BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250P06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 172,759,713 - 172,861,822
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtf6, Dusp12, Fcrlb, Fcrla, LOC100040778
Upstream geneLOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2, EG622708, Sh2d1b1, EG665574, 1700015E13Rik, Nos1ap, LOC100040002, LOC640532, Olfml2b
Downstream geneFcgr2b, Fcgr4, Fcgr3, 1700009P17Rik, Sdhc, Mpz, Pcp4l1, Nr1i3, Tomm40l, Apoa2, Fcer1g, Ndufs2, Adamts4, B4galt3, Ppox, Usp21, Ufc1, EG622236, Dedd, Nit1, Pfdn2, 1190002J23Rik, Pvrl4, Arhgap30, Usf1, EG226654, F11r, Refbp2, Itlna, Cd244, Ly9, Slamf7, Cd48, LOC100041098, Slamf1, Cd84, Slamf6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250P06.bB6Ng01-250P06.g
ACCGA058351GA058352
length1,2071,130
definitionB6Ng01-250P06.b B6Ng01-250P06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(172,759,713 - 172,760,924)(172,860,704 - 172,861,822)
sequence
gaattcaaaacaggtagggaatgagtagccatgtcaacattacaaagcca
cgaaagactgatagtagttttctgaattacaacttttccaccatatggtt
taaaagcacaaaaatggcacgacatgaaaaactgagggatacattttgaa
tcaagactaactacactaactcacatttaaggagacttaaaaaacatatg
catgctactaacatagaggctgttccggtggctcagtcctctctacagct
ccttctagagcaggctttactttgggtgccttgggaagattagcagacta
atgcttttctacctcaaagaaatatgaaaaactcacattgaaaagtcttg
actcatttcctatgtggtggtttgaataacaaggcctcccccttcccacc
tctaccatgcccctctcaaagactcctatatttgaatgcttagtcaccag
ggagtggcactatttgagaaagattaagaggtgtgaccttattagagaaa
gtgtgtcactgaagcccattctagacccacttctctctcaggatatagct
ttcagctacttcttcagcaccatgtctgcctgcatgccaccatgctgcct
gccatgatgataatggactaaacctctgaaactgtaagcaagactccact
taaatgttttctcttatacgagttgctttggtcatggtgcctcttcacag
caatagaacagtgactaagataccctgctatgctataaatgaaaacagct
cagaaactgcgattctgtttaactggaagatcatcctaatagtcttttgg
tctcttatattaaacacagactacatcaatatcccttttataattctgtc
agctctaatttctgaatcagagccaatactactaacaataaaagataaca
ctcatcaatacagatacactctcatctcaaacatcctaaactaaagtgtt
tactaagactttgtcagcaagttactcaaaacttcccagaagtcctctta
aatactgcaaagcagaacatattgttcttttcacatcaaacaaccatgaa
agatgtcttggctaacagaaccaccatgcattactgaattgtttggagaa
tacaaatgtcaaggatccatcactgtcagcaattcagcctgcctattatc
cacagtctagaagaaactggctcagattctacctagagtctgtatctaca
agcttag
gaattcaaagtcagcttgggctagatatgagtcctaggccagtgtgatct
acagttaagggttatgaagtgaggggtactggtgggtccatgacaaggtg
tgcccctgagtaactacagcatgtgatagatctgatataaaagggactta
ttagggagtggagaggagtggggacctggagaagtagtagagccagacag
aaaaagggagagagaccaccaggaaaacacacacacacacacacacacac
acacacagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagaacaagcgtgagttctgggctggcagacagcccaca
cctgcccacacctgggacactgggtggcagccaatggtccctgagatgct
aggtccctgagaggagcctagtaaaatctcctgtaagccaacaataagat
cctgtgtcaaactactaaagaaaaagggacagggaactggagagatggct
cagcagttaagagcacaggctgcttttccagaggacatggattcaattcc
cagcacccacatcgtggctcacaaccatctgtagctccagtttcagggga
cctgatgccctctttctggcatagccagacatgcagtgaaaacacattac
acataaaagaataaaaaccagcacttgagaggcagaagcagactcgtttc
tgtgcatttgggactatcctgttctacacagtgaattccacgacagctag
gggtacatagagagatcctgtctcaaaaaagcaaaaataaatgtataaac
agaacaaaacaaaacaaaacccacaaaaacgtaaagtatatacataccta
caggcatacttatatgaacccagccagtccactcttaggtacccaacatg
tacccaagagcaataatagctttgttttgtcaaagctgtaacatagaaac
aattctagtggtgaaccaggcacttcgtggttaagtaggaggtgtggtat
agccataacagaaattgaaaagagctacgattgggtgcaacaaaaggcag
gttactgagtgcaagagaaacagcacaaacgaatttgctctgtgtaactt
agtgtgcacaaacttaccggaggatgtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_172759713_172760924
seq2: B6Ng01-250P06.b_48_1254

seq1  GAATTCAAAACAGGTAGGGAATGAGTAGCCATGTCAACATTACAAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAGGTAGGGAATGAGTAGCCATGTCAACATTACAAAGCCA  50

seq1  CGAAAGACTGATAGTAGTTTTCTGAATTACAACTTTTCCACCATATGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAGACTGATAGTAGTTTTCTGAATTACAACTTTTCCACCATATGGTT  100

seq1  TAAAAGCACAAAAATGGCACGACATGAAAAACTGAGGGATACATTTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCACAAAAATGGCACGACATGAAAAACTGAGGGATACATTTTGAA  150

seq1  TCAAGACTAACTACACTAACTCACATTTAAGGAGACTTAAAAAACATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACTAACTACACTAACTCACATTTAAGGAGACTTAAAAAACATATG  200

seq1  CATGCTACTAACATAGAGGCTGTTCCGGTGGCTCAGTCCTCTCTACAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTACTAACATAGAGGCTGTTCCGGTGGCTCAGTCCTCTCTACAGCT  250

seq1  CCTTCTAGAGCAGGCTTTACTTTGGGTGCCTTGGGAAGATTAGCAGACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTAGAGCAGGCTTTACTTTGGGTGCCTTGGGAAGATTAGCAGACTA  300

seq1  ATGCTTTTCTACCTCAAAGAAATATGAAAAACTCACATTGAAAAGTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTCTACCTCAAAGAAATATGAAAAACTCACATTGAAAAGTCTTG  350

seq1  ACTCATTTCCTATGTGGTGGTTTGAATAACAAGGCCTCCCCCTTCCCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTCCTATGTGGTGGTTTGAATAACAAGGCCTCCCCCTTCCCACC  400

seq1  TCTACCATGCCCCTCTCAAAGACTCCTATATTTGAATGCTTAGTCACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATGCCCCTCTCAAAGACTCCTATATTTGAATGCTTAGTCACCAG  450

seq1  GGAGTGGCACTATTTGAGAAAGATTAAGAGGTGTGACCTTATTAGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGCACTATTTGAGAAAGATTAAGAGGTGTGACCTTATTAGAGAAA  500

seq1  GTGTGTCACTGAAGCCCATTCTAGACCCACTTCTCTCTCAGGATATAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCACTGAAGCCCATTCTAGACCCACTTCTCTCTCAGGATATAGCT  550

seq1  TTCAGCTACTTCTTCAGCACCATGTCTGCCTGCATGCCACCATGCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTACTTCTTCAGCACCATGTCTGCCTGCATGCCACCATGCTGCCT  600

seq1  GCCATGATGATAATGGACTAAACCTCTGAAACTGTAAGCAAGACTCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGATGATAATGGACTAAACCTCTGAAACTGTAAGCAAGACTCCACT  650

seq1  TAAATGTTTTCTCTTATACGAGTTGCTTTGGTCATGGTGCCTCTTCACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTTCTCTTATACGAGTTGCTTTGGTCATGGTGCCTCTTCACAG  700

seq1  CAATAGAACAGTGACTAAGATACCCTGCTATGCTATAAATGAAAACAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAACAGTGACTAAGATACCCTGCTATGCTATAAATGAAAACAGCT  750

seq1  CAGAAACTGCGATTCTGTTTAACTGGAAGATCATCCTAATAGTCTTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTGCGATTCTGTTTAACTGGAAGATCATCCTAATAGTCTTTTGG  800

seq1  TCTCTTATATTAAACACAGACTACATCAATATCCCTTTTATAATTCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATATTAAACACAGACTACATCAATATCCCTTTTATAATTCTGTC  850

seq1  AGCTCTAATTTCTGAATCAGAGCCAATACTACTAACAATAAAAGATAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAATTTCTGAATCAGAGCCAATACTACTAACAATAAAAGATAACA  900

seq1  CTCATCAATACAGATACACTCTCATCTCAAACATCCT-AACTAAGGTGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  CTCATCAATACAGATACACTCTCATCTCAAACATCCTAAACTAAAGTGTT  950

seq1  TACTAAGACTTTGTCAGCAAGTTACTCAAAACTTCCCAG-AGTCCTC-TA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TACTAAGACTTTGTCAGCAAGTTACTCAAAACTTCCCAGAAGTCCTCTTA  1000

seq1  AATACTGCAAAAGCAGAACATA-TGTTC-TTTCACATCAAACAACCAATG  1045
      |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  AATACTGC-AAAGCAGAACATATTGTTCTTTTCACATCAAACAACC-ATG  1048

seq1  AAAGATGTC-TGGCTAACAG-ACCAACATGCAATTAACTGAATTTGTTTG  1093
      ||||||||| |||||||||| |||| ||||||  | |||||| |||||||
seq2  AAAGATGTCTTGGCTAACAGAACCACCATGCA--TTACTGAA-TTGTTTG  1095

seq1  GAGATTACAAATGGTTCAGGGAATCCATCACTGTCAGC-ATTCAG-CTGC  1141
      |||| ||||||||  ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GAGAATACAAATG--TCAAGG-ATCCATCACTGTCAGCAATTCAGCCTGC  1142

seq1  CTATTAATCACAGTCTAAAAAGAAAACTGGCCTCCAGTATCTAAACATAA  1191
      ||||||  ||||||||| ||   ||||||||   |||  |||  || || 
seq2  CTATTATCCACAGTCTAGAA--GAAACTGGC--TCAGATTCT--ACCTAG  1186

seq1  TGTCTGTATCTACAAGCTTAG  1212
       ||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTATCTACAAGCTTAG  1207

seq1: chr1_172860704_172861822
seq2: B6Ng01-250P06.g_68_1197 (reverse)

seq1  AGCACATCCTCC-GTAAGTTTGTGCACACTAAGTTACAC--AGCATA-TC  46
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||
seq2  AGCACATCCTCCGGTAAGTTTGTGCACACTAAGTTACACAGAGCAAATTC  50

seq1  CTTTGTGCCTGGTCTCTTGCACTCAGTAAACCTG-CTTTTGTTGCACCCA  95
       |||||||    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GTTTGTGCTGTTTCTCTTGCACTCAGT-AACCTGCCTTTTGTTGCACCCA  99

seq1  TCCGTAGCTCTTTTC-ATTTCTTGTATGGCTATACCACAC--TCTACTTA  142
        ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||   |||||||
seq2  ATCGTAGCTCTTTTCAATTTCTGTTATGGCTATACCACACCTCCTACTTA  149

seq1  ACCACCGAAGTG-CTGGTTCACCACTAG-ATTGTTTCTATG-TACAGCTT  189
      |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  ACCA-CGAAGTGCCTGGTTCACCACTAGAATTGTTTCTATGTTACAGCTT  198

seq1  TGAC-AAACAAAGCTATTA-TGCTCTTGGGTACATGTTGGGTACCTAAGA  237
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAACAAAGCTATTATTGCTCTTGGGTACATGTTGGGTACCTAAGA  248

seq1  GTGGACTGGCTGGGTTCATATAAGTATGCCTGTAGGTATGTATATACTTT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACTGGCTGGGTTCATATAAGTATGCCTGTAGGTATGTATATACTTT  298

seq1  ACGTTTTTGTGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTCTGTTTATACATTTATTTTT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTTGTGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTCTGTTTATACATTTATTTTT  348

seq1  GCTTTTTTGAGACAGGATCTCTCTATGTACCCCTAGCTGTCGTGGAATTC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTGAGACAGGATCTCTCTATGTACCCCTAGCTGTCGTGGAATTC  398

seq1  ACTGTGTAGAACAGGATAGTCCCAAATGCACAGAAACGAGTCTGCTTCTG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAGAACAGGATAGTCCCAAATGCACAGAAACGAGTCTGCTTCTG  448

seq1  CCTCCCAAGTGCTGGTTTTTATTCTTTTATGTGTAATGTGTTTTCACTGC  487
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAAGTGCTGGTTTTTATTCTTTTATGTGTAATGTGTTTTCACTGC  498

seq1  ATGTCTGGCTATGCCAGAAAGAGGGCATCAGGTCCCCTGAAACTGGAGCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGGCTATGCCAGAAAGAGGGCATCAGGTCCCCTGAAACTGGAGCT  548

seq1  ACAGATGGTTGTGAGCCACGATGTGGGTGCTGGGAATTGAATCCATGTCC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGTTGTGAGCCACGATGTGGGTGCTGGGAATTGAATCCATGTCC  598

seq1  TCTGGAAAAGCAGCCTGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGTTCC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAAAGCAGCCTGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGTTCC  648

seq1  CTGTCCCTTTTTCTTTAGTAGTTTGACACAGGATCTTATTGTTGGCTTAC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTTTTTCTTTAGTAGTTTGACACAGGATCTTATTGTTGGCTTAC  698

seq1  AGGAGATTTTACTAGGCTCCTCTCAGGGACCTAGCATCTCAGGGACCATT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATTTTACTAGGCTCCTCTCAGGGACCTAGCATCTCAGGGACCATT  748

seq1  GGCTGCCACCCAGTGTCCCAGGTGTGGGCAGGTGTGGGCTGTCTGCCAGC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCACCCAGTGTCCCAGGTGTGGGCAGGTGTGGGCTGTCTGCCAGC  798

seq1  CCAGAACTCACGCTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACTCACGCTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  848

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  898

seq1  GTGTGTTTTCCTGGTGGTCTCTCTCCCTTTTTCTGTCTGGCTCTACTACT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTTCCTGGTGGTCTCTCTCCCTTTTTCTGTCTGGCTCTACTACT  948

seq1  TCTCCAGGTCCCCACTCCTCTCCACTCCCTAATAAGTCCCTTTTATATCA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGTCCCCACTCCTCTCCACTCCCTAATAAGTCCCTTTTATATCA  998

seq1  GATCTATCACATGCTGTAGTTACTCAGGGGCACACCTTGTCATGGACCCA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATCACATGCTGTAGTTACTCAGGGGCACACCTTGTCATGGACCCA  1048

seq1  CCAGTACCCCTCACTTCATAACCCTTAACTGTAGATCACACTGGCCTAGG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACCCCTCACTTCATAACCCTTAACTGTAGATCACACTGGCCTAGG  1098

seq1  ACTCATATCTAGCCCAAGCTGACTTTGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATCTAGCCCAAGCTGACTTTGAATTC  1130