BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246P03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 81,794,308 - 81,970,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665145
Upstream geneLOC665092, 9430031J16Rik, EG621020, LOC433328
Downstream geneIrs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246P03.bB6Ng01-246P03.g
ACCGA055416GA055417
length4881,075
definitionB6Ng01-246P03.b B6Ng01-246P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,969,642 - 81,970,135)(81,794,308 - 81,795,385)
sequence
tctcaggtttccccaaggaaaggtgaagtgaagattgactgcagggtaag
gttaatagccttagcaagattctgcctcacactgtgtcagagcacagaga
aaccactcaagcattaaccagggatttaattctgttgacagatagcccag
ctatgcactgaataatctcaggggtgagcctcagctatctaagggagctc
aataaatagtacccctcctttctcatattagaactgaaagtggaggggaa
cttggagtaatttgctggggactgtatcggttactcttctcattactgtg
acaaatatctgagggaaacaactttatgaacttattttggttcaacagtt
ttgaagagtcacagtccaatatggctgggctgatgaagcaggcctactaa
tggtagcaggagtgtttgatgaactcctattcacattaccaggacaggat
gcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctagggtgaatggaccacaccagctcctgagttcactgctgctca
acctgaggtggctgactggtctgagggtgtgcaggtaccctctgtgccca
tccagcagttgttcacagaagactggagtgcacagccagccactgaggac
tgactggtcagcaactttcacagcgcaggccactgagtgggttggagcca
ccactgagtggtcctgagctgctctgcagacacctgagcaaaggggaaaa
tgtagaaggaaaataaagttcctaaaagctgggggaaaaaaaaaggatat
ttgggatgtgtgtaggcatcatgaatgtgatgctacagacctaatggtga
tggcttcccattactttgatgatgctgattccttgtttgtcacatcttca
taaatgtcattcaaaatattcatacacagtccctttctatatcttattta
tatatggtattccaagggaaattactatgggaaaactcaccttatataag
ttatacttttaacagaaacatgtacaaatcatagcttcctattctgtata
tgtagtatcaaaagcatccttgacaatattgagtcacagtaatgagaaaa
cacacaataaaacaaaaggcatgtaagtcagggatccatctttagggagc
atactgagtattctctgaaatgccttccttcactgagttttactctcctt
tcagtgttctttgttctgttaggcatcagttcaagactaaagaataagag
acagtgatgtgggcaaagagggaagaagtagcttccacggtttccaccac
ctggtaccttccagtcttgatgtactgtgccagacttggtccttctctgt
gtttgagtattaagtacaatattcctctcccaggaccaagacttaataca
aagttataacattgctaccttccgtgacccttgtcctggtgttgacagtg
actttactatgtttcctagatcctagatgggtggtcactgtctattgtgc
tgccttaccctgggtcacctcttctggtgtttactttgcaaatctttctc
tattttctatattctatatactttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_81969642_81970135
seq2: B6Ng01-246P03.b_47_540 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACTGCATCCTGTCCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACTGCATCCTGTCCTGG  50

seq1  TAATGTGAATAGGAGTTCATCAAACACTCCTGCTACCATTAGTAGGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGAATAGGAGTTCATCAAACACTCCTGCTACCATTAGTAGGCCTG  100

seq1  CTTCATCAGCCCAGCCATATTGGACTGTGACTCTTCAAAACTGTTGAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCAGCCCAGCCATATTGGACTGTGACTCTTCAAAACTGTTGAACC  150

seq1  AAAATAAGTTCATAAAGTTGTTTCCCTCAGATATTTGTCACAGTAATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTTCATAAAGTTGTTTCCCTCAGATATTTGTCACAGTAATGAG  200

seq1  AAGAGTAACCGATACAGTCCCCAGCAAATTACTCCAAGTTCCCCTCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAACCGATACAGTCCCCAGCAAATTACTCCAAGTTCCCCTCCACT  250

seq1  TTCAGTTCTAATATGAGAAAGGAGGGGTACTATTTATTGAGCTCCCTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTAATATGAGAAAGGAGGGGTACTATTTATTGAGCTCCCTTAG  300

seq1  ATAGCTGAGGCTCACCCCTGAGATTATTCAGTGCATAGCTGGGCTATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGAGGCTCACCCCTGAGATTATTCAGTGCATAGCTGGGCTATCTG  350

seq1  TCAACAGAATTAAATCCCTGGTTAATGCTTGAGTGGTTTCTCTGTGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGAATTAAATCCCTGGTTAATGCTTGAGTGGTTTCTCTGTGCTCT  400

seq1  GACACAGTGTGAGGCAGAATCTTGCTAAGGCTATTAACCTTACCCTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTGTGAGGCAGAATCTTGCTAAGGCTATTAACCTTACCCTGCAG  450

seq1  TCAATCTTCACTTCACCTTTCCTTGGGGAAACCTGAGAGAATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTCACTTCACCTTTCCTTGGGGAAACCTGAGAGAATTC  494

seq1: chr1_81794308_81795385
seq2: B6Ng01-246P03.g_67_1141

seq1  GAATTCTAGGGTGAATGGACCACACCAGCTCCTGAGTTCACTGCTGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGTGAATGGACCACACCAGCTCCTGAGTTCACTGCTGCTCA  50

seq1  ACCTGAGGTGGCTGACTGGTCTGAGGGTGTGCAGGTACCCTCTGTGCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGGTGGCTGACTGGTCTGAGGGTGTGCAGGTACCCTCTGTGCCCA  100

seq1  TCCAGCAGTTGTTCACAGAAGACTGGAGTGCACAGCCAGCCACTGAGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGTTGTTCACAGAAGACTGGAGTGCACAGCCAGCCACTGAGGAC  150

seq1  TGACTGGTCAGCAACTTTCACAGCGCAGGCCACTGAGTGGGTTGGAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGTCAGCAACTTTCACAGCGCAGGCCACTGAGTGGGTTGGAGCCA  200

seq1  CCACTGAGTGGTCCTGAGCTGCTCTGCAGACACCTGAGCAAAGGGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGTGGTCCTGAGCTGCTCTGCAGACACCTGAGCAAAGGGGAAAA  250

seq1  TGTAGAAGGAAAATAAAGTTCCTAAAAGCTGGGGGAAAAAAAAAGGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAGGAAAATAAAGTTCCTAAAAGCTGGGGGAAAAAAAAAGGATAT  300

seq1  TTGGGATGTGTGTAGGCATCATGAATGTGATGCTACAGACCTAATGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGTGTGTAGGCATCATGAATGTGATGCTACAGACCTAATGGTGA  350

seq1  TGGCTTCCCATTACTTTGATGATGCTGATTCCTTGTTTGTCACATCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCCATTACTTTGATGATGCTGATTCCTTGTTTGTCACATCTTCA  400

seq1  TAAATGTCATTCAAAATATTCATACACAGTCCCTTTCTATATCTTATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTCATTCAAAATATTCATACACAGTCCCTTTCTATATCTTATTTA  450

seq1  TATATGGTATTCCAAGGGAAATTACTATGGGAAAACTCACCTTATATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGTATTCCAAGGGAAATTACTATGGGAAAACTCACCTTATATAAG  500

seq1  TTATACTTTTAACAGAAACATGTACAAATCATAGCTTCCTATTCTGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTTTAACAGAAACATGTACAAATCATAGCTTCCTATTCTGTATA  550

seq1  TGTAGTATCAAAAGCATCCTTGACAATATTGAGTCACAGTAATGAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATCAAAAGCATCCTTGACAATATTGAGTCACAGTAATGAGAAAA  600

seq1  CACACAATAAAACAAAAGGCATGTAAGTCAGGGATCCATCTTTAGGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAATAAAACAAAAGGCATGTAAGTCAGGGATCCATCTTTAGGGAGC  650

seq1  ATACTGAGTATTCTCTGAAATGCCTTCCTTCACTGAGTTTTACTCTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGTATTCTCTGAAATGCCTTCCTTCACTGAGTTTTACTCTCCTT  700

seq1  TCAGTGTTCTTTGTTCTGTTAGGCATCAGTTCAAGACTAAAGAATAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTCTTTGTTCTGTTAGGCATCAGTTCAAGACTAAAGAATAAGAG  750

seq1  ACAGTGATGTGGGCAAAGAGGGAAGAAGTAGCTTCCACGGTTTCCACCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATGTGGGCAAAGAGGGAAGAAGTAGCTTCCACGGTTTCCACCAC  800

seq1  CTGGTACCTTCCAGTCTTGATGTACTGTGCCAGACTTGGTCCTTCTCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCTTCCAGTCTTGATGTACTGTGCCAGACTTGGTCCTTCTCTGT  850

seq1  GTTTGAGTATTAAGTACAATATTCCTCTCCCAGGACCAAGACTTAATACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGTATTAAGTACAATATTCCTCTCCCAGGACCAAGACTTAATACA  900

seq1  AAGTTATAACATTGCTACCTTCCGTGACCCTTGTCCTGGTGTTGACAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATAACATTGCTACCTTCCGTGACCCTTGTCCTGGTGTTGACAGTG  950

seq1  ACTTTACTATG-TTCCTAGATCCTAGATGGGTGGTCACTGTCTATTGTTG  999
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ACTTTACTATGTTTCCTAGATCCTAGATGGGTGGTCACTGTCTATTGT--  998

seq1  GTTGCCTTACCCCTGGTCA-CTCTTCTGTTGTTTACTTTTGCAAATTCTT  1048
      | ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||
seq2  GCTGCCTTACCCTGGGTCACCTCTTCTGGTGTTTAC-TTTGCAAA-TCTT  1046

seq1  TCTCTATTTTCTATATTTCTATATACTTTG  1078
      ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTCTATTTTCTATA-TTCTATATACTTTG  1075