BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247L14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 95,514,762 - 95,593,572
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFarp2, Stk25, Bok
Upstream geneOlfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g, Hdlbp, Sept2
Downstream geneThap4, Atg4b, Dtymk, Ing5, D2hgdh, Gal3st2, LOC100041596, EG666009, EG619597, Neu4, Pdcd1, LOC666012, LOC666025
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247L14.bB6Ng01-247L14.g
ACCGA055985GA055986
length1,1171,086
definitionB6Ng01-247L14.b B6Ng01-247L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,514,762 - 95,515,861)(95,592,475 - 95,593,572)
sequence
gaattcttccagtataatccctgctcagtgaaatctgatctggttttcct
ccaccaggaaatgccaccttagtcatgaaccagatccaatcctgtgagac
ttctggtaataaactaattccagcactggtgcctgccctgcttccccagc
tcaccctagtaacaggctggagaaggcatgtttctgattatcctcaagac
ccagggagtggagcagatgcccaaaccagacctgtcccctgattcaaagg
acaggactccagggtgggtaggaagagcttccccaaggaggcagctaact
taactttctcctttacagcactcggctagaaaaggaaaagtggatgcagg
acctgaatgcagcaatccaagcagccaagactatcggtgactcaccccca
gtgctgctgggaggcccggtgtatactcgtacccctagtgagttttgact
caagacaccccaagagatgccctctgtagctctgaaagctttcctaaaaa
ttgttttcctgaccttggccagcctaccaggtcccatgagtttccttccc
cacacaagaaaaactagtggccatgcctaggtagaagagttcttgggctg
tcctagcaccatgattttgtctggctgttgattgggtaccaagagcctat
ttcccagatcctggaggagcctcatgggtgagtggtaccagctgctaact
ttcctcaggatcttctgatgaagtctctctggaagaatcagaagatggtc
gaggaaaccggggctccctggaggggaacagccagcaccgggccaataca
acaatgcatgtgtgctggtaccgtaatacaagtgtgtccagagcagacca
cagtgcagctgttgaggtatggctgtcatgagcatacatgtgggccaccc
actcacctccactccccacccccacccctcgtgtgctggcttactggggg
agggagcccagtcagacagctttcctcctctccctcatctacttaagctc
tctgggactttcaaccaaatgtttattctgttatctcataaggacagttc
aaaaaacaggaggcagcagtttcatctacgattggggatttggcctaaac
agcctcaagggacactg
gaattccatttgaacagtctccaaatgaacctggccttccctatattttg
aatatctctattgctacgtcattccctagactaacacagagctctctact
gttaggacaggccgactggagaaccaaaatcagaaccctaccctcaagtg
tcaccagacaaagctttcatatctctaaagtttctaaaatgggctgccag
acatcctcaagtggctcagcctacagcaaagggctcattgcctctttgac
ctccacagggatgtgaaccccatataactacagggcttccctcagtttga
cacagcacaccccaacacacacagcctggcagggggcaagctgctaggct
aggtcaagtcaaaaagaaacacagacagactgggcatagtcagccagcac
atacctccagtgctacagggctggctgggtctcccaaacactcccattgc
ctgacttagacatcaggaaaggctggcttttgggagcctagtgaatgtat
aaggagaagatacaggcctgagtgaatgtggaccgtttgatgtaggcatg
accgtgtcaaggagccaatgcctcagacccataggcaggtaaagccctcc
tttggtctgaatggctattggcaggatgggcatgtatgagcatttatgaa
tgattgaccagtgcatacaaaaaactagcgactgcagcttcctcctcaag
atgattacagcctgagactgtacctatagacatctactaaggctagctac
ccccccccctccatgctatacataataactgtgctgaggttccaggttgc
tgcagggccgtcagagtgggcacatcccacctaaccgcaactgttataca
catttttgtttcatttttgtttttttccatacagggtttctctatcgccc
tggctgtcctggaaactcactctgtagaccagacttggcctcaaactcag
aatccaacttgcctctgcttcccaagtgctggataaaggcgtgcgcacca
cgtctgctgcactgttctaccatgtgactggtggcgtcttcttatcctca
cggtcttagagactgattcctaagctattcagacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_95514762_95515861
seq2: B6Ng01-247L14.b_48_1164

seq1  GAATTCTTCCAGTATAATCCCTGCTCAGTGAAATCTGATCTGGTTTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAGTATAATCCCTGCTCAGTGAAATCTGATCTGGTTTTCCT  50

seq1  CCACCAGGAAATGCCACCTTAGTCATGAACCAGATCCAATCCTGTGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGAAATGCCACCTTAGTCATGAACCAGATCCAATCCTGTGAGAC  100

seq1  TTCTGGTAATAAACTAATTCCAGCACTGGTGCCTGCCCTGCTTCCCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTAATAAACTAATTCCAGCACTGGTGCCTGCCCTGCTTCCCCAGC  150

seq1  TCACCCTAGTAACAGGCTGGAGAAGGCATGTTTCTGATTATCCTCAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTAGTAACAGGCTGGAGAAGGCATGTTTCTGATTATCCTCAAGAC  200

seq1  CCAGGGAGTGGAGCAGATGCCCAAACCAGACCTGTCCCCTGATTCAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGTGGAGCAGATGCCCAAACCAGACCTGTCCCCTGATTCAAAGG  250

seq1  ACAGGACTCCAGGGTGGGTAGGAAGAGCTTCCCCAAGGAGGCAGCTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTCCAGGGTGGGTAGGAAGAGCTTCCCCAAGGAGGCAGCTAACT  300

seq1  TAACTTTCTCCTTTACAGCACTCGGCTAGAAAAGGAAAAGTGGATGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTCTCCTTTACAGCACTCGGCTAGAAAAGGAAAAGTGGATGCAGG  350

seq1  ACCTGAATGCAGCAATCCAAGCAGCCAAGACTATCGGTGACTCACCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAATGCAGCAATCCAAGCAGCCAAGACTATCGGTGACTCACCCCCA  400

seq1  GTGCTGCTGGGAGGCCCGGTGTATACTCGTACCCCTAGTGAGTTTTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTGGGAGGCCCGGTGTATACTCGTACCCCTAGTGAGTTTTGACT  450

seq1  CAAGACACCCCAAGAGATGCCCTCTGTAGCTCTGAAAGCTTTCCTAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACCCCAAGAGATGCCCTCTGTAGCTCTGAAAGCTTTCCTAAAAA  500

seq1  TTGTTTTCCTGACCTTGGCCAGCCTACCAGGTCCCATGAGTTTCCTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCCTGACCTTGGCCAGCCTACCAGGTCCCATGAGTTTCCTTCCC  550

seq1  CACACAAGAAAAACTAGTGGCCATGCCTAGGTAGAAGAGTTCTTGGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGAAAAACTAGTGGCCATGCCTAGGTAGAAGAGTTCTTGGGCTG  600

seq1  TCCTAGCACCATGATTTTGTCTGGCTGTTGATTGGGTACCAAGAGCCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCACCATGATTTTGTCTGGCTGTTGATTGGGTACCAAGAGCCTAT  650

seq1  TTCCCAGATCCTGGAGGAGCCTCATGGGTGAGTGGTACCAGCTGCTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGATCCTGGAGGAGCCTCATGGGTGAGTGGTACCAGCTGCTAACT  700

seq1  TTCCTCAGGATCTTCTGATGAAGTCTCTCTGGAAGAATCAGAAGATGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGGATCTTCTGATGAAGTCTCTCTGGAAGAATCAGAAGATGGTC  750

seq1  GAGGAAACCGGGGCTCCCTGGAGGGGAACAGCCAGCACCGGGCCAATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACCGGGGCTCCCTGGAGGGGAACAGCCAGCACCGGGCCAATACA  800

seq1  ACAATGCATGTGTGCTGGTACCGTAATACAAGTGTGTCCAGAGCAGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCATGTGTGCTGGTACCGTAATACAAGTGTGTCCAGAGCAGACCA  850

seq1  CAGTGCAGCTGTTGAGGTATGGCTGTCATGAGCATACATGTGGGCCACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCAGCTGTTGAGGTATGGCTGTCATGAGCATACATGTGGGCCACCC  900

seq1  ACTCACCTCCACTCCCCACCCCCACCCCTCGTGTGCTGGC-TACTGGGG-  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ACTCACCTCCACTCCCCACCCCCACCCCTCGTGTGCTGGCTTACTGGGGG  950

seq1  -AGGAGCCCAGTCAGACAGC-TTCCTCCTCCTCCCTCATCTACTTAAGCT  996
        |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCCCAGTCAGACAGCTTTCCTCCT-CTCCCTCATCTACTTAAGCT  999

seq1  CTCT-GGAC-TTCAACCAAATGTT--ATCTGTTATCTCATAAGGACAGT-  1041
      |||| |||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCTGGGACTTTCAACCAAATGTTTATTCTGTTATCTCATAAGGACAGTT  1049

seq1  --CAAAACA-GAGGCAGCAG-TTCATCTACGAT--GGGATTTGCCC--AA  1083
         |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||  ||
seq2  CAAAAAACAGGAGGCAGCAGTTTCATCTACGATTGGGGATTTGGCCTAAA  1099

seq1  CAGCCCCCA-GGACACTG  1100
      ||||| | | ||||||||
seq2  CAGCCTCAAGGGACACTG  1117

seq1: chr1_95592475_95593572
seq2: B6Ng01-247L14.g_70_1155 (reverse)

seq1  GTGTCCTGAATAGCTTTGGATTTGGTCTCCCTAGGGACCGTGAGGGAATA  50
      |||| ||||||||||| ||| |  ||||  |||  ||||||||||  |||
seq2  GTGT-CTGAATAGCTTAGGAATCAGTCT--CTA-AGACCGTGAGG--ATA  44

seq1  AAGAAAGAACACACACAGTCACATGTGTAGAACAGTTGCAGCCAGGCGTG  100
      |   ||||   ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||
seq2  A--GAAGACGCCAC-CAGTCACATG-GTAGAACAG-TGCAG-CAGACGTG  88

seq1  GTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATT  150
      || |||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| || |  |
seq2  GT-GCGCACGCCTTTA--TCCAGCACTTGGGAAGCAGAGGCAAGTTGGAT  135

seq1  TCTGAGTTTGAGGCC-AGTCTGGTCTACAGAGTGAG-TTCCAGGACAGCC  198
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTGAGGCCAAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCCAGGACAGCC  185

seq1  AGGGCGATAGAGAAACCCTGTATGGAAAAAAACAAAAATGAAACAAAAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGATAGAGAAACCCTGTATGGAAAAAAACAAAAATGAAACAAAAAT  235

seq1  GTGTATAACAGTTGCGGTTAGGTGGGATGTGCCCACTCTGACGGCCCTGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAACAGTTGCGGTTAGGTGGGATGTGCCCACTCTGACGGCCCTGC  285

seq1  AGCAACCTGGAACCTCAGCACAGTTATTATGTATAGCATGGA-GGGGGGG  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCAACCTGGAACCTCAGCACAGTTATTATGTATAGCATGGAGGGGGGGG  335

seq1  GGTAGCTAGCCTTAGTAGATGTCTATAGGTACAGTCTCAGGCTGTAATCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTAGCCTTAGTAGATGTCTATAGGTACAGTCTCAGGCTGTAATCA  385

seq1  TCTTGAGGAGGAAGCTGCAGTCGCTAGTTTTTTGTATGCACTGGTCAATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGAGGAAGCTGCAGTCGCTAGTTTTTTGTATGCACTGGTCAATC  435

seq1  ATTCATAAATGCTCATACATGCCCATCCTGCCAATAGCCATTCAGACCAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAAATGCTCATACATGCCCATCCTGCCAATAGCCATTCAGACCAA  485

seq1  AGGAGGGCTTTACCTGCCTATGGGTCTGAGGCATTGGCTCCTTGACACGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGCTTTACCTGCCTATGGGTCTGAGGCATTGGCTCCTTGACACGG  535

seq1  TCATGCCTACATCAAACGGTCCACATTCACTCAGGCCTGTATCTTCTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTACATCAAACGGTCCACATTCACTCAGGCCTGTATCTTCTCCT  585

seq1  TATACATTCACTAGGCTCCCAAAAGCCAGCCTTTCCTGATGTCTAAGTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTCACTAGGCTCCCAAAAGCCAGCCTTTCCTGATGTCTAAGTCA  635

seq1  GGCAATGGGAGTGTTTGGGAGACCCAGCCAGCCCTGTAGCACTGGAGGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGGGAGTGTTTGGGAGACCCAGCCAGCCCTGTAGCACTGGAGGTA  685

seq1  TGTGCTGGCTGACTATGCCCAGTCTGTCTGTGTTTCTTTTTGACTTGACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGCTGACTATGCCCAGTCTGTCTGTGTTTCTTTTTGACTTGACC  735

seq1  TAGCCTAGCAGCTTGCCCCCTGCCAGGCTGTGTGTGTTGGGGTGTGCTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTAGCAGCTTGCCCCCTGCCAGGCTGTGTGTGTTGGGGTGTGCTGT  785

seq1  GTCAAACTGAGGGAAGCCCTGTAGTTATATGGGGTTCACATCCCTGTGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACTGAGGGAAGCCCTGTAGTTATATGGGGTTCACATCCCTGTGGA  835

seq1  GGTCAAAGAGGCAATGAGCCCTTTGCTGTAGGCTGAGCCACTTGAGGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAAGAGGCAATGAGCCCTTTGCTGTAGGCTGAGCCACTTGAGGATG  885

seq1  TCTGGCAGCCCATTTTAGAAACTTTAGAGATATGAAAGCTTTGTCTGGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCCCATTTTAGAAACTTTAGAGATATGAAAGCTTTGTCTGGTG  935

seq1  ACACTTGAGGGTAGGGTTCTGATTTTGGTTCTCCAGTCGGCCTGTCCTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGAGGGTAGGGTTCTGATTTTGGTTCTCCAGTCGGCCTGTCCTAA  985

seq1  CAGTAGAGAGCTCTGTGTTAGTCTAGGGAATGACGTAGCAATAGAGATAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAGAGCTCTGTGTTAGTCTAGGGAATGACGTAGCAATAGAGATAT  1035

seq1  TCAAAATATAGGGAAGGCCAGGTTCATTTGGAGACTGTTCAAATGGAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATATAGGGAAGGCCAGGTTCATTTGGAGACTGTTCAAATGGAATT  1085

seq1  C  1098
      |
seq2  C  1086