCTATGTAACAGCCATAGCTGTTGAAATAGATA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAGCACAAAGTGCTATGTAACAGCCATAGCTGTTGAAATAGATA  997

seq1  AATCTAAAACACTGATAGATAACCAAGCCTGTGTGTCATGTCTTCAGACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAACACTGATAGATAACCAAGCCTGTGTGTCATGTCTTCAGACA  1047

seq1  GTGAGGGTTTACTTCTGTACCGCTCTGTGACTAGCCTGCTGCCTGTCGGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTTTACTTCTGTACCGCTCTGTGACTAGCCTGCTGCCTGTCGGA  1097

seq1  GGAACACAGTCCAAGAATGGAAT--CATGTGAGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  GGAACACAGTCCAAGAATGGAATGCGATGTGAGAATTC  1135