BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250L16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 120,939,310 - 121,128,569
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGli2, LOC666838
Upstream geneLOC637083, Tsn, Mki67ip, Clasp1, Tcfcp2l1, LOC100041753
Downstream geneLOC100041778, Inhbb, Ralb, Tmem185b, Epb4.1l5, Ptpn4, LOC100042447, LOC666870, LOC100041863, Tmem177, Gm101, Sctr, Tmem37, Dbi, 3110009E18Rik, Steap3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250L16.bB6Ng01-250L16.g
ACCGA058194GA058195
length1,1521,122
definitionB6Ng01-250L16.b B6Ng01-250L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,127,432 - 121,128,569)(120,939,310 - 120,940,422)
sequence
gaattcacagaagtcaggaggtctggtgtgggcagcactatattcactga
gggaagaggttagagagggaagccagctcatctgtgccaggggaagtcat
tgcttactgaagatgagctaggaagcccctggaggctcagagtgggaaac
agacagtcatgagattcactttttgggaaccatgaggtcagacagagggt
atgactgtcaggaaagcctgatacaatgttctctaccggcaaccatccag
cacattagtacccacaatcctcttaaatcctcctgaggaactagctaccc
agtgttccctagacagcaaccaaaggcacacacagtgaggggggggctag
ccacactgcagcgaatgcaaacaagggctgttccctagattcccttcagg
gtctcccaggtatggcttcatgccacccaaagttcctccaggagctggca
caactttatatccctatttgtgaaatgtggtgctgtggcccagagaagta
tgatcacacagacctggtgtgggcatgctgccgtgaaagtccccagcact
gtctgctgcacaggtgggatgtctgtctgtctctcttgtccccaaacagg
atgtccatggagcagacattttcctttgacgctgccttataatcttactt
cttagcatttaaaacatacaattagcatgagtgtccacaggctgtgtgta
gccccagatagctaaaaaggtcactcaatacaagagtgtatgcttacttc
aagtactgtgactgatttttaaacacctgtcttataactttacatgtata
tgttattgtgagtgtgaccacatgtgtgggtagctataaggacattaggg
gtcttcttcaaccattctgcaccttagtttttttgagacagtatctctcc
ctgaaattgattaggctaggctggtccaccagcaatcctccagggcccca
gtgctggggttacaggcatgttgacactggccttttttaacatgaagtcc
aggttccaggggctctgaaccacaggttccttatgctgcgagagagggcc
gcttctcagccatcttataagtgtttgttcacaagtttcagttcttggcg
ctctctccctctacgccgttctggaggtagagtatgagaatgaggttccc
tg
gaattccttctccggatcccacataaatatctgggtgtggagaaagcaag
atggctcattaggaaaggcactgtagccaagcctgccaaactgagtttga
ttcctgagacatccccactcccaaaatggtgaaagacgataaccaactcc
cacaagtagtcctctgacctccacatccttacagtggcatttatggcatc
ctacccccaacacatacaaaataaatagataaatataatgaaaatctaaa
gccatgtatgggtgatacaagcttacagtcccagtgataaggaaatgaga
caggtgggtccttgggatttgctggctagccagtcttgcatacttgaaaa
gctacaggctatgagatgaggaagcccatcacaaaaagtgaattggacag
tatctgagagaagcagctaaggctaatctcaggaacacacatacgcatac
acacagctatgttatgtgtcagagaaccaaaagctagctcacatgggcag
accctcaggtatttaaaactctgtgatggtcagtctttagctgtcagttt
gacatacatataagcacttggagagaaagtcttaattgatgaattatgca
gatcgggtggccggagggcatgtctgttgggaattgttttgattgttact
tgttgtaagaggatgaggcccactgtggatgataccattccttaggtagg
aactctgtgactgggtaacagataagtgtgcaagcaagcaccttctatgc
atttatttctctcacctcttgactgtaatgtgatgtgacaaactgtttca
agttccccacctcccttgacctccccacagtaatgggctggaactcaaaa
ttataatccaaatagatagacatttttttcccgagtcgacttttcatcag
aatattttgcagcaacggaaatgaagttatgagaacaccccctctctaca
gccatcgggactgcagtgaccaataaggcaccattctaaggatcctaacc
ctcagatggacatgctgaagtaccagaactgaatcttcagtcttgcttta
tcctgcaagccatagagattcatttcttctggtgcctattttggtcaaga
aacaactcaagttcctcactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_121127432_121128569
seq2: B6Ng01-250L16.b_46_1197 (reverse)

seq1  CAGGG-ACCTCATCCTCATAACTCTACCT-CAGGAC-GCGTAGAAGGGAG  47
      ||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||| ||||||
seq2  CAGGGAACCTCATTCTCAT-ACTCTACCTCCAGAACGGCGTAG-AGGGAG  48

seq1  AGA-CGCC-AGAACTG-AACTTGTGA--CAACAC-TAT-AGATGGCTGAA  90
      ||| |||| ||||||| |||||||||   ||||| ||| |||||||||| 
seq2  AGAGCGCCAAGAACTGAAACTTGTGAACAAACACTTATAAGATGGCTGAG  98

seq1  GAGCCGCCCTCTCTCGCAGCATAAGG-ACCTGT-GTTCAGAGCCCCTGG-  137
       ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| 
seq2  AAGCGGCCCTCTCTCGCAGCATAAGGAACCTGTGGTTCAGAGCCCCTGGA  148

seq1  ACCTGGACTCCATGTTAAAAA--GCCAGTGTC-ACATGCCTGTAACCCCA  184
      ||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCTGGACTTCATGTTAAAAAAGGCCAGTGTCAACATGCCTGTAACCCCA  198

seq1  GCACTGGGGCCCTGGAGGATTGCTGGTGGACCAGCCTAGCCTAATCAATT  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGGCCCTGGAGGATTGCTGGTGGACCAGCCTAGCCTAATCAATT  248

seq1  TCAGGGAGAGATACTGTCTCAAAAAAACTAAGGTGCAGAATGGTTGAAGA  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGAGATACTGTCTCAAAAAAACTAAGGTGCAGAATGGTTGAAGA  298

seq1  AGACCCCTAATGTCCTTATAGCTACCCACACATGTGGTCACACTCACAAT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCTAATGTCCTTATAGCTACCCACACATGTGGTCACACTCACAAT  348

seq1  AACATATACATGTAAAGTTATAAGACAGGTGTTTAAAAATCAGTCACAGT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATACATGTAAAGTTATAAGACAGGTGTTTAAAAATCAGTCACAGT  398

seq1  ACTTGAAGTAAGCATACACTCTTGTATTGAGTGACCTTTTTAGCTATCTG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAGTAAGCATACACTCTTGTATTGAGTGACCTTTTTAGCTATCTG  448

seq1  GGGCTACACACAGCCTGTGGACACTCATGCTAATTGTATGTTTTAAATGC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTACACACAGCCTGTGGACACTCATGCTAATTGTATGTTTTAAATGC  498

seq1  TAAGAAGTAAGATTATAAGGCAGCGTCAAAGGAAAATGTCTGCTCCATGG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTAAGATTATAAGGCAGCGTCAAAGGAAAATGTCTGCTCCATGG  548

seq1  ACATCCTGTTTGGGGACAAGAGAGACAGACAGACATCCCACCTGTGCAGC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTGTTTGGGGACAAGAGAGACAGACAGACATCCCACCTGTGCAGC  598

seq1  AGACAGTGCTGGGGACTTTCACGGCAGCATGCCCACACCAGGTCTGTGTG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGCTGGGGACTTTCACGGCAGCATGCCCACACCAGGTCTGTGTG  648

seq1  ATCATACTTCTCTGGGCCACAGCACCACATTTCACAAATAGGGATATAAA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACTTCTCTGGGCCACAGCACCACATTTCACAAATAGGGATATAAA  698

seq1  GTTGTGCCAGCTCCTGGAGGAACTTTGGGTGGCATGAAGCCATACCTGGG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCCAGCTCCTGGAGGAACTTTGGGTGGCATGAAGCCATACCTGGG  748

seq1  AGACCCTGAAGGGAATCTAGGGAACAGCCCTTGTTTGCATTCGCTGCAGT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGAAGGGAATCTAGGGAACAGCCCTTGTTTGCATTCGCTGCAGT  798

seq1  GTGGCTAGCCCCCCCCTCACTGTGTGTGCCTTTGGTTGCTGTCTAGGGAA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTAGCCCCCCCCTCACTGTGTGTGCCTTTGGTTGCTGTCTAGGGAA  848

seq1  CACTGGGTAGCTAGTTCCTCAGGAGGATTTAAGAGGATTGTGGGTACTAA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGTAGCTAGTTCCTCAGGAGGATTTAAGAGGATTGTGGGTACTAA  898

seq1  TGTGCTGGATGGTTGCCGGTAGAGAACATTGTATCAGGCTTTCCTGACAG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGATGGTTGCCGGTAGAGAACATTGTATCAGGCTTTCCTGACAG  948

seq1  TCATACCCTCTGTCTGACCTCATGGTTCCCAAAAAGTGAATCTCATGACT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCCTCTGTCTGACCTCATGGTTCCCAAAAAGTGAATCTCATGACT  998

seq1  GTCTGTTTCCCACTCTGAGCCTCCAGGGGCTTCCTAGCTCATCTTCAGTA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTCCCACTCTGAGCCTCCAGGGGCTTCCTAGCTCATCTTCAGTA  1048

seq1  AGCAATGACTTCCCCTGGCACAGATGAGCTGGCTTCCCTCTCTAACCTCT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGACTTCCCCTGGCACAGATGAGCTGGCTTCCCTCTCTAACCTCT  1098

seq1  TCCCTCAGTGAATATAGTGCTGCCCACACCAGACCTCCTGACTTCTGTGA  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAGTGAATATAGTGCTGCCCACACCAGACCTCCTGACTTCTGTGA  1148

seq1  ATTC  1138
      ||||
seq2  ATTC  1152

seq1: chr1_120939310_120940422
seq2: B6Ng01-250L16.g_68_1189

seq1  GAATTCCTTCTCCGGATCCCACATAAATATCTGGGTGTGGAGAAAGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTCCGGATCCCACATAAATATCTGGGTGTGGAGAAAGCAAG  50

seq1  ATGGCTCATTAGGAAAGGCACTGTAGCCAAGCCTGCCAAACTGAGTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCATTAGGAAAGGCACTGTAGCCAAGCCTGCCAAACTGAGTTTGA  100

seq1  TTCCTGAGACATCCCCACTCCCAAAATGGTGAAAGACGATAACCAACTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGACATCCCCACTCCCAAAATGGTGAAAGACGATAACCAACTCC  150

seq1  CACAAGTAGTCCTCTGACCTCCACATCCTTACAGTGGCATTTATGGCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTAGTCCTCTGACCTCCACATCCTTACAGTGGCATTTATGGCATC  200

seq1  CTACCCCCAACACATACAAAATAAATAGATAAATATAATGAAAATCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCCAACACATACAAAATAAATAGATAAATATAATGAAAATCTAAA  250

seq1  GCCATGTATGGGTGATACAAGCTTACAGTCCCAGTGATAAGGAAATGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTATGGGTGATACAAGCTTACAGTCCCAGTGATAAGGAAATGAGA  300

seq1  CAGGTGGGTCCTTGGGATTTGCTGGCTAGCCAGTCTTGCATACTTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGGTCCTTGGGATTTGCTGGCTAGCCAGTCTTGCATACTTGAAAA  350

seq1  GCTACAGGCTATGAGATGAGGAAGCCCATCACAAAAAGTGAATTGGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGGCTATGAGATGAGGAAGCCCATCACAAAAAGTGAATTGGACAG  400

seq1  TATCTGAGAGAAGCAGCTAAGGCTAATCTCAGGAACACACATACGCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAGAGAAGCAGCTAAGGCTAATCTCAGGAACACACATACGCATAC  450

seq1  ACACAGCTATGTTATGTGTCAGAGAACCAAAAGCTAGCTCACATGGGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTATGTTATGTGTCAGAGAACCAAAAGCTAGCTCACATGGGCAG  500

seq1  ACCCTCAGGTATTTAAAACTCTGTGATGGTCAGTCTTTAGCTGTCAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAGGTATTTAAAACTCTGTGATGGTCAGTCTTTAGCTGTCAGTTT  550

seq1  GACATACATATAAGCACTTGGAGAGAAAGTCTTAATTGATGAATTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACATATAAGCACTTGGAGAGAAAGTCTTAATTGATGAATTATGCA  600

seq1  GATCGGGTGGCCGGAGGGCATGTCTGTTGGGAATTGTTTTGATTGTTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGGGTGGCCGGAGGGCATGTCTGTTGGGAATTGTTTTGATTGTTACT  650

seq1  TGTTGTAAGAGGATGAGGCCCACTGTGGATGATACCATTCCTTAGGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTAAGAGGATGAGGCCCACTGTGGATGATACCATTCCTTAGGTAGG  700

seq1  AACTCTGTGACTGGGTAACAGATAAGTGTGCAAGCAAGCACCTTCTATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGTGACTGGGTAACAGATAAGTGTGCAAGCAAGCACCTTCTATGC  750

seq1  ATTTATTTCTCTCACCTCTTGACTGTAATGTGATGTGACAAACTGTTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTCTCTCACCTCTTGACTGTAATGTGATGTGACAAACTGTTTCA  800

seq1  AGTTCCCCACCT-CCTTGACCTCCCCACAGTAATGGGCTGGAACTCAAAA  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCCACCTCCCTTGACCTCCCCACAGTAATGGGCTGGAACTCAAAA  850

seq1  TTATAATCCAAATAGATAGACA-TTTTTTCCCGAGTCGAC-TTTCATCAG  897
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATAATCCAAATAGATAGACATTTTTTTCCCGAGTCGACTTTTCATCAG  900

seq1  AATA-TTTGCAGCAACGGAAATGAAGTTATGAGAACACCCCCTCTCTACA  946
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTGCAGCAACGGAAATGAAGTTATGAGAACACCCCCTCTCTACA  950

seq1  GCCATCGGGACTGCAGTGACCAATAAGGCCACCATTCTAAGGATCCTAAC  996
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCGGGACTGCAGTGACCAATAAGG-CACCATTCTAAGGATCCTAAC  999

seq1  CCTCAGATGGACCATGCTG-AGTACCAG-ACTG-ATCTTCCAGTCTTGCC  1043
      ||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| |
seq2  CCTCAGATGGA-CATGCTGAAGTACCAGAACTGAATCTT-CAGTCTTG-C  1046

seq1  TTTATCCTGCAAGCCCTAGAGA-TCATTTC-TCT-GTG-CTATTTTGGTC  1089
      ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||
seq2  TTTATCCTGCAAGCCATAGAGATTCATTTCTTCTGGTGCCTATTTTGGTC  1096

seq1  CAGAAACAACTCA--GTCCTCACTTA  1113
       ||||||||||||   ||||||||||
seq2  AAGAAACAACTCAAGTTCCTCACTTA  1122