BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244C13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 166,293,285 - 166,444,121
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNme7, Atp1b1, LOC100040065
Upstream geneScyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik, Sele, Sell, Selp, F5, Slc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1
Downstream geneDpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2, Tiprl, Gpr161, Iqwd1, Brp44, Sacy, Ppia-ps1-1625
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244C13.bB6Ng01-244C13.g
ACCGA053362GA053363
length1,0241,124
definitionB6Ng01-244C13.b B6Ng01-244C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,293,285 - 166,294,307)(166,442,990 - 166,444,121)
sequence
gaattcctctagttcagagcactctaaagaatgctaaggtagtgagaggg
aatggcatcagtctataccaaaacctccaggactgatttcaggtctacca
gagtcatctgacccactttgtcccagtttgctcaggttgctgccagcctt
ccttgccacgaacaagccatgctgccacagggaccatagagagagctctg
gtgaagtaactggagtaaaaacctcgctccctattcacacacagaggcca
cctatgtgtgctaagtatcaagacagagatgtagacttggcagtggctta
gaaatgaagaatttataagaggcattaagggctttgatccatagggtttg
tttgtttgtttgttttgttttgttttgttttttggagtatgaaagatgtg
cagatgtacaggctagcaggatgcagagctggctctcggctcacacagag
ttacttccggtgactactatcctttagcattttgtataaacattaaggcc
tcccatcgtttcccatgtcgtctgtcaatgaggaggcttgtcagtcagta
agcctgttctttacatgttctgctcctttctcataagaacctgttgtaac
tacacatcagaatttacgcactttcatcttccacagggcatgtaccattc
cttcgtcttctgatagcagacagtgctttcttattttcccattttacaat
catttcttaataaactaaataataaaatgtcatatgtggcaggtccctgg
atcccacctccctagggcctgccccagctcctcgctgggagagggaaggg
aggaagtaggctgcagaacagagcaccatgtgggaaggagggaggtctgt
gttcctcattgtgcggctacacaggcactggtgctcagggctaggagaag
atcggaaacccaggcagtgcccagataacatgtctgctgcaggtctttga
agtccaattttccttcagtcttgtgtcatgtgcaccttaaggtgtcatca
gctctaaaatgggtgaagatattc
gaattctctgtttaattccagattatcaaaagactacagggcagatacag
agaggcacatagttacttcttccaacctcatgcatgatcaagagtgctgt
catggtttgaatatgcttggcccagagagtggcactatttggaagtgtgg
ccttgttggagtgagtgtggcctcattggcataggtgtgtcactgtgggc
atgggcttaaaaagcttcatcctagctgcctggaagtcagtattctgcta
gcggccttcagatgaagatgtagaactctcagctcctcctgcatcatgtc
cacctggatgctgccatgctcctgacttgatgataatgggctgaacctct
ggcccgtaagccaggcccaattaaatgttgtcctttataagagtttcctt
ggtcatagtgtctgttcaccgcagtaaagctgcggttgaagcatgaacat
acgcttgtacccaagttctgcgtcttcattttgatagcacatgtgtttga
cacattgctttccacattggtgaagcagagatcacagtgcctggcacaga
ggtcgttgaaaacatgtgcttgttatctgttgaaatcataacaagtcagc
ccaactctgtggctcaaagacaagagttcttcttgttaggtcttggagtt
catggtttttccaggtcatgagtctgaaagtagctgagatagggggattt
ggggctgacatgagacagcaggcaattggaggccagaacgagcatcaatt
tcaaacacatctgcctttgatgggataaaagaatgtgtcaatttatgagg
gagggaattaaaagaatgaaaaagagaaacaaagataatgttggcactta
ctatgtgccatacccagtattaaatgcttaacatccactatcaattttaa
tccccagaacaaccctctatgaacttctttttctaaagaacttcagagtc
tacaaacactaaattgatatccagattagagagctattaaagacagaaac
agaataaaaacagatgacagactgagatctttgagcatatcactggtgta
ccacacaggctaacctagcttggagaacaagcagctcagaatctgtgaac
ttaatctgacttctaacccttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166293285_166294307
seq2: B6Ng01-244C13.b_48_1071

seq1  GAATTCCTCTAGTTCAGAGCACTCTAAAGAATGCTAAGGTAGTGAGAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTAGTTCAGAGCACTCTAAAGAATGCTAAGGTAGTGAGAGGG  50

seq1  AATGGCATCAGTCTATACCAAAACCTCCAGGACTGATTTCAGGTCTACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATCAGTCTATACCAAAACCTCCAGGACTGATTTCAGGTCTACCA  100

seq1  GAGTCATCTGACCCACTTTGTCCCAGTTTGCTCAGGTTGCTGCCAGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCTGACCCACTTTGTCCCAGTTTGCTCAGGTTGCTGCCAGCCTT  150

seq1  CCTTGCCACGAACAAGCCATGCTGCCACAGGGACCATAGAGAGAGCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCACGAACAAGCCATGCTGCCACAGGGACCATAGAGAGAGCTCTG  200

seq1  GTGAAGTAACTGGAGTAAAAACCTCGCTCCCTATTCACACACAGAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTAACTGGAGTAAAAACCTCGCTCCCTATTCACACACAGAGGCCA  250

seq1  CCTATGTGTGCTAAGTATCAAGACAGAGATGTAGACTTGGCAGTGGCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGTGCTAAGTATCAAGACAGAGATGTAGACTTGGCAGTGGCTTA  300

seq1  GAAATGAAGAATTTATAAGAGGCATTAAGGGCTTTGATCCATAGGGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAGAATTTATAAGAGGCATTAAGGGCTTTGATCCATAGGGTTTG  350

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGGAGTATGAAAGATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGGAGTATGAAAGATGTG  400

seq1  CAGATGTACAGGCTAGCAGGATGCAGAGCTGGCTCTCGGCTCACACAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTACAGGCTAGCAGGATGCAGAGCTGGCTCTCGGCTCACACAGAG  450

seq1  TTACTTCCGGTGACTACTATCCTTTAGCATTTTGTATAAACATTAAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCCGGTGACTACTATCCTTTAGCATTTTGTATAAACATTAAGGCC  500

seq1  TCCCATCGTTTCCCATGTCGTCTGTCAATGAGGAGGCTTGTCAGTCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCGTTTCCCATGTCGTCTGTCAATGAGGAGGCTTGTCAGTCAGTA  550

seq1  AGCCTGTTCTTTACATGTTCTGCTCCTTTCTCATAAGAACCTGTTGTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTTCTTTACATGTTCTGCTCCTTTCTCATAAGAACCTGTTGTAAC  600

seq1  TACACATCAGAATTTACGCACTTTCATCTTCCACAGGGCATGTACCATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATCAGAATTTACGCACTTTCATCTTCCACAGGGCATGTACCATTC  650

seq1  CTTCGTCTTCTGATAGCAGACAGTGCTTTCTTATTTTCCCATTTTACAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTCTTCTGATAGCAGACAGTGCTTTCTTATTTTCCCATTTTACAAT  700

seq1  CATTTCTTAATAAACTAAATAATAAAATGTCATATGTGGCAGGTCCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTAATAAACTAAATAATAAAATGTCATATGTGGCAGGTCCCTGG  750

seq1  ATCCCACCTCCCTAGGGCCTGCCCCAGCTCCTCGCTGGGAGAGGGAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACCTCCCTAGGGCCTGCCCCAGCTCCTCGCTGGGAGAGGGAAGGG  800

seq1  AGGAAGTAGGCTGCAGAACAGAGCACCATGTGGGAAGGAGGGAGGTCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTAGGCTGCAGAACAGAGCACCATGTGGGAAGGAGGGAGGTCTGT  850

seq1  GTTCCTCATTGTGCGGCTACACAGGCACTGGTGCTCAGGGCTAGGAGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCATTGTGCGGCTACACAGGCACTGGTGCTCAGGGCTAGGAGAAG  900

seq1  ATCGGAAA-CCAGGCAGTGCCCAGATAAACATGTCTGCTGCAAGGTCTTT  949
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCGGAAACCCAGGCAGTGCCCAGAT-AACATGTCTGCTGC-AGGTCTTT  948

seq1  GAGGT-CAATTTTCCTTCAGTCTTGTGTCATGTGCACCTT-AGGTGTCAT  997
      || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGTCCAATTTTCCTTCAGTCTTGTGTCATGTGCACCTTAAGGTGTCAT  998

seq1  CAGCTCTAAAATGGTTGAAGATATTC  1023
      |||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCTCTAAAATGGGTGAAGATATTC  1024

seq1: chr1_166442990_166444121
seq2: B6Ng01-244C13.g_66_1189 (reverse)

seq1  ACCAAGGGGTTAGAAGTGCAGATTAAG-TCACAGGTTTCTGAGCTGCTTG  49
      ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||
seq2  ACCAA-GGGTTAGAAGT-CAGATTAAGTTCACA-GATTCTGAGCTGCTTG  47

seq1  -TCTCCCAGCTAGGGTAGCCTGTGTTGGGTACA-CAGTGATTAGGCTCAA  97
       ||||| ||||||| ||||||||||  |||||| |||||| || ||||||
seq2  TTCTCCAAGCTAGGTTAGCCTGTGT--GGTACACCAGTGA-TATGCTCAA  94

seq1  AGGATCTCAGGTCTGGTCATCTGTTTTTATTCTGGTTTCTGTCTTTAATA  147
      | ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  A-GATCTCA-GTCT-GTCATCTGTTTTTATTCT-GTTTCTGTCTTTAATA  140

seq1  GCTCTCTAATCCTGGATAATCAATTTAGTGTTTGTAGACTCTGAAGTTCT  197
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAAT-CTGGAT-ATCAATTTAGTGTTTGTAGACTCTGAAGTTCT  188

seq1  TTAG-AAAAGAAGTTCATAGAGGGTTGTTCTGGGGATTAAAATTGATAGT  246
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAAAGAAGTTCATAGAGGGTTGTTCTGGGGATTAAAATTGATAGT  238

seq1  GGATGTTAAGCATTTAATACTGGGTATGGCACATAGTAAGTGCCAACATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTTAAGCATTTAATACTGGGTATGGCACATAGTAAGTGCCAACATT  288

seq1  ATCTTTGTTTCTCTTTTTCATTCTTTTAATTCCCTCCCTCATAAATTGAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTTTCTCTTTTTCATTCTTTTAATTCCCTCCCTCATAAATTGAC  338

seq1  ACATTCTTTTATCCCATCAAAGGCAGATGTGTTTGAAATTGATGCTCGTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTTTATCCCATCAAAGGCAGATGTGTTTGAAATTGATGCTCGTT  388

seq1  CTGGCCTCCAATTGCCTGCTGTCTCATGTCAGCCCCAAATCCCCCTATCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCCAATTGCCTGCTGTCTCATGTCAGCCCCAAATCCCCCTATCT  438

seq1  CAGCTACTTTCAGACTCATGACCTGGAAAAACCATGAACTCCAAGACCTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTTTCAGACTCATGACCTGGAAAAACCATGAACTCCAAGACCTA  488

seq1  ACAAGAAGAACTCTTGTCTTTGAGCCACAGAGTTGGGCTGACTTGTTATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGAACTCTTGTCTTTGAGCCACAGAGTTGGGCTGACTTGTTATG  538

seq1  ATTTCAACAGATAACAAGCACATGTTTTCAACGACCTCTGTGCCAGGCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAACAGATAACAAGCACATGTTTTCAACGACCTCTGTGCCAGGCAC  588

seq1  TGTGATCTCTGCTTCACCAATGTGGAAAGCAATGTGTCAAACACATGTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTCTGCTTCACCAATGTGGAAAGCAATGTGTCAAACACATGTGC  638

seq1  TATCAAAATGAAGACGCAGAACTTGGGTACAAGCGTATGTTCATGCTTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAATGAAGACGCAGAACTTGGGTACAAGCGTATGTTCATGCTTCA  688

seq1  ACCGCAGCTTTACTGCGGTGAACAGACACTATGACCAAGGAAACTCTTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCAGCTTTACTGCGGTGAACAGACACTATGACCAAGGAAACTCTTAT  738

seq1  AAAGGACAACATTTAATTGGGCCTGGCTTACGGGCCAGAGGTTCAGCCCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAACATTTAATTGGGCCTGGCTTACGGGCCAGAGGTTCAGCCCA  788

seq1  TTATCATCAAGTCAGGAGCATGGCAGCATCCAGGTGGACATGATGCAGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATCAAGTCAGGAGCATGGCAGCATCCAGGTGGACATGATGCAGGA  838

seq1  GGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGGCCGCTAGCAGAATACTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGGCCGCTAGCAGAATACTGA  888

seq1  CTTCCAGGCAGCTAGGATGAAGCTTTTTAAGCCCATGCCCACAGTGACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGCAGCTAGGATGAAGCTTTTTAAGCCCATGCCCACAGTGACAC  938

seq1  ACCTATGCCAATGAGGCCACACTCACTCCAACAAGGCCACACTTCCAAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGCCAATGAGGCCACACTCACTCCAACAAGGCCACACTTCCAAAT  988

seq1  AGTGCCACTCTCTGGGCCAAGCATATTCAAACCATGACAGCACTCTTGAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCACTCTCTGGGCCAAGCATATTCAAACCATGACAGCACTCTTGAT  1038

seq1  CATGCATGAGGTTGGAAGAAGTAACTATGTGCCTCTCTGTATCTGCCCTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGAGGTTGGAAGAAGTAACTATGTGCCTCTCTGTATCTGCCCTG  1088

seq1  TAGTCTTTTGATAATCTGGAATTAAACAGAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTTTGATAATCTGGAATTAAACAGAGAATTC  1124