BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254A19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,540,887 - 136,672,284
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042418, Syt2, Ppp1r12b
Upstream geneZc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b
Downstream geneUbe2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254A19.bB6Ng01-254A19.g
ACCGA060619GA060620
length1,1261,115
definitionB6Ng01-254A19.b B6Ng01-254A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,671,158 - 136,672,284)(136,540,887 - 136,541,992)
sequence
gaattctcggggactaagtatttcaaaagcagaactggggttaaaagggg
gggggtctttataagaatataaagtgaaaaccagagatggctaattaatc
tgataatatggtataaccccaatgaaaaataaaattataggctcctggag
tcccaggcacaaggtatgtcatccgggaggggttgagtaccatcttagca
tcttactgtagccctctgacaagggatgcacaagggagcaaagaggggac
aggagccatacatggctcttactgtactttccgagacttaaagctagcac
atactagatgtaaagctatttcgtggggtggaaaaaaaggtctctgattt
aaagaaaagcccatgacaaaattataactctgccatcaggtgggaggcag
gatgaatgcgtttatggcctctctccctctgcattactaaacaagacagt
gtgtcttgtcagagactagtttggttctgaatagcttccagatgggccgc
agttagtagtaaatgcagcccttaagctgctcccagaagctgtacccctc
tcagaacataaaggagcagccccgagagaagcactgcagcccactcctca
gcagggctactactaccaccaggagctgctggagttcttcccaccagcct
cgcagtgttcacagcagcctaacgaactgctcagagtgacccacacagac
cagaatcaagtctgaccttcctggtccctggggccacattgtaagccagc
caactgctctgctaggcattctgggatagacttcattttaccaaatgcaa
gctatttgaagctcagaaagaaatgatagtgctacaaaccaagtctctat
ttaccaaaaatggagatgtttgctaggattgtggagggagggagggcctg
tcagccgcatgcgtttgtttggagacagttcccacatgggcacatgcagc
attttacattatactttcacttcaaagtcaaaggagttatattttaacta
tgctagcaaatcgaaaagctagtcttttgtattctgacttttggaaatct
tgaaatcttctcaggcacaggtttaggaaagagaacaaaggaagttataa
cagacctccgaatctgctatactttt
gaattccctccactttcagtattagatcccccatccacactggtccagaa
agatcttgtatggaggcagagccttggctcatagccctggccaggagaga
atgcacttcaatgatggtgctggtgctgtgatggtacccagggctcatcc
tcttaaagagaacagttgaaaaagtgaaggatctaagaatatgctgcgca
tggagggagtggtgccttttaaattctttcctcttccagttcttgaagcc
taggggaatgagcaagagggacagcaggctgattaggtttataatccaga
cattctggaattaaattcttgaattaaaagaacattaacgctggaaccag
ggacactgcactttcacttaaccaaactgattgaagcactgactcttcta
atagtctcgggaagcagacaggcttcctctaaccttaagctaagtagatg
ggtgcagtcgtgtgcctgggaggagttggggtaccaggctgacatgggct
ttgattggatgtatgctgccagccccatagacaaattgaatgaaatatat
gggcactgcagtttttctgactggaatcctgtagatacatagcatcagga
ggggaagagagcttgccccgtagatacatagcatcaggaggggaagagaa
cttgccccttgggcaagtcctcaatcacatgtaaggtagggtggctgggc
aggcagagagcaatatgatcacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacgcagtccctcctcacttcccaacgattcaataatgtttcctc
cacctacctccacccccacccccacccccgagttgctccttcggactgtt
ctgtggaggctgttgtgggctgcagagtggtttaagaacaatccatttgt
ctcatgacaaccactgaagcggccactttgcttcctttcctctgaagatt
tctgaccttgggagaggtgattgggaggtctccctctgcttgtcttcttt
ctcacttctacccgaccctaccggttctttgccttcccctcatcgtccat
ttattccatcttctcgggttgtttgattggattttcaaagaccaaattag
gcattgaggaactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136671158_136672284
seq2: B6Ng01-254A19.b_47_1172 (reverse)

seq1  AAAAGTATTAGCAGATCTGGGAGTTTGTTTATAACTTCCTTTG-TCTCTT  49
      ||||||| |||||||| | |||| |   ||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAAGTA-TAGCAGAT-TCGGAGGTCTGTTATAACTTCCTTTGTTCTCTT  48

seq1  TCCTAAGCTTGTG-CTGGGAAGATTTCAAGATTTGCAAAAGTCAGAATAC  98
      |||||| | |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCTAAACCTGTGCCTGAGAAGATTTCAAGATTTCCAAAAGTCAGAATAC  98

seq1  AAAGAACTAGCTTTTTTGTTTGCTTGTATAGTTTTAAATTATAACTCCTT  148
      |||  ||||||||||   |||||| | ||||  ||||| |||||||||||
seq2  AAAAGACTAGCTTTTCGATTTGCTAGCATAG--TTAAAATATAACTCCTT  146

seq1  TGACTTTG-AGTTGAAGTTTAATGTAAAATGCTGCATGTGCCCATGTGGG  197
      |||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGAAGTGAAAGTATAATGTAAAATGCTGCATGTGCCCATGTGGG  196

seq1  AACTGTCTCCAAACAAACGCATGCGGCTGACAGGCCCTCCCTCCCTCCAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTCCAAACAAACGCATGCGGCTGACAGGCCCTCCCTCCCTCCAC  246

seq1  AATCCTAGCAAACATCTCCATTTTTGGTAAATAGAGACTTGGTTTGTAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAGCAAACATCTCCATTTTTGGTAAATAGAGACTTGGTTTGTAGC  296

seq1  ACTATCATTTCTTTCTGAGCTTCAAATAGCTTGCATTTGGTAAAATGAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCATTTCTTTCTGAGCTTCAAATAGCTTGCATTTGGTAAAATGAAG  346

seq1  TCTATCCCAGAATGCCTAGCAGAGCAGTTGGCTGGCTTACAATGTGGCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCCAGAATGCCTAGCAGAGCAGTTGGCTGGCTTACAATGTGGCCC  396

seq1  CAGGGACCAGGAAGGTCAGACTTGATTCTGGTCTGTGTGGGTCACTCTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACCAGGAAGGTCAGACTTGATTCTGGTCTGTGTGGGTCACTCTGA  446

seq1  GCAGTTCGTTAGGCTGCTGTGAACACTGCGAGGCTGGTGGGAAGAACTCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCGTTAGGCTGCTGTGAACACTGCGAGGCTGGTGGGAAGAACTCC  496

seq1  AGCAGCTCCTGGTGGTAGTAGTAGCCCTGCTGAGGAGTGGGCTGCAGTGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTCCTGGTGGTAGTAGTAGCCCTGCTGAGGAGTGGGCTGCAGTGC  546

seq1  TTCTCTCGGGGCTGCTCCTTTATGTTCTGAGAGGGGTACAGCTTCTGGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCGGGGCTGCTCCTTTATGTTCTGAGAGGGGTACAGCTTCTGGGA  596

seq1  GCAGCTTAAGGGCTGCATTTACTACTAACTGCGGCCCATCTGGAAGCTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTAAGGGCTGCATTTACTACTAACTGCGGCCCATCTGGAAGCTAT  646

seq1  TCAGAACCAAACTAGTCTCTGACAAGACACACTGTCTTGTTTAGTAATGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACCAAACTAGTCTCTGACAAGACACACTGTCTTGTTTAGTAATGC  696

seq1  AGAGGGAGAGAGGCCATAAACGCATTCATCCTGCCTCCCACCTGATGGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGAGAGGCCATAAACGCATTCATCCTGCCTCCCACCTGATGGCA  746

seq1  GAGTTATAATTTTGTCATGGGCTTTTCTTTAAATCAGAGACCTTTTTTTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATAATTTTGTCATGGGCTTTTCTTTAAATCAGAGACCTTTTTTTC  796

seq1  CACCCCACGAAATAGCTTTACATCTAGTATGTGCTAGCTTTAAGTCTCGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACGAAATAGCTTTACATCTAGTATGTGCTAGCTTTAAGTCTCGG  846

seq1  AAAGTACAGTAAGAGCCATGTATGGCTCCTGTCCCCTCTTTGCTCCCTTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACAGTAAGAGCCATGTATGGCTCCTGTCCCCTCTTTGCTCCCTTG  896

seq1  TGCATCCCTTGTCAGAGGGCTACAGTAAGATGCTAAGATGGTACTCAACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCCTTGTCAGAGGGCTACAGTAAGATGCTAAGATGGTACTCAACC  946

seq1  CCTCCCGGATGACATACCTTGTGCCTGGGACTCCAGGAGCCTATAATTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCGGATGACATACCTTGTGCCTGGGACTCCAGGAGCCTATAATTTT  996

seq1  ATTTTTCATTGGGGTTATACCATATTATCAGATTAATTAGCCATCTCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCATTGGGGTTATACCATATTATCAGATTAATTAGCCATCTCTGG  1046

seq1  TTTTCACTTTATATTCTTATAAAGACCCCCCCCCTTTTAACCCCAGTTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTTTATATTCTTATAAAGACCCCCCCCCTTTTAACCCCAGTTCT  1096

seq1  GCTTTTGAAATACTTAGTCCCCGAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGAAATACTTAGTCCCCGAGAATTC  1126

seq1: chr1_136540887_136541992
seq2: B6Ng01-254A19.g_68_1182

seq1  GAATTCCCTCCACTTTCAGTATTAGATCCCCCATCCACACTGGTCCAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCACTTTCAGTATTAGATCCCCCATCCACACTGGTCCAGAA  50

seq1  AGATCTTGTATGGAGGCAGAGCCTTGGCTCATAGCCCTGGCCAGGAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTGTATGGAGGCAGAGCCTTGGCTCATAGCCCTGGCCAGGAGAGA  100

seq1  ATGCACTTCAATGATGGTGCTGGTGCTGTGATGGTACCCAGGGCTCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTCAATGATGGTGCTGGTGCTGTGATGGTACCCAGGGCTCATCC  150

seq1  TCTTAAAGAGAACAGTTGAAAAAGTGAAGGATCTAAGAATATGCTGCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGAGAACAGTTGAAAAAGTGAAGGATCTAAGAATATGCTGCGCA  200

seq1  TGGAGGGAGTGGTGCCTTTTAAATTCTTTCCTCTTCCAGTTCTTGAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGAGTGGTGCCTTTTAAATTCTTTCCTCTTCCAGTTCTTGAAGCC  250

seq1  TAGGGGAATGAGCAAGAGGGACAGCAGGCTGATTAGGTTTATAATCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAATGAGCAAGAGGGACAGCAGGCTGATTAGGTTTATAATCCAGA  300

seq1  CATTCTGGAATTAAATTCTTGAATTAAAAGAACATTAACGCTGGAACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGAATTAAATTCTTGAATTAAAAGAACATTAACGCTGGAACCAG  350

seq1  GGACACTGCACTTTCACTTAACCAAACTGATTGAAGCACTGACTCTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTGCACTTTCACTTAACCAAACTGATTGAAGCACTGACTCTTCTA  400

seq1  ATAGTCTCGGGAAGCAGACAGGCTTCCTCTAACCTTAAGCTAAGTAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTCGGGAAGCAGACAGGCTTCCTCTAACCTTAAGCTAAGTAGATG  450

seq1  GGTGCAGTCGTGTGCCTGGGAGGAGTTGGGGTACCAGGCTGACATGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGTCGTGTGCCTGGGAGGAGTTGGGGTACCAGGCTGACATGGGCT  500

seq1  TTGATTGGATGTATGCTGCCAGCCCCATAGACAAATTGAATGAAATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGGATGTATGCTGCCAGCCCCATAGACAAATTGAATGAAATATAT  550

seq1  GGGCACTGCAGTTTTTCTGACTGGAATCCTGTAGATACATAGCATCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTGCAGTTTTTCTGACTGGAATCCTGTAGATACATAGCATCAGGA  600

seq1  GGGGAAGAGAGCTTGCCCCGTAGATACATAGCATCAGGAGGGGAAGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGAGAGCTTGCCCCGTAGATACATAGCATCAGGAGGGGAAGAGAA  650

seq1  CTTGCCCCTTGGGCAAGTCCTCAATCACATGTAAGGTAGGGTGGCTGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCCTTGGGCAAGTCCTCAATCACATGTAAGGTAGGGTGGCTGGGC  700

seq1  AGGCAGAGAGCAATATGATCACACACACACACACACACACACACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGAGCAATATGATCACACACACACACACACACACACACACACAC  750

seq1  ACACACACGCAGTCCCTCCTCACTTCCCAACGATTCAATAATGTTTCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACGCAGTCCCTCCTCACTTCCCAACGATTCAATAATGTTTCCTC  800

seq1  CACCTACCTCCACCCCCACCCCCACCCCCGAGTTGCTTCCTTCGGACTGT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACCTACCTCCACCCCCACCCCCACCCCCGAGTTGC-TCCTTCGGACTGT  849

seq1  TCTGTGGAGGCTGTTGTGGGCTGCAGAGTGGTTTAAGAACAATCCA-TTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTGTGGAGGCTGTTGTGGGCTGCAGAGTGGTTTAAGAACAATCCATTTG  899

seq1  TCTCATGACAACCACTG-AGCGGCCAC-TTGCTTCC-TTCCTCTGAAGAA  946
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| 
seq2  TCTCATGACAACCACTGAAGCGGCCACTTTGCTTCCTTTCCTCTGAAGAT  949

seq1  TTCTGACCTTGGGAGA-GTGATTGGGAAGTCTCCCTCTGC-TGTCT--CT  992
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||   |
seq2  TTCTGACCTTGGGAGAGGTGATTGGGAGGTCTCCCTCTGCTTGTCTTCTT  999

seq1  TCTCACCTTCTACCCCGACCCTACCGGTTCTTTG-CTTTCCCTCATCGTC  1041
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TCTCA-CTTCTA-CCCGACCCTACCGGTTCTTTGCCTTCCCCTCATCGTC  1047

seq1  CATTTATTCCCATC-TCTCGGGTTGTTTG-TTTGTTTTTCAAAGAGCAAA  1089
      |||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||||||| ||||
seq2  CATTTATT-CCATCTTCTCGGGTTGTTTGATTGGATTTTCAAAGACCAAA  1096

seq1  -TAGGCATTGAGG-ACTGA  1106
       |||||||||||| |||||
seq2  TTAGGCATTGAGGAACTGA  1115