BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245N10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 27,404,352 - 27,554,770
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4931408C20Rik, LOC677427
Downstream geneLOC100040952, EG433281
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245N10.bB6Ng01-245N10.g
ACCGA054615GA054616
length1,1271,120
definitionB6Ng01-245N10.b B6Ng01-245N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,404,352 - 27,405,478)(27,553,655 - 27,554,770)
sequence
gaattccattaaggcatttaatcaagtatacagggaattccaagaggtaa
taacttagagaaataggaaaatagagggtctagacctcatatcctgaaag
caggatcacaaagggaaataggatgagctttaggaaatcctgagggggac
tgcaggctattagcaaaactttatcatagtcaagtcactatcaggcaaga
gtaggcacttgcaagtcttcctgcccttgccttagtgttgtgggaaggct
gagggcaggaagtttgggagttctgaggctagaaaaccaagaagtaaaga
gcaagatcatgtgtgtctaccagaacatatgtggtagctaggcaatacag
gaggataataggtgaaggtgatgcctttatgagtaatgcaggtgaggata
gtccagtaggaacaaagacaaccattatgcttcctcctgttttagttggg
gtgttttgggagagcacccacaaggctcccttctattatagatgaagtgt
tattgaaggtaccaagtaaggttccttctgtaccacctggggtgttatgg
gagggtatctgcaagggttctttctgcagtagctggagtgttaaaggaga
gtacccagtatactttttttccattgcagctggggcattatgggtaacag
cactggagtctaggagagagctggaaggagcttgtataacagcagcaacg
tgacaaaaaacaagaagtaaggctatgggaacactcttgggcagaagaga
caaagtgagtgtggaacttactgaagagctttctgccattggaaactcat
tcttgcttgggtctacggttagttgttgttaatttctttgttttgctttt
ggttcactcaacctgggcctcaagcttttgttactgcagctcacaggcta
agtcagatgtgtcagtagatgcgatggttaacaaaggaaaaggaatgtac
cttaatacaaaataaatgccgatatattttaacttggtcattggggtgag
ggatgctcagaaccctgctgcaagaaggttccacattttctttatctccc
tttgaatatgtcaggtgtaaaaacaaacaaatgcttgttttcaagtatgg
ttaagctaagactctaagctttattat

gaattcaaaggtgaaattcttctggtgccatttcgtattgtgagtatgca
tgtgacttgtgacgagtgcagagcagaggggctgtgaaggaagggtccta
atgaaatctttgtgttgcaacagcacatacctaatatttctgtgaatagt
aaattaattaatgcatacaaaggattcaagaatgctcttggtttatcaga
tcacattgagaatgttaagtacttaattgctattgtgctgctctttgtct
ttttgtgtggtgtctttatgatgtaagtgccacctaaaaataccacactg
accttttgtttataaagccttaccttgtattagtgtggtgttgctgcatg
ctgccccactatgtccatatgcttaatgtgttagagagaatgcctgtttc
tcttaaaatcaaatcttgtttctctttaattcttccattgtccttattgc
tcatacattacacacacaccatcaaatggaatacacccccatacacacac
acacacacacacacactcataaatataatttgggtttcttttgttgtgat
aaaacaccatcaccatatataatttggttaggaatatatatatttcatct
tgtagttctatatcacattctactcctgaggaaagtcaaggtaggaatat
agacagagcagaaacctagaaacaagagatgatgcacaggccatgaaaaa
gtatggcttattgatttattcagcttgctctcttgtagaattcaggacca
cctgttcagaggtggcacagccaacactgagctattcactcccacattaa
acaataactaaaaaaaattacaccaggtttatcctttggccaatttggtg
ggtgagttttcatttgagttgccctctttccaaatgtctgcctcttatgt
caagttgaaataacctagctaggacagatggcaaaggattagctctgaga
tgcagtctgcagggttgactcagacatatgctcttgtgggtaagacatga
cagttcatccacactcagaacactaataaacaacagtattaatataccta
actcaaaagacaacgaatgatcacaaatcagttcttaaaaattatgtaat
cagcattcatatttttgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_27404352_27405478
seq2: B6Ng01-245N10.b_46_1172

seq1  GAATTCCATTAAGGCATTTAATCAAGTATACAGGGAATTCCAAGAGGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAAGGCATTTAATCAAGTATACAGGGAATTCCAAGAGGTAA  50

seq1  TAACTTAGAGAAATAGGAAAATAGAGGGTCTAGACCTCATATCCTGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTAGAGAAATAGGAAAATAGAGGGTCTAGACCTCATATCCTGAAAG  100

seq1  CAGGATCACAAAGGGAAATAGGATGAGCTTTAGGAAATCCTGAGGGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCACAAAGGGAAATAGGATGAGCTTTAGGAAATCCTGAGGGGGAC  150

seq1  TGCAGGCTATTAGCAAAACTTTATCATAGTCAAGTCACTATCAGGCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTATTAGCAAAACTTTATCATAGTCAAGTCACTATCAGGCAAGA  200

seq1  GTAGGCACTTGCAAGTCTTCCTGCCCTTGCCTTAGTGTTGTGGGAAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCACTTGCAAGTCTTCCTGCCCTTGCCTTAGTGTTGTGGGAAGGCT  250

seq1  GAGGGCAGGAAGTTTGGGAGTTCTGAGGCTAGAAAACCAAGAAGTAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAGGAAGTTTGGGAGTTCTGAGGCTAGAAAACCAAGAAGTAAAGA  300

seq1  GCAAGATCATGTGTGTCTACCAGAACATATGTGGTAGCTAGGCAATACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATCATGTGTGTCTACCAGAACATATGTGGTAGCTAGGCAATACAG  350

seq1  GAGGATAATAGGTGAAGGTGATGCCTTTATGAGTAATGCAGGTGAGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAATAGGTGAAGGTGATGCCTTTATGAGTAATGCAGGTGAGGATA  400

seq1  GTCCAGTAGGAACAAAGACAACCATTATGCTTCCTCCTGTTTTAGTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTAGGAACAAAGACAACCATTATGCTTCCTCCTGTTTTAGTTGGG  450

seq1  GTGTTTTGGGAGAGCACCCACAAGGCTCCCTTCTATTATAGATGAAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGGGAGAGCACCCACAAGGCTCCCTTCTATTATAGATGAAGTGT  500

seq1  TATTGAAGGTACCAAGTAAGGTTCCTTCTGTACCACCTGGGGTGTTATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAGGTACCAAGTAAGGTTCCTTCTGTACCACCTGGGGTGTTATGG  550

seq1  GAGGGTATCTGCAAGGGTTCTTTCTGCAGTAGCTGGAGTGTTAAAGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTATCTGCAAGGGTTCTTTCTGCAGTAGCTGGAGTGTTAAAGGAGA  600

seq1  GTACCCAGTATACTTTTTTTCCATTGCAGCTGGGGCATTATGGGTAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAGTATACTTTTTTTCCATTGCAGCTGGGGCATTATGGGTAACAG  650

seq1  CACTGGAGTCTAGGAGAGAGCTGGAAGGAGCTTGTATAACAGCAGCAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGTCTAGGAGAGAGCTGGAAGGAGCTTGTATAACAGCAGCAACG  700

seq1  TGACAAAAAACAAGAAGTAAGGCTATGGGAACACTCTT-GGCAGAAGAGA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGACAAAAAACAAGAAGTAAGGCTATGGGAACACTCTTGGGCAGAAGAGA  750

seq1  CAAAGTGAGTGTGGAACTTACTGAAGAGCTTTCTGCCATTGGAAACTCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAGTGTGGAACTTACTGAAGAGCTTTCTGCCATTGGAAACTCAT  800

seq1  TCTTGCTTGGGTCTACGGTTAGTTGTTGTTAATTTCTTTGTTTTGCTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTGGGTCTACGGTTAGTTGTTGTTAATTTCTTTGTTTTGCTTTT  850

seq1  GGTTCACTCAACCTGGGCCTCAAAGCTTTTGTTACTGCAGCTCACAGGCT  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACTCAACCTGGGCCTC-AAGCTTTTGTTACTGCAGCTCACAGGCT  899

seq1  AAGTCAGATGTGTCAGTAGATGCGATGGTT-ACAAAGGAAACAGAATGTA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||
seq2  AAGTCAGATGTGTCAGTAGATGCGATGGTTAACAAAGGAAAAGGAATGTA  949

seq1  CCTT-ATACAAAAATAAATG-CGATATATTTTTAACTTTGGTCATTGGGG  996
      |||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  CCTTAATAC-AAAATAAATGCCGATATA-TTTTAAC-TTGGTCATTGGGG  996

seq1  TGAGGGATGCTCAGAACCCTGCTGCAAG-AGGTTCACATTTTTTTTTTAT  1045
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||
seq2  TGAGGGATGCTCAGAACCCTGCTGCAAGAAGGTTC-CACATTTTCTTTAT  1045

seq1  CCTCCCTTTGAATATGTTCAGGTGTAAAAAACAAACAAATGC-TGTTTTA  1094
       ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| 
seq2  -CTCCCTTTGAATATG-TCAGGTGT-AAAAACAAACAAATGCTTGTTTTC  1092

seq1  AAGTAATGTTAAG-TAAGACTCATAG-TTTATTAT  1127
      |||||  |||||| ||||||||  || ||||||||
seq2  AAGTATGGTTAAGCTAAGACTCTAAGCTTTATTAT  1127


seq1: chr1_27553655_27554770
seq2: B6Ng01-245N10.g_67_1186 (reverse)

seq1  TTGC-AAAATATGAATGCTGATTTTACAT-ATTTTTAAGAACTGGTTTGT  48
      |||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TTGCAAAAATATGAATGCTGA--TTACATAATTTTTAAGAACTGATTTGT  48

seq1  GATCA-TCCTTGTCTTTTGAGTTA-GTATA-TAATACTGTTGTTTATTAG  95
      ||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCATTCGTTGTCTTTTGAGTTAGGTATATTAATACTGTTGTTTATTAG  98

seq1  TG-TCTGAGTGTGGATGAACTGTCATTGTCTTACCCACAAGAGCATATGT  144
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGAGTGTGGATGAACTGTCA-TGTCTTACCCACAAGAGCATATGT  147

seq1  CTGAGTCAACCCTGCAGACTGCATCTCAGAGCTAATCC-TTGCCATCTGT  193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGAGTCAACCCTGCAGACTGCATCTCAGAGCTAATCCTTTGCCATCTGT  197

seq1  CCTAGCTAGGTTATTTCAACTTGACATAAGAGGCAGACATTTGGAAAGAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTAGGTTATTTCAACTTGACATAAGAGGCAGACATTTGGAAAGAG  247

seq1  GGCAACTCAAATGAAAACTCACCCACCAAATTGGCCAAAGGATAAACCTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTCAAATGAAAACTCACCCACCAAATTGGCCAAAGGATAAACCTG  297

seq1  GTGTAATTTTTTTTAGTTATTGTTTAATGTGGGAGTGAATAGCTCAGTGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATTTTTTTTAGTTATTGTTTAATGTGGGAGTGAATAGCTCAGTGT  347

seq1  TGGCTGTGCCACCTCTGAACAGGTGGTCCTGAATTCTACAAGAGAGCAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGCCACCTCTGAACAGGTGGTCCTGAATTCTACAAGAGAGCAAG  397

seq1  CTGAATAAATCAATAAGCCATACTTTTTCATGGCCTGTGCATCATCTCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAATCAATAAGCCATACTTTTTCATGGCCTGTGCATCATCTCTT  447

seq1  GTTTCTAGGTTTCTGCTCTGTCTATATTCCTACCTTGACTTTCCTCAGGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTAGGTTTCTGCTCTGTCTATATTCCTACCTTGACTTTCCTCAGGA  497

seq1  GTAGAATGTGATATAGAACTACAAGATGAAATATATATATTCCTAACCAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATGTGATATAGAACTACAAGATGAAATATATATATTCCTAACCAA  547

seq1  ATTATATATGGTGATGGTGTTTTATCACAACAAAAGAAACCCAAATTATA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATGGTGATGGTGTTTTATCACAACAAAAGAAACCCAAATTATA  597

seq1  TTTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGGGGGTGTATTCCATTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGGGGGTGTATTCCATTT  647

seq1  GATGGTGTGTGTGTAATGTATGAGCAATAAGGACAATGGAAGAATTAAAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGTGTGTGTAATGTATGAGCAATAAGGACAATGGAAGAATTAAAG  697

seq1  AGAAACAAGATTTGATTTTAAGAGAAACAGGCATTCTCTCTAACACATTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAGATTTGATTTTAAGAGAAACAGGCATTCTCTCTAACACATTA  747

seq1  AGCATATGGACATAGTGGGGCAGCATGCAGCAACACCACACTAATACAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGGACATAGTGGGGCAGCATGCAGCAACACCACACTAATACAAG  797

seq1  GTAAGGCTTTATAAACAAAAGGTCAGTGTGGTATTTTTAGGTGGCACTTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCTTTATAAACAAAAGGTCAGTGTGGTATTTTTAGGTGGCACTTA  847

seq1  CATCATAAAGACACCACACAAAAAGACAAAGAGCAGCACAATAGCAATTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATAAAGACACCACACAAAAAGACAAAGAGCAGCACAATAGCAATTA  897

seq1  AGTACTTAACATTCTCAATGTGATCTGATAAACCAAGAGCATTCTTGAAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTAACATTCTCAATGTGATCTGATAAACCAAGAGCATTCTTGAAT  947

seq1  CCTTTGTATGCATTAATTAATTTACTATTCACAGAAATATTAGGTATGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTATGCATTAATTAATTTACTATTCACAGAAATATTAGGTATGTG  997

seq1  CTGTTGCAACACAAAGATTTCATTAGGACCCTTCCTTCACAGCCCCTCTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCAACACAAAGATTTCATTAGGACCCTTCCTTCACAGCCCCTCTG  1047

seq1  CTCTGCACTCGTCACAAGTCACATGCATACTCACAATACGAAATGGCACC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCACTCGTCACAAGTCACATGCATACTCACAATACGAAATGGCACC  1097

seq1  AGAAGAATTTCACCTTTGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTTCACCTTTGAATTC  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |