BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250K08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 115,281,370 - 115,406,136
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666635
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250K08.bB6Ng01-250K08.g
ACCGA058136GA058137
length1,1121,162
definitionB6Ng01-250K08.b B6Ng01-250K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,405,015 - 115,406,136)(115,281,370 - 115,282,519)
sequence
gaattctgttcatttcgtttgagatagaatctctcattggcccatcttaa
tttgagcttactaagtacacttgcagcccattatgccccagcaatctgcc
tcagcctcactagttttgagaatacaaatgtacaccacaatttctgactt
ctgacataggatctagggatccaaaaaaaaaaattatccttgtcttagta
gaggaagcattttgcttgaaacatctccccaagctccagtctaagaattc
ttgacacacgttctcactattcgcagctgtatctgggacaacacaattgc
agatcagcatatctcctttggagagggatacaactgctgtgcagccaatt
cctgagttaccctcctagtccatcccattgaacccattctcttccaaagt
tcccaagaagctttcatcacatggctttactatttctttatgcaatgtgg
tactatcctcctgacaggtggggacagagtgtagatgagcatgtgccagt
aacttaacacgttactatgagggtagaaggggcacatactgccttcatcc
acaatctacttggtaaatgtaaaattcttctcaaagacaaggaaagctag
gaagtgtagtctctggcaggcatgtcagttacatcttgacactgttggtg
ggagcatttactctgaccctctcttcaatctattttttactacatttctt
cttcagtatcaaattttaacttaataatttttatttctctgtgtttatga
tgtagacacagctgtctgtgtgtgtatttatgcaaacattcatttatatt
agtgtgaagtttttcataagatagtggtatgtagaagtcagagggcaact
tcagatgtcatttcttattttttgttttgttttgttttgctttttgcttt
tttgttgttgttgtttgtttgttttttgagacagggttctctgtgcattc
ctggctgtcctgaactcactctgtagaccaggctagcctcgaactcagaa
attcactgctctgcctcccaagtgctgggattaagggggagccaccacca
cttccggctcacgtctacattttgagaacaatcctttactgtccgctata
tgtacagcagct

gaattcatacacaattaatgtaacaagaactctgagcaaatgtgtttatg
aaagcagctctatagccagatagtcataaataggatatgtgggaggtggg
gtaaggaggacatctccaagcctgcaattcatattttgtatttcatttat
gtttgcatttaaataattatgcatcttggggcaaataacttcttgcattt
ttctaccaggaaagggggagagaaaaatctgcacactatagaggaacatc
tctattagagtcacaatgtaataaacacccccaagcctgtttacaaatgc
acggatgagacagaatcttaatgaaccgttccataacctagtggttaatg
atctgtaacagtctttgtcaatgacagtgattgtgaactaactcttttaa
cttcacgatcaatagagcatccacagctctgagttaccccaacgggcact
ctgggcacagaagtcattgtcagatattgcatgctctatggatcgcagct
gtaaggccgtggtctgctttgtgtttctcttcttgtgtttaaatcctgac
ttcaaccagaggaagcccatggcagtttggagatgaaacacagctcctat
gaaatgctgctagaaaaaggattgaacagctttaaaggtaaatgctattt
ctgagatttttttagaagctatgccaatttgcccactggtataaaccact
gggaaggtgcaaagtcccagagaaccccaactcttgatttacaaggtaat
agcagtcccattaatcatgaggagttttagaaacataggcctcttaatga
ttctgccttatatattaactcttgctcttttctcaccaccatgtgtgtgt
aagggtgcagatgtggggcatgcatgagagcaagcaaaactttcaggtgt
tagcattcaaatgtcacctcattttgaaactaactattttccttgttttc
atgctgtgtgaataaagccagctgggctcccaaactcccttttctctttc
cttacctaccttattaggaacacctagaataaaatagcccagtatttaat
gccccagttttttatttggggtgcttgaagaagtgaactcaagattcctc
atcttgtgccacagcactttgggccacctgaacttctcacatagccccca
ataaaagtcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_115405015_115406136
seq2: B6Ng01-250K08.b_44_1155 (reverse)

seq1  AGCTGCTGTACATAATAGCGAACAGTAAAGGGATTGTCTCAAAAAATGTA  50
      ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||| 
seq2  AGCTGCTGTACAT-ATAGCGGACAGTAAA-GGATTGT-TCTCAAAATGT-  46

seq1  AAAAGTGAGCCGGGAGGTGGTGGT-GCTCCCCTTTAATCCCAGCACTTGG  99
      | | ||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGACGTGAGCC-GGAAGTGGTGGTGGCTCCCCCTTAATCCCAGCACTTGG  95

seq1  GAGGCAGAGGCAGGTGAATTTCTGAGTTCGAGGCTAGCCTGGTCTACAGA  149
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGA-GCA-GTGAATTTCTGAGTTCGAGGCTAGCCTGGTCTACAGA  143

seq1  GTGAGTTTCAGGACAGCCAGGAATGCACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAA  199
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGAG-TTCAGGACAGCCAGGAATGCACAGAG-AACCCTGTCTCAAAAAA  191

seq1  CAAAACAAAACAACAACAACAAAAAAGCAAAAAGCAAAACAAAACAAAAC  249
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAA--CAAACAACAACAACAAAAAAGCAAAAAGCAAAACAAAACAAAAC  239

seq1  AAAAAATAAGAAATGACATCTGAAGTTGCCCTCTGACTTCTACATACCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAGAAATGACATCTGAAGTTGCCCTCTGACTTCTACATACCAC  289

seq1  TATCTTATGAAAAACTTCACACTAATATAAATGAATGTTTGCATAAATAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATGAAAAACTTCACACTAATATAAATGAATGTTTGCATAAATAC  339

seq1  ACACACAGACAGCTGTGTCTACATCATAAACACAGAGAAATAAAAATTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGACAGCTGTGTCTACATCATAAACACAGAGAAATAAAAATTAT  389

seq1  TAAGTTAAAATTTGATACTGAAGAAGAAATGTAGTAAAAAATAGATTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAAAATTTGATACTGAAGAAGAAATGTAGTAAAAAATAGATTGAA  439

seq1  GAGAGGGTCAGAGTAAATGCTCCCACCAACAGTGTCAAGATGTAACTGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGTCAGAGTAAATGCTCCCACCAACAGTGTCAAGATGTAACTGAC  489

seq1  ATGCCTGCCAGAGACTACACTTCCTAGCTTTCCTTGTCTTTGAGAAGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCCAGAGACTACACTTCCTAGCTTTCCTTGTCTTTGAGAAGAAT  539

seq1  TTTACATTTACCAAGTAGATTGTGGATGAAGGCAGTATGTGCCCCTTCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTTACCAAGTAGATTGTGGATGAAGGCAGTATGTGCCCCTTCTA  589

seq1  CCCTCATAGTAACGTGTTAAGTTACTGGCACATGCTCATCTACACTCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATAGTAACGTGTTAAGTTACTGGCACATGCTCATCTACACTCTGT  639

seq1  CCCCACCTGTCAGGAGGATAGTACCACATTGCATAAAGAAATAGTAAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTGTCAGGAGGATAGTACCACATTGCATAAAGAAATAGTAAAGC  689

seq1  CATGTGATGAAAGCTTCTTGGGAACTTTGGAAGAGAATGGGTTCAATGGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATGAAAGCTTCTTGGGAACTTTGGAAGAGAATGGGTTCAATGGG  739

seq1  ATGGACTAGGAGGGTAACTCAGGAATTGGCTGCACAGCAGTTGTATCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTAGGAGGGTAACTCAGGAATTGGCTGCACAGCAGTTGTATCCCT  789

seq1  CTCCAAAGGAGATATGCTGATCTGCAATTGTGTTGTCCCAGATACAGCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGGAGATATGCTGATCTGCAATTGTGTTGTCCCAGATACAGCTG  839

seq1  CGAATAGTGAGAACGTGTGTCAAGAATTCTTAGACTGGAGCTTGGGGAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATAGTGAGAACGTGTGTCAAGAATTCTTAGACTGGAGCTTGGGGAGA  889

seq1  TGTTTCAAGCAAAATGCTTCCTCTACTAAGACAAGGATAATTTTTTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAGCAAAATGCTTCCTCTACTAAGACAAGGATAATTTTTTTTTT  939

seq1  TGGATCCCTAGATCCTATGTCAGAAGTCAGAAATTGTGGTGTACATTTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCTAGATCCTATGTCAGAAGTCAGAAATTGTGGTGTACATTTGT  989

seq1  ATTCTCAAAACTAGTGAGGCTGAGGCAGATTGCTGGGGCATAATGGGCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAAAACTAGTGAGGCTGAGGCAGATTGCTGGGGCATAATGGGCTG  1039

seq1  CAAGTGTACTTAGTAAGCTCAAATTAAGATGGGCCAATGAGAGATTCTAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTACTTAGTAAGCTCAAATTAAGATGGGCCAATGAGAGATTCTAT  1089

seq1  CTCAAACGAAATGAACAGAATTC  1122
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACGAAATGAACAGAATTC  1112


seq1: chr1_115281370_115282519
seq2: B6Ng01-250K08.g_66_1227

seq1  GAATTCATACACAATTAATGTAACAAGAACTCTGAGCAAATGTGTTTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACACAATTAATGTAACAAGAACTCTGAGCAAATGTGTTTATG  50

seq1  AAAGCAGCTCTATAGCCAGATAGTCATAAATAGGATATGTGGGAGGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCTCTATAGCCAGATAGTCATAAATAGGATATGTGGGAGGTGGG  100

seq1  GTAAGGAGGACATCTCCAAGCCTGCAATTCATATTTTGTATTTCATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAGGACATCTCCAAGCCTGCAATTCATATTTTGTATTTCATTTAT  150

seq1  GTTTGCATTTAAATAATTATGCATCTTGGGGCAAATAACTTCTTGCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATTTAAATAATTATGCATCTTGGGGCAAATAACTTCTTGCATTT  200

seq1  TTCTACCAGGAAAGGGGGAGAGAAAAATCTGCACACTATAGAGGAACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCAGGAAAGGGGGAGAGAAAAATCTGCACACTATAGAGGAACATC  250

seq1  TCTATTAGAGTCACAATGTAATAAACACCCCCAAGCCTGTTTACAAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAGAGTCACAATGTAATAAACACCCCCAAGCCTGTTTACAAATGC  300

seq1  ACGGATGAGACAGAATCTTAATGAACCGTTCCATAACCTAGTGGTTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATGAGACAGAATCTTAATGAACCGTTCCATAACCTAGTGGTTAATG  350

seq1  ATCTGTAACAGTCTTTGTCAATGACAGTGATTGTGAACTAACTCTTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAACAGTCTTTGTCAATGACAGTGATTGTGAACTAACTCTTTTAA  400

seq1  CTTCACGATCAATAGAGCATCCACAGCTCTGAGTTACCCCAACGGGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACGATCAATAGAGCATCCACAGCTCTGAGTTACCCCAACGGGCACT  450

seq1  CTGGGCACAGAAGTCATTGTCAGATATTGCATGCTCTATGGATCGCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACAGAAGTCATTGTCAGATATTGCATGCTCTATGGATCGCAGCT  500

seq1  GTAAGGCCGTGGTCTGCTTTGTGTTTCTCTTCTTGTGTTTAAATCCTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCCGTGGTCTGCTTTGTGTTTCTCTTCTTGTGTTTAAATCCTGAC  550

seq1  TTCAACCAGAGGAAGCCCATGGCAGTTTGGAGATGAAACACAGCTCCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCAGAGGAAGCCCATGGCAGTTTGGAGATGAAACACAGCTCCTAT  600

seq1  GAAATGCTGCTAGAAAAAGGATTGAACAGCTTTAAAGGTAAATGCTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTGCTAGAAAAAGGATTGAACAGCTTTAAAGGTAAATGCTATTT  650

seq1  CTGAGATTTTTTTAGAAGCTATGCCAATTTGCCCACTGGTATAAACCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATTTTTTTAGAAGCTATGCCAATTTGCCCACTGGTATAAACCACT  700

seq1  GGGAAGGTGCAAAGTCCCAGAGAACCCCAACTCTTGATTTACAAGGTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGCAAAGTCCCAGAGAACCCCAACTCTTGATTTACAAGGTAAT  750

seq1  AGCAGTCCCATTAATCATGAGGAGTTTTAGAAACATAGGCCTCTTAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCCCATTAATCATGAGGAGTTTTAGAAACATAGGCCTCTTAATGA  800

seq1  TTCTGCCTTATATATTAACTCTTGCTC-TTTCTCACCACCATGTGTGTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTTATATATTAACTCTTGCTCTTTTCTCACCACCATGTGTGTGT  850

seq1  AAGGGTGCAGATGTGGGGCATGCATGAGAGCAAGCAAAAC-TTCAGGTGT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGGTGCAGATGTGGGGCATGCATGAGAGCAAGCAAAACTTTCAGGTGT  900

seq1  TAGCATTCAAATGTCACCTCATTTTGAAACTAACTATTT--CTTGTTTTC  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TAGCATTCAAATGTCACCTCATTTTGAAACTAACTATTTTCCTTGTTTTC  950

seq1  ATGCTGTGTG-ATAAAGCCAGCT-GGCTCCCAAACTTCCTTTTCTTCTTT  994
      |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||
seq2  ATGCTGTGTGAATAAAGCCAGCTGGGCTCCCAAACTCCCTTTTC-TCTTT  999

seq1  CC-TAACTA-CTTA-TAGGAACA-CTAGAATTAAATAGTCCAGTTATTTA  1040
      || || ||| |||| |||||||| ||||||| |||||| |||||  || |
seq2  CCTTACCTACCTTATTAGGAACACCTAGAATAAAATAGCCCAGTATTTAA  1049

seq1  TG-CCCAGTTTTTTATTT-GGGTGCTTGAAGAAGTGAACTC-AGA-TCCT  1086
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  TGCCCCAGTTTTTTATTTGGGGTGCTTGAAGAAGTGAACTCAAGATTCCT  1099

seq1  CATTCTTGTGCAACAAGCACTTTTGG-CAACTGAACTCTCTCAC-TAGCC  1134
      || |||||||| || |||||||| || || ||||||| |||||| |||||
seq2  CA-TCTTGTGCCAC-AGCACTTTGGGCCACCTGAACT-TCTCACATAGCC  1146

seq1  CCACAAT-AAAGTCTTT  1150
      || |||| |||||||||
seq2  CC-CAATAAAAGTCTTT  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |