BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253A16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 120,240,494 - 120,370,635
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClasp1
Upstream geneB020011L13Rik, LOC100041684, LOC636972, EG666785, EG634762, LOC100042368, LOC637083, Tsn, Mki67ip
Downstream geneTcfcp2l1, LOC100041753, Gli2, LOC666838, LOC100041778, Inhbb, Ralb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253A16.bB6Ng01-253A16.g
ACCGA059882GA059883
length1,1041,073
definitionB6Ng01-253A16.b B6Ng01-253A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,240,494 - 120,241,589)(120,369,561 - 120,370,635)
sequence
gaattcccaccaagctgcagggacactggtcctttggatccacctgggtg
cactgggtataggatttcaattaattgctccaagcagttgctgcagggtc
aggaggcaagggctttctctgatgttaaaacaatcacttatttacctgac
cggatttttaagcaaacaccatgaccccagtggcaatgtccctctttctt
ttctcttccaaaagccttgctttcagatgatggtggttgtgcaggccagg
atggactgctccatcaacaaaacaaacaggtcaggggagatggcttagcc
cagtaaagcatttgctgtgcaatcacgaggagcagatctctatgtgcaca
taaatgctggactggtgtggtaatccatctggaatcccagcagcaggagg
cagacaaaggagggtgggagcaaagtggctagtttagaccaggtaagctc
tgggttcaagtgagaggtccggcctcaatataaaaggtagagaggcatca
aagaagatacatatggccaatttttggtctccacatgcatgcacatgcat
gggcacacatacacacctgcacatgtacacatgtgcactgctgatgaaat
aagacaattcaagtcaaattaaaagttaaaaaaaaaaaaaaaggcaagtt
cattgggaatggactgccaggtgaattcactagcctcaggggactagacc
agaaaaagtgcaaggcaagacccaaaggctggttttttttttatgggtgg
tgttagccttccttctaggttccgcccaacagttacctagcaactgccag
gtaagcctagcttgctataaaaggggctgcttggcctctcttctctctct
gccccttttctctctcttcactctctctctcacccctttcttcctctccc
caccacgtgttcctgtcttgccctcttctctttctctctttctcccctct
ttctctgcctcgactccctttctcaacctccctttctcatgccccccaaa
taactctattctaatactagccctgtcttatgggtggtacctggaggagg
attgccttcaagatgggccccgcctaggtacccccatccaacttacccaa
atct
gaattcactatgtagaccaggctcgccttgaactcacagatatgagacag
aggcctgcctctgccttctaagtgctgggattaaaggaacgtgccactgc
actgagcccagccctagcaattccagaggagctattgggctggggagatg
gataggtcagctgagtatctgtgactcagttgtgcagacctgagttcaaa
tctccagaaaccacaaaaaagccagacagtataacctcctggaagctggg
ctcagtagcccagtatgtgtagtgggaagcaaagagaccctatctcaaac
aatgtagaaagtgaagagcaataccagaggtggtgctgatcttgacataa
gcactgtagcatgtgtgtgcctgaattcacacatatacacattacacaca
caaaatactttgttgacaatttattcttgaatggcttttcattctcacaa
taattggcttctgtattttcctcctttggggaatcacaaaagttacccat
ttgtcttcaaatatcatcacaaagtataatgaaggcaagtaatgtatagt
gaagagatataatggcaggccacaattcacatatcaccgtcctttccata
tttatagaacaatatgtatcacatacctagcacaggccagggattctcat
gaagaaatgagctatgctcagtggaaatacagtaaaaagaagtacaggga
attcaacgaagaccctaccacaaaagtaagcaagcatcttagagtaaaac
tgctaagaaaatcaaacagtgggccaaaggtctctggaaccccctgacca
cagtgttccaggtggcctctggtatgacaatcagacggctgagggtaatg
tggattacattgttaaattgtcacgtgctatttgagcttgttcccagaag
ctggctctggaaagaaagctgtgtctcccacttcagcccaagcatgttat
gcccagtgtgtccaagccccctttgctaggttagcctgccctgctgacac
tgtgaatagcgcaggagagaacagcaaaacagcccaaaagtaaaggcact
gcactccctggaaaaaacagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_120240494_120241589
seq2: B6Ng01-253A16.b_46_1149

seq1  GAATTCCCACCAAGCTGCAGGGACACTGGTCCTTTGGATCCACCTGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACCAAGCTGCAGGGACACTGGTCCTTTGGATCCACCTGGGTG  50

seq1  CACTGGGTATAGGATTTCAATTAATTGCTCCAAGCAGTTGCTGCAGGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGTATAGGATTTCAATTAATTGCTCCAAGCAGTTGCTGCAGGGTC  100

seq1  AGGAGGCAAGGGCTTTCTCTGATGTTAAAACAATCACTTATTTACCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCAAGGGCTTTCTCTGATGTTAAAACAATCACTTATTTACCTGAC  150

seq1  CGGATTTTTAAGCAAACACCATGACCCCAGTGGCAATGTCCCTCTTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTTTTAAGCAAACACCATGACCCCAGTGGCAATGTCCCTCTTTCTT  200

seq1  TTCTCTTCCAAAAGCCTTGCTTTCAGATGATGGTGGTTGTGCAGGCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCCAAAAGCCTTGCTTTCAGATGATGGTGGTTGTGCAGGCCAGG  250

seq1  ATGGACTGCTCCATCAACAAAACAAACAGGTCAGGGGAGATGGCTTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGCTCCATCAACAAAACAAACAGGTCAGGGGAGATGGCTTAGCC  300

seq1  CAGTAAAGCATTTGCTGTGCAATCACGAGGAGCAGATCTCTATGTGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGCATTTGCTGTGCAATCACGAGGAGCAGATCTCTATGTGCACA  350

seq1  TAAATGCTGGACTGGTGTGGTAATCCATCTGGAATCCCAGCAGCAGGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCTGGACTGGTGTGGTAATCCATCTGGAATCCCAGCAGCAGGAGG  400

seq1  CAGACAAAGGAGGGTGGGAGCAAAGTGGCTAGTTTAGACCAGGTAAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAAGGAGGGTGGGAGCAAAGTGGCTAGTTTAGACCAGGTAAGCTC  450

seq1  TGGGTTCAAGTGAGAGGTCCGGCCTCAATATAAAAGGTAGAGAGGCATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCAAGTGAGAGGTCCGGCCTCAATATAAAAGGTAGAGAGGCATCA  500

seq1  AAGAAGATACATATGGCCAATTTTTGGTCTCCACATGCATGCACATGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATACATATGGCCAATTTTTGGTCTCCACATGCATGCACATGCAT  550

seq1  GGGCACACATACACACCTGCACATGTACACATGTGCACTGCTGATGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACATACACACCTGCACATGTACACATGTGCACTGCTGATGAAAT  600

seq1  AAGACAATTCAAGTCAAATTAAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAGGCAAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATTCAAGTCAAATTAAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAGGCAAGTT  650

seq1  CATTGGGAATGGACTGCCAGGTGAATTCACTAGCCTCAGGGGACTAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGAATGGACTGCCAGGTGAATTCACTAGCCTCAGGGGACTAGACC  700

seq1  AGAAAAAGTGCAAGGCAAGACCCAAAGGCTGGTTTTTTTTTTATGGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGTGCAAGGCAAGACCCAAAGGCTGGTTTTTTTTTTATGGGTGG  750

seq1  TGTTAGCCTTCCTTCTAGGTTCCGCCCAACAGTTACCTAGCAACTGCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCCTTCCTTCTAGGTTCCGCCCAACAGTTACCTAGCAACTGCCAG  800

seq1  GTAAGCCTAGCTTGCTATAAAAGGGGCTGCTTGGCCTCTCTTCTCTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCTAGCTTGCTATAAAAGGGGCTGCTTGGCCTCTCTTCTCTCTCT  850

seq1  GCCCCTTTTCTCTCTCTTCACTCTCTCTCTCACCCCTTTCTTCCTCTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTTTCTCTCTCTTCACTCTCTCTCTCACCCCTTTCTTCCTCTCCC  900

seq1  CACCACGTGTTCCTGTCTTG-CCTCTTCTCTTTCTCTCTTTCTCCCCTCT  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACGTGTTCCTGTCTTGCCCTCTTCTCTTTCTCTCTTTCTCCCCTCT  950

seq1  TTCTCTGCCTCGACTCCC-TTCTCAACCTCCC-TTCTCATGCCCCCAAAT  997
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || 
seq2  TTCTCTGCCTCGACTCCCTTTCTCAACCTCCCTTTCTCATGCCCCCCAAA  1000

seq1  AAACTCTATTCT-ATACTAGCCCTGTCTTATGGGTGGTACCTGGGAGGAG  1046
       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAACTCTATTCTAATACTAGCCCTGTCTTATGGGTGGTACCT-GGAGGAG  1049

seq1  GAATGCC-TCAGGATGGGCCC--GCTAGGTACCCCC-TCCCACTTA-CCA  1091
      || |||| ||| |||||||||   |||||||||||| ||| ||||| |||
seq2  GATTGCCTTCAAGATGGGCCCCGCCTAGGTACCCCCATCCAACTTACCCA  1099

seq1  AATCT  1096
      |||||
seq2  AATCT  1104

seq1: chr1_120369561_120370635
seq2: B6Ng01-253A16.g_69_1141 (reverse)

seq1  CTTCTGTTTT---CAGGG-GTGCAGTG-CTTTACTTTTGGGCTGTTTTGC  45
      ||||||||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTTTTTCCAGGGAGTGCAGTGCCTTTACTTTTGGGCTGTTTTGC  50

seq1  TGTTCTCTTCCTGCGCTA-TCACAGTGTCAGCAGGGCCAGCCTAACCCTA  94
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||
seq2  TGTTCTC-TCCTGCGCTATTCACAGTGTCAGCAGGG-CAGGCTAA-CCTA  97

seq1  GCAAAGGGGGCTTGGACAACACTGGGCATAAACATGCTTGGGCCTGAAGT  144
      ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  GCAAAGGGGGCTTGGAC-ACACTGGGCAT-AACATGCTTGGG-CTGAAGT  144

seq1  GGGAGACACAGCCTTCTTTCCAGAGCCAGCTTCTGGGAACAAGCTCAAAT  194
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACACAGCTTTCTTTCCAGAGCCAGCTTCTGGGAACAAGCTCAAAT  194

seq1  AGCACGTGACAATTTAACAATGTAATCCACATTACCCCTCAGCCGTCCTG  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGCACGTGACAATTTAACAATGTAATCCACATTA-CCCTCAGCCGT-CTG  242

seq1  ATTGTCATACCAGAGGCCACCTGGAACACTGTGGTCAGGGGGTTCCAGAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATACCAGAGGCCACCTGGAACACTGTGGTCAGGGGGTTCCAGAG  292

seq1  ACCTTTGGCCCACTGTTTGATTTTCTTAGCAGTTTTACTCTAAGATGCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGCCCACTGTTTGATTTTCTTAGCAGTTTTACTCTAAGATGCTT  342

seq1  GCTTACTTTTGTGGTAGGGTCTTCGTTGAATTCCCTGTACTTCTTTTTAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTTTTGTGGTAGGGTCTTCGTTGAATTCCCTGTACTTCTTTTTAC  392

seq1  TGTATTTCCACTGAGCATAGCTCATTTCTTCATGAGAATCCCTGGCCTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCCACTGAGCATAGCTCATTTCTTCATGAGAATCCCTGGCCTGT  442

seq1  GCTAGGTATGTGATACATATTGTTCTATAAATATGGAAAGGACGGTGATA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTATGTGATACATATTGTTCTATAAATATGGAAAGGACGGTGATA  492

seq1  TGTGAATTGTGGCCTGCCATTATATCTCTTCACTATACATTACTTGCCTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGTGGCCTGCCATTATATCTCTTCACTATACATTACTTGCCTT  542

seq1  CATTATACTTTGTGATGATATTTGAAGACAAATGGGTAACTTTTGTGATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATACTTTGTGATGATATTTGAAGACAAATGGGTAACTTTTGTGATT  592

seq1  CCCCAAAGGAGGAAAATACAGAAGCCAATTATTGTGAGAATGAAAAGCCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGGAGGAAAATACAGAAGCCAATTATTGTGAGAATGAAAAGCCA  642

seq1  TTCAAGAATAAATTGTCAACAAAGTATTTTGTGTGTGTAATGTGTATATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAATAAATTGTCAACAAAGTATTTTGTGTGTGTAATGTGTATATG  692

seq1  TGTGAATTCAGGCACACACATGCTACAGTGCTTATGTCAAGATCAGCACC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTCAGGCACACACATGCTACAGTGCTTATGTCAAGATCAGCACC  742

seq1  ACCTCTGGTATTGCTCTTCACTTTCTACATTGTTTGAGATAGGGTCTCTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGTATTGCTCTTCACTTTCTACATTGTTTGAGATAGGGTCTCTT  792

seq1  TGCTTCCCACTACACATACTGGGCTACTGAGCCCAGCTTCCAGGAGGTTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCACTACACATACTGGGCTACTGAGCCCAGCTTCCAGGAGGTTA  842

seq1  TACTGTCTGGCTTTTTTGTGGTTTCTGGAGATTTGAACTCAGGTCTGCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCTGGCTTTTTTGTGGTTTCTGGAGATTTGAACTCAGGTCTGCAC  892

seq1  AACTGAGTCACAGATACTCAGCTGACCTATCCATCTCCCCAGCCCAATAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGTCACAGATACTCAGCTGACCTATCCATCTCCCCAGCCCAATAG  942

seq1  CTCCTCTGGAATTGCTAGGGCTGGGCTCAGTGCAGTGGCACGTTCCTTTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGGAATTGCTAGGGCTGGGCTCAGTGCAGTGGCACGTTCCTTTA  992

seq1  ATCCCAGCACTTAGAAGGCAGAGGCAGGCCTCTGTCTCATATCTGTGAGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTTAGAAGGCAGAGGCAGGCCTCTGTCTCATATCTGTGAGT  1042

seq1  TCAAGGCGAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCGAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  1073