BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254O19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 40,424,249 - 40,546,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl1rl1, Il18r1
Upstream geneRpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2
Downstream geneIl18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182, Ppia-ps1_352.1, LOC100041441
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254O19.bB6Ng01-254O19.g
ACCGA061264GA061265
length5431,089
definitionB6Ng01-254O19.b B6Ng01-254O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,545,681 - 40,546,219)(40,424,249 - 40,425,331)
sequence
gaattcattccacaccaccacccttaactgtggccagccagctctgcatt
ctgcatctttcattgctataagtgaatcttgggcagccagagtctaggaa
gaaaggatgctgtttagcttatagtccaaaggcatgctctagcaggacct
ctgtcatggcagtagcatctgtggacttataaatgatctttctcttccat
gctttaaagtcatcagaattcaatcacaggtactccactcttgtggaggt
ttgaataagaacagtcccaataggcttatatatttgaataactggtcacc
agggagtggcactatttgaaaggattaagaggtgtagccttgtgggagga
agtatgtcattggaggtgggcttttaggtttcaaagagccctttctaagc
cgagtctagctcttcctgttgctcagctctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctccctctctctctctctct
ctccctcactgtctctctctgtctcttctgtctgtctgtctct
gaattcacttttttggccagaaagctttcctcttgccaacatgtcttaat
tttccttttgcttaaacttattggagatgtattatgaatgctaagatgtg
agtgtgttatatcagtacattgacattttaaataaagtatattttaataa
aacatgaaagctcttttgctcaaaggaattgccaccttgtgtgtttgaac
gcaggcacatgttctggggttgaatgcattcctgtttgtaggtgattgct
ttgacgggggatttgggaaaatatagacccatattttaaggctggacaag
actcaagctatagctgtgagccctactctcttcaacagtgactccacttt
gataatttgacaaaagtcatgtcttcttttgttttgtttagcacaaccta
catgtgcataccatcttgactatactttcaggaggttgatgggtttctta
cagtctttcattgagatttatgatatgcccataggatccccaccccaact
ctcttttacttttgtatttataaaacacataatggcacgattttttaatg
ggagtctcgggagttggcccatgatcataaactgagtcatttgggtcctt
cttaaagattaattggataaaagcagccctgaattttagttatgtttgat
cactcattagagaccccacctggtgtgtcttagatgagtttcaaatctgg
tagggtacacaaaaccctattatcagcagtggagttggtccaagacctcc
ctatgggcgcctcaaatcatggagagggctgaattcagtatatgacacgg
tttttttcccctaaatgtgtatacttaatgcatagtttagaagcaggttc
acaatagtgagaacaaaatcaacatgtctagtaatatattctgttataaa
tagatgcggttgtgtactctgttctcatcaaatccagatttgcacttgtc
agatgatacgatgcctctgctgactgtgagcagctaaatccttcagaaca
cgaagccacaggtcagagtgccaactgcagtgtctctctgttgttcagaa
atcttgcctctgtcttgtataacagaaaaaggataagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_40545681_40546219
seq2: B6Ng01-254O19.b_47_583 (reverse)

seq1  AGACAGACAGAAGAGACAGAGAGAGACAGTGAGGGAGAGAGAGAGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACAGAAGAGACAGAGAGAGACAGTGAGGGAGAGAGAGAGAGAGA  50

seq1  GAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  100
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGG--GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  98

seq1  GAGAGAGAGAGAGCTGAGCAACAGGAAGAGCTAGACTCGGCTTAGAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGCTGAGCAACAGGAAGAGCTAGACTCGGCTTAGAAAGG  148

seq1  GCTCTTTGAAACCTAAAAGCCCACCTCCAATGACATACTTCCTCCCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTGAAACCTAAAAGCCCACCTCCAATGACATACTTCCTCCCACAA  198

seq1  GGCTACACCTCTTAATCCTTTCAAATAGTGCCACTCCCTGGTGACCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACCTCTTAATCCTTTCAAATAGTGCCACTCCCTGGTGACCAGTT  248

seq1  ATTCAAATATATAAGCCTATTGGGACTGTTCTTATTCAAACCTCCACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATATATAAGCCTATTGGGACTGTTCTTATTCAAACCTCCACAAG  298

seq1  AGTGGAGTACCTGTGATTGAATTCTGATGACTTTAAAGCATGGAAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGTACCTGTGATTGAATTCTGATGACTTTAAAGCATGGAAGAGAA  348

seq1  AGATCATTTATAAGTCCACAGATGCTACTGCCATGACAGAGGTCCTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATTTATAAGTCCACAGATGCTACTGCCATGACAGAGGTCCTGCTA  398

seq1  GAGCATGCCTTTGGACTATAAGCTAAACAGCATCCTTTCTTCCTAGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGCCTTTGGACTATAAGCTAAACAGCATCCTTTCTTCCTAGACTC  448

seq1  TGGCTGCCCAAGATTCACTTATAGCAATGAAAGATGCAGAATGCAGAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCCAAGATTCACTTATAGCAATGAAAGATGCAGAATGCAGAGCT  498

seq1  GGCTGGCCACAGTTAAGGGTGGTGGTGTGGAATGAATTC  539
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCACAGTTAAGGGTGGTGGTGTGGAATGAATTC  537

seq1: chr1_40424249_40425331
seq2: B6Ng01-254O19.g_69_1157

seq1  GAATTCACTTTTTTGGCCAGAAAGCTTTCCTCTTGCCAACATGTCTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTTTTGGCCAGAAAGCTTTCCTCTTGCCAACATGTCTTAAT  50

seq1  TTTCCTTTTGCTTAAACTTATTGGAGATGTATTATGAATGCTAAGATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTTGCTTAAACTTATTGGAGATGTATTATGAATGCTAAGATGTG  100

seq1  AGTGTGTTATATCAGTACATTGACATTTTAAATAAAGTATATTTTAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTTATATCAGTACATTGACATTTTAAATAAAGTATATTTTAATAA  150

seq1  AACATGAAAGCTCTTTTGCTCAAAGGAATTGCCACCTTGTGTGTTTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAAAGCTCTTTTGCTCAAAGGAATTGCCACCTTGTGTGTTTGAAC  200

seq1  GCAGGCACATGTTCTGGGGTTGAATGCATTCCTGTTTGTAGGTGATTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCACATGTTCTGGGGTTGAATGCATTCCTGTTTGTAGGTGATTGCT  250

seq1  TTGACGGGGGATTTGGGAAAATATAGACCCATATTTTAAGGCTGGACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGGGGGATTTGGGAAAATATAGACCCATATTTTAAGGCTGGACAAG  300

seq1  ACTCAAGCTATAGCTGTGAGCCCTACTCTCTTCAACAGTGACTCCACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGCTATAGCTGTGAGCCCTACTCTCTTCAACAGTGACTCCACTTT  350

seq1  GATAATTTGACAAAAGTCATGTCTTCTTTTGTTTTGTTTAGCACAACCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTGACAAAAGTCATGTCTTCTTTTGTTTTGTTTAGCACAACCTA  400

seq1  CATGTGCATACCATCTTGACTATACTTTCAGGAGGTTGATGGGTTTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATACCATCTTGACTATACTTTCAGGAGGTTGATGGGTTTCTTA  450

seq1  CAGTCTTTCATTGAGATTTATGATATGCCCATAGGATCCCCACCCCAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTTCATTGAGATTTATGATATGCCCATAGGATCCCCACCCCAACT  500

seq1  CTCTTTTACTTTTGTATTTATAAAACACATAATGGCACGATTTTTTAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTACTTTTGTATTTATAAAACACATAATGGCACGATTTTTTAATG  550

seq1  GGAGTCTCGGGAGTTGGCCCATGATCATAAACTGAGTCATTTGGGTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTCGGGAGTTGGCCCATGATCATAAACTGAGTCATTTGGGTCCTT  600

seq1  CTTAAAGATTAATTGGATAAAAGCAGCCCTGAATTTTAGTTATGTTTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGATTAATTGGATAAAAGCAGCCCTGAATTTTAGTTATGTTTGAT  650

seq1  CACTCATTAGAGACCCCACCTGGTGTGTCTTAGATGAGTTTCAAATCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATTAGAGACCCCACCTGGTGTGTCTTAGATGAGTTTCAAATCTGG  700

seq1  TAGGGTACACAAAACCCTATTATCAGCAGTGGAGTTGGTCCAAGACCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTACACAAAACCCTATTATCAGCAGTGGAGTTGGTCCAAGACCTCC  750

seq1  CTATGGGCGCCTCAAATCATGGAGAGGGCTGAATTCAGTATATGACACGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGCGCCTCAAATCATGGAGAGGGCTGAATTCAGTATATGACACGG  800

seq1  TTTTTTTCCCCTAAATGTGTATACTTAATGCATAGTTTAGAAGCAGGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCCCTAAATGTGTATACTTAATGCATAGTTTAGAAGCAGGTTC  850

seq1  ACAATAGTGAGAACAAAATCAAACATGTCTAGTAATATATTCTGTTATAA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGTGAGAACAAAATC-AACATGTCTAGTAATATATTCTGTTATAA  899

seq1  ATAGATGCGGTTGTGTACTCTGTTCTCATC-AATCCAGA-TTGCACTTGT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  ATAGATGCGGTTGTGTACTCTGTTCTCATCAAATCCAGATTTGCACTTGT  949

seq1  CAGATGATACGATGCCTCTGCTGACTGTGAGCAGCTAAAACC-TCAGAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  CAGATGATACGATGCCTCTGCTGACTGTGAGCAGCTAAATCCTTCAGAAC  999

seq1  ACGAGGCCACAGGTCAGAGTGCC-ACTGCAGTGTCTCCTCCTGTGTTCAG  1046
      |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||   |||||||
seq2  ACGAAGCCACAGGTCAGAGTGCCAACTGCAGTGTCT-CTCTGTTGTTCAG  1048

seq1  -AATCTTG-CTCTGTC-TGTAT-ACAGGAAAAAGATAAGGA  1083
       ||||||| ||||||| ||||| |||| |||| ||||||||
seq2  AAATCTTGCCTCTGTCTTGTATAACAGAAAAAGGATAAGGA  1089