BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248A06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 65,871,679 - 66,018,898
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrygf
Upstream gene9430067K14Rik, LOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik, Idh1, Pip5k3, Pthr2, LOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775
Downstream geneLOC667781, EG667786, Mtap2, C030018G13Rik, Rpe, 1110028C15Rik, Acadl, Myl1, LOC100043192
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248A06.bB6Ng01-248A06.g
ACCGA056199GA056200
length1,1241,104
definitionB6Ng01-248A06.b B6Ng01-248A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,017,766 - 66,018,898)(65,871,679 - 65,872,788)
sequence
gaattcaaagattctttaccgactacatcttccatttttcagggaagata
tgtattcaagaaaataagcaaaatttcagagagtcatttattcagggaag
tttggttctctggttacctgcatggagttcgcttaacagaaacagtttag
gatctactctattctcttaaatgcaatgttcaagttaaacaggttcagtt
tcagagttcatgtacatttctaaaatagtaatttacatagcgatttagga
tgttcagtgggaaaactggtgccttcttctcaaggaagaaagaataacaa
actggggaaatctgtgtttaatccaggtactttgggctacatcttaggaa
aaaggttcattagattactgctgagtgaatcagttactcagctctcatgg
accatctatggccagtcattggcatcagttacctctgcccctttatctcg
tgttcctgctttagctggacaaaataaattaagtccgaaacatagatgtg
ctcagaaataaaatacaactccatggctgtttctctaacaataacagcat
tgatttacaaggaattaaaattactaagtctgtctataattatgtacttt
acaacagtacacgatctgttgttagataatcaataacacaaaacatagca
taacagaaggacatggacatgcaagagagagtcttagggggaagcagaga
taataagaatataaaagggagatgagagcaggagggatatatatatatat
gtatatatatatacacacatatatatacacacacacatatatatattata
tttcatgtgtaaaatagtcaaagaacaaatttaatgaaagtattttaagc
catttaattggatagctctctcccacacctctcccccaacacctgatcac
catgcccatacccttactcaccccctctcccacccagtttcctctcttca
tccacctctggtgactattttgcttccccttctaagtgagattcacacat
ctctctgggccctccatatagcctaattttttgtgtctgtgactgtagca
tgatatgtgcacttatgcctatgtccatatagtgagtacataccatatgt
ggtcctttctagatctgtgttacc
gaattcagtagacaatactgtttccagctttaccagtatgaaaagagaaa
aattacattcaggttaacttaggaataaagttgaatttcctgtatataat
gaatctctattcgagaattttttttatttgagtctttattaaaacacgaa
aataaaatgtaccaacaaacaaaaagcccaactatgccttctttaaccat
ctattaatacataagccccttaattcagccaatggttatatttttttaat
tctatttaaagttaatttgccctaattcattctatccactttttctagaa
ttctctgccctcctggataattactttagtaaaagcttaaggaaacattg
tttgctgaaaatggctttcctatattagtggagaagcagaactgtgtggt
tacttaataattggaactaattgaactaaaatgcttaatttttcacatga
ggtacaaaagagcagcacaacggagttgaataaggagagcaattgaaagc
atcacacatggcacaccaacacacagttgctatggaaatatgccagtgct
ggtcactcatgggagcaatgtgagacattcatctgaattgctctttaatt
ttaatacaaacaaataaaagcagtcttcctttttcattttctattatcca
ccatggacacaataaataattaatttaagaaaatgctgcctgtgtgactt
tcctagggtggtcactatccagactgatggcagctaagaaatctcttgtt
cagaattctgggttatctgtctctgctttgtcttttacagctagttgctc
ttggcttcctatacagtcctgtcatcccttgtacatccttctagctcacg
tactattgtaccctgtgggaattattccttcagctacctggttcttgtgg
acagttagaaagacactgccatccaaccatagaacaaactgtgctgtttt
atccaactatttgaagcagatgaaataaagagtattcaacaacagttgaa
gctctccaccttagccacatttgggcaggatgtttaccacaactttggat
ttcatgatataatggaaacggcatccagttaaaagcatccttcatgcatt
ctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_66017766_66018898
seq2: B6Ng01-248A06.b_45_1168 (reverse)

seq1  GGTAACACAGACCCAGAAAG--ACACATATGGTATGTACTCACTTATAAA  48
      ||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||   || |
seq2  GGTAACACAGATCTAGAAAGGACCACATATGGTATGTACTCAC---TATA  47

seq1  TGGACAATAGCCATAAAGTGCAACATAACCATGCTACAGTTCACAGACAC  98
      ||||| |||| ||| |||||| |||| | |||||||||| ||||||||||
seq2  TGGAC-ATAGGCAT-AAGTGC-ACAT-ATCATGCTACAG-TCACAGACAC  92

seq1  AAAAAAATTAGGCTATATGGAGGGCCCAAGAGAAGATGTGTGAATCTCAC  148
       |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  -AAAAAATTAGGCTATATGGAGGGCCC-AGAG-AGATGTGTGAATCTCAC  139

seq1  TTAGAAGGGGAAGCAAAATAGTCACCAGAGGTGGATGAAGAGAGGAAACT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGGGGAAGCAAAATAGTCACCAGAGGTGGATGAAGAGAGGAAACT  189

seq1  GGGTGGGAGAGGGGGTGAGTAAGGGTATGGGCATGGTGATCAGGTGTTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGAGAGGGGGTGAGTAAGGGTATGGGCATGGTGATCAGGTGTTGG  239

seq1  GGGAGAGGTGTGGGAGAGAGCTATCCAATTAAATGGCTTAAAATAACTTT  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGAGAGGTGTGGGAGAGAGCTATCCAATTAAATGGCTTAAAAT-ACTTT  288

seq1  CATTAAATTTGTTCTTTGACTATTTTACACATG-AATATAATATATATAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATTAAATTTGTTCTTTGACTATTTTACACATGAAATATAATATATATAT  338

seq1  GTGTGTGTGTATATATATGTGTGTATATATATATACATATATATATATAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTATATATATGTGTGTATATATATATACATATATATATATAT  388

seq1  CCCTCCTGCTCTCATCTCCCTTTTATATTCTTATTATCTCTGCTTCCCCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGCTCTCATCTCCCTTTTATATTCTTATTATCTCTGCTTCCCCC  438

seq1  TAAGACTCTCTCTTGCATGTCCATGTCCTTCTGTTATGCTATGTTTTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCTCTCTTGCATGTCCATGTCCTTCTGTTATGCTATGTTTTGTG  488

seq1  TTATTGATTATCTAACAACAGATCGTGTACTGTTGTAAAGTACATAATTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATTATCTAACAACAGATCGTGTACTGTTGTAAAGTACATAATTA  538

seq1  TAGACAGACTTAGTAATTTTAATTCCTTGTAAATCAATGCTGTTATTGTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGACTTAGTAATTTTAATTCCTTGTAAATCAATGCTGTTATTGTT  588

seq1  AGAGAAACAGCCATGGAGTTGTATTTTATTTCTGAGCACATCTATGTTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAACAGCCATGGAGTTGTATTTTATTTCTGAGCACATCTATGTTTC  638

seq1  GGACTTAATTTATTTTGTCCAGCTAAAGCAGGAACACGAGATAAAGGGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTAATTTATTTTGTCCAGCTAAAGCAGGAACACGAGATAAAGGGGC  688

seq1  AGAGGTAACTGATGCCAATGACTGGCCATAGATGGTCCATGAGAGCTGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAACTGATGCCAATGACTGGCCATAGATGGTCCATGAGAGCTGAG  738

seq1  TAACTGATTCACTCAGCAGTAATCTAATGAACCTTTTTCCTAAGATGTAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGATTCACTCAGCAGTAATCTAATGAACCTTTTTCCTAAGATGTAG  788

seq1  CCCAAAGTACCTGGATTAAACACAGATTTCCCCAGTTTGTTATTCTTTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGTACCTGGATTAAACACAGATTTCCCCAGTTTGTTATTCTTTCT  838

seq1  TCCTTGAGAAGAAGGCACCAGTTTTCCCACTGAACATCCTAAATCGCTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAGAAGAAGGCACCAGTTTTCCCACTGAACATCCTAAATCGCTAT  888

seq1  GTAAATTACTATTTTAGAAATGTACATGAACTCTGAAACTGAACCTGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTACTATTTTAGAAATGTACATGAACTCTGAAACTGAACCTGTTT  938

seq1  AACTTGAACATTGCATTTAAGAGAATAGAGTAGATCCTAAACTGTTTCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAACATTGCATTTAAGAGAATAGAGTAGATCCTAAACTGTTTCTG  988

seq1  TTAAGCGAACTCCATGCAGGTAACCAGAGAACCAAACTTCCCTGAATAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCGAACTCCATGCAGGTAACCAGAGAACCAAACTTCCCTGAATAAA  1038

seq1  TGACTCTCTGAAATTTTGCTTATTTTCTTGAATACATATCTTCCCTGAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCTGAAATTTTGCTTATTTTCTTGAATACATATCTTCCCTGAAA  1088

seq1  AATGGAAGATGTAGTCGGTAAAGAATCTTTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGATGTAGTCGGTAAAGAATCTTTGAATTC  1124

seq1: chr1_65871679_65872788
seq2: B6Ng01-248A06.g_65_1168

seq1  GAATTCAGTAGACAATACTGTTTCCAGCTTTACCAGTATGAAAAGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGACAATACTGTTTCCAGCTTTACCAGTATGAAAAGAGAAA  50

seq1  AATTACATTCAGGTTAACTTAGGAATAAAGTTGAATTTCCTGTATATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATTCAGGTTAACTTAGGAATAAAGTTGAATTTCCTGTATATAAT  100

seq1  GAATCTCTATTCGAGAATTTTTTTTATTTGAGTCTTTATTAAAACACGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCTATTCGAGAATTTTTTTTATTTGAGTCTTTATTAAAACACGAA  150

seq1  AATAAAATGTACCAACAAACAAAAAGCCCAACTATGCCTTCTTTAACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATGTACCAACAAACAAAAAGCCCAACTATGCCTTCTTTAACCAT  200

seq1  CTATTAATACATAAGCCCCTTAATTCAGCCAATGGTTATATTTTTTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATACATAAGCCCCTTAATTCAGCCAATGGTTATATTTTTTTAAT  250

seq1  TCTATTTAAAGTTAATTTGCCCTAATTCATTCTATCCACTTTTTCTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTAAAGTTAATTTGCCCTAATTCATTCTATCCACTTTTTCTAGAA  300

seq1  TTCTCTGCCCTCCTGGATAATTACTTTAGTAAAAGCTTAAGGAAACATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCCCTCCTGGATAATTACTTTAGTAAAAGCTTAAGGAAACATTG  350

seq1  TTTGCTGAAAATGGCTTTCCTATATTAGTGGAGAAGCAGAACTGTGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAAAATGGCTTTCCTATATTAGTGGAGAAGCAGAACTGTGTGGT  400

seq1  TACTTAATAATTGGAACTAATTGAACTAAAATGCTTAATTTTTCACATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATAATTGGAACTAATTGAACTAAAATGCTTAATTTTTCACATGA  450

seq1  GGTACAAAAGAGCAGCACAACGGAGTTGAATAAGGAGAGCAATTGAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAAGAGCAGCACAACGGAGTTGAATAAGGAGAGCAATTGAAAGC  500

seq1  ATCACACATGGCACACCAACACACAGTTGCTATGGAAATATGCCAGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACATGGCACACCAACACACAGTTGCTATGGAAATATGCCAGTGCT  550

seq1  GGTCACTCATGGGAGCAATGTGAGACATTCATCTGAATTGCTCTTTAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTCATGGGAGCAATGTGAGACATTCATCTGAATTGCTCTTTAATT  600

seq1  TTAATACAAACAAATAAAAGCAGTCTTCCTTTTTCATTTTCTATTATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAAACAAATAAAAGCAGTCTTCCTTTTTCATTTTCTATTATCCA  650

seq1  CCATGGACACAATAAATAATTAATTTAAGAAAATGCTGCCTGTGTGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGACACAATAAATAATTAATTTAAGAAAATGCTGCCTGTGTGACTT  700

seq1  TCCTAGGGTGGTCACTATCCAGACTGATGGCAGCTAAGAAATCTCTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGGTGGTCACTATCCAGACTGATGGCAGCTAAGAAATCTCTTGTT  750

seq1  CAGAATTCTGGGTTATCTGTCTCTGCTTTGTCTTTTACAGCTAGTTGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCTGGGTTATCTGTCTCTGCTTTGTCTTTTACAGCTAGTTGCTC  800

seq1  TTGGCTTCCTATACAGTCCTGTCATCCCTTGTACATCCTTCTAGCTCACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTCCTATACAGTCCTGTCATCCCTTGTACATCCTTCTAGCTCACG  850

seq1  TACTATTGTACCCTGTGGGAATTA-TCCTTCAGCTACCTGGTTCTTGTGG  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTGTACCCTGTGGGAATTATTCCTTCAGCTACCTGGTTCTTGTGG  900

seq1  ACAGTTAGAAAGACACTGCCATCCAAACCATAG-ACAAACTGTGCTG-TT  947
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ACAGTTAGAAAGACACTGCCATCC-AACCATAGAACAAACTGTGCTGTTT  949

seq1  TATCCAACTATTTGAAAGCAGATGAAATAAAGAGTAATTTCAAC-ACAGT  996
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||
seq2  TATCCAACTATTTG-AAGCAGATGAAATAAAGAGTA--TTCAACAACAGT  996

seq1  GGAAGCTCTCCACCTTAG-CACATTTGGCAAAGATGTTTA-CACAACTTT  1044
       ||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||| |||||| ||
seq2  TGAAGCTCTCCACCTTAGCCACATTTGGGCAGGATGTTTACCACAAC-TT  1045

seq1  TGAATTTCATGATATAAATTGAAACGCCCAATTCAAGTTTAAAAGCATTC  1094
      || |||||||||||| ||| |||||| |  || ||   |||||||||| |
seq2  TGGATTTCATGATAT-AATGGAAACGGC--ATCCA--GTTAAAAGCATCC  1090

seq1  TTTTCCATGCA-TCTTA  1110
      ||   |||||| |||||
seq2  TT---CATGCATTCTTA  1104