BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246A12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,136,011 - 136,205,865
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyog, Ppfia4
Upstream genePlekha6, Golt1a, Kiss1, LOC100038824, Ren1, Etnk2, Sox13, LOC667371, Snrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1
Downstream geneLOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246A12.bB6Ng01-246A12.g
ACCGA054762GA054763
length1,1241,063
definitionB6Ng01-246A12.b B6Ng01-246A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,204,738 - 136,205,865)(136,136,011 - 136,137,073)
sequence
gaattctctgtgttaaccaagaaggctcacagtgaatcaggcattgagtt
taggcactgcatttcttctaggtcgtgtcatcattgtaaaagaatacctt
gtgaaatgcaacgtaagaaggcagggcttattttggctcacggttgcagg
gtacagtccatcatgatggacaagtgaagacggcgcagaagcgtgaggca
gctggtcactttgcatgccctcactagtagtcaggaagaagagggggacg
gaagcttgtgctcggctggctttctcctttacatagagtctacgacccca
gcagggactggtgcttataggaaagaccttcatacctcaaggctgtaaaa
ctccagagccaaccccatggcctaatgaggctctaagagttctgttatct
ttccaagcagtactgccgtctggtcaccaagtgtttaaacacacgaggga
ccaccgcaccatcccaggggcaatgggcctgttgtgctttgaatccttag
tgggagttcctctgcttgggacctctgttcctttatgcagaatgtcacct
aatccttttcttcttttgatgaaaagatctgttcaaacatgtcatggtag
aggtcccatgctggcagcctgtgagtaggtgacctatagatatattttgt
ttgacccacatggttgccagtattttgcttttgttctaatttttattatt
tttattatttatgtgtatggttgtttacttgcatgtatgtctgtgaactg
cacatgtgccttttgcctgtggaggctggaagaggacattggatcctctg
gaactggggtcacagacctttgtgagccctcttgtgtgtgctggaatttg
aagcaaggtcctctggaagagcagcaagcgctcttaaccactgagccatc
tctccagcttccgttgtcaatgttttaacagtagtttgtatctgagtatc
tggtattgtggcttcttttgaaagatgggaagttctgtgggcacagtgta
gactgggacacacagcctctcagcttgcttcttcaattagcttcttagca
cagcagcatcactgcttgggtccagctctcagagcgactgtagatgttct
taaccagctttatagagctccact
gaattctctgctttacatatgggttggttggttgtgtgtatgactttgtt
tgaacatagattgtattggccatgtgaaaaaaaatggatatctgagcttt
aacctaatgtttccatggataaaccagggacatgaaacccagaaagggag
taaacttacccagtcttccctgttagggctgggaactgaggcctgggcag
gagctgggaggtgatgtgagctccggactctatctcccaggctctgggct
ctatctgccaaggtcccaggggtcaaagagagtctttggcttccaactct
ctctgtctcacagggaagggagataggatgctaacacatccgtgggagcc
agggacccacgctgatagcacaataaaggcactgcagtttggcactcaag
aagatttccctgcagacagcatccctggaatgctcaccacatacctggga
ggtggcaaagccggagctttaggccctcgtcacagacagtgcaagactga
gaaaggctgaagtggagtcttgtgcttggctcagagtggaagctgggcca
caccgaggcgtcctgggctcaggaggagctgaggtctccttgaaggagaa
cttctcagcagaccacctatccgttcacttactccgccgtatttcccgaa
gcccactatgaaaatggtgtgtgtggtactatacctgctcagaatctgca
agagctcgaaggtcgtatgttctaggtgccacaggctaagcaaggagctt
gctgaggagacactggctgcaaagtttccaaaggaagctgagccagtgtt
tgaggttggccagatgctctgtgtttgtggagaaggacaggcagcctgcg
aaagatccgttgggggtgggggttgtccaagtgtttggctgcttcttgag
caagatgagggggcttctataggctccaaccattgcatctgggacagaac
atgtactagtaagcaagctctcaaggcgggtcactgatagtaccagaggt
attcagctgcaatctttagcatggggaaggctacgatttgcacatgtttc
ctggagcttatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136204738_136205865
seq2: B6Ng01-246A12.b_48_1171 (reverse)

seq1  AGTGGGGCTCTATAAAGCTGGTTAAGAACATCTAACAGTCGGCTCTGAGA  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  AGTGGAGCTCTATAAAGCTGGTTAAGAACATCT-ACAGTC-GCTCTGAGA  48

seq1  GCTGGGACCAGGCAGTGATGCTGGCTGTTGCTAAGGAGCTAATTG-AGAA  99
      |||||  ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||
seq2  GCTGGACCCAAGCAGTGATGCT-GCTG-TGCTAAGAAGCTAATTGAAGAA  96

seq1  GCAAGCTGGAGAGGCTGTGGTGT-CCAGTCTACACTGTGCCCACAGAACT  148
      ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCT-GAGAGGCTGT-GTGTCCCAGTCTACACTGTGCCCACAGAACT  144

seq1  TTCCATCTTTCAAAAGAAGCCACAATACCAGATACTCAGATACAAACTAC  198
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTTTCAAAAGAAGCCACAATACCAGATACTCAGATACAAACTAC  194

seq1  TGTTAAAACATTGACAACGGAAGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAACATTGACAACGGAAGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAG  244

seq1  CGCTTGCTGCTCTTCCAGAGGACCTTGCTTCAAATTCCAGCACACACAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGCTGCTCTTCCAGAGGACCTTGCTTCAAATTCCAGCACACACAAG  294

seq1  AGGGCTCACAAAGGTCTGTGACCCCAGTTCCAGAGGATCCAATGTCCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCACAAAGGTCTGTGACCCCAGTTCCAGAGGATCCAATGTCCTCT  344

seq1  TCCAGCCTCCACAGGCAAAAGGCACATGTGCAGTTCACAGACATACATGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTCCACAGGCAAAAGGCACATGTGCAGTTCACAGACATACATGC  394

seq1  AAGTAAACAACCATACACATAAATAATAAAAATAATAAAAATTAGAACAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAACAACCATACACATAAATAATAAAAATAATAAAAATTAGAACAA  444

seq1  AAGCAAAATACTGGCAACCATGTGGGTCAAACAAAATATATCTATAGGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAATACTGGCAACCATGTGGGTCAAACAAAATATATCTATAGGTC  494

seq1  ACCTACTCACAGGCTGCCAGCATGGGACCTCTACCATGACATGTTTGAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTCACAGGCTGCCAGCATGGGACCTCTACCATGACATGTTTGAAC  544

seq1  AGATCTTTTCATCAAAAGAAGAAAAGGATTAGGTGACATTCTGCATAAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTTTCATCAAAAGAAGAAAAGGATTAGGTGACATTCTGCATAAAG  594

seq1  GAACAGAGGTCCCAAGCAGAGGAACTCCCACTAAGGATTCAAAGCACAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAGGTCCCAAGCAGAGGAACTCCCACTAAGGATTCAAAGCACAAC  644

seq1  AGGCCCATTGCCCCTGGGATGGTGCGGTGGTCCCTCGTGTGTTTAAACAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCATTGCCCCTGGGATGGTGCGGTGGTCCCTCGTGTGTTTAAACAC  694

seq1  TTGGTGACCAGACGGCAGTACTGCTTGGAAAGATAACAGAACTCTTAGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACCAGACGGCAGTACTGCTTGGAAAGATAACAGAACTCTTAGAG  744

seq1  CCTCATTAGGCCATGGGGTTGGCTCTGGAGTTTTACAGCCTTGAGGTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTAGGCCATGGGGTTGGCTCTGGAGTTTTACAGCCTTGAGGTATG  794

seq1  AAGGTCTTTCCTATAAGCACCAGTCCCTGCTGGGGTCGTAGACTCTATGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTTTCCTATAAGCACCAGTCCCTGCTGGGGTCGTAGACTCTATGT  844

seq1  AAAGGAGAAAGCCAGCCGAGCACAAGCTTCCGTCCCCCTCTTCTTCCTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAAAGCCAGCCGAGCACAAGCTTCCGTCCCCCTCTTCTTCCTGA  894

seq1  CTACTAGTGAGGGCATGCAAAGTGACCAGCTGCCTCACGCTTCTGCGCCG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTGAGGGCATGCAAAGTGACCAGCTGCCTCACGCTTCTGCGCCG  944

seq1  TCTTCACTTGTCCATCATGATGGACTGTACCCTGCAACCGTGAGCCAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTTGTCCATCATGATGGACTGTACCCTGCAACCGTGAGCCAAAA  994

seq1  TAAGCCCTGCCTTCTTACGTTGCATTTCACAAGGTATTCTTTTACAATGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCTGCCTTCTTACGTTGCATTTCACAAGGTATTCTTTTACAATGA  1044

seq1  TGACACGACCTAGAAGAAATGCAGTGCCTAAACTCAATGCCTGATTCACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACGACCTAGAAGAAATGCAGTGCCTAAACTCAATGCCTGATTCACT  1094

seq1  GTGAGCCTTCTTGGTTAACACAGAGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCTTCTTGGTTAACACAGAGAATTC  1124

seq1: chr1_136136011_136137073
seq2: B6Ng01-246A12.g_67_1129

seq1  GAATTCTCTGCTTTACATATGGGTTGGTTGGTTGTGTGTATGACTTTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTTTACATATGGGTTGGTTGGTTGTGTGTATGACTTTGTT  50

seq1  TGAACATAGATTGTATTGGCCATGTGAAAAAAAATGGATATCTGAGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATAGATTGTATTGGCCATGTGAAAAAAAATGGATATCTGAGCTTT  100

seq1  AACCTAATGTTTCCATGGATAAACCAGGGACATGAAACCCAGAAAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAATGTTTCCATGGATAAACCAGGGACATGAAACCCAGAAAGGGAG  150

seq1  TAAACTTACCCAGTCTTCCCTGTTAGGGCTGGGAACTGAGGCCTGGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTACCCAGTCTTCCCTGTTAGGGCTGGGAACTGAGGCCTGGGCAG  200

seq1  GAGCTGGGAGGTGATGTGAGCTCCGGACTCTATCTCCCAGGCTCTGGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGAGGTGATGTGAGCTCCGGACTCTATCTCCCAGGCTCTGGGCT  250

seq1  CTATCTGCCAAGGTCCCAGGGGTCAAAGAGAGTCTTTGGCTTCCAACTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGCCAAGGTCCCAGGGGTCAAAGAGAGTCTTTGGCTTCCAACTCT  300

seq1  CTCTGTCTCACAGGGAAGGGAGATAGGATGCTAACACATCCGTGGGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTCACAGGGAAGGGAGATAGGATGCTAACACATCCGTGGGAGCC  350

seq1  AGGGACCCACGCTGATAGCACAATAAAGGCACTGCAGTTTGGCACTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCCACGCTGATAGCACAATAAAGGCACTGCAGTTTGGCACTCAAG  400

seq1  AAGATTTCCCTGCAGACAGCATCCCTGGAATGCTCACCACATACCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTCCCTGCAGACAGCATCCCTGGAATGCTCACCACATACCTGGGA  450

seq1  GGTGGCAAAGCCGGAGCTTTAGGCCCTCGTCACAGACAGTGCAAGACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAAAGCCGGAGCTTTAGGCCCTCGTCACAGACAGTGCAAGACTGA  500

seq1  GAAAGGCTGAAGTGGAGTCTTGTGCTTGGCTCAGAGTGGAAGCTGGGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTGAAGTGGAGTCTTGTGCTTGGCTCAGAGTGGAAGCTGGGCCA  550

seq1  CACCGAGGCGTCCTGGGCTCAGGAGGAGCTGAGGTCTCCTTGAAGGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGAGGCGTCCTGGGCTCAGGAGGAGCTGAGGTCTCCTTGAAGGAGAA  600

seq1  CTTCTCAGCAGACCACCTATCCGTTCACTTACTCCGCCGTATTTCCCGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGCAGACCACCTATCCGTTCACTTACTCCGCCGTATTTCCCGAA  650

seq1  GCCCACTATGAAAATGGTGTGTGTGGTACTATACCTGCTCAGAATCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTATGAAAATGGTGTGTGTGGTACTATACCTGCTCAGAATCTGCA  700

seq1  AGAGCTCGAAGGTCGTATGTTCTAGGTGCCACAGGCTAAGCAAGGAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCGAAGGTCGTATGTTCTAGGTGCCACAGGCTAAGCAAGGAGCTT  750

seq1  GCTGAGGAGACACTGGCTGCAAAGTTTCCAAAGGAAGCTGAGCCAGTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGAGACACTGGCTGCAAAGTTTCCAAAGGAAGCTGAGCCAGTGTT  800

seq1  TGAGGTTGGCCAGGATGCTCTGTGTTTGTGGAGAAGGACAGGCAGCCTGC  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTGGCCA-GATGCTCTGTGTTTGTGGAGAAGGACAGGCAGCCTGC  849

seq1  GAAAGA-CCGTTGGGGGTGGGGGTGTACAAAGTGTTT-GCTGCATCTTGG  898
      |||||| |||||||||||||||||   | |||||||| ||||| ||||| 
seq2  GAAAGATCCGTTGGGGGTGGGGGTTGTCCAAGTGTTTGGCTGCTTCTTGA  899

seq1  GCAAGATGAGGGG--CTCTATAGGGCCCCAACC-TTGCATCT-GGACAGA  944
      |||||||||||||   |||||| ||| |||||| |||||||| |||||||
seq2  GCAAGATGAGGGGGCTTCTATA-GGCTCCAACCATTGCATCTGGGACAGA  948

seq1  ACA-GTGACAGTAAGCAAGCCTCCAGGGCGGGTCACTGATAGTACCAGAG  993
      ||| ||   |||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACTAGTAAGCAAGCTCTCAAGGCGGGTCACTGATAGTACCAGAG  998

seq1  GTA-TCAGCT-CCATCTTTAGCATGGGGAAGGCAAC-ATTTGCACATGTT  1040
      ||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||
seq2  GTATTCAGCTGCAATCTTTAGCATGGGGAAGGCTACGATTTGCACATGTT  1048

seq1  TCCT-GAGCCTAATCCTCTTATCC  1063
      |||| |||         |||||||
seq2  TCCTGGAG---------CTTATCC  1063