BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243E24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,453,260 - 82,616,670
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a4, Col4a3
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
Downstream gene5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243E24.bB6Ng01-243E24.g
ACCGA052732GA052733
length6641,178
definitionB6Ng01-243E24.b B6Ng01-243E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,616,007 - 82,616,670)(82,453,260 - 82,454,420)
sequence
gaattctgttagtttgtctttagaaatggagagaatttttggcttgtagg
caaccagttttgtggagctgcagacatctaatgtgcaacacacccaggac
caaatgatgtttgtgagagttcctggagggttgtggtaaaggattcaaga
gaaaacaggatttttcaaatagtgaaggagtaagatggaagtggaggaaa
gggcaagaggaggagagaaaagatgcaggaccgggcagagttgaaggatt
ttcctagggctcacacagcaggtactgttggttcctctccattgctgtga
tgaagtattcagctaaaagcaactagggaagcagagggtttgtttggccc
ccagtcccagctgatagtaatctatcattttcaaggaaaccaaggcagtc
aacagtttccttgggtagcctaggatgcccccaaattcctagactcaagt
ggtcctcccgactcaacatctggtgttttgggaactatagacacacccgg
cccagatagagtgatggttgatgtatgaattcctgatattagggcaggtg
ctggggatccagcaaagaacattagataaagcttataaggtttgtattgg
agagggatgtgcttgatgtgtgtctaataattatagaatattatatatgt
gtgtgtgtgagaga
gaattcaaggtaaagccgtgtgtgcatccatattagatgctgctgacagt
acagacggtagtgacagaggaaagagaagaaagggaacctttacctggtg
ctccaggacaccctgcctctccagtgtcacctttgcgtccaggaggcccg
ggagatccagggatgccatcctggccccgtctgccatccggtccaggctc
tcctttgcaccctgcatgaaagttcatgatagtggtagtggtaactactg
cctatgcatcctatgggctgactctgagcctcccccccccccccatgaca
ttggatctactcatttggtttgcacaagtacatggcattggcttatgacc
tccacgaagcaactggggcgatggaggtcctgagaagtacaacaaattga
cctagattatgacatggtctagtaaagggctagatcatctctgtagctct
agaccagggagggttgagagggagcctatcccattttcttcaatattggt
tggttggttggtttttggctttttgcttttagaaaacattgaacatgcaa
tgcctttatgttcaaatattctttcatgatgagtagaggaatgagataaa
tttattaggattcattttgttggtagtgtctgctgctgttgggtttttgg
ttttttggttttttttcttttgagacacactctctctgtacccctggctg
tcccagaacttgctcgtagaccaggctggccttggactcagagatccacc
tgccctctcactcccaaatgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgcc
tggcttaggatttggtttccaagaatggattgttatcaagggtttatgat
gtactcatttcaagctaaccaactcccttcataaaagttatcaactgagt
cttcatagcagcccataatggcccagactacactttactccgagaagaga
aacttcaacaggcatggagagctcacatggactaaccttgcttggcagca
atgaacagagtgttgtcacaatggactacctggctgcagcaaagacagag
tggtaatcacattcagcctcctgcccccatccctttgaacaaaggctaca
gaatacatcttatgaatcttgacacaagcctagtagttcttgccaaagac
aatttaacctggcttggcatcctgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82616007_82616670
seq2: B6Ng01-243E24.b_45_708 (reverse)

seq1  TCTCTCACACACACACATATATAATATTCTATAATTATTAGACACACATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCACACACACACATATATAATATTCTATAATTATTAGACACACATC  50

seq1  AAGCACATCCCTCTCCAATACAAACCTTATAAGCTTTATCTAATGTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACATCCCTCTCCAATACAAACCTTATAAGCTTTATCTAATGTTCTT  100

seq1  TGCTGGATCCCCAGCACCTGCCCTAATATCAGGAATTCATACATCAACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGATCCCCAGCACCTGCCCTAATATCAGGAATTCATACATCAACCA  150

seq1  TCACTCTATCTGGGCCGGGTGTGTCTATAGTTCCCAAAACACCAGATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTATCTGGGCCGGGTGTGTCTATAGTTCCCAAAACACCAGATGTT  200

seq1  GAGTCGGGAGGACCACTTGAGTCTAGGAATTTGGGGGCATCCTAGGCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGGGAGGACCACTTGAGTCTAGGAATTTGGGGGCATCCTAGGCTAC  250

seq1  CCAAGGAAACTGTTGACTGCCTTGGTTTCCTTGAAAATGATAGATTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAAACTGTTGACTGCCTTGGTTTCCTTGAAAATGATAGATTACTA  300

seq1  TCAGCTGGGACTGGGGGCCAAACAAACCCTCTGCTTCCCTAGTTGCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGGACTGGGGGCCAAACAAACCCTCTGCTTCCCTAGTTGCTTTT  350

seq1  AGCTGAATACTTCATCACAGCAATGGAGAGGAACCAACAGTACCTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATACTTCATCACAGCAATGGAGAGGAACCAACAGTACCTGCTGT  400

seq1  GTGAGCCCTAGGAAAATCCTTCAACTCTGCCCGGTCCTGCATCTTTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCTAGGAAAATCCTTCAACTCTGCCCGGTCCTGCATCTTTTCTC  450

seq1  TCCTCCTCTTGCCCTTTCCTCCACTTCCATCTTACTCCTTCACTATTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTTGCCCTTTCCTCCACTTCCATCTTACTCCTTCACTATTTGA  500

seq1  AAAATCCTGTTTTCTCTTGAATCCTTTACCACAACCCTCCAGGAACTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTGTTTTCTCTTGAATCCTTTACCACAACCCTCCAGGAACTCTC  550

seq1  ACAAACATCATTTGGTCCTGGGTGTGTTGCACATTAGATGTCTGCAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATCATTTGGTCCTGGGTGTGTTGCACATTAGATGTCTGCAGCTC  600

seq1  CACAAAACTGGTTGCCTACAAGCCAAAAATTCTCTCCATTTCTAAAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACTGGTTGCCTACAAGCCAAAAATTCTCTCCATTTCTAAAGACA  650

seq1  AACTAACAGAATTC  664
      ||||||||||||||
seq2  AACTAACAGAATTC  664

seq1: chr1_82453260_82454420
seq2: B6Ng01-243E24.g_68_1245

seq1  GAATTCAAGGTAAAGCCGTGTGTGCATCCATATTAGATGCTGCTGACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTAAAGCCGTGTGTGCATCCATATTAGATGCTGCTGACAGT  50

seq1  ACAGACGGTAGTGACAGAGGAAAGAGAAGAAAGGGAACCTTTACCTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACGGTAGTGACAGAGGAAAGAGAAGAAAGGGAACCTTTACCTGGTG  100

seq1  CTCCAGGACACCCTGCCTCTCCAGTGTCACCTTTGCGTCCAGGAGGCCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGACACCCTGCCTCTCCAGTGTCACCTTTGCGTCCAGGAGGCCCG  150

seq1  GGAGATCCAGGGATGCCATCCTGGCCCCGTCTGCCATCCGGTCCAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCCAGGGATGCCATCCTGGCCCCGTCTGCCATCCGGTCCAGGCTC  200

seq1  TCCTTTGCACCCTGCATGAAAGTTCATGATAGTGGTAGTGGTAACTACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCACCCTGCATGAAAGTTCATGATAGTGGTAGTGGTAACTACTG  250

seq1  CCTATGCATCCTATGGGCTGACTCTGAGCCTCCCCCCCCCCCCCATGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCATCCTATGGGCTGACTCTGAGCCTCCCCCCCCCCCCCATGACA  300

seq1  TTGGATCTACTCATTTGGTTTGCACAAGTACATGGCATTGGCTTATGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCTACTCATTTGGTTTGCACAAGTACATGGCATTGGCTTATGACC  350

seq1  TCCACGAAGCAACTGGGGCGATGGAGGTCCTGAGAAGTACAACAAATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGAAGCAACTGGGGCGATGGAGGTCCTGAGAAGTACAACAAATTGA  400

seq1  CCTAGATTATGACATGGTCTAGTAAAGGGCTAGATCATCTCTGTAGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATTATGACATGGTCTAGTAAAGGGCTAGATCATCTCTGTAGCTCT  450

seq1  AGACCAGGGAGGGTTGAGAGGGAGCCTATCCCATTTTCTTCAATATTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGGAGGGTTGAGAGGGAGCCTATCCCATTTTCTTCAATATTGGT  500

seq1  TGGTTGGTTGGTTTTTGGCTTTTTGCTTTTAGAAAACATTGAACATGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTGGTTTTTGGCTTTTTGCTTTTAGAAAACATTGAACATGCAA  550

seq1  TGCCTTTATGTTCAAATATTCTTTCATGATGAGTAGAGGAATGAGATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTATGTTCAAATATTCTTTCATGATGAGTAGAGGAATGAGATAAA  600

seq1  TTTATTAGGATTCATTTTGTTGGTAGTGTCTGCTGCTGTTGGGTTTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGGATTCATTTTGTTGGTAGTGTCTGCTGCTGTTGGGTTTTTGG  650

seq1  TTTTTTGGTTTTTTTTCTTTTGAGACACACTCTCTCTGTACCCCTGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGGTTTTTTTTCTTTTGAGACACACTCTCTCTGTACCCCTGGCTG  700

seq1  TCCCAGAACTTGCTCGTAGACCAGGCTGGCCTTGGACTCAGAGATCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAACTTGCTCGTAGACCAGGCTGGCCTTGGACTCAGAGATCCACC  750

seq1  TG-CCTCTCACTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCC  799
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCTCACTCCCAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCC  800

seq1  TGGCTTAGGATTTGGTTTCCAAGAATGGATTGTTATCAAGGGTTTATGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTAGGATTTGGTTTCCAAGAATGGATTGTTATCAAGGGTTTATGAT  850

seq1  GTACTCATTTCAAGCTAACCAAC-CCCTTCATAAAAGTTATCAACTGAGT  898
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATTTCAAGCTAACCAACTCCCTTCATAAAAGTTATCAACTGAGT  900

seq1  CTTCATAGCAGCCACAT-ATGGCCCAGACTACAC-TTACTCCGAG-AGAG  945
      ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CTTCATAGCAGCC-CATAATGGCCCAGACTACACTTTACTCCGAGAAGAG  949

seq1  AAACTTCAACAGGCATGGAGAGCACACATGGACTAACCTGGC-TGGCAGC  994
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||
seq2  AAACTTCAACAGGCATGGAGAGCTCACATGGACTAACCTTGCTTGGCAGC  999

seq1  AA-GGACAGAGGTGGTGTCAC-ATGGACTAACCTGGCTGGCAGCAAGGAC  1042
      || | ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||
seq2  AATGAACAGA-GTGTTGTCACAATGGACT-ACCTGGCT-GCAGCAAAGAC  1046

seq1  AGAGGTGGTATCCA---TCAGCCCCCTGCCCCCA--CCCTTGA--CAAGG  1085
      ||| ||||||  ||   |||||| ||||||||||  || ||||   ||||
seq2  AGA-GTGGTAATCACATTCAGCCTCCTGCCCCCATCCCTTTGAACAAAGG  1095

seq1  CT-CAG-ATACATCCTTATGGATCTTGGCAC-AGCCTCACTAG-TCCTGC  1131
      || ||| |||||| |||||| |||||| ||| ||||| | ||| || |||
seq2  CTACAGAATACAT-CTTATGAATCTTGACACAAGCCT-AGTAGTTCTTGC  1143

seq1  ---AGAGTATTTTAACT-GCTTGGCATCCTTTTT-  1161
         |||  |||| | || |||||||||||| ||| 
seq2  CAAAGACAATTTAACCTGGCTTGGCATCCTGTTTT  1178