BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253L22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 19,518,413 - 19,625,428
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383499, EG435611, LOC100040189, Tcfap2d, LOC100040413, Tcfap2b, LOC100040198, LOC226901
Downstream genePkhd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253L22.bB6Ng01-253L22.g
ACCGA060394GA060395
length1,1391,158
definitionB6Ng01-253L22.b B6Ng01-253L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,624,293 - 19,625,428)(19,518,413 - 19,519,586)
sequence
gaattcacattgtcaatgatagatattactcatgagcaataggagagagt
aaaacagtatgagaagcaacgtttgaaatgttaaggtttgaaatatttgc
acacgatgttattttaacagagttgattgcactgaatggatgtgggtccg
tgtccctagagatacttctgtgagcacaaagtgtctgcaggtgtgtgcct
ccaggtaggtcactgaaagacaatgcaaatgaagacaatttcccccagta
gcagctaccatagaaattaacaagcagaaacctggtaggcactagcatca
ctctttatagcaagataagtttcagggccattttgaatttgccctccatt
aattcctggattaccttctcccacagatgtatgccaccaagttataagca
cagaaactaaatatgggaagtccttaattatccatgcatagactatgtgg
gttatattttaccagggcttatttaaatctccacatggtctatgataccc
actggcttgcttttgcagcactatcctttatgtccattggtcagcacctt
ggcagatcatcttaatatgagatgaaagtaggttaatttctgccacctcc
ataaaagcgttatacctaacacacattcatttaaaattaaccagttgtcc
caaatcttgttttcagttatttctacttatatacaaagtcattctgaaca
gtttctaagtagagatgtttgaaaaaatggaaaaaatggagaaggaaaat
acttcatccaatgagccaagttctttaaatatttatataactctgtatct
tcataatgtcatgaagtatataccaagggtccctatttcacatataagga
gacagcgttgtatgtatattaaatattttcctgaacataaccacttgaaa
ataaggaagtcttgctttatgtcgtgcctctgatgttgatggaatctcaa
ttgtaaattactttattttgatgctgtcttagacccatgtatatgcaaaa
ttcatatatgtactgtgcatatgaaaggcttcaataattatacactgaaa
tacatatactaaaaggagtatccacagtgtgacagaacttcattcctgaa
aataaaaatagcttggcagatgttattgttaatacaaag

gaattcatagacatctgcctgtttgtaacttcagcatactgggattaaag
gtgtacatcaccacttacaggtagttttaaaagagatgatttagatagaa
atggtatcattgatccattgactcctttggaatatgtgtacatactagga
aataggatagtcaagaggaattgaattctatggttaggcactatgagata
cagtcctgacttgatcacttaattaggtattggctgatcctccttctgtt
tttgcaccatttcctcttatcttacaaattatggtaaaaagaacacttat
tttatgtaagaattaagtgaactgatttatctaaaatatttcatatttgt
cctgaaaacataagtgttaaaagatatgatatgattttaaaattaataaa
atatatatcttactttcaatgagaacataatctaatattagacgattaat
tacagctcaaagcattactataaatcagaattggcaaggctatgggccaa
atcctctctgcctgcattctttaaaaataaagtttgttggaacacagcca
cacatttgtatgcatattatggatggctgctatttgcactaaagtgacat
agttgagtagttgaaacagagaacacatgacctgagaggcttaaaatatt
tgctatctggcactttatagaaacaagttgccaagacctattataaatca
taataagagttgggaaaagtgctatgtaaaagttcaaaggtctggcactt
tatagaaacaggttgccaagccctattataaataataacagaaaaagtac
tatgtaatagttcaaagatggcagataatttcttactgcaagatctggaa
gatgagagaaggaggtgcattaatcgtgatggactgatttctattatgca
actctagtgataagatatactcctgggcagagttttgccaaagttatctc
ccagaatataatcagagtcagaggtcaatcttagtaaataatacaggagt
catgtttatactgaaattaatatgcttcacagaagcatttccagtataca
gtctgtgactgtctgtatgcccaaatagaggctatgagatgtccactgaa
gtgtttaacagtgctagatagaaattgtcacttttatttagtttgttttt
aaaaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_19624293_19625428
seq2: B6Ng01-253L22.b_47_1185 (reverse)

seq1  CTTTGTA-TAACA--TACATCTG-CAAGCTA-TTTTATTTCAGGGAATGA  45
      ||||||| |||||   ||||||| ||||||| ||||||||   |||||||
seq2  CTTTGTATTAACAATAACATCTGCCAAGCTATTTTTATTTTCAGGAATGA  50

seq1  AGTTCTGTCACACTGTGGATACTTCCTTTTAGTATATGTATTTCAGTTGT  95
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTTCTGTCACACTGTGGATAC-TCCTTTTAGTATATGTATTTCAG-TGT  98

seq1  ATAATTATTGAAGCCTTTCATATGCACAGTACATATATGAATTTTGCATA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATTGAAGCCTTTCATATGCACAGTACATATATGAATTTTGCATA  148

seq1  TACATGGGTCTAAGACAGCATCAAAATAAAGTAATTTACAATTGAGATTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGGTCTAAGACAGCATCAAAATAAAGTAATTTACAATTGAGATTC  198

seq1  CATCAACATCAGAGGCACGACATAAAGCAAGACTTCCTTATTTTCAAGTG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACATCAGAGGCACGACATAAAGCAAGACTTCCTTATTTTCAAGTG  248

seq1  GTTATGTTCAGGAAAATATTTAATATACATACAACGCTGTCTCCTTATAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTCAGGAAAATATTTAATATACATACAACGCTGTCTCCTTATAT  298

seq1  GTGAAATAGGGACCCTTGGTATATACTTCATGACATTATGAAGATACAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATAGGGACCCTTGGTATATACTTCATGACATTATGAAGATACAGA  348

seq1  GTTATATAAATATTTAAAGAACTTGGCTCATTGGATGAAGTATTTTCCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATAAATATTTAAAGAACTTGGCTCATTGGATGAAGTATTTTCCTT  398

seq1  CTCCATTTTTTCCATTTTTTCAAACATCTCTACTTAGAAACTGTTCAGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTTTTCCATTTTTTCAAACATCTCTACTTAGAAACTGTTCAGAA  448

seq1  TGACTTTGTATATAAGTAGAAATAACTGAAAACAAGATTTGGGACAACTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGTATATAAGTAGAAATAACTGAAAACAAGATTTGGGACAACTG  498

seq1  GTTAATTTTAAATGAATGTGTGTTAGGTATAACGCTTTTATGGAGGTGGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTTAAATGAATGTGTGTTAGGTATAACGCTTTTATGGAGGTGGC  548

seq1  AGAAATTAACCTACTTTCATCTCATATTAAGATGATCTGCCAAGGTGCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTAACCTACTTTCATCTCATATTAAGATGATCTGCCAAGGTGCTG  598

seq1  ACCAATGGACATAAAGGATAGTGCTGCAAAAGCAAGCCAGTGGGTATCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGGACATAAAGGATAGTGCTGCAAAAGCAAGCCAGTGGGTATCAT  648

seq1  AGACCATGTGGAGATTTAAATAAGCCCTGGTAAAATATAACCCACATAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATGTGGAGATTTAAATAAGCCCTGGTAAAATATAACCCACATAGT  698

seq1  CTATGCATGGATAATTAAGGACTTCCCATATTTAGTTTCTGTGCTTATAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCATGGATAATTAAGGACTTCCCATATTTAGTTTCTGTGCTTATAA  748

seq1  CTTGGTGGCATACATCTGTGGGAGAAGGTAATCCAGGAATTAATGGAGGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGCATACATCTGTGGGAGAAGGTAATCCAGGAATTAATGGAGGG  798

seq1  CAAATTCAAAATGGCCCTGAAACTTATCTTGCTATAAAGAGTGATGCTAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCAAAATGGCCCTGAAACTTATCTTGCTATAAAGAGTGATGCTAG  848

seq1  TGCCTACCAGGTTTCTGCTTGTTAATTTCTATGGTAGCTGCTACTGGGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACCAGGTTTCTGCTTGTTAATTTCTATGGTAGCTGCTACTGGGGG  898

seq1  AAATTGTCTTCATTTGCATTGTCTTTCAGTGACCTACCTGGAGGCACACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCTTCATTTGCATTGTCTTTCAGTGACCTACCTGGAGGCACACA  948

seq1  CCTGCAGACACTTTGTGCTCACAGAAGTATCTCTAGGGACACGGACCCAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGACACTTTGTGCTCACAGAAGTATCTCTAGGGACACGGACCCAC  998

seq1  ATCCATTCAGTGCAATCAACTCTGTTAAAATAACATCGTGTGCAAATATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCAGTGCAATCAACTCTGTTAAAATAACATCGTGTGCAAATATT  1048

seq1  TCAAACCTTAACATTTCAAACGTTGCTTCTCATACTGTTTTACTCTCTCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCTTAACATTTCAAACGTTGCTTCTCATACTGTTTTACTCTCTCC  1098

seq1  TATTGCTCATGAGTAATATCTATCATTGACAATGTGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTCATGAGTAATATCTATCATTGACAATGTGAATTC  1139


seq1: chr1_19518413_19519586
seq2: B6Ng01-253L22.g_66_1223

seq1  GAATTCATAGACATCTGCCTGTTTGTAACTTCAGCATACTGGGATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGACATCTGCCTGTTTGTAACTTCAGCATACTGGGATTAAAG  50

seq1  GTGTACATCACCACTTACAGGTAGTTTTAAAAGAGATGATTTAGATAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACATCACCACTTACAGGTAGTTTTAAAAGAGATGATTTAGATAGAA  100

seq1  ATGGTATCATTGATCCATTGACTCCTTTGGAATATGTGTACATACTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATCATTGATCCATTGACTCCTTTGGAATATGTGTACATACTAGGA  150

seq1  AATAGGATAGTCAAGAGGAATTGAATTCTATGGTTAGGCACTATGAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGATAGTCAAGAGGAATTGAATTCTATGGTTAGGCACTATGAGATA  200

seq1  CAGTCCTGACTTGATCACTTAATTAGGTATTGGCTGATCCTCCTTCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGACTTGATCACTTAATTAGGTATTGGCTGATCCTCCTTCTGTT  250

seq1  TTTGCACCATTTCCTCTTATCTTACAAATTATGGTAAAAAGAACACTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACCATTTCCTCTTATCTTACAAATTATGGTAAAAAGAACACTTAT  300

seq1  TTTATGTAAGAATTAAGTGAACTGATTTATCTAAAATATTTCATATTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTAAGAATTAAGTGAACTGATTTATCTAAAATATTTCATATTTGT  350

seq1  CCTGAAAACATAAGTGTTAAAAGATATGATATGATTTTAAAATTAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAACATAAGTGTTAAAAGATATGATATGATTTTAAAATTAATAAA  400

seq1  ATATATATCTTACTTTCAATGAGAACATAATCTAATATTAGACGATTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCTTACTTTCAATGAGAACATAATCTAATATTAGACGATTAAT  450

seq1  TACAGCTCAAAGCATTACTATAAATCAGAATTGGCAAGGCTATGGGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCAAAGCATTACTATAAATCAGAATTGGCAAGGCTATGGGCCAA  500

seq1  ATCCTCTCTGCCTGCATTCTTTAAAAATAAAGTTTGTTGGAACACAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCTGCCTGCATTCTTTAAAAATAAAGTTTGTTGGAACACAGCCA  550

seq1  CACATTTGTATGCATATTATGGATGGCTGCTATTTGCACTAAAGTGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGTATGCATATTATGGATGGCTGCTATTTGCACTAAAGTGACAT  600

seq1  AGTTGAGTAGTTGAAACAGAGAACACATGACCTGAGAGGCTTAAAATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTAGTTGAAACAGAGAACACATGACCTGAGAGGCTTAAAATATT  650

seq1  TGCTATCTGGCACTTTATAGAAACAAGTTGCCAAGACCTATTATAAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCTGGCACTTTATAGAAACAAGTTGCCAAGACCTATTATAAATCA  700

seq1  TAATAAGAGTTGGGAAAAGTGCTATGTAAAAGTTCAAAGGTCTGGCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGAGTTGGGAAAAGTGCTATGTAAAAGTTCAAAGGTCTGGCACTT  750

seq1  TATAGAAACAGGTTGCCAAGCCCTATTATAAATAATAACAGAAAAAGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAACAGGTTGCCAAGCCCTATTATAAATAATAACAGAAAAAGTAC  800

seq1  TATGTAATAGTTCAAAGATGGCAGATAATTTCTTACTGCAAGATCTGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAATAGTTCAAAGATGGCAGATAATTTCTTACTGCAAGATCTGGAA  850

seq1  GATGAGAGAAGGAGGTGCATTAATCGTGATGGACTGATTTCTATTATGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAGAAGGAGGTGCATTAATCGTGATGGACTGATTTCTATTATGCA  900

seq1  ACTCTAGGTGATAAGATATACTCCTGGGCAGAGTTTTGCCAAAGTTATCT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTA-GTGATAAGATATACTCCTGGGCAGAGTTTTGCCAAAGTTATCT  949

seq1  CCCAGAATATAAATCAGAGTCAAGAGGTCAATCTTAGTAAATAATACAGG  1000
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCAGAATAT-AATCAGAGTC-AGAGGTCAATCTTAGTAAATAATACA-G  996

seq1  GAGTCATGTTTTATACTGAAAATTAATATTGCTTCAACAGGAAGCAATTT  1050
      |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||
seq2  GAGTCATG-TTTATACTG-AAATTAATA-TGCTTC-ACA-GAAGC-ATTT  1040

seq1  CCAAGTATTACAGTCTGTGACTGTCCTGTAATGCCAAAATAGAGGCTATG  1100
      || |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
seq2  CC-AGTA-TACAGTCTGTGACTGT-CTGT-ATGCCCAAATAGAGGCTATG  1086

seq1  AGATGT-CACTG-AGTGTTTAACAGTGTGGCCTAGATAGAATATTGTCAC  1148
      |||||| ||||| ||||||||||||||    |||||||||| ||||||||
seq2  AGATGTCCACTGAAGTGTTTAACAGTG----CTAGATAGAA-ATTGTCAC  1131

seq1  TTTTTTATTAGGTTTGTTT---AAAATGC  1174
        |||||||  ||||||||   |||||||
seq2  --TTTTATTTAGTTTGTTTTTAAAAATGC  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |