BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245B21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 125,592,869 - 125,747,774
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp10
Upstream geneLOC666983
Downstream geneLOC666998
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245B21.bB6Ng01-245B21.g
ACCGA054084GA054085
length1,123428
definitionB6Ng01-245B21.b B6Ng01-245B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,746,629 - 125,747,774)(125,592,869 - 125,593,302)
sequence
gctcattttaatgcttcatctaattcttggaggtcatcctgtgaacactt
aatgcattatcagtcaagagaaggatggttcctagctgaccctggcatgt
atattttcattgtttaaatctttctaattataccacattgagacctaata
aactgtattttaaaaaaattgttaactgctacacatttactttgtgatta
gtttgtgcattagtgaaggatccaatactgaatgccttctttgttgagca
ctatgagagatggtgttacacatgctgcatgtgacagcatataacactga
atttacatagaaccctgaggttgcatctagaaactgtttcagatacaggg
gctaaaaaaaagcctgtcttatcttattatgtaatagaataagtctattc
ttagatattttcatacatgtgtaaagttcattttgataaacttcaaccct
tcttttccccttatgacttccagattcaccttgtgtcctctcactcctcc
ttaatttgtatctgttttgtggttgttgcttaaaacccaccaagtcccat
aagcactgcctgtatgttcacaggtataatgccatctatttgagtcttgt
ctacttatcaagggccacaagcttttaagaaactgactcctccagtttag
cagacatcagctattaatagctccgcagctgggtttgggcttcatctttg
tgagtttctcccaccttcatggtaaaatgttgactgccttgatcttgtga
agttattcattgcacaagaatgattcattgctctcagattcacttggtag
atcaatgtttatcttcagccactaacagagatgtaccattaatgttttat
tatagaaagcaaacaatagtgttgatgtaaaaatggaacaaccatatcaa
agaatgtagagataaatttttcatgggttgagtgaccatgcccaggagac
agtttagatactccagtccacatttcacatgtaacagtttaagttcgata
ctagcagagaagaaagtatagtttaaaatacatgctagagaaatatgtta
cgattacatccaacaaggggttctcagtgcttcctgaataatattcttag
attagtgcctacatcaggtttgt

caaatgtattctcctcacattgaaaagctgtttatttaaacaggagcagt
aacataagcacagtttatttctagcttttttggcaacacctgtaccaaag
ctttcttaaaataaaactcataagctcagtgcaccatcttttgtaatctt
caagcaaaatggaagacttccagctccaaactttgtctctgtaactcctt
tacatggttgttttgttcccacttctaagaaggggcaaagtgtccacact
ttggtcttcgttcttcttgagtttcatgtgctttgtatcttgtatcttgg
gtatgctaagtttctgggctaatatcctggccagcagtggaaagagaggt
ccattggttgtgcaaactttatatgcctcagtgcaggggaacaccagggc
caagaagtgggagggggggagtggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_125746629_125747774
seq2: B6Ng01-245B21.b_59_1181 (reverse)

seq1  ACAAAACCCTGATGTTAAGCACTAAAATCTAAGAATATTA-TCAGAGAGC  49
      |||||  ||||||| || |||||  ||||||||||||||| ||||  |||
seq2  ACAAA--CCTGATG-TAGGCACT--AATCTAAGAATATTATTCAGGAAGC  45

seq1  AACTGAGAACCCCTGGTTTTGATGTAATCTGTACCATTAATATCTCTAGC  99
       ||||||||||||| | || ||||||||| ||| |||  || ||||||||
seq2  -ACTGAGAACCCCTTG-TTGGATGTAATC-GTAACAT--ATTTCTCTAGC  90

seq1  AATGTATTTTAAACTTAATAACTTTCTTTCCTCTGCTAGTAATCGAACTT  149
       ||||||||||||||  || ||||||||  |||||||||| |||||||||
seq2  -ATGTATTTTAAACT--AT-ACTTTCTT--CTCTGCTAGT-ATCGAACTT  133

seq1  AAACTGTTACCATGTTGAAATGTGGAACTGGAGTAATCTAAACTTGTCTT  199
      ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||| |
seq2  AAACTGTTA-CATG-TGAAATGTGG-ACTGGAGT-ATCTAAAC-TGTC-T  177

seq1  CCTGGGCCATGGTCACTCAA-CCATGAAAAATTTATCTCTTACATTCTTT  248
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTGGG-CATGGTCACTCAACCCATGAAAAATTTATCTC-TACATTCTTT  225

seq1  GATATGGTTGTTCCATTTTTACATCAACACTATTGTTTGCTTTCTATAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGTTGTTCCATTTTTACATCAACACTATTGTTTGCTTTCTATAAT  275

seq1  AAAACATTAATGGTACATCTCTGTTAGTGGCTGAAGATAAACATTGATCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTAATGGTACATCTCTGTTAGTGGCTGAAGATAAACATTGATCT  325

seq1  ACCAAGTGAATCTGAGAGCAATGAATCATTCTTGTGCAATGAATAACTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTGAATCTGAGAGCAATGAATCATTCTTGTGCAATGAATAACTTC  375

seq1  ACAAGATCAAGGCAGTCAACATTTTACCATGAAGGTGGGAGAAACTCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCAAGGCAGTCAACATTTTACCATGAAGGTGGGAGAAACTCACA  425

seq1  AAGATGAAGCCCAAACCCAGCTGCGGAGCTATTAATAGCTGATGTCTGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAGCCCAAACCCAGCTGCGGAGCTATTAATAGCTGATGTCTGCT  475

seq1  AAACTGGAGGAGTCAGTTTCTTAAAAGCTTGTGGCCCTTGATAAGTAGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGAGGAGTCAGTTTCTTAAAAGCTTGTGGCCCTTGATAAGTAGAC  525

seq1  AAGACTCAAATAGATGGCATTATACCTGTGAACATACAGGCAGTGCTTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCAAATAGATGGCATTATACCTGTGAACATACAGGCAGTGCTTAT  575

seq1  GGGACTTGGTGGGTTTTAAGCAACAACCACAAAACAGATACAAATTAAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTGGTGGGTTTTAAGCAACAACCACAAAACAGATACAAATTAAGG  625

seq1  AGGAGTGAGAGGACACAAGGTGAATCTGGAAGTCATAAGGGGAAAAGAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGAGAGGACACAAGGTGAATCTGGAAGTCATAAGGGGAAAAGAAG  675

seq1  GGTTGAAGTTTATCAAAATGAACTTTACACATGTATGAAAATATCTAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAAGTTTATCAAAATGAACTTTACACATGTATGAAAATATCTAAGA  725

seq1  ATAGACTTATTCTATTACATAATAAGATAAGACAGGCTTTTTTTTAGCCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTATTCTATTACATAATAAGATAAGACAGGCTTTTTTTTAGCCC  775

seq1  CTGTATCTGAAACAGTTTCTAGATGCAACCTCAGGGTTCTATGTAAATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTGAAACAGTTTCTAGATGCAACCTCAGGGTTCTATGTAAATTC  825

seq1  AGTGTTATATGCTGTCACATGCAGCATGTGTAACACCATCTCTCATAGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTATATGCTGTCACATGCAGCATGTGTAACACCATCTCTCATAGTG  875

seq1  CTCAACAAAGAAGGCATTCAGTATTGGATCCTTCACTAATGCACAAACTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAAAGAAGGCATTCAGTATTGGATCCTTCACTAATGCACAAACTA  925

seq1  ATCACAAAGTAAATGTGTAGCAGTTAACAATTTTTTTAAAATACAGTTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAGTAAATGTGTAGCAGTTAACAATTTTTTTAAAATACAGTTTA  975

seq1  TTAGGTCTCAATGTGGTATAATTAGAAAGATTTAAACAATGAAAATATAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCTCAATGTGGTATAATTAGAAAGATTTAAACAATGAAAATATAC  1025

seq1  ATGCCAGGGTCAGCTAGGAACCATCCTTCTCTTGACTGATAATGCATTAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGGGTCAGCTAGGAACCATCCTTCTCTTGACTGATAATGCATTAA  1075

seq1  GTGTTCACAGGATGACCTCCAAGAATTAGATGAAGCATTAAAATGAGC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACAGGATGACCTCCAAGAATTAGATGAAGCATTAAAATGAGC  1123


seq1: chr1_125592869_125593302
seq2: B6Ng01-245B21.g_65_498

seq1  GAATTCCAAATGTATTCTCCTCACATTGAAAAGCTGTTTATTTAAACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTATTCTCCTCACATTGAAAAGCTGTTTATTTAAACAGG  50

seq1  AGCAGTAACATAAGCACAGTTTATTTCTAGCTTTTTTGGCAACACCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAACATAAGCACAGTTTATTTCTAGCTTTTTTGGCAACACCTGTA  100

seq1  CCAAAGCTTTCTTAAAATAAAACTCATAAGCTCAGTGCACCATCTTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCTTTCTTAAAATAAAACTCATAAGCTCAGTGCACCATCTTTTGT  150

seq1  AATCTTCAAGCAAAATGGAAGACTTCCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCAAGCAAAATGGAAGACTTCCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAA  200

seq1  CTCCTTTACATGGTTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTACATGGTTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTC  250

seq1  CACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAGTTTCATGTGCTTTGTATCTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAGTTTCATGTGCTTTGTATCTTGTA  300

seq1  TCTTGGGTATGCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCTGGCCAGCAGTGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTATGCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCTGGCCAGCAGTGGAAAG  350

seq1  AGAGGTCCATTGGTTGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTGCAGGGGAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCATTGGTTGTGCAAACTTTATATGCCTCAGTGCAGGGGAACAC  400

seq1  CAGGGCCAAGAAGTGGGAGGGGGGGAGTGGAGTG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAAGAAGTGGGAGGGGGGGAGTGGAGTG  434


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |