BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246D22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 183,498,105 - 183,620,291
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneParp1, Lin9, Mixl1, LOC666431, Acbd3, H3f3a, BC031781, Lefty2, Pycr2, Lefty1, Tmem63a, Ephx1, 9130409I23Rik, EG625597, Fgfr3-ps, Nvl, Cnih4, Wdr26, LOC100042363, LOC666519, Cnih3, Ccdc121
Downstream geneA230079K17Rik, Lbr, EG433384, Enah, Srp9, EG625823, Degs1, 1700047M11Rik, Fbxo28, LOC435657, ENSMUSG00000073482, Trp53bp2, Capn2, LOC666624, Capn8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246D22.bB6Ng01-246D22.g
ACCGA054911GA054912
length1,1331,048
definitionB6Ng01-246D22.b B6Ng01-246D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(183,498,105 - 183,499,228)(183,619,242 - 183,620,291)
sequence
gaattccctcctattgagcaggccttaagtacaattacacatcggttgct
cactcccaaatacaagagccagtcttcaaccctggggctatctcagctgg
gggcttacatctgggtaggattattgactgcttttctcactggacagctc
aaaaagcacctgcagatactatgaaagctagtccccaggtagacggcttt
atgtcactgcagatactatgagagctagtccccaagtagacggctttatg
tcactgcagatactatgagagctagtcctcaggtagacggctttatgtca
ctgcagatactatgagagctagtccccaagtagacggctttatgtcactg
cagatctgcgagagctagtccccaggtagacggctttatgtcattgcaga
tctgtgagagctagtccccaggtagacagctttatgtcactgcagatact
atgagagctagtccttaggtagacggctttatggcactgcagatctgcga
gagctagtccccaggtagacggctttatgtcagctccagctcaaaccctc
caagtcctgggtctgaagtatgtggtatcttcagcagtagggtcttacct
tcacgacctgggagacaaccaagggcaatagaggtagcctgtgtagtctg
gggagtctcttagacacccctgtccaccaacccaaaggaaggttttccat
acccagctctggagctttgttagatattctatggctcttgaggaggaaca
actgtctccccttctctcctcaattaaagccccctcccctccatttccct
tttcttccttcataggatctgttgtgtccacatatctgccttaatacagt
ttcttctctctttctcccatcatctctctgtgctcctggcttttgcagtt
aattttgattatgtactcacatctaaagattcagaacctaggatccacag
agggagaaccaggtgggcgtgtggcttttctggctctggttaaactcact
cggttaacactttcctagttccatccattcatctgcggattccatttttc
tttagaagctggacagaacttcatagtatagctttccactgtgtacattt
caaattggtgctgcaatagaagtcatgtctcac
gaattccttgttgacttatactttttgaactttttagaagccatgacttc
atgtaaggctcccatcccagatcaacagggtcctagtaataaaaagcaaa
agaaaaatcttatgtaaataaaaatgcagaattattattttttacttcat
cacctacccgtggttagatttagtattatttaaagctaaaacaatacaat
aacaacaacgagctaaagaaatcacaatttttgaaattatattggagttt
aactatggtttgaaaagagaacaatcactggggatctgagtggggggaag
tgtattaaccataatggaaaggtcggtagaggcggccccagctctcgttc
taactgacatcccaaattaggtggaccagtgagccaatcatcgctgctaa
tgaatttcatgtatagaatttttagggttatgttttctacttctatacca
ttgtcttggtgtagagaaatttaaatccagcaacatagctgctctggcaa
gggatcacatataaagaccttctaggtctatatgacctaggaggaatgca
gacacaccctggattgcagtatgatctggctggaatacagacatgccctt
aatagagcatatcctttaatcccaaacaatgaaggtagagttagtttgta
aaaggatgaagtcatgtttgaaagtgatatctaattgaggggcagacaaa
gtgatgcatcagagaaagatttgacagaatgattcagaactaggatatgc
ccaactctcatgaggacagataggaaagagaggcaacttaagatcagctt
aaagtgagtcagagggcagtttaggggaatgcagttgagtttaggtaatg
cactggacttcaaatgaatcagtatggagagaatctttgtgtactgtaag
gaaacatcaccttttaatacaagctgatttggctaatacactgatgcagg
aaattagagggatagtccaatagggagaaaggagtctggaatagggtcag
catgggaaagatttggggttgagattttgtctggacttctgaacagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_183498105_183499228
seq2: B6Ng01-246D22.b_45_1177

seq1  GAATTCCCTCCTATTGAGCAGGCCTTAAGTACAATTACACATCGGTTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCTATTGAGCAGGCCTTAAGTACAATTACACATCGGTTGCT  50

seq1  CACTCCCAAATACAAGAGCCAGTCTTCAACCCTGGGGCTATCTCAGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCAAATACAAGAGCCAGTCTTCAACCCTGGGGCTATCTCAGCTGG  100

seq1  GGGCTTACATCTGGGTAGGATTATTGACTGCTTTTCTCACTGGACAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTACATCTGGGTAGGATTATTGACTGCTTTTCTCACTGGACAGCTC  150

seq1  AAAAAGCACCTGCAGATACTATGAAAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCACCTGCAGATACTATGAAAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTT  200

seq1  ATGTCACTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCCCAAGTAGACGGCTTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCCCAAGTAGACGGCTTTATG  250

seq1  TCACTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCTCAGGTAGACGGCTTTATGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCTCAGGTAGACGGCTTTATGTCA  300

seq1  CTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCCCAAGTAGACGGCTTTATGTCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATACTATGAGAGCTAGTCCCCAAGTAGACGGCTTTATGTCACTG  350

seq1  CAGATCTGCGAGAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTTATGTCATTGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGCGAGAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTTATGTCATTGCAGA  400

seq1  TCTGTGAGAGCTAGTCCCCAGGTAGACAGCTTTATGTCACTGCAGATACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGAGCTAGTCCCCAGGTAGACAGCTTTATGTCACTGCAGATACT  450

seq1  ATGAGAGCTAGTCCTTAGGTAGACGGCTTTATGGCACTGCAGATCTGCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGCTAGTCCTTAGGTAGACGGCTTTATGGCACTGCAGATCTGCGA  500

seq1  GAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTTATGTCAGCTCCAGCTCAAACCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGTCCCCAGGTAGACGGCTTTATGTCAGCTCCAGCTCAAACCCTC  550

seq1  CAAGTCCTGGGTCTGAAGTATGTGGTATCTTCAGCAGTAGGGTCTTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTGGGTCTGAAGTATGTGGTATCTTCAGCAGTAGGGTCTTACCT  600

seq1  TCACGACCTGGGAGACAACCAAGGGCAATAGAGGTAGCCTGTGTAGTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGACCTGGGAGACAACCAAGGGCAATAGAGGTAGCCTGTGTAGTCTG  650

seq1  GGGAGTCTCTTAGACACCCCTGTCCACCAACCCAAAGGAAGGTTTTCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCTCTTAGACACCCCTGTCCACCAACCCAAAGGAAGGTTTTCCAT  700

seq1  ACCCAGCTCTGGAGCTTTGTTAGATATTCTATGGCTCTTGAGGAGGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCTCTGGAGCTTTGTTAGATATTCTATGGCTCTTGAGGAGGAACA  750

seq1  ACTGTCTCCCCTTCTCTCCTCAATTAAAGCCCCCTCCCCTCCATTTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCCCCTTCTCTCCTCAATTAAAGCCCCCTCCCCTCCATTTCCCT  800

seq1  TTTCTTCCTTCATAGGATCTGTTGTGTCCACATATCTGCCTTAATACAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTTCATAGGATCTGTTGTGTCCACATATCTGCCTTAATACAGT  850

seq1  TTCTTCTCTC-TTCTCCCATCATCTCTCTGTGCTCCTGGCTTTTGCAGTT  899
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCTCTTTCTCCCATCATCTCTCTGTGCTCCTGGCTTTTGCAGTT  900

seq1  AATTTTGATTATGTACTCACATCTAAAGATTCAGAA-CTAGGATCCACAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTTTGATTATGTACTCACATCTAAAGATTCAGAACCTAGGATCCACAG  950

seq1  AGGGAGAA-CAGGT-GGCGTGTGGC-TTTCTGGCTCTGGGTTAAACTCAC  995
      |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGGAGAACCAGGTGGGCGTGTGGCTTTTCTGGCTCT-GGTTAAACTCAC  999

seq1  TCGGTATAACAC-TTCCTAGTTCCATCCATTCATCTGCGGATTCCATTTT  1044
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGT-TAACACTTTCCTAGTTCCATCCATTCATCTGCGGATTCCATTTT  1048

seq1  TCTTTAG-AGCTGAACAGAACTTCATAGTATAGCTTTTCACTGTGTACA-  1092
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  TCTTTAGAAGCTGGACAGAACTTCATAGTATAGCTTTCCACTGTGTACAT  1098

seq1  TTCAA--TTGTGCTGC-ATAGAAATCATGTCTCAC  1124
      |||||  | ||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TTCAAATTGGTGCTGCAATAGAAGTCATGTCTCAC  1133

seq1: chr1_183619242_183620291
seq2: B6Ng01-246D22.g_65_1112 (reverse)

seq1  GTCTCTTCAGAGTTCCAGAC-AAATCTCA--CCCAAATCTTTCCCATGCC  47
      |||| ||||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |
seq2  GTCTGTTCAGAAGTCCAGACAAAATCTCAACCCCAAATCTTTCCCATG-C  49

seq1  TGACCCTATTCCAGACTTCCTTTCTCCCTATTGGAACTATCCCCTCTTAT  97
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  TGACCCTATTCCAGAC-TCCTTTCTCCCTATTGG-ACTAT-CCCTCTAAT  96

seq1  TTCCTGCATCAGTGTATTAGCCAAATCAGCTTTGTATTAAAAGGTGATGT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCATCAGTGTATTAGCCAAATCAGC-TTGTATTAAAAGGTGATGT  145

seq1  TTCCTTACAGTACACAAAAGATTCTCTCCATACTGATTCATTTGAAGTCC  197
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTACAGTACAC-AAAGATTCTCTCCATACTGATTCATTTGAAGTCC  194

seq1  AGTGCATTACCTAAACTCAACTGCATT-CCCTAAACTGCCCTCTGACTCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATTACCTAAACTCAACTGCATTCCCCTAAACTGCCCTCTGACTCA  244

seq1  CTTTAAGCTGATCTTAAGTTGCCTCTCTTTCCTATCTGTCCTCATGAGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGCTGATCTTAAGTTGCCTCTCTTTCCTATCTGTCCTCATGAGAG  294

seq1  TTGGGCATATCCTAGTTCTGAATCATTCTGTCAAATCTTTCTCTGATGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATATCCTAGTTCTGAATCATTCTGTCAAATCTTTCTCTGATGCA  344

seq1  TCACTTTGTCTGCCCCTCAATTAGATATCACTTTCAAACATGACTTCATC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTGTCTGCCCCTCAATTAGATATCACTTTCAAACATGACTTCATC  394

seq1  CTTTTACAAACTAACTCTACCTTCATTGTTTGGGATTAAAGGATATGCTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACAAACTAACTCTACCTTCATTGTTTGGGATTAAAGGATATGCTC  444

seq1  TATTAAGGGCATGTCTGTATTCCAGCCAGATCATACTGCAATCCAGGGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGGGCATGTCTGTATTCCAGCCAGATCATACTGCAATCCAGGGTG  494

seq1  TGTCTGCATTCCTCCTAGGTCATATAGACCTAGAAGGTCTTTATATGTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCATTCCTCCTAGGTCATATAGACCTAGAAGGTCTTTATATGTGA  544

seq1  TCCCTTGCCAGAGCAGCTATGTTGCTGGATTTAAATTTCTCTACACCAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGCCAGAGCAGCTATGTTGCTGGATTTAAATTTCTCTACACCAAG  594

seq1  ACAATGGTATAGAAGTAGAAAACATAACCCTAAAAATTCTATACATGAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGTATAGAAGTAGAAAACATAACCCTAAAAATTCTATACATGAAA  644

seq1  TTCATTAGCAGCGATGATTGGCTCACTGGTCCACCTAATTTGGGATGTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGCAGCGATGATTGGCTCACTGGTCCACCTAATTTGGGATGTCA  694

seq1  GTTAGAACGAGAGCTGGGGCCGCCTCTACCGACCTTTCCATTATGGTTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAACGAGAGCTGGGGCCGCCTCTACCGACCTTTCCATTATGGTTAA  744

seq1  TACACTTCCCCCCACTCAGATCCCCAGTGATTGTTCTCTTTTCAAACCAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTCCCCCCACTCAGATCCCCAGTGATTGTTCTCTTTTCAAACCAT  794

seq1  AGTTAAACTCCAATATAATTTCAAAAATTGTGATTTCTTTAGCTCGTTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAACTCCAATATAATTTCAAAAATTGTGATTTCTTTAGCTCGTTGT  844

seq1  TGTTATTGTATTGTTTTAGCTTTAAATAATACTAAATCTAACCACGGGTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTGTATTGTTTTAGCTTTAAATAATACTAAATCTAACCACGGGTA  894

seq1  GGTGATGAAGTAAAAAATAATAATTCTGCATTTTTATTTACATAAGATTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGAAGTAAAAAATAATAATTCTGCATTTTTATTTACATAAGATTT  944

seq1  TTCTTTTGCTTTTTATTACTAGGACCCTGTTGATCTGGGATGGGAGCCTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGCTTTTTATTACTAGGACCCTGTTGATCTGGGATGGGAGCCTT  994

seq1  ACATGAAGTCATGGCTTCTAAAAAGTTCAAAAAGTATAAGTCAACAAGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGTCATGGCTTCTAAAAAGTTCAAAAAGTATAAGTCAACAAGGA  1044

seq1  ATTC  1050
      ||||
seq2  ATTC  1048