BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254O04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,595,926 - 92,707,366
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol6a3
Upstream geneCentg2, Gbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8
Downstream geneMlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254O04.bB6Ng01-254O04.g
ACCGA061234GA061235
length7571,086
definitionB6Ng01-254O04.b B6Ng01-254O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,595,926 - 92,596,675)(92,706,293 - 92,707,366)
sequence
gaattcattccttcagcaagtataagcacctactatgtatgcagcatggt
agtgggctttcaaaaactggggatcagcaaataagtcatcacatgtgtgc
atgatgtaagaagcaaaggctggaactgtccggatcctgtatcctaatcc
agggactaaaggtggcttagtcagaatcagacttctctaccaagctccaa
gacatgtgtttttccataaaataggcaggaaacacaaaaaaggagtcctg
ggggagaccaggtatggggtggggtggggtaagcagaggcacggcatgct
ctcagaactgagagagaccaggcatggcagggatgactgagagtgacaga
agatggtaggagtgaggttggttcagaaaaccaggaactgaccatgaagt
acctagagaattgatcccacaattgaaggggacccagatgagtttggact
acagttaacattctgagaagatcacttgggctgatttgaatagtggggca
catctgtaatgtcagtgctaggagactgagggagggaggatcaggacttc
aaggccagtctgggctgcatagggagaccctgtctttagcaagggattgt
gttggctaaggctcaagaactacatggtaggccaagaaacagacagaggc
tcaagaactacatggagggccaaagaacagacagaggaggccttaatgag
gtgactgaagttgatctggggtgaagtgtgcacttgatgttctcactgtg
ggtggat

gggccactatctgctgctcccagtgctgtgcgagtcaccagatgtttccc
ttcaatttcaggtgaaaaggatgtggtgtttctcattgatggctctgagg
gtgtccgcagtggcttccccctgctaaaggactttgtgcagagggttgtg
gagagcttggatgtgggtcccgaccgtgtgcgtgtggcactggtgcagta
cagtgaccggaccaggccggagttctacctgaattcccacatggaccagc
agggtgtcatcagcgccatccgcaggctgacactgctgggcggcccaacc
cccaacacaggggcggcactggagttcgtgttaaggaacattctgaccag
ttctactgggagcaggatagcagaaggtgttcctcagctcctgattgtcc
tcacagcagagccatcaggggatgacgtgcgaggcccttcagtagtcctg
aagcagggcggggctgtgcccattggcattggcattgggaatgctgacat
ctctgaaatgcagaccatctccttcatccctgactttgctgtggccatcc
ccaccttccgggagcttgggacgatacagcaggtcatctctgagagggtg
atccagcttaatcgtgaggagctgagctcgttgaaacccattttgacgcc
ctcaacaggtgcaggtgagggattgggagtggattcttttagttagctac
ttgcttgcactgtgtggtacaaagaaagcactttcaggcttgttttcctc
tgccacatagcatgtgtggaaaaactaggaacatttttgttttgttttgt
tttgtttttggcgatgtcaagcaataaagttaaagattcatgtctgtggt
caacttaaagcatccaagagggcatgcaacatgatgtagatccagggctc
tacagaaggggcctgaggaggaccttttgatgagtgtccaacctaaagta
gcaagcagtggccctcctgttgccctggaggaactttaatcaacaggtgg
cttctggcctgacagaagaatggagcctcctgaatgtttttatctgtagc
acccgtgtgtgacatttgcctgaaacttgtccataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92595926_92596675
seq2: B6Ng01-254O04.b_43_799

seq1  GAATTCATTCCTTCAGCAAGTATAAGCACCTACTATGTATGCAGCATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTTCAGCAAGTATAAGCACCTACTATGTATGCAGCATGGT  50

seq1  AGTGGGCTTTCAAAAACTGGGGATCAGCAAATAAGTCATCACATGTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCTTTCAAAAACTGGGGATCAGCAAATAAGTCATCACATGTGTGC  100

seq1  ATGATGTAAGAAGCAAAGGCTGGAACTGTCCGGATCCTGTATCCTAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTAAGAAGCAAAGGCTGGAACTGTCCGGATCCTGTATCCTAATCC  150

seq1  AGGGACTAAAGGTGGCTTAGTCAGAATCAGACTTCTCTACCAAGCTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTAAAGGTGGCTTAGTCAGAATCAGACTTCTCTACCAAGCTCCAA  200

seq1  GACATGTGTTTTTCCATAAAATAGGCAGGAAACACAAAAAAGGAGTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTGTTTTTCCATAAAATAGGCAGGAAACACAAAAAAGGAGTCCTG  250

seq1  GGGGAGACCAGGTATGGGGTGGGGTGGGGTAAGCAGAGGCACGGCATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGACCAGGTATGGGGTGGGGTGGGGTAAGCAGAGGCACGGCATGCT  300

seq1  CTCAGAACTGAGAGAGACCAGGCATGGCAGGGATGACTGAGAGTGACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAACTGAGAGAGACCAGGCATGGCAGGGATGACTGAGAGTGACAGA  350

seq1  AGATGGTAGGAGTGAGGTTGGTTCAGAAAACCAGGAACTGACCATGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTAGGAGTGAGGTTGGTTCAGAAAACCAGGAACTGACCATGAAGT  400

seq1  ACCTAGAGAATTGATCCCACAATTGAAGGGGACCCAGATGAGTTTGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAGAATTGATCCCACAATTGAAGGGGACCCAGATGAGTTTGGACT  450

seq1  ACAGTTAACATTCTGAGAAGATCACTTGGGCTGATTTGAATAGTGGGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAACATTCTGAGAAGATCACTTGGGCTGATTTGAATAGTGGGGCA  500

seq1  CATCTGTAATGTCAGTGCTAGGAGACTGAGGGAGGGAGGATCAGGACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTAATGTCAGTGCTAGGAGACTGAGGGAGGGAGGATCAGGACTTC  550

seq1  AAGGCCAGTCTGGGCTGCATAGGGAGACCCTGTC-TTAGCAAGGGATTGT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGTCTGGGCTGCATAGGGAGACCCTGTCTTTAGCAAGGGATTGT  600

seq1  GTTGGCTAAGGCTCAAGAACTACATGGTAGGCCAAG-AACAGACAGAGGC  648
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTGGCTAAGGCTCAAGAACTACATGGTAGGCCAAGAAACAGACAGAGGC  650

seq1  TCAAGAACTACATGGAGGGCC-AAGAACAGACAGAGGAGGCC-TAATGAG  696
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAAGAACTACATGGAGGGCCAAAGAACAGACAGAGGAGGCCTTAATGAG  700

seq1  GTGACTGAAG-TGATCT-GGGTGAAGTGTGCACATGATGTTCTCACTGT-  743
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GTGACTGAAGTTGATCTGGGGTGAAGTGTGCACTTGATGTTCTCACTGTG  750

seq1  GGTGGAT  750
      |||||||
seq2  GGTGGAT  757


seq1: chr1_92706293_92707366
seq2: B6Ng01-254O04.g_74_1159 (reverse)

seq1  TTATGAACAAGTTTCAAGCAAATGTCACACACGGGTGCTACAGATAAAAA  50
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGACAAGTTTCAGGCAAATGTCACACACGGGTGCTACAGATAAAAA  50

seq1  CATTTCAGAGGCTCCATTCCTCTTGTCAGGGCAGA--GCACCTG-TGATT  97
      ||||   |||||||||||| || ||||||| ||||   |||||| |||||
seq2  CATTCAGGAGGCTCCATTCTTC-TGTCAGGCCAGAAGCCACCTGTTGATT  99

seq1  -AAGTTCCTCCA-GGCAACAGGA-GGCCACTGCTTGCTAC-TTAGGTTGG  143
       ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAGTTCCTCCAGGGCAACAGGAGGGCCACTGCTTGCTACTTTAGGTTGG  149

seq1  ACACTCATC-AAAGGTCCTCCTCAGGCCCC-TCTGTAGAG-CCTGGATCT  190
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  ACACTCATCAAAAGGTCCTCCTCAGGCCCCTTCTGTAGAGCCCTGGATCT  199

seq1  ACATCATG-TGCATGCCCTCTTGGATGCTTTAAGTTGACCACAGACATGA  239
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGTTGCATGCCCTCTTGGATGCTTTAAGTTGACCACAGACATGA  249

seq1  ATC-TTAACTTTATTGCTTGACATCGCCAAAAACAAAACAAAACAAAACA  288
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAACTTTATTGCTTGACATCGCCAAAAACAAAACAAAACAAAACA  299

seq1  AAAATGTTCCTAGTTTTTCCACACATGCTATGTGGCAGAGG-AAACAAGC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAATGTTCCTAGTTTTTCCACACATGCTATGTGGCAGAGGAAAACAAGC  349

seq1  CTGAAAGTGCTTTCTTTGTACCACACAGTGCAAGCAAGTAGCTAACTAAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTGCTTTCTTTGTACCACACAGTGCAAGCAAGTAGCTAACTAAA  399

seq1  AGAATCCACTCCCAATCCCTCACCTGCACCTGTTGAGGGCGTCAAAATGG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCACTCCCAATCCCTCACCTGCACCTGTTGAGGGCGTCAAAATGG  449

seq1  GTTTCAACGAGCTCAGCTCCTCACGATTAAGCTGGATCACCCTCTCAGAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAACGAGCTCAGCTCCTCACGATTAAGCTGGATCACCCTCTCAGAG  499

seq1  ATGACCTGCTGTATCGTCCCAAGCTCCCGGAAGGTGGGGATGGCCACAGC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTGCTGTATCGTCCCAAGCTCCCGGAAGGTGGGGATGGCCACAGC  549

seq1  AAAGTCAGGGATGAAGGAGATGGTCTGCATTTCAGAGATGTCAGCATTCC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGGGATGAAGGAGATGGTCTGCATTTCAGAGATGTCAGCATTCC  599

seq1  CAATGCCAATGCCAATGGGCACAGCCCCGCCCTGCTTCAGGACTACTGAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCAATGCCAATGGGCACAGCCCCGCCCTGCTTCAGGACTACTGAA  649

seq1  GGGCCTCGCACGTCATCCCCTGATGGCTCTGCTGTGAGGACAATCAGGAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCGCACGTCATCCCCTGATGGCTCTGCTGTGAGGACAATCAGGAG  699

seq1  CTGAGGAACACCTTCTGCTATCCTGCTCCCAGTAGAACTGGTCAGAATGT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAACACCTTCTGCTATCCTGCTCCCAGTAGAACTGGTCAGAATGT  749

seq1  TCCTTAACACGAACTCCAGTGCCGCCCCTGTGTTGGGGGTTGGGCCGCCC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACACGAACTCCAGTGCCGCCCCTGTGTTGGGGGTTGGGCCGCCC  799

seq1  AGCAGTGTCAGCCTGCGGATGGCGCTGATGACACCCTGCTGGTCCATGTG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTCAGCCTGCGGATGGCGCTGATGACACCCTGCTGGTCCATGTG  849

seq1  GGAATTCAGGTAGAACTCCGGCCTGGTCCGGTCACTGTACTGCACCAGTG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAGGTAGAACTCCGGCCTGGTCCGGTCACTGTACTGCACCAGTG  899

seq1  CCACACGCACACGGTCGGGACCCACATCCAAGCTCTCCACAACCCTCTGC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGCACACGGTCGGGACCCACATCCAAGCTCTCCACAACCCTCTGC  949

seq1  ACAAAGTCCTTTAGCAGGGGGAAGCCACTGCGGACACCCTCAGAGCCATC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTCCTTTAGCAGGGGGAAGCCACTGCGGACACCCTCAGAGCCATC  999

seq1  AATGAGAAACACCACATCCTTTTCACCTGAAATTGAAGGGAAACATCTGG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAACACCACATCCTTTTCACCTGAAATTGAAGGGAAACATCTGG  1049

seq1  TGACTCGCACAGCACTGGGAGCAGCAGATAGTGGCCC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCGCACAGCACTGGGAGCAGCAGATAGTGGCCC  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |