BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255G18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 121,689,338 - 121,806,783
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpn4, LOC666870, LOC100041863, Tmem177
Upstream geneGli2, LOC666838, LOC100041778, Inhbb, Ralb, Tmem185b, Epb4.1l5, LOC100042447
Downstream geneGm101, Sctr, Tmem37, Dbi, 3110009E18Rik, Steap3, C1ql2, Marco, En1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255G18.bB6Ng01-255G18.g
ACCGA061632GA061633
length1,2031,148
definitionB6Ng01-255G18.b B6Ng01-255G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,689,338 - 121,690,529)(121,805,641 - 121,806,783)
sequence
gaattcttagttttaattttgatatgggtatatatttaaactacccatct
gataactagatatcatataatccaggaccagatctaagtaggtgtcctag
aatttttgcaaaactagtagacttttcacacaaaatataattaaaaagaa
tataagctgtctcataataatgacaagtagtatcatacaggcatggtggt
gatgccggtactcccagcactcaagagacagagacataggcaagactgta
tcctacttgcctttctgtggccatgataaaacatcctgaacttaaggaaa
gggggccttttttagctcaaatttcctgactagagtccaccattgtgaag
aagttaagacagcaggaacttgaagcatctagtcatagtatatccacagt
aaagagagcatacacacacactctcccctctttttgcctaattcatgaaa
tagtgtcattcacattcaagctaagctttcctacctcaattttaatgcaa
ttaagaaaatccaccacaaacatggacacaaatcaacctaaactagacaa
tctcaagactatcttctcaggtgactctagattgtgctaagttgactgtg
aaaagtaaccattaaagaaaaccaaattcaaggccagtctggtatacagt
gaattttaggtgagtcagagctacacaacaagaccctgcctcaaaagaaa
atgaagtaaaagaattacacaataataaaaataaatggcctggagctaga
gcgtgattcagtagttaagaagagttgttgctcttgcagagtatctgcaa
tgaccacttctgaactccacaggcaacaggcatgcttttgaaaaaatata
catacagagcaaaacactcatacacataaaataaaatctaaaaatcaaaa
tattttttaagtgacacgacgatagcatcgtggtagtactgctcagtggc
tgagtgcttcgttagcatgaatgagacctaagggtttgattcctagcact
aataaaaagaaaatgtattggatgagacaggtggcagaagcaagcaatta
agttgttgggtatgatcggaaaagaaagaagtgagtaagaaggtgggtgt
agagaatgagagttagaaagaaaagccttggggtgattgaagaaagatgt
acaaggaaaacctcgaggcagttgtggttcttgcctctggaaaatgggtg
ggt
gaattctatgagaagattctgtcaggaaacttagccctacgcagtctttt
gggcagacaaggagaaaagctgtatacaccaagtggaaacattgtcccca
gacactggtttcgcatcaaccatttgccctacaccacccgccgggactct
ctacaacagatgtggagggcaacagtcagcccaggccgcttctgagaatc
caggcaacagggcagtcctggcttgcataggcactgcctcgtgatgaact
tgagatgaatctcttagtgtggttgcacccacagcccagggtcagaagag
tgaccgtctttggagttaaacaattcaactctgtcctcgccatgaataga
ctctggctgagcgtgagtccctatatgaatcttgagtcttgtttacctca
actatgaagtggggaggactgattgtagggttgtatgagattgtgagcct
gagggcctggtagaacgcagcataaataaacagggctttcttccctagtg
gtctctgaattccagtggactgtggaagtcaaaccatgagtcaccaccag
acatgtttctgatatatccaccctttctttcttgcagtggagaactgccc
taatctaccagatagcatatagctaatttatcccttgccttgatccttgg
acaagagaccctagcaggacaaggtgaggagacttgtgatcacagagcta
gacctaacttggccattcacatcatcttctccttggaaattctctcttcc
ctgggcagtcttgaaggataccagcctgggtccagtgtaactcagaggaa
aggccacacaccataggaagggtactctggtggctgtggtaggctgaaga
atggcagggtgggataaccagtggcttctactcagactttgtatgtgggt
ttagagttgagtgcactgccagccaacgggtcctttcccctggtcatggc
agctgagctcttgagaacaagggactcttagagcagaatacatatgggac
tgatacggtggatggtgttctagcctttctctctgtagaatgtgaataaa
aaatacttctgaccagaagcaacttctagtagaaagttacacttctagat
catatcctcaaattccatcctggaggggaagtcaagaacagaaactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_121689338_121690529
seq2: B6Ng01-255G18.b_43_1245

seq1  GAATTCTTAGTTTTAATTTTGATATGGGTATATATTTAAACTACCCATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGTTTTAATTTTGATATGGGTATATATTTAAACTACCCATCT  50

seq1  GATAACTAGATATCATATAATCCAGGACCAGATCTAAGTAGGTGTCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTAGATATCATATAATCCAGGACCAGATCTAAGTAGGTGTCCTAG  100

seq1  AATTTTTGCAAAACTAGTAGACTTTTCACACAAAATATAATTAAAAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGCAAAACTAGTAGACTTTTCACACAAAATATAATTAAAAAGAA  150

seq1  TATAAGCTGTCTCATAATAATGACAAGTAGTATCATACAGGCATGGTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCTGTCTCATAATAATGACAAGTAGTATCATACAGGCATGGTGGT  200

seq1  GATGCCGGTACTCCCAGCACTCAAGAGACAGAGACATAGGCAAGACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCGGTACTCCCAGCACTCAAGAGACAGAGACATAGGCAAGACTGTA  250

seq1  TCCTACTTGCCTTTCTGTGGCCATGATAAAACATCCTGAACTTAAGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTTGCCTTTCTGTGGCCATGATAAAACATCCTGAACTTAAGGAAA  300

seq1  GGGGGCCTTTTTTAGCTCAAATTTCCTGACTAGAGTCCACCATTGTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCTTTTTTAGCTCAAATTTCCTGACTAGAGTCCACCATTGTGAAG  350

seq1  AAGTTAAGACAGCAGGAACTTGAAGCATCTAGTCATAGTATATCCACAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGACAGCAGGAACTTGAAGCATCTAGTCATAGTATATCCACAGT  400

seq1  AAAGAGAGCATACACACACACTCTCCCCTCTTTTTGCCTAATTCATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGCATACACACACACTCTCCCCTCTTTTTGCCTAATTCATGAAA  450

seq1  TAGTGTCATTCACATTCAAGCTAAGCTTTCCTACCTCAATTTTAATGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCATTCACATTCAAGCTAAGCTTTCCTACCTCAATTTTAATGCAA  500

seq1  TTAAGAAAATCCACCACAAACATGGACACAAATCAACCTAAACTAGACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAATCCACCACAAACATGGACACAAATCAACCTAAACTAGACAA  550

seq1  TCTCAAGACTATCTTCTCAGGTGACTCTAGATTGTGCTAAGTTGACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGACTATCTTCTCAGGTGACTCTAGATTGTGCTAAGTTGACTGTG  600

seq1  AAAAGTAACCATTAAAGAAAACCAAATTCAAGGCCAGTCTGGTATACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAACCATTAAAGAAAACCAAATTCAAGGCCAGTCTGGTATACAGT  650

seq1  GAATTTTAGGTGAGTCAGAGCTACACAACAAGACCCTGCCTCAAAAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTAGGTGAGTCAGAGCTACACAACAAGACCCTGCCTCAAAAGAAA  700

seq1  ATGAAGTAAAAGAATTACACAATAATAAAAATAAATGGCCTGGAGCTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTAAAAGAATTACACAATAATAAAAATAAATGGCCTGGAGCTAGA  750

seq1  GCGTGATTCAGTAGTTAAGAAGAGTTGTTGCTCTTGCAGAGTATCTGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGATTCAGTAGTTAAGAAGAGTTGTTGCTCTTGCAGAGTATCTGCAA  800

seq1  TGACCACTTCTGAACTCCACAGGCAACAGGCATGCTTTTGAAAAAATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTTCTGAACTCCACAGGCAACAGGCATGCTTTTGAAAAAATATA  850

seq1  CATACAGAGCAAAACACTCATACACATAAAATAAAATCTAAAAATCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGAGCAAAACACTCATACACATAAAATAAAATCTAAAAATCAAAA  900

seq1  TA-TTTTTAAGTGACACGACGATAGCATCGTGGTAGTACTGCTCAGTGGC  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTAAGTGACACGACGATAGCATCGTGGTAGTACTGCTCAGTGGC  950

seq1  TGAGTGCTTCGTTAGCATGAATGAGACCT-AGGGTTTGATTCCTAGCACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTTCGTTAGCATGAATGAGACCTAAGGGTTTGATTCCTAGCACT  1000

seq1  -ATAAAAGGAAAATGTATTGGATGAGACAAGGTGGCAGAAGCAAGCAATT  1047
       |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAGAAAATGTATTGGATGAGAC-AGGTGGCAGAAGCAAGCAATT  1049

seq1  AAG-TGTT-GGTATGATCGG-AGAGAAAGAAGTGAGTAAGAAGGT-GGTG  1093
      ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGTTGTTGGGTATGATCGGAAAAGAAAGAAGTGAGTAAGAAGGTGGGTG  1099

seq1  TAGAG-ATGAGAG-TAG-AAGAAAAGCCTT-GGGTGATGGAAGAAAGATG  1139
      ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TAGAGAATGAGAGTTAGAAAGAAAAGCCTTGGGGTGATTGAAGAAAGATG  1149

seq1  GAACAGGAAA--CTCAGAGGCAGTTGTGGTTCTTGCTCCTTGGAAAAT-G  1186
       |  ||||||  ||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |
seq2  TACAAGGAAAACCTC-GAGGCAGTTGTGGTTCTTGC-CTCTGGAAAATGG  1197

seq1  GTGGGT  1192
      ||||||
seq2  GTGGGT  1203

seq1: chr1_121805641_121806783
seq2: B6Ng01-255G18.g_67_1214 (reverse)

seq1  TGAGTTCCTGTTC-TGACTT-CCCTCCAAGATGG-ATTGGAGGATATGAT  47
      |||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||
seq2  TGAGTTTCTGTTCTTGACTTCCCCTCCAGGATGGAATTTGAGGATATGAT  50

seq1  CTAGAAGTGTAAACCTCTCCTACTAG-AGTTGCTTCTGGTCAG-AGTATT  95
      ||||||||||||  || | ||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CTAGAAGTGTAA--CT-TTCTACTAGAAGTTGCTTCTGGTCAGAAGTATT  97

seq1  TTTTTATCACA-TCTACAGAAGAGAAA-GCTAGAACACCATCCA-CGTAT  142
      ||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TTTTATTCACATTCTACAG-AGAGAAAGGCTAGAACACCATCCACCGTAT  146

seq1  CAGTCCCATATTGTATTCTGCTCT-AGAGTCCCTTGTCCTCAAGAGCTCA  191
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTCCCATA-TGTATTCTGCTCTAAGAGTCCCTTGTTCTCAAGAGCTCA  195

seq1  GCCTGCCATGACCAGGGGAAAGGACCCG-TGGCTGGCAGTGCACTCAACT  240
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  G-CTGCCATGACCAGGGGAAAGGACCCGTTGGCTGGCAGTGCACTCAACT  244

seq1  CTAAA-CCACATACAAAGTCTGAGTAGAAGCCACTGGTTATCCCACCCTG  289
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACCCACATACAAAGTCTGAGTAGAAGCCACTGGTTATCCCACCCTG  294

seq1  CCATTCTTCAGCCTACCACAGCCACCAGAGTACCCTTCCTATGGTGTGTG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTCAGCCTACCACAGCCACCAGAGTACCCTTCCTATGGTGTGTG  344

seq1  GCCTTTCCTCTGAGTTACACTGGACCCAGGCTGGTATCCTTCAAGACTGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCCTCTGAGTTACACTGGACCCAGGCTGGTATCCTTCAAGACTGC  394

seq1  CCAGGGAAGAGAGAATTTCCAAGGAGAAGATGATGTGAATGGCCAAGTTA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGAGAGAATTTCCAAGGAGAAGATGATGTGAATGGCCAAGTTA  444

seq1  GGTCTAGCTCTGTGATCACAAGTCTCCTCACCTTGTCCTGCTAGGGTCTC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGCTCTGTGATCACAAGTCTCCTCACCTTGTCCTGCTAGGGTCTC  494

seq1  TTGTCCAAGGATCAAGGCAAGGGATAAATTAGCTATATGCTATCTGGTAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAAGGATCAAGGCAAGGGATAAATTAGCTATATGCTATCTGGTAG  544

seq1  ATTAGGGCAGTTCTCCACTGCAAGAAAGAAAGGGTGGATATATCAGAAAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGCAGTTCTCCACTGCAAGAAAGAAAGGGTGGATATATCAGAAAC  594

seq1  ATGTCTGGTGGTGACTCATGGTTTGACTTCCACAGTCCACTGGAATTCAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGGTGGTGACTCATGGTTTGACTTCCACAGTCCACTGGAATTCAG  644

seq1  AGACCACTAGGGAAGAAAGCCCTGTTTATTTATGCTGCGTTCTACCAGGC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACTAGGGAAGAAAGCCCTGTTTATTTATGCTGCGTTCTACCAGGC  694

seq1  CCTCAGGCTCACAATCTCATACAACCCTACAATCAGTCCTCCCCACTTCA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGCTCACAATCTCATACAACCCTACAATCAGTCCTCCCCACTTCA  744

seq1  TAGTTGAGGTAAACAAGACTCAAGATTCATATAGGGACTCACGCTCAGCC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGAGGTAAACAAGACTCAAGATTCATATAGGGACTCACGCTCAGCC  794

seq1  AGAGTCTATTCATGGCGAGGACAGAGTTGAATTGTTTAACTCCAAAGACG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTATTCATGGCGAGGACAGAGTTGAATTGTTTAACTCCAAAGACG  844

seq1  GTCACTCTTCTGACCCTGGGCTGTGGGTGCAACCACACTAAGAGATTCAT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTTCTGACCCTGGGCTGTGGGTGCAACCACACTAAGAGATTCAT  894

seq1  CTCAAGTTCATCACGAGGCAGTGCCTATGCAAGCCAGGACTGCCCTGTTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTCATCACGAGGCAGTGCCTATGCAAGCCAGGACTGCCCTGTTG  944

seq1  CCTGGATTCTCAGAAGCGGCCTGGGCTGACTGTTGCCCTCCACATCTGTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATTCTCAGAAGCGGCCTGGGCTGACTGTTGCCCTCCACATCTGTT  994

seq1  GTAGAGAGTCCCGGCGGGTGGTGTAGGGCAAATGGTTGATGCGAAACCAG  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGTCCCGGCGGGTGGTGTAGGGCAAATGGTTGATGCGAAACCAG  1044

seq1  TGTCTGGGGACAATGTTTCCACTTGGTGTATACAGCTTTTCTCCTTGTCT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGGGACAATGTTTCCACTTGGTGTATACAGCTTTTCTCCTTGTCT  1094

seq1  GCCCAAAAGACTGCGTAGGGCTAAGTTTCCTGACAGAATCTTCTCATAGA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAAAGACTGCGTAGGGCTAAGTTTCCTGACAGAATCTTCTCATAGA  1144

seq1  ATTC  1143
      ||||
seq2  ATTC  1148