BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252A21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 75,208,431 - 75,289,676
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk16, Tuba4a, A630095N17Rik, Dnajb10, Ptprn, Resp18
Upstream geneIl8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh, Nhej1, Slc23a3, 1810031K17Rik, BC038286, Zfand2b, Abcb6, Atg9a, D1Ertd161e
Downstream geneDnpep, Des, Speg, Gmppa, Accn4, D1Bwg1363e, A230078I05Rik, AW822216, Inha, Stk11ip, Slc4a3, LOC100039069, LOC383531
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252A21.bB6Ng01-252A21.g
ACCGA059157GA059158
length1,2151,107
definitionB6Ng01-252A21.b B6Ng01-252A21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,208,431 - 75,209,645)(75,288,561 - 75,289,676)
sequence
gaattcctctgggtccgagctatgtgagagatgaccatggtccttcactg
tgacccctttggcccacagtggattcagctatgtggacctagtggagggc
ttgcatgatggacacttctacgccctgaagcggatcctgtgccatgagca
gcaagaccaggaagaagcccaacgagaggcagagatgcatcgcctcttcc
agcatcccaacatccttcgcctcatggcttactctctgaaagaacgaggt
gctaagcatgaagcctggctgctgctgcccttcttcaaggtcagagaagc
ctgtacttacagaggggattgtaacattgtgcaaccccaccagaggctct
gggcaggcaaacataaacattctaggagcacatgccctggtttggccttt
tgtttgtttgtttgtttatttgagacagggtttctctgtatagccctagc
tgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatcc
gcctgcttctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgcgccaccactg
cctggctagttttggccattcttaagttggggctcagaggactatagggt
cccctgtgaacttgacatcacacaaagcccccaaaggatcaggaagagtg
gctatggtaaaagggtgggcagacagatacaaaatagagtcctgggaagt
agaggcttgaaaaatgtctcagcacagggaaacttgtattgtagaaaggt
acactgtggaatgagatagaaaggctgaaggaccaaggcagcttcctgac
tgaagaccagatcctgccgctgttgctgggtatcagcagaggccttgagg
ctattcatgccaaaggttatgcacacaggtcagtgggcgggccctatgca
tttgatgaagccagtggggagggagcgcagtgcccagagaattggggttt
ctctgcactttccatggtgctccctgggatactagctttcctgctcaggg
cgcctttgggtcattttcacttccctccagggacctgaagcccaccatat
tttgctggtgatgagggcagccagtttaatggacttggggttctatgaat
cagcatgccatcaagtggagggctcctcgcccaaggcactagctctctca
ggtaaagagtcctctgattccttgcaatctcctcccaatcccggaacata
ctctctgatgcatgc
gaattcctgcgagcttacagctgaccttgctcaacctaatattagtcagc
ctcaaagaagaatgtttgcagagacagcctgtctcccaagatagtctgtc
tcgactgagcaaacaatctcagcaaggagaagccacaggcccacacagag
tccctgaagcaccatcgactccctcagtcccaagccccttccttccccac
ctctctaaaaggtcccagctggctctcgctttggcaggacctccaacctg
tgggagagtgcctgcctgtctttcactgcctgagacattctcttcgcttg
aggtcagatgctggtctctttctgccttctcactctttactctgcacaca
aaatctaagaaaatgtccctgaaggaaccaacccccttctgcttgggaaa
accccatccctggcgttgtctggctggccaagagccaggagttatggagt
cttctgtcagaccccaccacacatgcacacacacacacacacacacacac
acacacacacaccgccctgaatttgagaagctgggccattcagaatgtga
caagttgcatatctgcatgactcggtgggagagaaaaaggtgacatcatg
cgggaaggggtgtttgaactgtcaaaagacagatctgcagccacacatga
ggtctcatgcctgtaatcatgtacttgggaggttgaggctgaaggatcaa
caggagtttgaggccagcctaattacatagtgaaaccctgtctcctattt
aagaaatcaaataaaaccaagccatggtttgtctgtcttgagttcaattg
ctactaattagctgacagtgcagtatgtgagaagcaagagaaactttggt
atttaaaagcagtttatgaccccagccttatgggattcgcagcatactct
gcagcagcattgaaaaactgcatttaactgcttaaagccagaatgaagcc
ataaacacggacacattcctttatattctctcagcaaggccatagactca
tagtcatttcatggggtaagaaatgtgagttcccaggatcacagagtgtg
tagagcagactcaaatctgagccacagtctctgatgttctagatggctct
acatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_75208431_75209645
seq2: B6Ng01-252A21.b_47_1261

seq1  GAATTCCTCTGGGTCCGAGCTATGTGAGAGATGACCATGGTCCTTCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTGGGTCCGAGCTATGTGAGAGATGACCATGGTCCTTCACTG  50

seq1  TGACCCCTTTGGCCCACAGTGGATTCAGCTATGTGGACCTAGTGGAGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCTTTGGCCCACAGTGGATTCAGCTATGTGGACCTAGTGGAGGGC  100

seq1  TTGCATGATGGACACTTCTACGCCCTGAAGCGGATCCTGTGCCATGAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGATGGACACTTCTACGCCCTGAAGCGGATCCTGTGCCATGAGCA  150

seq1  GCAAGACCAGGAAGAAGCCCAACGAGAGGCAGAGATGCATCGCCTCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACCAGGAAGAAGCCCAACGAGAGGCAGAGATGCATCGCCTCTTCC  200

seq1  AGCATCCCAACATCCTTCGCCTCATGGCTTACTCTCTGAAAGAACGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCAACATCCTTCGCCTCATGGCTTACTCTCTGAAAGAACGAGGT  250

seq1  GCTAAGCATGAAGCCTGGCTGCTGCTGCCCTTCTTCAAGGTCAGAGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCATGAAGCCTGGCTGCTGCTGCCCTTCTTCAAGGTCAGAGAAGC  300

seq1  CTGTACTTACAGAGGGGATTGTAACATTGTGCAACCCCACCAGAGGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTTACAGAGGGGATTGTAACATTGTGCAACCCCACCAGAGGCTCT  350

seq1  GGGCAGGCAAACATAAACATTCTAGGAGCACATGCCCTGGTTTGGCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGCAAACATAAACATTCTAGGAGCACATGCCCTGGTTTGGCCTTT  400

seq1  TGTTTGTTTGTTTGTTTATTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTGTTTATTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTAGC  450

seq1  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCC  500

seq1  GCCTGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTG  550

seq1  CCTGGCTAGTTTTGGCCATTCTTAAGTTGGGGCTCAGAGGACTATAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTAGTTTTGGCCATTCTTAAGTTGGGGCTCAGAGGACTATAGGGT  600

seq1  CCCCTGTGAACTTGACATCACACAAAGCCCCCAAAGGATCAGGAAGAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTGAACTTGACATCACACAAAGCCCCCAAAGGATCAGGAAGAGTG  650

seq1  GCTATGGTAAAAGGGTGGGCAGACAGATACAAAATAGAGTCCTGGGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGTAAAAGGGTGGGCAGACAGATACAAAATAGAGTCCTGGGAAGT  700

seq1  AGAGGCTTGAAAAATGTCTCAGCACAGGGAAACTTGTATTGTAGAAAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTGAAAAATGTCTCAGCACAGGGAAACTTGTATTGTAGAAAGGT  750

seq1  ACACTGTGGAATGAGATAGAAAGGCTGAAGGACCAAGGCAGCTTCCTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGGAATGAGATAGAAAGGCTGAAGGACCAAGGCAGCTTCCTGAC  800

seq1  TGAAGACCAGATCCTGCCGCTGTTGCTGGGTATCAGCAGAGGCCTTGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACCAGATCCTGCCGCTGTTGCTGGGTATCAGCAGAGGCCTTGAGG  850

seq1  CTATTCATGCCAAAGGTTATGCACACAGGTCAGTGGGCGGGCCCTATGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCATGCCAAAGGTTATGCACACAGGTCAGTGGGCGGGCCCTATGCA  900

seq1  TTTGATGAAGCCAGTGGGGAGGGAGCGCAGTGCCAAGAGAATTGGGGTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTGATGAAGCCAGTGGGGAGGGAGCGCAGTGCCCAGAGAATTGGGGTTT  950

seq1  CTCTGCACTTTCCATGGTGCTCCCTGGGATACCAGCTTCCCTGCCCAGGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
seq2  CTCTGCACTTTCCATGGTGCTCCCTGGGATACTAGCTTTCCTGCTCAGGG  1000

seq1  CGCCTTTGGGTCATTTTCACTTCCCTCCAGGGACCTGAAGCCCACCAATA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CGCCTTTGGGTCATTTTCACTTCCCTCCAGGGACCTGAAGCCCACC-ATA  1049

seq1  TTTTGCTTGGTGATGAGGGGCAGCCAGTTTTAATGGACTT-GGGTTCTAT  1099
      |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTGC-TGGTGATGA-GGGCAGCCAG-TTTAATGGACTTGGGGTTCTAT  1096

seq1  GAATCAAGCATGCATTCAAGTGGAGGGCT-CTCGCC--AGGCACTAGCTC  1146
      ||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||
seq2  GAATC-AGCATGCCATCAAGTGGAGGGCTCCTCGCCCAAGGCACTAGCTC  1145

seq1  T-TCAGGTAAGAGAGTCTCCTGGTTTCTTTGGCCATCTCCTCCCCATCCC  1195
      | |||||||| ||||||  ||| || |||  || |||||||||| || ||
seq2  TCTCAGGTAA-AGAGTCCTCTGATTCCTT--GCAATCTCCTCCCAAT-CC  1191

seq1  CAGATCAT----TCTGATGCATGC  1215
      | || |||    ||||||||||||
seq2  CGGAACATACTCTCTGATGCATGC  1215

seq1: chr1_75288561_75289676
seq2: B6Ng01-252A21.g_69_1175 (reverse)

seq1  CCCATTGTAGGAGCCATCTAGAACATCAGAGACTGGTTGCTCAGGATTTG  50
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
seq2  CCCA-TGTA-GAGCCATCTAGAACATCAGAGACT-GTGGCTCA-GATTTG  46

seq1  AGTCTGCTCTTACACACTCTGTGGTCCTGGGAAACTCACATTTTCTTA-C  99
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |
seq2  AGTCTGCTC-TACACACTCTGTGATCCTGGG-AACTCACA-TTTCTTACC  93

seq1  CCATGAAATGACTATTGAGTCTATGGCCTTGCTGAGAGAATATAAAGGAA  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAATGACTA-TGAGTCTATGGCCTTGCTGAGAGAATATAAAGGAA  142

seq1  TGTGTCCGTGTTTATTGGCTTCATTCTTGGCTTTAAGCAGTTAAATGCAG  199
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCGTGTTTA-TGGCTTCATTC-TGGCTTTAAGCAGTTAAATGCAG  190

seq1  TTTTTCAATGCTGCTGCAGAGTATGCTGCGAATCCCATAAGGCTGGGGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAATGCTGCTGCAGAGTATGCTGCGAATCCCATAAGGCTGGGGTC  240

seq1  ATAAACTGCTTTTAAATACCAAAGTTTCTCTTGCTTCTCACATACTGCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGCTTTTAAATACCAAAGTTTCTCTTGCTTCTCACATACTGCAC  290

seq1  TGTCAGCTAATTAGTAGCAATTGAACTCAAGACAGACAAACCATGGCTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCTAATTAGTAGCAATTGAACTCAAGACAGACAAACCATGGCTTG  340

seq1  GTTTTATTTGATTTCTTAAATAGGAGACAGGGTTTCACTATGTAATTAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTTGATTTCTTAAATAGGAGACAGGGTTTCACTATGTAATTAGG  390

seq1  CTGGCCTCAAACTCCTGTTGATCCTTCAGCCTCAACCTCCCAAGTACATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCAAACTCCTGTTGATCCTTCAGCCTCAACCTCCCAAGTACATG  440

seq1  ATTACAGGCATGAGACCTCATGTGTGGCTGCAGATCTGTCTTTTGACAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGGCATGAGACCTCATGTGTGGCTGCAGATCTGTCTTTTGACAGT  490

seq1  TCAAACACCCCTTCCCGCATGATGTCACCTTTTTCTCTCCCACCGAGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACCCCTTCCCGCATGATGTCACCTTTTTCTCTCCCACCGAGTCA  540

seq1  TGCAGATATGCAACTTGTCACATTCTGAATGGCCCAGCTTCTCAAATTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATATGCAACTTGTCACATTCTGAATGGCCCAGCTTCTCAAATTCA  590

seq1  GGGCGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTG  640

seq1  GTGGGGTCTGACAGAAGACTCCATAACTCCTGGCTCTTGGCCAGCCAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTCTGACAGAAGACTCCATAACTCCTGGCTCTTGGCCAGCCAGAC  690

seq1  AACGCCAGGGATGGGGTTTTCCCAAGCAGAAGGGGGTTGGTTCCTTCAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCAGGGATGGGGTTTTCCCAAGCAGAAGGGGGTTGGTTCCTTCAGG  740

seq1  GACATTTTCTTAGATTTTGTGTGCAGAGTAAAGAGTGAGAAGGCAGAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTCTTAGATTTTGTGTGCAGAGTAAAGAGTGAGAAGGCAGAAAG  790

seq1  AGACCAGCATCTGACCTCAAGCGAAGAGAATGTCTCAGGCAGTGAAAGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGCATCTGACCTCAAGCGAAGAGAATGTCTCAGGCAGTGAAAGAC  840

seq1  AGGCAGGCACTCTCCCACAGGTTGGAGGTCCTGCCAAAGCGAGAGCCAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCACTCTCCCACAGGTTGGAGGTCCTGCCAAAGCGAGAGCCAGC  890

seq1  TGGGACCTTTTAGAGAGGTGGGGAAGGAAGGGGCTTGGGACTGAGGGAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCTTTTAGAGAGGTGGGGAAGGAAGGGGCTTGGGACTGAGGGAGT  940

seq1  CGATGGTGCTTCAGGGACTCTGTGTGGGCCTGTGGCTTCTCCTTGCTGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGTGCTTCAGGGACTCTGTGTGGGCCTGTGGCTTCTCCTTGCTGAG  990

seq1  ATTGTTTGCTCAGTCGAGACAGACTATCTTGGGAGACAGGCTGTCTCTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTGCTCAGTCGAGACAGACTATCTTGGGAGACAGGCTGTCTCTGC  1040

seq1  AAACATTCTTCTTTGAGGCTGACTAATATTAGGTTGAGCAAGGTCAGCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCTTCTTTGAGGCTGACTAATATTAGGTTGAGCAAGGTCAGCTG  1090

seq1  TAAGCTCGCAGGAATTC  1116
      |||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCGCAGGAATTC  1107