BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250B04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 128,328,762 - 128,450,553
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE030049G20Rik
Upstream geneActr3, Slc35f5, Lypd1
Downstream geneLOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250B04.bB6Ng01-250B04.g
ACCGA057721GA057722
length1,1531,160
definitionB6Ng01-250B04.b B6Ng01-250B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,449,410 - 128,450,553)(128,328,762 - 128,329,932)
sequence
gaattcattatcctcagtttaaataacacaacactgtaccgtacagttaa
acaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacagacagacagacaaat
taacttcagagagctttgagacactgaatattttttctagtcgacgcagc
tctcctgttttaattcttataacttttacttatttatctgtccatatatc
tgtatctatctacttatgagagtctgagtgcatgtgtgtgtgcgcgcaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgtg
gtcctatggacacgtgtcatgcacagcacatgtgtggaggtcagaggact
aagtacaggagttgtccctgagatccatgcagcaagcacctttgcctaat
agccatctaaccagctcttgatgtagttaaaacaaggaccatgctggact
ttgtagacctgtaactgataaaccattatattctttcccattgtgttcta
taagttgtatgatttggttatagaatggggtaaagagagaaggtatcgat
gaaaggctgcttgaaaagacaacgggattagtgttttaaagaatgagctg
aactgttcaaagttaacatgcacagcactttatcagttgctaattacaaa
ctgaagaatcaccgtgtcaaaagacagcctatctctttcactccggctcc
aactttttccaattatttctccccatggtctcaaggataaggccatttgt
cttggcagaaataaattaatggctgccattgagtgtattaggatgtttgg
ttaaaatatggctactccatctctgtttctagcagtacagtctactggtt
caattatctcccctcccacagcaggacgagtctcatatgttacgtgatgg
actttcccctccttatcctacagtcaaagcttgtgaaggccaagcaaccc
cacttgttttatatatgtcacctaaaaaccgtccagaaagctcggcgttc
tttcagcccattgctttataaccccctggccaagtgactaggagcctggt
gtcttttatatagaccaaagaagaagtttcataaactttctcattacctt
ctagaagttcttttcttctggcgcttcagttttttaaaatgtatgccact
tta

gaattctttctattaagcatgtcaatgcatgtacagacttaaaggaataa
acatcggttggagaaaataattgaagacattcttaatgggaagctaagtg
cgctgtgagagaaatgccttctttagcattgtgatttttcatgagatcaa
acctacaatattaaaaggtctttggggctggacagacaaatggctcagtg
gttgaagagcacatactgctcttgcagagcacctgagtttggtccccaac
atgcagatcaagtggcccaaaatctcttctcattccagctcagcaaaatt
caacgccctcttctgacttctttgggtacagcaatcgtgtgcacataaca
cctccctgcagcgaaaactatctctctctctctctctctctctctctctc
tcaaaaataatgtctcctcacatttctccacatccttttgagggttgaca
ctttgaaggcactttttagatgaatacttgagccccaactatataattat
ttgtcattaaacaaaatctgtagccatccttaaggatggcgtcaaatatt
tatacttgaacaacagcaaaacacgcaccaatgtatcagggatacacatg
tatgctacttcttgagtcaattctataggttaaaggccagagatatttac
aaaatggttaaccttttaacaacaaaaccgtttaatcaaccaaagaaccc
tagcattccagacagaggaaacagattctgtctattaacactccactgat
tgttaaactatgcccactcttgcgtgcacccagtttattatgcatcacaa
attctgtcacttgctagaggctgtggcccagattgaacatgtatttatga
aaataaagcccaagacgtctatagtatgctgtcatgcagggcttccagtt
caggaggctggagggatagatctccaagccagccatagccaaaaccatga
agagagcctgggttctgacatgtagtttctgatgactatgtggattcata
gctctggtttgtgagtggcaggaagttgggaaaggaccactgtcgatgat
ggagttacattgtttttctcttttggtacgcttgaatagaattgtcccca
aagcctcataacacttgcttccattctttgggaatggtatggaacttcag
ggcggcacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_128449410_128450553
seq2: B6Ng01-250B04.b_44_1196 (reverse)

seq1  TAAAGGTGGCATACATTATTAAAAACTGAAGCCGCCAGAAGAAAGAACCT  50
      |||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||  | ||
seq2  TAAA-GTGGCATACATTTTAAAAAACTGAAG-CGCCAGAAGAAAAGAACT  48

seq1  TCTAGAA-GTAATGAG-AAGTTTATGGAACTTTTCTTCTTTTGTTCTATA  98
      ||||||| |||||||| ||||||||| |||  |||||| |||| ||||||
seq2  TCTAGAAGGTAATGAGAAAGTTTATGAAAC--TTCTTC-TTTGGTCTATA  95

seq1  TAAAGACCACAAGGCT-CTAGTCACTGGGGCA-GGGGTTATAAAGC-ATG  145
      ||||   ||| ||||| ||||||||| || || ||||||||||||| |||
seq2  TAAAAGACACCAGGCTCCTAGTCACTTGGCCAGGGGGTTATAAAGCAATG  145

seq1  GGCTGAA--GACG-CGGGC-TTCTGGACGGTTTTTA-GTGACATATATAA  190
      |||||||   ||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGCTGAAAGAACGCCGAGCTTTCTGGACGGTTTTTAGGTGACATATATAA  195

seq1  A--CAGT-GGGTTGCTTGGCCTTCACAAGCCTTGACTGTAGGATAAGGAG  237
      |   ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTGGGGTTGCTTGGCCTTCACAAGCTTTGACTGTAGGATAAGGAG  245

seq1  GGGAAAGTCCATCACGTAACATATGAGACTCGTCCTGCTGT-GGAGGGGA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGGAAAGTCCATCACGTAACATATGAGACTCGTCCTGCTGTGGGAGGGGA  295

seq1  GATAATTGAACCAGTAGACTGTACTGCTAGAAACAGAGATGGAGTAGCCA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTGAACCAGTAGACTGTACTGCTAGAAACAGAGATGGAGTAGCCA  345

seq1  TATTTTAACCAAACATCCTAATACACTCAATGGCAGCCATTAATTTATTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAACCAAACATCCTAATACACTCAATGGCAGCCATTAATTTATTT  395

seq1  CTGCCAAGACAAATGGCCTTATCCTTGAGACCATGGGGAGAAATAATTGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAGACAAATGGCCTTATCCTTGAGACCATGGGGAGAAATAATTGG  445

seq1  AAAAAGTTGGAGCCGGAGTGAAAGAGATAGGCTGTCTTTTGACACGGTGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTGGAGCCGGAGTGAAAGAGATAGGCTGTCTTTTGACACGGTGA  495

seq1  TTCTTCAGTTTGTAATTAGCAACTGATAAAGTGCTGTGCATGTTAACTTT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGTTTGTAATTAGCAACTGATAAAGTGCTGTGCATGTTAACTTT  545

seq1  GAACAGTTCAGCTCATTCTTTAAAACACTAATCCCGTTGTCTTTTCAAGC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTCAGCTCATTCTTTAAAACACTAATCCCGTTGTCTTTTCAAGC  595

seq1  AGCCTTTCATCGATACCTTCTCTCTTTACCCCATTCTATAACCAAATCAT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCATCGATACCTTCTCTCTTTACCCCATTCTATAACCAAATCAT  645

seq1  ACAACTTATAGAACACAATGGGAAAGAATATAATGGTTTATCAGTTACAG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTATAGAACACAATGGGAAAGAATATAATGGTTTATCAGTTACAG  695

seq1  GTCTACAAAGTCCAGCATGGTCCTTGTTTTAACTACATCAAGAGCTGGTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAAAGTCCAGCATGGTCCTTGTTTTAACTACATCAAGAGCTGGTT  745

seq1  AGATGGCTATTAGGCAAAGGTGCTTGCTGCATGGATCTCAGGGACAACTC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTATTAGGCAAAGGTGCTTGCTGCATGGATCTCAGGGACAACTC  795

seq1  CTGTACTTAGTCCTCTGACCTCCACACATGTGCTGTGCATGACACGTGTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTTAGTCCTCTGACCTCCACACATGTGCTGTGCATGACACGTGTC  845

seq1  CATAGGACCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGACCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  895

seq1  TGTGTGTGTGTGCGCGCACACACACATGCACTCAGACTCTCATAAGTAGA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGCGCGCACACACACATGCACTCAGACTCTCATAAGTAGA  945

seq1  TAGATACAGATATATGGACAGATAAATAAGTAAAAGTTATAAGAATTAAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAGATATATGGACAGATAAATAAGTAAAAGTTATAAGAATTAAA  995

seq1  ACAGGAGAGCTGCGTCGACTAGAAAAAATATTCAGTGTCTCAAAGCTCTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGAGCTGCGTCGACTAGAAAAAATATTCAGTGTCTCAAAGCTCTC  1045

seq1  TGAAGTTAATTTGTCTGTCTGTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTAATTTGTCTGTCTGTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  1095

seq1  TTGTTTGTTTAACTGTACGGTACAGTGTTGTGTTATTTAAACTGAGGATA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTAACTGTACGGTACAGTGTTGTGTTATTTAAACTGAGGATA  1145

seq1  ATGAATTC  1144
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1153


seq1: chr1_128328762_128329932
seq2: B6Ng01-250B04.g_67_1226

seq1  GAATTCTTTCTATTAAGCATGTCAATGCATGTACAGACTTAAAGGAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTATTAAGCATGTCAATGCATGTACAGACTTAAAGGAATAA  50

seq1  ACATCGGTTGGAGAAAATAATTGAAGACATTCTTAATGGGAAGCTAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGGTTGGAGAAAATAATTGAAGACATTCTTAATGGGAAGCTAAGTG  100

seq1  CGCTGTGAGAGAAATGCCTTCTTTAGCATTGTGATTTTTCATGAGATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGAGAGAAATGCCTTCTTTAGCATTGTGATTTTTCATGAGATCAA  150

seq1  ACCTACAATATTAAAAGGTCTTTGGGGCTGGACAGACAAATGGCTCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAATATTAAAAGGTCTTTGGGGCTGGACAGACAAATGGCTCAGTG  200

seq1  GTTGAAGAGCACATACTGCTCTTGCAGAGCACCTGAGTTTGGTCCCCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGAGCACATACTGCTCTTGCAGAGCACCTGAGTTTGGTCCCCAAC  250

seq1  ATGCAGATCAAGTGGCCCAAAATCTCTTCTCATTCCAGCTCAGCAAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGATCAAGTGGCCCAAAATCTCTTCTCATTCCAGCTCAGCAAAATT  300

seq1  CAACGCCCTCTTCTGACTTCTTTGGGTACAGCAATCGTGTGCACATAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCCCTCTTCTGACTTCTTTGGGTACAGCAATCGTGTGCACATAACA  350

seq1  CCTCCCTGCAGCGAAAACTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTGCAGCGAAAACTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  400

seq1  TCAAAAATAATGTCTCCTCACATTTCTCCACATCCTTTTGAGGGTTGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATAATGTCTCCTCACATTTCTCCACATCCTTTTGAGGGTTGACA  450

seq1  CTTTGAAGGCACTTTTTAGATGAATACTTGAGCCCCAACTATATAATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAGGCACTTTTTAGATGAATACTTGAGCCCCAACTATATAATTAT  500

seq1  TTGTCATTAAACAAAATCTGTAGCCATCCTTAAGGATGGCGTCAAATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATTAAACAAAATCTGTAGCCATCCTTAAGGATGGCGTCAAATATT  550

seq1  TATACTTGAACAACAGCAAAACACGCACCAATGTATCAGGGATACACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTGAACAACAGCAAAACACGCACCAATGTATCAGGGATACACATG  600

seq1  TATGCTACTTCTTGAGTCAATTCTATAGGTTAAAGGCCAGAGATATTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTACTTCTTGAGTCAATTCTATAGGTTAAAGGCCAGAGATATTTAC  650

seq1  AAAATGGTTAACCTTTTAACAACAAAACCGTTTAATCAACCAAAGAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTTAACCTTTTAACAACAAAACCGTTTAATCAACCAAAGAACCC  700

seq1  TAGCATTCCAGACAGAGGAAACAGATTCTGTCTATTAACACTCCACTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTCCAGACAGAGGAAACAGATTCTGTCTATTAACACTCCACTGAT  750

seq1  TGTTAAACTATGCCCACTCTTGCGTGCACCCAGTTTATTATGCATCACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAACTATGCCCACTCTTGCGTGCACCCAGTTTATTATGCATCACAA  800

seq1  ATTCTGTCACTTGCTAGAGGCTGTGGCCCAGATTGAACATGTATTTATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCACTTGCTAGAGGCTGTGGCCCAGATTGAACATGTATTTATGA  850

seq1  AAATAAAGCCCAAGACGTCTATAGTATGCTGTCATGCAGGGCTTCCAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGCCCAAGACGTCTATAGTATGCTGTCATGCAGGGCTTCCAGTT  900

seq1  CAGGAGGCTGGAGGGATAGATCTCCAAGCCAGCCATAGCCAAAAACCATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGGAGGCTGGAGGGATAGATCTCCAAGCCAGCCATAGCC-AAAACCATG  949

seq1  AAGAGAGCCTGGGTTCTGACATGTAGTTTCTGATGACTATGTGGATTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGAGAGCCTGGGTTCTGACATGTAGTTTCTGATGACTATGTGGA-TTCA  998

seq1  TAAGCTCTGGGTTTGTGAGTGGCAGGAAGTTGGGAAGGGA-CACTGTCGA  1049
      | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  T-AGCTCT-GGTTTGTGAGTGGCAGGAAGTTGGGAAAGGACCACTGTCGA  1046

seq1  TGATGGAAGTAACCATG-TTTTCTC-TTTGGTACGGTTTGAATAAGAATT  1097
      |||||| ||| ||  || ||||||| |||||||| | |||||| ||||||
seq2  TGATGG-AGTTACATTGTTTTTCTCTTTTGGTAC-GCTTGAAT-AGAATT  1093

seq1  GTCCCCCAAAGGCTCATTAAACACTTGGTTCCCATTCTTTGGGAATGTTG  1147
      || |||||||| |||||  |||||||| || |||||||||||||||| | 
seq2  GT-CCCCAAAGCCTCAT--AACACTTGCTT-CCATTCTTTGGGAATGGTA  1139

seq1  TGGGACCTTCAGGGGGCGGCACCT  1171
      | ||| |||||  |||||||||||
seq2  T-GGAACTTCA--GGGCGGCACCT  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |