BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243O17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 118,163,794 - 118,311,903
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap5a
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243O17.bB6Ng01-243O17.g
ACCGA053180GA053181
length1,0121,101
definitionB6Ng01-243O17.b B6Ng01-243O17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,311,001 - 118,311,903)(118,163,794 - 118,164,905)
sequence
gaattcttgcaacaaggtcaaggtggtttgtggtcttcctcagaattcag
tgtggggtggggggcaggataattgctaatcttgttatgattatttctct
gaggacagctaatattgttttggtagctgcaggcttagtcattttgaccg
ctaaaacagtttctacatttgtttagtcagccagcttccttatctggctc
tgcacttggccagctagtacagttaggaatgtccttttcgaaggggggag
gtactgggtggtcttgaattcattttggatattacattccctcctttttt
tccctggtacatttcaatcctgaaatgatgtctcactttgttacagctac
tgatattgttgtctgagcatcaaaacttgtactatactttaacagttgag
gatacacgggccaaaggttaaaaacaaaaacaagataagaaggggcagta
aacatgattaggtatggacccttccagcgaggctggatgcagtttctatg
aggttatcattcaggatttggtataacttcaaggtgatacaactgcttga
gtgtaagtcatgtttcagtaagtaacccttcaaagtgctgaataaatgtg
ttcaacatactcctgggttcacttactgagacctaggtgaaactgtctct
tggacctgtcattagtgctctctatctgagatgaataaatatttgttcat
atctcattaggaaagtgaaactcagtgacatccttccatgatgatgtgtc
ccccaaaacattcaacacagggtacatcttgttcttaagtcatcagtgaa
gcatagaacaattaaccacagatgtcagactctattgcatctggagaact
atgggaacgttttgatgtcttgtcccttagacatttcacttagcagccta
acaggaatacttcaactcctttcatttgactattgataggttacctatgg
tagtttgatgagatgaccccataggctggaaaaactttattttttagctg
ttgatgctgtgg

gaattctctctgttttagtgaggaaggcacagaaatctcacgcattaaac
atctcgcttagagtttaatttaccactgaaattttcaggttgtgaaattg
aagcctaagagctcaggttcacagcaaatctgaggcatggaggggtccct
gtgccctaatatgccacactgagcttgcatagttccttctatgtgtcact
agaccatcagaaaggactgcaaagaggagaggtctactccaatgcccact
gaacattcctcaacaccactttcctcttctgaaagatggttgtgcgcaaa
cctccttccaaggtttctgaggggtaaaagaaaggaatataaaattgagg
ttctcagtgtccaattatctataaaacacgagctgagaagagagtttaaa
atggcattgtctagctctgtttctggtgctgtttgttcagtaagtgtgac
cagaagtgagtcagaaatactatgtttagcatgctataatgcttaatgtt
gactgtcagcttatcattctagaagcatctagaaaagaaacattgggaat
gtctatgtgagttttctagattgtgttaactaagttggaaagaccccttg
ctaaagtaaatgcgccacttgatgacctggggttctggatgagtacaaag
aagcaaaaggactgagaacctatcagtactcatctttctgcttcttgaca
ttgatggtatgatgcgatcagctttcttaagctcctgctgtcatgaattc
tccccaacacagtttatagccttgagctttgagagaaaatatagcctttg
ttctttaatctgcttttgattttttttcctatcaaaaatgaagagagtaa
tttctacacacatctgtagacatttgaatgtatttcttcaaagcaatcag
ctgagtcttgagcatgtagtaaggcccatattttattcatcttttctata
gccaagaggacctgtctaagcctgcataaagggctttcatggctagacat
atatagtacttttctgtgcagatattttgcattcctgatttagggacagg
gacacaagatcaacaacatgctactcgtctaatattgacaaacattcatg
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_118311001_118311903
seq2: B6Ng01-243O17.b_46_948 (reverse)

seq1  TGTTAGGCTGCTAAGTGAAATGTCTAAGGGACAAGACATCAAAACGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGCTGCTAAGTGAAATGTCTAAGGGACAAGACATCAAAACGTTCC  50

seq1  CATAGTTCTCCAGATGCAATAGAGTCTGACATCTGTGGTTAATTGTTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTCTCCAGATGCAATAGAGTCTGACATCTGTGGTTAATTGTTCTA  100

seq1  TGCTTCACTGATGACTTAAGAACAAGATGTACCCTGTGTTGAATGTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCACTGATGACTTAAGAACAAGATGTACCCTGTGTTGAATGTTTTG  150

seq1  GGGGACACATCATCATGGAAGGATGTCACTGAGTTTCACTTTCCTAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACACATCATCATGGAAGGATGTCACTGAGTTTCACTTTCCTAATGA  200

seq1  GATATGAACAAATATTTATTCATCTCAGATAGAGAGCACTAATGACAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGAACAAATATTTATTCATCTCAGATAGAGAGCACTAATGACAGGT  250

seq1  CCAAGAGACAGTTTCACCTAGGTCTCAGTAAGTGAACCCAGGAGTATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGACAGTTTCACCTAGGTCTCAGTAAGTGAACCCAGGAGTATGTT  300

seq1  GAACACATTTATTCAGCACTTTGAAGGGTTACTTACTGAAACATGACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATTTATTCAGCACTTTGAAGGGTTACTTACTGAAACATGACTTA  350

seq1  CACTCAAGCAGTTGTATCACCTTGAAGTTATACCAAATCCTGAATGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAGCAGTTGTATCACCTTGAAGTTATACCAAATCCTGAATGATAA  400

seq1  CCTCATAGAAACTGCATCCAGCCTCGCTGGAAGGGTCCATACCTAATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATAGAAACTGCATCCAGCCTCGCTGGAAGGGTCCATACCTAATCAT  450

seq1  GTTTACTGCCCCTTCTTATCTTGTTTTTGTTTTTAACCTTTGGCCCGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTGCCCCTTCTTATCTTGTTTTTGTTTTTAACCTTTGGCCCGTGT  500

seq1  ATCCTCAACTGTTAAAGTATAGTACAAGTTTTGATGCTCAGACAACAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAACTGTTAAAGTATAGTACAAGTTTTGATGCTCAGACAACAATA  550

seq1  TCAGTAGCTGTAACAAAGTGAGACATCATTTCAGGATTGAAATGTACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGCTGTAACAAAGTGAGACATCATTTCAGGATTGAAATGTACCAG  600

seq1  GGAAAAAAAGGAGGGAATGTAATATCCAAAATGAATTCAAGACCACCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAAGGAGGGAATGTAATATCCAAAATGAATTCAAGACCACCCAG  650

seq1  TACCTCCCCCCTTCGAAAAGGACATTCCTAACTGTACTAGCTGGCCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCCCCCTTCGAAAAGGACATTCCTAACTGTACTAGCTGGCCAAGT  700

seq1  GCAGAGCCAGATAAGGAAGCTGGCTGACTAAACAAATGTAGAAACTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCAGATAAGGAAGCTGGCTGACTAAACAAATGTAGAAACTGTTT  750

seq1  TAGCGGTCAAAATGACTAAGCCTGCAGCTACCAAAACAATATTAGCTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGGTCAAAATGACTAAGCCTGCAGCTACCAAAACAATATTAGCTGTC  800

seq1  CTCAGAGAAATAATCATAACAAGATTAGCAATTATCCTGCCCCCCACCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAAATAATCATAACAAGATTAGCAATTATCCTGCCCCCCACCCC  850

seq1  ACACTGAATTCTGAGGAAGACCACAAACCACCTTGACCTTGTTGCAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAATTCTGAGGAAGACCACAAACCACCTTGACCTTGTTGCAAGAA  900

seq1  TTC  903
      |||
seq2  TTC  903


seq1: chr1_118163794_118164905
seq2: B6Ng01-243O17.g_70_1170

seq1  GAATTCTCTCTGTTTTAGTGAGGAAGGCACAGAAATCTCACGCATTAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGTTTTAGTGAGGAAGGCACAGAAATCTCACGCATTAAAC  50

seq1  ATCTCGCTTAGAGTTTAATTTACCACTGAAATTTTCAGGTTGTGAAATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGCTTAGAGTTTAATTTACCACTGAAATTTTCAGGTTGTGAAATTG  100

seq1  AAGCCTAAGAGCTCAGGTTCACAGCAAATCTGAGGCATGGAGGGGTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAAGAGCTCAGGTTCACAGCAAATCTGAGGCATGGAGGGGTCCCT  150

seq1  GTGCCCTAATATGCCACACTGAGCTTGCATAGTTCCTTCTATGTGTCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTAATATGCCACACTGAGCTTGCATAGTTCCTTCTATGTGTCACT  200

seq1  AGACCATCAGAAAGGACTGCAAAGAGGAGAGGTCTACTCCAATGCCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCAGAAAGGACTGCAAAGAGGAGAGGTCTACTCCAATGCCCACT  250

seq1  GAACATTCCTCAACACCACTTTCCTCTTCTGAAAGATGGTTGTGCGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTCCTCAACACCACTTTCCTCTTCTGAAAGATGGTTGTGCGCAAA  300

seq1  CCTCCTTCCAAGGTTTCTGAGGGGTAAAAGAAAGGAATATAAAATTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCAAGGTTTCTGAGGGGTAAAAGAAAGGAATATAAAATTGAGG  350

seq1  TTCTCAGTGTCCAATTATCTATAAAACACGAGCTGAGAAGAGAGTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTGTCCAATTATCTATAAAACACGAGCTGAGAAGAGAGTTTAAA  400

seq1  ATGGCATTGTCTAGCTCTGTTTCTGGTGCTGTTTGTTCAGTAAGTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATTGTCTAGCTCTGTTTCTGGTGCTGTTTGTTCAGTAAGTGTGAC  450

seq1  CAGAAGTGAGTCAGAAATACTATGTTTAGCATGCTATAATGCTTAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTGAGTCAGAAATACTATGTTTAGCATGCTATAATGCTTAATGTT  500

seq1  GACTGTCAGCTTATCATTCTAGAAGCATCTAGAAAAGAAACATTGGGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCAGCTTATCATTCTAGAAGCATCTAGAAAAGAAACATTGGGAAT  550

seq1  GTCTATGTGAGTTTTCTAGATTGTGTTAACTAAGTTGGAAAGACCCCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTGAGTTTTCTAGATTGTGTTAACTAAGTTGGAAAGACCCCTTG  600

seq1  CTAAAGTAAATGCGCCACTTGATGACCTGGGGTTCTGGATGAGTACAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTAAATGCGCCACTTGATGACCTGGGGTTCTGGATGAGTACAAAG  650

seq1  AAGCAAAAGGACTGAGAACCTATCAGTACTCATCTTTCTGCTTCTTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAGGACTGAGAACCTATCAGTACTCATCTTTCTGCTTCTTGACA  700

seq1  TTGATGGTATGATGCGATCAGCTTTCTTAAGCTCCTGCTGTCATGAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTATGATGCGATCAGCTTTCTTAAGCTCCTGCTGTCATGAATTC  750

seq1  TCCCCAACACAGTTTATAGCCTTGAGCTTTGAGAGAAAATATAGCCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACACAGTTTATAGCCTTGAGCTTTGAGAGAAAATATAGCCTTTG  800

seq1  TTCTTTAATCTGCTTTTGA-TTTTTTTCCTATCAAAAATGAAGAGAGTAA  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAATCTGCTTTTGATTTTTTTTCCTATCAAAAATGAAGAGAGTAA  850

seq1  TTTCTACACACATCTGTAGACATTTGAATGTATTTCTTCAAAGCAATCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACACACATCTGTAGACATTTGAATGTATTTCTTCAAAGCAATCAG  900

seq1  CTGAGTCTTGAGCATGTAGTAAGGCCCATATTTTATTCATC-TTTCTATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGAGTCTTGAGCATGTAGTAAGGCCCATATTTTATTCATCTTTTCTATA  950

seq1  GCCAAGAGGACCTGTCTTAAGCCTGCATAAAGGGCTTTCATGGCTAGACA  998
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGGACCTGTC-TAAGCCTGCATAAAGGGCTTTCATGGCTAGACA  999

seq1  TATATAGTACTTTTCTGTGCAGATATTTTGCATTTCCCTGGTTTTAGGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||
seq2  TATATAGTACTTTTCTGTGCAGATATTTTGCATT--CCT-GATTTAGGGA  1046

seq1  CAGGGGAACCAACAAAGATCAAACAACATGCTACCTCTGTCCTATTAATT  1098
      |||||  ||     |||||| |||||||||||| ||| |||  ||  |||
seq2  CAGGGACAC-----AAGATC-AACAACATGCTA-CTC-GTCTAAT--ATT  1086

seq1  GAC-AACATTCATGC  1112
      ||| |||||||||||
seq2  GACAAACATTCATGC  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |