BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246N02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 69,360,916 - 69,519,662
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG241084
Upstream geneErbb4, LOC667842
Downstream geneIkzf2, Spag16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246N02.bB6Ng01-246N02.g
ACCGA055326GA055327
length1,194778
definitionB6Ng01-246N02.b B6Ng01-246N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,360,916 - 69,362,105)(69,518,887 - 69,519,662)
sequence
gaattccacctccctacactaatccctgtctcatggctttgttttatcaa
gactgcaagcaaagcacctgaggtgccatttacaaaaaaaacttaaaacc
aacctaaaaatgaaaatacatttactttgttgagataaaagtagatgttc
tataaatatacaagtttgtgaggtgaattagagaacatatttctattgca
attgtttcgtagtaccacaaaaagccactgaaagttcccataatgtaaaa
acagaagaaactgagaaaggcagaggagtcagcagacgtcaggtaggaga
acagagagctaggaagatcaaggtgctatagaaaagaacagacaaatgac
agaagccttgggaaaaggattcccttatggtatccaaggtaagcttagaa
taaccagtctgagtggtaacccagggacaaagtccagacatattttctgc
aattccttagagccaccaacctgcttaattacctctaaataagttttgtt
tcagggggctcttttttcacataagacttttttcagggtatggggtgctg
ctttttccaagtcacttatgatgcaacaaagatcttgaggtatgtaatta
tcaatatgtaattatcaattctcagtcatcgcataaattaatttatcagt
actgtctgggtatgtggtcactccctgttcttaaacactttgaatgttcc
actacctgtctctctattgcctgtaccttctctggctccaatgaccagac
tttactgactcctcaacagacattctctcagactctgcatgtaactgtat
ggctgtcgtcttctgtatctacacctacactccgagaagttgcatccagg
ctcacatatgtaaatttgagcccaagaattaaattgcttttctcattgct
gtgactaattgagtcgctgacaaaaacaaccttaagggaagaatagttca
ttttagctcaagacttgaggatagttaactttcaggaagtccctgaaact
gaccagattcactaggccccctcccttcctagagtaaacataaagactgc
tgagatctgactcaagagaagcaaagctgcacgaggactgtgagaatcag
aagcactactggcagaggttagaaccaactgagtcactgaagaacattcc
tccaatctgttggaactggccttcaaggctgtgtgccgagtgtg

gaattcttcccagaaagctcccacttgtttttgtgtgaaaaagttaaaag
ctcagaaaatggtcatttcataatatttttaattatttacttattttaca
tgtatttgtttgcatatatgtctgcataccatgtgcatgtagtacccaga
agatggtgttgtgcgccctggaacgggctttacagatagttctgaactgt
cgtgtgggtactgagaattaaacctgggtcctcgggaagagtacccattg
ttcttaactgctaagccacttctccagccctcccccctctgtgtgtgtgt
gtgataatctctataacatatataatatatacacacatatgtataaacat
tcatatatgtaatcttcgactccttttttgaggatgttagaatctaataa
tgctgtgtagcttacattttgtttttgaagtaattagaagtaattagaaa
tccttaagtcattacacatgtgtacaaatatttaaatagcatttcttacc
atttaaattagaggaaggatatccattgcaccattttctcaatatttgca
ggggtagacgcctcccctctttcttttttccagttgtgactgcagaatga
ttagaatatactttaaaaataacagttatcagtcacaagcaagctaaaaa
cattaaattagttcccaatttcattcagacctttatatgtatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatacacatatatatacat
atatatgtgtgtgtgtgtgtgtatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_69360916_69362105
seq2: B6Ng01-246N02.b_47_1240

seq1  GAATTCCACCTCCCTACACTAATCCCTGTCTCATGGCTTTGTTTTATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTCCCTACACTAATCCCTGTCTCATGGCTTTGTTTTATCAA  50

seq1  GACTGCAAGCAAAGCACCTGAGGTGCCATTTACAAAAAAAACTTAAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAAGCAAAGCACCTGAGGTGCCATTTACAAAAAAAACTTAAAACC  100

seq1  AACCTAAAAATGAAAATACATTTACTTTGTTGAGATAAAAGTAGATGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAAAATGAAAATACATTTACTTTGTTGAGATAAAAGTAGATGTTC  150

seq1  TATAAATATACAAGTTTGTGAGGTGAATTAGAGAACATATTTCTATTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATATACAAGTTTGTGAGGTGAATTAGAGAACATATTTCTATTGCA  200

seq1  ATTGTTTCGTAGTACCACAAAAAGCCACTGAAAGTTCCCATAATGTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTCGTAGTACCACAAAAAGCCACTGAAAGTTCCCATAATGTAAAA  250

seq1  ACAGAAGAAACTGAGAAAGGCAGAGGAGTCAGCAGACGTCAGGTAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAAACTGAGAAAGGCAGAGGAGTCAGCAGACGTCAGGTAGGAGA  300

seq1  ACAGAGAGCTAGGAAGATCAAGGTGCTATAGAAAAGAACAGACAAATGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGCTAGGAAGATCAAGGTGCTATAGAAAAGAACAGACAAATGAC  350

seq1  AGAAGCCTTGGGAAAAGGATTCCCTTATGGTATCCAAGGTAAGCTTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTTGGGAAAAGGATTCCCTTATGGTATCCAAGGTAAGCTTAGAA  400

seq1  TAACCAGTCTGAGTGGTAACCCAGGGACAAAGTCCAGACATATTTTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGTCTGAGTGGTAACCCAGGGACAAAGTCCAGACATATTTTCTGC  450

seq1  AATTCCTTAGAGCCACCAACCTGCTTAATTACCTCTAAATAAGTTTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTAGAGCCACCAACCTGCTTAATTACCTCTAAATAAGTTTTGTT  500

seq1  TCAGGGGGCTCTTTTTTCACATAAGACTTTTTTCAGGGTATGGGGTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGGCTCTTTTTTCACATAAGACTTTTTTCAGGGTATGGGGTGCTG  550

seq1  CTTTTTCCAAGTCACTTATGATGCAACAAAGATCTTGAGGTATGTAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCCAAGTCACTTATGATGCAACAAAGATCTTGAGGTATGTAATTA  600

seq1  TCAATATGTAATTATCAATTCTCAGTCATCGCATAAATTAATTTATCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATGTAATTATCAATTCTCAGTCATCGCATAAATTAATTTATCAGT  650

seq1  ACTGTCTGGGTATGTGGTCACTCCCTGTTCTTAAACACTTTGAATGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGGGTATGTGGTCACTCCCTGTTCTTAAACACTTTGAATGTTCC  700

seq1  ACTACCTGTCTCTCTATTGCCTGTACCTTCTCTGGCTCCAATGACCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTGTCTCTCTATTGCCTGTACCTTCTCTGGCTCCAATGACCAGAC  750

seq1  TTTACTGACTCCTCAACAGACATTCTCTCAGACTCTGCATGTAACTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGACTCCTCAACAGACATTCTCTCAGACTCTGCATGTAACTGTAT  800

seq1  GGCTGTCGTCTTCTGTATCTACACCTACACTCCGAGAAGTTGCATCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCGTCTTCTGTATCTACACCTACACTCCGAGAAGTTGCATCCAGG  850

seq1  CTCACATATGTAAATTTGAGCCCAAGAATTAAATTGCTTTTCTCATTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATATGTAAATTTGAGCCCAAGAATTAAATTGCTTTTCTCATTGCT  900

seq1  GTGACTAATTGAGTCGCTGACAAAAACAACCTTAAGGGAAGAATAGTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTAATTGAGTCGCTGACAAAAACAACCTTAAGGGAAGAATAGTTCA  950

seq1  TTTTAGCTCAAGACTTGAGGATAGTTAAC-TTCAGGAAGTCCCTGAAACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTCAAGACTTGAGGATAGTTAACTTTCAGGAAGTCCCTGAAACT  1000

seq1  GACCAGATTCACTAGG-CCCCTCCCTCCCTAGAGTAAACAATAAAGACTG  1048
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  GACCAGATTCACTAGGCCCCCTCCCTTCCTAGAGTAAAC-ATAAAGACTG  1049

seq1  CTGAGAATCTGACTC-AGAGAAGCAAAGCTGCAAGGAAGACTGTGAG-AT  1096
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||| ||
seq2  CTGAG-ATCTGACTCAAGAGAAGCAAAGCTGC-ACGAGGACTGTGAGAAT  1097

seq1  CAGAGCAACTACCTGGAAGAGGTTTAGACCAACTGAGGCCACCTGGAAAG  1146
      ||||   |||| |||| |||||||   |||||||||| |   |||  |||
seq2  CAGAAGCACTA-CTGGCAGAGGTTAGAACCAACTGAGTC--ACTG--AAG  1142

seq1  AACATT-CTCCAATCTGTT-GAACT-GCCTGC-AGGCTGTG----CAGTG  1188
      |||||| |||||||||||| ||||| |||| | ||||||||     ||||
seq2  AACATTCCTCCAATCTGTTGGAACTGGCCTTCAAGGCTGTGTGCCGAGTG  1192

seq1  TG  1190
      ||
seq2  TG  1194


seq1: chr1_69518887_69519662
seq2: B6Ng01-246N02.g_69_846 (reverse)

seq1  ATACATACACACACACACACACATATATATGTATATATATGTG--TATAT  48
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATACATACACACACACACACACATATATATGTATATATATGTGTATATAT  50

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATAAAGGT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATAAAGGT  100

seq1  CTGAATGAAATTGGGAACTAATTTAATGTTTTTAGCTTGCTTGTGACTGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAAATTGGGAACTAATTTAATGTTTTTAGCTTGCTTGTGACTGA  150

seq1  TAACTGTTATTTTTAAAGTATATTCTAATCATTCTGCAGTCACAACTGGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTTATTTTTAAAGTATATTCTAATCATTCTGCAGTCACAACTGGA  200

seq1  AAAAAGAAAGAGGGGAGGCGTCTACCCCTGCAAATATTGAGAAAATGGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAGAGGGGAGGCGTCTACCCCTGCAAATATTGAGAAAATGGTG  250

seq1  CAATGGATATCCTTCCTCTAATTTAAATGGTAAGAAATGCTATTTAAATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGATATCCTTCCTCTAATTTAAATGGTAAGAAATGCTATTTAAATA  300

seq1  TTTGTACACATGTGTAATGACTTAAGGATTTCTAATTACTTCTAATTACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACACATGTGTAATGACTTAAGGATTTCTAATTACTTCTAATTACT  350

seq1  TCAAAAACAAAATGTAAGCTACACAGCATTATTAGATTCTAACATCCTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACAAAATGTAAGCTACACAGCATTATTAGATTCTAACATCCTCA  400

seq1  AAAAAGGAGTCGAAGATTACATATATGAATGTTTATACATATGTGTGTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAGTCGAAGATTACATATATGAATGTTTATACATATGTGTGTAT  450

seq1  ATATTATATATGTTATAGAGATTATCACACACACACACAGAGGGGGGAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATATATGTTATAGAGATTATCACACACACACACAGAGGGGGGAGG  500

seq1  GCTGGAGAAGTGGCTTAGCAGTTAAGAACAATGGGTACTCTTCCCGAGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAAGTGGCTTAGCAGTTAAGAACAATGGGTACTCTTCCCGAGGA  550

seq1  CCCAGGTTTAATTCTCAGTACCCACACGACAGTTCAGAACTATCTGTAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTTTAATTCTCAGTACCCACACGACAGTTCAGAACTATCTGTAAA  600

seq1  GCCCGTTCCAGGGCGCACAACACCATCTTCTGGGTACTACATGCACATGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTTCCAGGGCGCACAACACCATCTTCTGGGTACTACATGCACATGG  650

seq1  TATGCAGACATATATGCAAACAAATACATGTAAAATAAGTAAATAATTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGACATATATGCAAACAAATACATGTAAAATAAGTAAATAATTAA  700

seq1  AAATATTATGAAATGACCATTTTCTGAGCTTTTAACTTTTTCACACAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATGAAATGACCATTTTCTGAGCTTTTAACTTTTTCACACAAAA  750

seq1  ACAAGTGGGAGCTTTCTGGGAAGAATTC  776
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGGGAGCTTTCTGGGAAGAATTC  778


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |