BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252L22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,793,272 - 127,844,196
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLypd1, E030049G20Rik
Upstream geneActr3, Slc35f5
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252L22.bB6Ng01-252L22.g
ACCGA059659GA059660
length1,1051,059
definitionB6Ng01-252L22.b B6Ng01-252L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,793,272 - 127,794,383)(127,843,136 - 127,844,196)
sequence
gaattcatgcagcctggggcttgtgtgagactggacttagatttgccaat
agacaggatgattatattaatgataggaaacacaagaattgaaacaactg
agcagattattaggggctggtgaaatagtataaggtctgcttgcctggga
tgagaacccaaattgaatccctccaaacccatgtgaacaaacaaacaaca
acaacaaaagagcagccacggtagtaggcacctatcattccaatactgga
gaaacagagacagaaatatccttagggtttactggccagccagactagct
aaatgagcaagttctgggttcagtgagagaccctgtctaaaactgagatg
gagagtgattgaggaagacacctaacctctacttctagcctccacattca
tgcctatggacacacacacacacacacacacacacaccataagtgtaaaa
caggtaatagtgcaataaccatgttcttttttttttctatagtgaaattt
atctgaattcagtggtttgtaagtctattcatcagcagtgtgtctgaaag
gcttgcgttttattaacagagtttctatggccgtttgaacttgcttctcc
tgcatgggcgaactgggtgctggtgaagggaaagatttggagggagttat
aagcctatgtaacattttctttcttgtctagggagtccatgaacacagct
ggtgtctcagtgtaacagagttccagaggacgtgactagatggcggtggt
ctggtcttctggctaccttgactaccaagttaactgcatgctttatgtgt
gtttcttgagagcattccgattaagccaagtcaagccagccttgaaagca
ggatggcacattagaagacctgggggctgggcaacatttcagagggatgt
ctttaaaaacaactgttagaacaggcatgagtcagctgtttcaatgtaac
caaaaagtaaatgggaaatattcagtgtgtcgtcagactgtattgtaatg
ctaaaaatctttcatcactggttcttctgcatttagcatgcaacttgttt
gcttcacagatgcatctgtggatgttaattggctgtcaaaatcagtatgt
gcatg

gaattctttccctctaacaataaaaatcagatattttcattaattaccct
ttttgataatttcattcatgtatattcatccccatctagaaattttggag
aagatggcactaggttaaatgtgcaatactgaaaagaagaaaacagtctg
ttggggagaatgcgaacctgcatgtatgtcccacaatagccaagccagca
gggatgggcttggtgaaagcatccttgtgctctattgcagctagaggaca
gttccatactagaaggctttcttcctgagttcactgtttcttatattcac
ccaaggtcgagctaatgggatggaggctggttcatttcctccaaaagaag
ccaatttaattatggcattctcgggaactgtcattccttagagatcactg
ggagccatgatttggaaccacagaataaaggaattctagtgccatgagtt
tgcttatggtgtggatgtttccagactctctggattgtcttctccattac
tgagtcagttgtcccttggtacaagacttccagatcaagtaagacatgtt
actctttaaagctctgggcccttcctaagagaataaattaccattctcat
tagtaaagcagacctcttctttttataaagcagggaattgacaggcatgg
gtccatggatttatgtagaactgcctgatattgactgaatgtgtattccc
gccaaaatatacatgttaaaatctaatctccacagtaatgatatttagcg
tttgggcttttagggagttattatgtattgagagaagttctcatgaatga
ggtttcatgtccttttaaaaaacatccccagaggaaatatcatgaggtgc
caaccatagacacagaactatagttagctaaggaatgctacaagtagaaa
aaattgtcttcttcagagaagaaccccaattgattatcttgtaccatgtg
gtaaactctgaaatcatatacatacagtatattatatggtcctgtgatgt
atttatatatttagaatatattatgtattataaattggcatgtgtagaaa
taatatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127793272_127794383
seq2: B6Ng01-252L22.b_46_1150

seq1  GAATTCATGCAGCCTGGGGCTTGTGTGAGACTGGACTTAGATTTGCCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGCCTGGGGCTTGTGTGAGACTGGACTTAGATTTGCCAAT  50

seq1  AGACAGGATGATTATATTAATGATAGGAAACACAAGAATTGAAACAACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGATGATTATATTAATGATAGGAAACACAAGAATTGAAACAACTG  100

seq1  AGCAGATTATTAGGGGCTGGTGAAATAGTATAAGGTCTGCTTGCCTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATTATTAGGGGCTGGTGAAATAGTATAAGGTCTGCTTGCCTGGGA  150

seq1  TGAGAACCCAAATTGAATCCCTCCAAACCCATGTGAACAAACAAACAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACCCAAATTGAATCCCTCCAAACCCATGTGAACAAACAAACAACA  200

seq1  ACAACAAAAGAGCAGCCACGGTAGTAGGCACCTATCATTCCAATACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAAAGAGCAGCCACGGTAGTAGGCACCTATCATTCCAATACTGGA  250

seq1  GAAACAGAGACAGAAATATCCTTAGGGTTTACTGGCCAGCCAGACTAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAGACAGAAATATCCTTAGGGTTTACTGGCCAGCCAGACTAGCT  300

seq1  AAATGAGCAAGTTCTGGGTTCAGTGAGAGACCCTGTCTAAAACTGAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGCAAGTTCTGGGTTCAGTGAGAGACCCTGTCTAAAACTGAGATG  350

seq1  GAGAGTGATTGAGGAAGACACCTAACCTCTACTTCTAGCCTCCACATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGATTGAGGAAGACACCTAACCTCTACTTCTAGCCTCCACATTCA  400

seq1  TGCCTATGGACACACACACACACACACACACACACACCATAAGTGTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATGGACACACACACACACACACACACACACACCATAAGTGTAAAA  450

seq1  CAGGTAATAGTGCAATAACCATGTTCTTTTTTTTTTCTATAGTGAAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAATAGTGCAATAACCATGTTCTTTTTTTTTTCTATAGTGAAATTT  500

seq1  ATCTGAATTCAGTGGTTTGTAAGTCTATTCATCAGCAGTGTGTCTGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAATTCAGTGGTTTGTAAGTCTATTCATCAGCAGTGTGTCTGAAAG  550

seq1  GCTTGCGTTTTATTAACAGAGTTTCTATGGCCGTTTGAACTTGCTTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCGTTTTATTAACAGAGTTTCTATGGCCGTTTGAACTTGCTTCTCC  600

seq1  TGCATGGGCGAACTGGGTGCTGGTGAAGGGAAAGATTTGGAGGGAGTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGGCGAACTGGGTGCTGGTGAAGGGAAAGATTTGGAGGGAGTTAT  650

seq1  AAGCCTATGTAACATTTTCTTTCTTGTCTAGGGAGTCCATGAACACAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTATGTAACATTTTCTTTCTTGTCTAGGGAGTCCATGAACACAGCT  700

seq1  GGTGTCTCAGTGTAACAGAGTTCCAGAGGACGTGACTAGATGGCGGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTCAGTGTAACAGAGTTCCAGAGGACGTGACTAGATGGCGGTGGT  750

seq1  CTGGTCTTCTGGCTACCTTGACTACCAAGTTAACTGCATGCTTTATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTCTGGCTACCTTGACTACCAAGTTAACTGCATGCTTTATGTGT  800

seq1  GTTTCTTGAGAGCATTCCGATTAAGCCAAGTCAAGCCAGCCTTGAAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTGAGAGCATTCCGATTAAGCCAAGTCAAGCCAGCCTTGAAAGCA  850

seq1  GGATGGCACATTAGAAGACCTGGGGGCTGGGCAACATTTCAGAGGGATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCACATTAGAAGACCTGGGGGCTGGGCAACATTTCAGAGGGATGT  900

seq1  CTTTAAAAACAACTGTTAGAACAGGCATGAGTCAGCTGTTTCAAATGTAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTAAAAACAACTGTTAGAACAGGCATGAGTCAGCTGTTTC-AATGTAA  949

seq1  CCAAAAAGTAAAT-GGAAATATTCAGTGTGTCGTCAGACTGTATTGTTAT  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAAAAAGTAAATGGGAAATATTCAGTGTGTCGTCAGACTGTATTGTAAT  999

seq1  GCTAAAAATCTTTCATCACTGGTTCTATCTGCCATTTTAGCATGCAACTG  1049
      |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| 
seq2  GCTAAAAATCTTTCATCACTGGTTCT-TCTGC--ATTTAGCATGCAACTT  1046

seq1  GTTTGCTTCCACAGATGCAATTCTGTGAGTGTTTATTTGCTGTCAAAAAT  1099
      |||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||| |||||| |||||
seq2  GTTTGCTT-CACAGATGCA--TCTGTGGATGTTAATTGGCTGTC-AAAAT  1092

seq1  CAGTATGTGCATG  1112
      |||||||||||||
seq2  CAGTATGTGCATG  1105


seq1: chr1_127843136_127844196
seq2: B6Ng01-252L22.g_67_1125 (reverse)

seq1  GACATATTATTTCTACACATGCAAATTTATAATACATAATATATTCCTAA  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GACATATTATTTCTACACATGCCAATTTATAATACATAATATATT-CTAA  49

seq1  ATATATAAATACATCACAGGACCATATAATATTACTTGTATGTATATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  ATATATAAATACATCACAGGACCATATAATA-TAC-TGTATGTATATGAT  97

seq1  TTCAGAGTTTACCACATGGTACAAGATAATCAATTGGGGTTCTTCTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGTTTACCACATGGTACAAGATAATCAATTGGGGTTCTTCTCTGA  147

seq1  AGAAGACAATTTTTTCTACTTGTAGCATTCCTTAGCTAACTATAGTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAATTTTTTCTACTTGTAGCATTCCTTAGCTAACTATAGTTCTG  197

seq1  TGTCTATGGTTGGCACCTCATGATATTTCCTCTGGGGATGTTTTTTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATGGTTGGCACCTCATGATATTTCCTCTGGGGATGTTTTTTAAAA  247

seq1  GGACATG-AACCTCATTCATGAGAACTTCTCTCAATACATAATAACTCCC  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGAAACCTCATTCATGAGAACTTCTCTCAATACATAATAACTCCC  297

seq1  TAAAAGCCCAAACGCTAAATATCATTACTGTGGAGATTAGATTTTAACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCCCAAACGCTAAATATCATTACTGTGGAGATTAGATTTTAACAT  347

seq1  GTATATTTTGGCGGGAATACACATTCAGTCAATATCAGGCAGTTCTACAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTTGGCGGGAATACACATTCAGTCAATATCAGGCAGTTCTACAT  397

seq1  AAATCCATGGACCCATGCCTGTCAATTCCCTGCTTTATAAAAAGAAGAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATGGACCCATGCCTGTCAATTCCCTGCTTTATAAAAAGAAGAGG  447

seq1  TCTGCTTTACTAATGAGAATGGTAATTTATTCTCTTAGGAAGGGCCCAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTACTAATGAGAATGGTAATTTATTCTCTTAGGAAGGGCCCAGA  497

seq1  GCTTTAAAGAGTAACATGTCTTACTTGATCTGGAAGTCTTGTACCAAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAAGAGTAACATGTCTTACTTGATCTGGAAGTCTTGTACCAAGGG  547

seq1  ACAACTGACTCAGTAATGGAGAAGACAATCCAGAGAGTCTGGAAACATCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGACTCAGTAATGGAGAAGACAATCCAGAGAGTCTGGAAACATCC  597

seq1  ACACCATAAGCAAACTCATGGCACTAGAATTCCTTTATTCTGTGGTTCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATAAGCAAACTCATGGCACTAGAATTCCTTTATTCTGTGGTTCCA  647

seq1  AATCATGGCTCCCAGTGATCTCTAAGGAATGACAGTTCCCGAGAATGCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGGCTCCCAGTGATCTCTAAGGAATGACAGTTCCCGAGAATGCCA  697

seq1  TAATTAAATTGGCTTCTTTTGGAGGAAATGAACCAGCCTCCATCCCATTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAATTGGCTTCTTTTGGAGGAAATGAACCAGCCTCCATCCCATTA  747

seq1  GCTCGACCTTGGGTGAATATAAGAAACAGTGAACTCAGGAAGAAAGCCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGACCTTGGGTGAATATAAGAAACAGTGAACTCAGGAAGAAAGCCTT  797

seq1  CTAGTATGGAACTGTCCTCTAGCTGCAATAGAGCACAAGGATGCTTTCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATGGAACTGTCCTCTAGCTGCAATAGAGCACAAGGATGCTTTCAC  847

seq1  CAAGCCCATCCCTGCTGGCTTGGCTATTGTGGGACATACATGCAGGTTCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCATCCCTGCTGGCTTGGCTATTGTGGGACATACATGCAGGTTCG  897

seq1  CATTCTCCCCAACAGACTGTTTTCTTCTTTTCAGTATTGCACATTTAACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCCCCAACAGACTGTTTTCTTCTTTTCAGTATTGCACATTTAACC  947

seq1  TAGTGCCATCTTCTCCAAAATTTCTAGATGGGGATGAATATACATGAATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCATCTTCTCCAAAATTTCTAGATGGGGATGAATATACATGAATG  997

seq1  AAATTATCAAAAAGGGTAATTAATGAAAATATCTGATTTTTATTGTTAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCAAAAAGGGTAATTAATGAAAATATCTGATTTTTATTGTTAGA  1047

seq1  GGGAAAGAATTC  1061
      ||||||||||||
seq2  GGGAAAGAATTC  1059


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |