BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252H16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 186,049,641 - 186,224,181
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666649, 1700056E22Rik, Dusp10
Downstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252H16.bB6Ng01-252H16.g
ACCGA059464GA059465
length1,1291,130
definitionB6Ng01-252H16.b B6Ng01-252H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(186,223,039 - 186,224,181)(186,049,641 - 186,050,769)
sequence
gaattcatgggcaaacatcatttctgtttgaggtgtttggtttatggtca
gcttgtcaatacaaacactcataataataacatcattatcaccaggataa
ggttttactatgttctaggcaattgcaacaccttacacaataatttcatt
tattgcctgtgattagttgctctcatttacagcttaacccctggactaca
gaagtccttgacaacatgaagtgcccttcctacgtctgagatctcccact
atgcggctttgctgggattggaggaagcacagttaataatatatattatt
atacatgtgtgcacatatatatgcatacacatacaaatatacatatatac
atataatatacatatatattattactattaggctaaatctcttatcacct
tttgtgagctgggcatcatgatacacacctttaatgccagccctcaggag
acagagatcagtggatctctgtgagtttaaggccaacatgttttacatag
aaaactccaggctagctacatagtaagcccccatctcaaaaataaaataa
aactctaaaaacatttttttttaaactggagtaagatcaacctgcaactt
gctgtgtagaccaggctaaattcaaactcacaaattccattgctttggcc
ttctgagtgctgagaatccagtcatagtctcttccctcttccctggtggc
caggtccccacccaacccctcccccgtaccccccacccttgggcctggga
ggactcactttggctttccaaggaatagtaaacccttcaagacagacttg
ccaaaaccatggcagccggggttggaaatctaaatggacggcacgctctg
gtccaaagtgtatgcatttcctgtcttctaagtttcttttttagagttca
tgtccatgtcccttccatctgggaaggcataatttcacttttaaggaaag
aaaatcatttgcttttaataggaatcttttatgggcatgacttggagggc
ctttttgacccatgactagatggaacaacattgtggtgaattagtgtaat
ggctcgaaacgggtcagataattcccttgtaaccctagggcttcaaacta
atggggaaaaccaggctggtgcatcttaa

gaattctcatccattgatacacttaactttcctatttaatataagtcttc
tctttcctaaacaggtggttttagtttactctctctagcaatcttttttg
tgagatttctgagagttctccttggtggttggtttgctggtctgaaaaat
tgattacttttgctaaacattaagtaattatattgctaaataaatggttt
tttaatctgaaggtcttatattcaaaagtcttgtttattggttcttacat
tgttatgtgtagattttgttgtctattaaaaaatactcccaacatataaa
aataatcttagtctcccttctctcccaattcttacaactgcgtttcattt
tcttgctactttgaagtgtggtgcctagtaggaatataaataaaaggctt
atgcacatttttttgctttaaagaaaacgcatccagtatatggccattgt
gtgtaggcatcgtcacctttaattcaaagtaaatataagtgcttcgtggt
acaacattttaatctattgagatgatccctttgtcctttaatgggacaaa
taattaattttagtgactcaagaaacttaaaagaagccattgcttgtata
tcatcatgtattatgctgtaattatttgattccgatcagccttgctttgg
gcatctgcttgctaagtgataactgccatgattaccatggactgcttttc
agctgtttctgccaccatgaacttacttcataaaacacgcagcgtatggt
ttcctaaatgttccacgttctaacacagtctgtggtgactagcacacttt
tatctgtgggttttatttggaagctttacagttttgctaaatttttcttt
tgtttgttttgttctgtagcaaatgattttatgatgctgattattttgtt
aaatgaatgagatttgtatgggctttatttctgttattttattattttct
tttttctttggtattatttctttaattactgagattatgattatgattac
atcatttccttctctctttccttccccgaaggctcccatgcattcgtctt
gctacttcaagtcatggctctttttttcattaactgttggttatggacaa
tatccataggtatgtatatgcttatgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_186223039_186224181
seq2: B6Ng01-252H16.b_43_1171 (reverse)

seq1  TTAAGATGCACACAGCCTCAGTGTTTCTCCCCATTCGTTTTGGAAGCCCT  50
      ||||||||||| |||||    || || |||||||| ||||  ||||||||
seq2  TTAAGATGCAC-CAGCC----TGGTTTTCCCCATTAGTTT--GAAGCCCT  43

seq1  TGGGTGTTTCCAGGGAAATTTAATCTGA-CCGTTTCTGAGCCATTTACAC  99
       ||  ||| | ||||||   | |||||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  AGG--GTTACAAGGGAA---TTATCTGACCCGTTTC-GAGCCA-TTACAC  86

seq1  TTAACTCACCACAATGTTGTTCCATCCTAGTCACTGGTCCAAAAAGCCCT  149
       ||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||||
seq2  -TAATTCACCACAATGTTGTTCCAT-CTAGTCATGGGTCAAAAAGGCCCT  134

seq1  CCAAATCATGCCCAT-AAAGATTCCTATTAAAAGCAATTG-TTTTCTTTT  197
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| 
seq2  CCAAGTCATGCCCATAAAAGATTCCTATTAAAAGCAAATGATTTTCTTTC  184

seq1  CCTTAAAGTGAAATTATGCCTTTCCAGATTGAAAGGAACATGGACATGAA  247
      | | |||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||
seq2  CTTAAAAGTGAAATTATGCCTTCCCAGA-TGGAAGGGACATGGACATGAA  233

seq1  CTCTAAAAAGAAAACTTAGAAGACAGGAAATGCATACACTTTGGACCAGA  297
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAAAAGAAACTTAGAAGACAGGAAATGCATACACTTTGGACCAGA  283

seq1  GCGTGCCGTCCATTTAGATTTCCAACCCCGGCTGCCATGGTTTTGGCAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCCGTCCATTTAGATTTCCAACCCCGGCTGCCATGGTTTTGGCAAG  333

seq1  TCTGTCCTGAAGGGTTTACTATTCCTTGGAAAGCCAAAGTGAGTCCTCCC  397
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTGAAGGGTTTACTATTCCTTGGAAAGCCAAAGTGAGTCCTCCC  383

seq1  AGGCCCAAGGGTGGGGGGTACGGGGGAGGGGTTGGGTGGGGACCTGGCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCAAGGGTGGGGGGTACGGGGGAGGGGTTGGGTGGGGACCTGGCCA  433

seq1  CCAGGGAAGAGGGAAGAGACTATGACTGGATTCTCAGCACTCAGAAGGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGAGGGAAGAGACTATGACTGGATTCTCAGCACTCAGAAGGCC  483

seq1  AAAGCAATGGAATTTGTGAGTTTGAATTTAGCCTGGTCTACACAGCAAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATGGAATTTGTGAGTTTGAATTTAGCCTGGTCTACACAGCAAGT  533

seq1  TGCAGGTTGATCTTACTCCAGTTTAAAAAAAAATGTTTTTAGAGTTTTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTTGATCTTACTCCAGTTTAAAAAAAAATGTTTTTAGAGTTTTAT  583

seq1  TTTATTTTTGAGATGGGGGCTTACTATGTAGCTAGCCTGGAGTTTTCTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTGAGATGGGGGCTTACTATGTAGCTAGCCTGGAGTTTTCTAT  633

seq1  GTAAAACATGTTGGCCTTAAACTCACAGAGATCCACTGATCTCTGTCTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACATGTTGGCCTTAAACTCACAGAGATCCACTGATCTCTGTCTCC  683

seq1  TGAGGGCTGGCATTAAAGGTGTGTATCATGATGCCCAGCTCACAAAAGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGCTGGCATTAAAGGTGTGTATCATGATGCCCAGCTCACAAAAGGT  733

seq1  GATAAGAGATTTAGCCTAATAGTAATAATATATATGTATATTATATGTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGATTTAGCCTAATAGTAATAATATATATGTATATTATATGTAT  783

seq1  ATATGTATATTTGTATGTGTATGCATATATATGTGCACACATGTATAATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATTTGTATGTGTATGCATATATATGTGCACACATGTATAATA  833

seq1  ATATATATTATTAACTGTGCTTCCTCCAATCCCAGCAAAGCCGCATAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATTATTAACTGTGCTTCCTCCAATCCCAGCAAAGCCGCATAGTG  883

seq1  GGAGATCTCAGACGTAGGAAGGGCACTTCATGTTGTCAAGGACTTCTGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCTCAGACGTAGGAAGGGCACTTCATGTTGTCAAGGACTTCTGTA  933

seq1  GTCCAGGGGTTAAGCTGTAAATGAGAGCAACTAATCACAGGCAATAAATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGGGTTAAGCTGTAAATGAGAGCAACTAATCACAGGCAATAAATG  983

seq1  AAATTATTGTGTAAGGTGTTGCAATTGCCTAGAACATAGTAAAACCTTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTGTGTAAGGTGTTGCAATTGCCTAGAACATAGTAAAACCTTAT  1033

seq1  CCTGGTGATAATGATGTTATTATTATGAGTGTTTGTATTGACAAGCTGAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGATAATGATGTTATTATTATGAGTGTTTGTATTGACAAGCTGAC  1083

seq1  CATAAACCAAACACCTCAAACAGAAATGATGTTTGCCCATGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACCAAACACCTCAAACAGAAATGATGTTTGCCCATGAATTC  1129


seq1: chr1_186049641_186050769
seq2: B6Ng01-252H16.g_67_1196

seq1  GAATTCTCATCCATTGATACACTTAACTTTCCTATTTAATATAAGTCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCATTGATACACTTAACTTTCCTATTTAATATAAGTCTTC  50

seq1  TCTTTCCTAAACAGGTGGTTTTAGTTTACTCTCTCTAGCAATCTTTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTAAACAGGTGGTTTTAGTTTACTCTCTCTAGCAATCTTTTTTG  100

seq1  TGAGATTTCTGAGAGTTCTCCTTGGTGGTTGGTTTGCTGGTCTGAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTCTGAGAGTTCTCCTTGGTGGTTGGTTTGCTGGTCTGAAAAAT  150

seq1  TGATTACTTTTGCTAAACATTAAGTAATTATATTGCTAAATAAATGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACTTTTGCTAAACATTAAGTAATTATATTGCTAAATAAATGGTTT  200

seq1  TTTAATCTGAAGGTCTTATATTCAAAAGTCTTGTTTATTGGTTCTTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTGAAGGTCTTATATTCAAAAGTCTTGTTTATTGGTTCTTACAT  250

seq1  TGTTATGTGTAGATTTTGTTGTCTATTAAAAAATACTCCCAACATATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGTGTAGATTTTGTTGTCTATTAAAAAATACTCCCAACATATAAA  300

seq1  AATAATCTTAGTCTCCCTTCTCTCCCAATTCTTACAACTGCGTTTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCTTAGTCTCCCTTCTCTCCCAATTCTTACAACTGCGTTTCATTT  350

seq1  TCTTGCTACTTTGAAGTGTGGTGCCTAGTAGGAATATAAATAAAAGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTACTTTGAAGTGTGGTGCCTAGTAGGAATATAAATAAAAGGCTT  400

seq1  ATGCACATTTTTTTGCTTTAAAGAAAACGCATCCAGTATATGGCCATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACATTTTTTTGCTTTAAAGAAAACGCATCCAGTATATGGCCATTGT  450

seq1  GTGTAGGCATCGTCACCTTTAATTCAAAGTAAATATAAGTGCTTCGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGCATCGTCACCTTTAATTCAAAGTAAATATAAGTGCTTCGTGGT  500

seq1  ACAACATTTTAATCTATTGAGATGATCCCTTTGTCCTTTAATGGGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATTTTAATCTATTGAGATGATCCCTTTGTCCTTTAATGGGACAAA  550

seq1  TAATTAATTTTAGTGACTCAAGAAACTTAAAAGAAGCCATTGCTTGTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATTTTAGTGACTCAAGAAACTTAAAAGAAGCCATTGCTTGTATA  600

seq1  TCATCATGTATTATGCTGTAATTATTTGATTCCGATCAGCCTTGCTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGTATTATGCTGTAATTATTTGATTCCGATCAGCCTTGCTTTGG  650

seq1  GCATCTGCTTGCTAAGTGATAACTGCCATGATTACCATGGACTGCTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGCTTGCTAAGTGATAACTGCCATGATTACCATGGACTGCTTTTC  700

seq1  AGCTGTTTCTGCCACCATGAACTTACTTCATAAAACACGCAGCGTATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTTCTGCCACCATGAACTTACTTCATAAAACACGCAGCGTATGGT  750

seq1  TTCCTAAATGTTCCACGTTCTAACACAGTCTGTGGTGACTAGCACACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAATGTTCCACGTTCTAACACAGTCTGTGGTGACTAGCACACTTT  800

seq1  TATCTGTGGGTTTTATTTGGAAGCTTTACAGTTTTGCTAAATTTTTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGGGTTTTATTTGGAAGCTTTACAGTTTTGCTAAATTTTTCTTT  850

seq1  TGTTTGTTTTGTTCTGTAGCAAAATGATTTTATGATGCTGATTATTTTGT  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTGTTCTGTAGC-AAATGATTTTATGATGCTGATTATTTTGT  899

seq1  TAAATGAATGAGATTTGTAT-GGCTTTATTTCTGTTATTTTATTATTTTC  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAATGAGATTTGTATGGGCTTTATTTCTGTTATTTTATTATTTTC  949

seq1  TTTTTTCTTTGTAATTATTTCTTTTATTTCTGAGATTATGA-TATGATTA  998
      |||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTTTCTTTGGTATTATTTCTTTAATTACTGAGATTATGATTATGATTA  999

seq1  CATCATTTCCTTCCTTCTCTTTCCTCCCCCCAAAGCTCCCATGCATCCGT  1048
      |||||||||||||  |||||||||| |||| || |||||||||||| |||
seq2  CATCATTTCCTTC--TCTCTTTCCTTCCCCGAAGGCTCCCATGCATTCGT  1047

seq1  CCTTGCTCACTTTCAAAGTCATGGCCTCTTTTTTCATTAACTGTT-GTTA  1097
       |||||| ||||   ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||
seq2  -CTTGCT-ACTT--CAAGTCATGGCTCTTTTTTTCATTAACTGTTGGTTA  1093

seq1  TGGAC-ATATCCATATGTATGTAT----GTATGTGTG  1129
      ||||| ||||||||| ||||||||     ||||||||
seq2  TGGACAATATCCATAGGTATGTATATGCTTATGTGTG  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |