BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248L09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 112,165,087 - 112,350,326
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666508, Cdh7
Downstream geneLOC100041429, EG626652, Cdh19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248L09.bB6Ng01-248L09.g
ACCGA056718GA056719
length1,129975
definitionB6Ng01-248L09.b B6Ng01-248L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,349,208 - 112,350,326)(112,165,087 - 112,166,047)
sequence
gaattctcagtttcacctcctttttgttgtgcaaatctttgatattaatt
taaaatgactggttaaataaaaatggctatagtcagttactggagggatt
agaggtagatctagactggttttgagttacctggctgggagttgcagagg
aaagaaagaacaagcaagagaggcaagtcaccatgagaaggatgtggacc
atgagcacatagtcaggagaagcagcaattattggggtacaggagaaaca
gtaattattggggtacacttctgagagagctgttagtctcttagaaaggt
ggattaggagttagccccaggaatggtcaaagccaaataaaataacgaca
acctgaggaagttatacagggaaaattttaaattggatcaacttcatcac
agtaattttactgctgctgtgaaatataatgtaattatctgacatgtagt
atatccaataattgactgccaaatatgtccaaagaccactgattgacatt
catcgttaactcttctctcaaatttctaaggctaatccagaccttctgtt
tcttcaaactttaggaaccatacacaaatacaaaatacttaatcctgtgc
tattctgttgggattttaaggaatagataagaaatttctatatcacatag
cccaacattaacatactacatctcttctgctgaggtccttactgcccact
aacaaaaccagggagcattgaaaggaaactcttcagtgctcttacttagc
atttttgagccattaaatatttgtctgtgttaaagcttttggtttttact
gtactttgcttatggcaattgtttgataatatgtgaaaatattttatata
aattgtgaaaatttcataaatgagtataaggcatttgatatctgccactc
cttgtcattttacctgctcctttccaagtccacacactctccatttcatg
tcttctagtatatacatgtgcaaattataatattttattgtgcaaatatg
tggcatcttatgggagtcattttaatgttcattatggatgaacatcttgt
ggtcatcaaggcctgaatcccttgagaaactgttcttcttccctcattag
ataggacttggacctgcctggttggttcc

gaattccgtgtttagttctgtgcaccatttttaaattgggttatatgggt
tgatggtgcaacccaaataatccttttcacctttataatacaggatttcc
ctgtgtagccttagctattctgtcattaactcagtagagcaggctattct
gtcacttacttggctgaaactcagagatccagctgtctctgtctctcagc
tgaaattgttaagcttcttaaatagacctatactatgcaaagctacaaac
tcaagagtattttgtcagcccaattttttaatgatgtttgtgggttttat
tttgtttttaaaggaaaattttaagtggctggtgaagatgtaagatatgg
aaagaggagagttttgtgagtatgaccaaaacacaggaaaattgcaaaga
acaaaatgtattaaataaatgaaaacaaatataggctgataacaacatcc
ctatactatgattatgttataaaatgcccctattatcctgaatttgaaga
cttttcattaaagtttctactccccttttgcatatggtaagagttcacat
tatgctttctgtctactaacagaaacaaggagggtcatttattattttcc
tttcattaaagtgtcatgtgttgaattttttgttaagatagtgtaataat
ttgtagtttttgaaaaacttgaatgattctatttccactttcatttgctc
tgattcatataaaatgccaagaatggtagaatcatgcttttaaaaatcat
tcgtaaacccagtcatgcaaagcagattactaattgaatgttcattcata
cattttatgttagagttgaggccaattatatttcattttcagcttaatgg
agtcaatctgaagcagaatggaaagccctaattgaatcactgaaaagtgc
cagttttggctaagaagaactccctgttgaacagagactttcattttagt
tgaatccttggtaaattgaaatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_112349208_112350326
seq2: B6Ng01-248L09.b_47_1175 (reverse)

seq1  GGAACCA--CAGGCA-GTTCAAGT-CTATCTAATGAGGGAAGAGAACCAG  46
      |||||||  |||||| || ||||| ||||||||||||||||||  | |||
seq2  GGAACCAACCAGGCAGGTCCAAGTCCTATCTAATGAGGGAAGAAGAACAG  50

seq1  TTTCTTCAGGGATTCAGCCTTTGATGA-CACAGAATTGGTCATCCAT-AT  94
      |||||  |||||||||| | ||||||| |||| |  || |||||||| ||
seq2  TTTCTCAAGGGATTCAGGCCTTGATGACCACA-AGATGTTCATCCATAAT  99

seq1  GGACATTAAATGGACT-CCATAAGATG-CACATATTTGCACATAAATATA  142
      | ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||  || |||
seq2  GAACATTAAAATGACTCCCATAAGATGCCACATATTTGCACAATAAAATA  149

seq1  T----ATTTGCACATGTATATACTAGAAGACATGAATTGGAGAAGTGTGT  188
      |    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  TTATAATTTGCACATGTATATACTAGAAGACATGAAATGGAG-AGTGTGT  198

seq1  GGACTTGGAAAGGAGCAGGTAAAATGACAGGGAGTGGCAGATATCAAATG  238
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGGAAAGGAGCAGGTAAAATGACAAGGAGTGGCAGATATCAAATG  248

seq1  CCTTATACTCATTTATGAAATTTTCACAATTTATATAAAATATTTTCACA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACTCATTTATGAAATTTTCACAATTTATATAAAATATTTTCACA  298

seq1  TATTATCAAACAATTGCCATAAGCAAAGTACAGTAAAAACCAAAAGCTTT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCAAACAATTGCCATAAGCAAAGTACAGTAAAAACCAAAAGCTTT  348

seq1  AACACAGACAAATATTTAATGGCTCAAAAATGCTAAGTAAGAGCACTGAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGACAAATATTTAATGGCTCAAAAATGCTAAGTAAGAGCACTGAA  398

seq1  GAGTTTCCTTTCAATGCTCCCTGGTTTTGTTAGTGGGCAGTAAGGACCTC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCCTTTCAATGCTCCCTGGTTTTGTTAGTGGGCAGTAAGGACCTC  448

seq1  AGCAGAAGAGATGTAGTATGTTAATGTTGGGCTATGTGATATAGAAATTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGAGATGTAGTATGTTAATGTTGGGCTATGTGATATAGAAATTT  498

seq1  CTTATCTATTCCTTAAAATCCCAACAGAATAGCACAGGATTAAGTATTTT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTATTCCTTAAAATCCCAACAGAATAGCACAGGATTAAGTATTTT  548

seq1  GTATTTGTGTATGGTTCCTAAAGTTTGAAGAAACAGAAGGTCTGGATTAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTGTATGGTTCCTAAAGTTTGAAGAAACAGAAGGTCTGGATTAG  598

seq1  CCTTAGAAATTTGAGAGAAGAGTTAACGATGAATGTCAATCAGTGGTCTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAAATTTGAGAGAAGAGTTAACGATGAATGTCAATCAGTGGTCTT  648

seq1  TGGACATATTTGGCAGTCAATTATTGGATATACTACATGTCAGATAATTA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATATTTGGCAGTCAATTATTGGATATACTACATGTCAGATAATTA  698

seq1  CATTATATTTCACAGCAGCAGTAAAATTACTGTGATGAAGTTGATCCAAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATTTCACAGCAGCAGTAAAATTACTGTGATGAAGTTGATCCAAT  748

seq1  TTAAAATTTTCCCTGTATAACTTCCTCAGGTTGTCGTTATTTTATTTGGC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTTCCCTGTATAACTTCCTCAGGTTGTCGTTATTTTATTTGGC  798

seq1  TTTGACCATTCCTGGGGCTAACTCCTAATCCACCTTTCTAAGAGACTAAC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCATTCCTGGGGCTAACTCCTAATCCACCTTTCTAAGAGACTAAC  848

seq1  AGCTCTCTCAGAAGTGTACCCCAATAATTACTGTTTCTCCTGTACCCCAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCTCAGAAGTGTACCCCAATAATTACTGTTTCTCCTGTACCCCAA  898

seq1  TAATTGCTGCTTCTCCTGACTATGTGCTCATGGTCCACATCCTTCTCATG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCTGCTTCTCCTGACTATGTGCTCATGGTCCACATCCTTCTCATG  948

seq1  GTGACTTGCCTCTCTTGCTTGTTCTTTCTTTCCTCTGCAACTCCCAGCCA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTGCCTCTCTTGCTTGTTCTTTCTTTCCTCTGCAACTCCCAGCCA  998

seq1  GGTAACTCAAAACCAGTCTAGATCTACCTCTAATCCCTCCAGTAACTGAC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTCAAAACCAGTCTAGATCTACCTCTAATCCCTCCAGTAACTGAC  1048

seq1  TATAGCCATTTTTATTTAACCAGTCATTTTAAATTAATATCAAAGATTTG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCATTTTTATTTAACCAGTCATTTTAAATTAATATCAAAGATTTG  1098

seq1  CACAACAAAAAGGAGGTGAAACTGAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAAAAAGGAGGTGAAACTGAGAATTC  1129


seq1: chr1_112165087_112166047
seq2: B6Ng01-248L09.g_68_1042

seq1  GAATTCCGTGTTTAGTTCTGTGCACCATTTTTAAATTGGGTTATATGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTGTTTAGTTCTGTGCACCATTTTTAAATTGGGTTATATGGGT  50

seq1  TGATGGTGCAACCCAAATAATCCTTTTCACCTTTATAATACAGGATTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGCAACCCAAATAATCCTTTTCACCTTTATAATACAGGATTTCC  100

seq1  CTGTGTAGCCTTAGCTATTCTGTCATTAACTCAGTAGAGCAGGCTATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCCTTAGCTATTCTGTCATTAACTCAGTAGAGCAGGCTATTCT  150

seq1  GTCACTTACTTGGCTGAAACTCAGAGATCCAGCTGTCTCTGTCTCTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTACTTGGCTGAAACTCAGAGATCCAGCTGTCTCTGTCTCTCAGC  200

seq1  TGAAATTGTTAAGCTTCTTAAATAGACCTATACTATGCAAAGCTACAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGTTAAGCTTCTTAAATAGACCTATACTATGCAAAGCTACAAAC  250

seq1  TCAAGAGTATTTTGTCAGCCCAATTTTTTAATGATGTTTGTGGGTTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGTATTTTGTCAGCCCAATTTTTTAATGATGTTTGTGGGTTTTAT  300

seq1  TTTGTTTTTAAAGGAAAATTTTAAGTGGCTGGTGAAGATGTAAGATATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTAAAGGAAAATTTTAAGTGGCTGGTGAAGATGTAAGATATGG  350

seq1  AAAGAGGAGAGTTTTGTGAGTATGACCAAAACACAGGAAAATTGCAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGAGAGTTTTGTGAGTATGACCAAAACACAGGAAAATTGCAAAGA  400

seq1  ACAAAATGTATTAAATAAATGAAAACAAATATAGGCTGATAACAACATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGTATTAAATAAATGAAAACAAATATAGGCTGATAACAACATCC  450

seq1  CTATACTATGATTATGTTATAAAATGCCCCTATTATCCTGAATTTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTATGATTATGTTATAAAATGCCCCTATTATCCTGAATTTGAAGA  500

seq1  CTTTTCATTAAAGTTTCTACTCCCCTTTTGCATATGGTAAGAGTTCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATTAAAGTTTCTACTCCCCTTTTGCATATGGTAAGAGTTCACAT  550

seq1  TATGCTTTCTGTCTACTAACAGAAACAAGGAGGGTCATTTATTATTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTCTGTCTACTAACAGAAACAAGGAGGGTCATTTATTATTTTCC  600

seq1  TTTCATTAAAGTGTCATGTGTTGAATTTTTTGTTAAGATAGTGTAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTAAAGTGTCATGTGTTGAATTTTTTGTTAAGATAGTGTAATAAT  650

seq1  TTGTAGTTTTTGAAAAACTTGAATGATTCTATTTCCACTTTCATTTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTTTTGAAAAACTTGAATGATTCTATTTCCACTTTCATTTGCTC  700

seq1  TGATTCATAT-AAATGCCAAGAATGGTAGAATCATGCTTTTAAAAATCAT  749
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCATATAAAATGCCAAGAATGGTAGAATCATGCTTTTAAAAATCAT  750

seq1  TCGTAAACCCAGTCATGCAAAGCAGATTACTAATTGAATGTTCATTCATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAAACCCAGTCATGCAAAGCAGATTACTAATTGAATGTTCATTCATA  800

seq1  CATTTTATGTTAGAGTTGAGGCCAATTATATTTCATTTTCAGCTTAATGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATGTTAGAGTTGAGGCCAATTATATTTCATTTTCAGCTTAATGG  850

seq1  AGTCAATCTGAAGCAGAAATGGAAG-CCTAAATGAATCACTGAAAAGTGC  898
      ||||||||||||||||||  | ||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATCTGAAGCAGAATGGAAAGCCCTAATTGAATCACTGAAAAGTGC  900

seq1  CAGTTTTG--CAAG-AGAACT-CCTGTTG-ACAGAGAC-TTCA-TTTAG-  940
      ||||||||   ||| |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||| 
seq2  CAGTTTTGGCTAAGAAGAACTCCCTGTTGAACAGAGACTTTCATTTTAGT  950

seq1  TGAATC--TTGTAAA-TGAATTTT-  961
      ||||||  | ||||| |||| ||| 
seq2  TGAATCCTTGGTAAATTGAAATTTT  975


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |