BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 112,887,192 - 113,038,089
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh7, LOC100041429, EG626652, Cdh19
Downstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256J13.bB6Ng01-256J13.g
ACCGA062515GA062516
length1,1411,108
definitionB6Ng01-256J13.b B6Ng01-256J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,036,946 - 113,038,089)(112,887,192 - 112,888,299)
sequence
gaattctcaattattcttttaataatgagttcaagcctacatgctggatg
tcatctgtagtttttccttattaatgatacataaattgatcccggtagag
gcagcttgtgttccttactgcccaccccaatgttctgggttctcaaatga
aagacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacatacacacagagcctttaaacacttagccataaacagctcaatag
ataggccagttcttaaacctccatgtggctgatggatatataaacctcca
tatggctgatgtactcttctccgatatttctgaattattactcactaaaa
tctatgttctacctttgctgccctggactcagaactgcagcctctagtct
gcattccatagcacttacatgatgactgtctcttggtctcctgcaccttc
aggctaggtgtttctcttccttcccacgcttgatggctatctctgaatga
gaaatatttagagtaggaaccagtaagagacaggcaagaggaagagttga
ggaactatgaggctgaaaaagacacagaccagagtcagaatcagagatgt
gcagtgagacagaaagataaaccagggtagaggcaaactatgagagaaga
tgagtgacagggtagggacatgattattagataacatccaaaggaataag
agaaaatgctggccacaagagtcaggaaaactagaaagcttagatagtgc
ctgacaactacagaaagcttttggctaaagatcaatgtgtttactgtaaa
gaaaaagggcactgggtgagagactgccccaacaaaagaagatgagtccc
cctcatgaccaaacccttccacctgttcatggctaaaagtgaagggatag
caaaaggagtgcaacacagaagctgagtccttagaagaggccggtggcct
acctgtcaaagcagctagaaaaagagactgtgtttcatattcctccactg
accagttcaaaaccaaatttagaaaagctcctagcactggcgggcttttg
cagactgtagattccaggctttgctgataaaagctaaacagtcctttcat
atagagattaggaaccaacgacttggaatgccattagactg
gaattctctcttcctcctttctcactccatccccaggactcctgaaagtc
ctgcttctgtctctccatccagtcattggttgccagtaactatgctgacc
agtcaaagaacatctcaggactggtttcctttagtcctcagtgcaggaca
cttcaaacagattttggggtaatagaatatgcaagagaacataagccact
gtgtctacctactcctcaaggtttatgtaactcttgttcaccccccaact
cccaataaagagaactgttccactgaaactgtaaccaggggcatttactt
ctcctgaactcatgtcaacagagatcctgctaaaatatccatctacctat
taaagtttcatttcttctagtccagttgaggatacaagggtgcctggata
ccctgagaggaaaacagtatgtaccaacagaaaacagcaaacaaacaaat
aaccaaccaaacaaaacaacatagtatacatctttccttggtttaattga
tcaaaaaaacaaaaacaaaataaaaacaaaatacaaaacaaacaaaaaat
ataccaaacaaaaacaaataaaaaaacaagacaaaacagaacaacaacaa
aaaaaaaaacaaatacaatctaattgaaacatgacagtaatactgaattg
ctgcaacctcaatctaaagaaaacaatggctagaaaactctgcctttggg
gagaacttgggggcagttatggttgttactggtaaaacacagaacctaag
aaatttcaaactcccaattaactctgtgctcattattttatcttctattt
agtttaagggagacatcagcatatctccagtattttggcttaggacatgt
tttgttgtttgtttgtttgttttttgtgtttgtttcaaggacatgttttt
acattatgagaaaattcctaagatttaaaagtatgccttagattacccaa
aactatctaacagcctgtatggcccaaaactgtaatccctatcttacaaa
gttacctaccttgttataattgtataaagccataagaaatgaatactgtt
caataccctataattgatgaaccttgaatgtgccacagaaatttttgtag
ctataata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_113036946_113038089
seq2: B6Ng01-256J13.b_50_1190 (reverse)

seq1  CAGTCTTAATGGCA-TCCAAGTTCTGTTGTTCTTTATTTCTCTATATG-A  48
      ||||| |||||||| |||||| ||  | |||| | |  |||||||||| |
seq2  CAGTC-TAATGGCATTCCAAG-TCGTTGGTTCCTAA--TCTCTATATGAA  46

seq1  AGGGCTGTTTAGCTTTTTAATTCAGCAAAGCCTGGAATCTACAGTCTGCA  98
      ||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTTTAGCTTTT---ATCAGCAAAGCCTGGAATCTACAGTCTGCA  93

seq1  AAAGCCCG-CAGTGCCTAGGAGCTTTTCTAA--TTTGTTTTGAACTGGTC  145
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||
seq2  AAAGCCCGCCAGTG-CTAGGAGCTTTTCTAAATTTGGTTTTGAACTGGTC  142

seq1  AGTGGAGGAATATGAAACACAGTCTC-TTTTCTAGCTGCTTTGACAGGTA  194
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGGAATATGAAACACAGTCTCTTTTTCTAGCTGCTTTGACAGGTA  192

seq1  GGCCACCGGCCTCTTCTAAGGACTCAGCTTCTGTGTTTGCACTCCTTTTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGCCACCGGCCTCTTCTAAGGACTCAGCTTCTGTG-TTGCACTCCTTTTG  241

seq1  CTATCCCTTCACTTTTAGCCATGAACAGGTGGAAGGGTTTGGTCATGAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCTTCACTTTTAGCCATGAACAGGTGGAAGGGTTTGGTCATGAGG  291

seq1  GGGACTCATCTTCTTTTGTTGGGGCAGTCTCTCACCCAGTGCCCTTTTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCATCTTCTTTTGTTGGGGCAGTCTCTCACCCAGTGCCCTTTTTC  341

seq1  TTTACAGTAAACACATTGATCTTTAGCCAAAAGCTTTCTGTAGTTGTCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGTAAACACATTGATCTTTAGCCAAAAGCTTTCTGTAGTTGTCAG  391

seq1  GCACTATCTAAGCTTTCTAGTTTTCCTGACTCTTGTGGCCAGCATTTTCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATCTAAGCTTTCTAGTTTTCCTGACTCTTGTGGCCAGCATTTTCT  441

seq1  CTTATTCCTTTGGATGTTATCTAATAATCATGTCCCTACCCTGTCACTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCTTTGGATGTTATCTAATAATCATGTCCCTACCCTGTCACTCA  491

seq1  TCTTCTCTCATAGTTTGCCTCTACCCTGGTTTATCTTTCTGTCTCACTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTCATAGTTTGCCTCTACCCTGGTTTATCTTTCTGTCTCACTGC  541

seq1  ACATCTCTGATTCTGACTCTGGTCTGTGTCTTTTTCAGCCTCATAGTTCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCTGATTCTGACTCTGGTCTGTGTCTTTTTCAGCCTCATAGTTCC  591

seq1  TCAACTCTTCCTCTTGCCTGTCTCTTACTGGTTCCTACTCTAAATATTTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCTTCCTCTTGCCTGTCTCTTACTGGTTCCTACTCTAAATATTTC  641

seq1  TCATTCAGAGATAGCCATCAAGCGTGGGAAGGAAGAGAAACACCTAGCCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAGAGATAGCCATCAAGCGTGGGAAGGAAGAGAAACACCTAGCCT  691

seq1  GAAGGTGCAGGAGACCAAGAGACAGTCATCATGTAAGTGCTATGGAATGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGCAGGAGACCAAGAGACAGTCATCATGTAAGTGCTATGGAATGC  741

seq1  AGACTAGAGGCTGCAGTTCTGAGTCCAGGGCAGCAAAGGTAGAACATAGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGAGGCTGCAGTTCTGAGTCCAGGGCAGCAAAGGTAGAACATAGA  791

seq1  TTTTAGTGAGTAATAATTCAGAAATATCGGAGAAGAGTACATCAGCCATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTGAGTAATAATTCAGAAATATCGGAGAAGAGTACATCAGCCATA  841

seq1  TGGAGGTTTATATATCCATCAGCCACATGGAGGTTTAAGAACTGGCCTAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTTTATATATCCATCAGCCACATGGAGGTTTAAGAACTGGCCTAT  891

seq1  CTATTGAGCTGTTTATGGCTAAGTGTTTAAAGGCTCTGTGTGTATGTGTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGAGCTGTTTATGGCTAAGTGTTTAAAGGCTCTGTGTGTATGTGTG  941

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTCTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTCTT  991

seq1  TCATTTGAGAACCCAGAACATTGGGGTGGGCAGTAAGGAACACAAGCTGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAGAACCCAGAACATTGGGGTGGGCAGTAAGGAACACAAGCTGC  1041

seq1  CTCTACCGGGATCAATTTATGTATCATTAATAAGGAAAAACTACAGATGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCGGGATCAATTTATGTATCATTAATAAGGAAAAACTACAGATGA  1091

seq1  CATCCAGCATGTAGGCTTGAACTCATTATTAAAAGAATAATTGAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGCATGTAGGCTTGAACTCATTATTAAAAGAATAATTGAGAATTC  1141

seq1: chr1_112887192_112888299
seq2: B6Ng01-256J13.g_67_1174

seq1  GAATTCTCTCTTCCTCCTTTCTCACTCCATCCCCAGGACTCCTGAAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTTCCTCCTTTCTCACTCCATCCCCAGGACTCCTGAAAGTC  50

seq1  CTGCTTCTGTCTCTCCATCCAGTCATTGGTTGCCAGTAACTATGCTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGTCTCTCCATCCAGTCATTGGTTGCCAGTAACTATGCTGACC  100

seq1  AGTCAAAGAACATCTCAGGACTGGTTTCCTTTAGTCCTCAGTGCAGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGAACATCTCAGGACTGGTTTCCTTTAGTCCTCAGTGCAGGACA  150

seq1  CTTCAAACAGATTTTGGGGTAATAGAATATGCAAGAGAACATAAGCCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACAGATTTTGGGGTAATAGAATATGCAAGAGAACATAAGCCACT  200

seq1  GTGTCTACCTACTCCTCAAGGTTTATGTAACTCTTGTTCACCCCCCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTACCTACTCCTCAAGGTTTATGTAACTCTTGTTCACCCCCCAACT  250

seq1  CCCAATAAAGAGAACTGTTCCACTGAAACTGTAACCAGGGGCATTTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAAAGAGAACTGTTCCACTGAAACTGTAACCAGGGGCATTTACTT  300

seq1  CTCCTGAACTCATGTCAACAGAGATCCTGCTAAAATATCCATCTACCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAACTCATGTCAACAGAGATCCTGCTAAAATATCCATCTACCTAT  350

seq1  TAAAGTTTCATTTCTTCTAGTCCAGTTGAGGATACAAGGGTGCCTGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTCATTTCTTCTAGTCCAGTTGAGGATACAAGGGTGCCTGGATA  400

seq1  CCCTGAGAGGAAAACAGTATGTACCAACAGAAAACAGCAAACAAACAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGAGGAAAACAGTATGTACCAACAGAAAACAGCAAACAAACAAAT  450

seq1  AACCAACCAAACAAAACAACATAGTATACATCTTTCCTTGGTTTAATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAAACAAAACAACATAGTATACATCTTTCCTTGGTTTAATTGA  500

seq1  TCAAAAAAACAAAAACAAAATAAAAACAAAATACAAAACAAACAAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAAACAAAAACAAAATAAAAACAAAATACAAAACAAACAAAAAAT  550

seq1  ATACCAAACAAAAACAAATAAAAAAACAAGACAAAACAGAACAACAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAACAAAAACAAATAAAAAAACAAGACAAAACAGAACAACAACAA  600

seq1  AAAAAAAAACAAATACAATCTAATTGAAACATGACAGTAATACTGAATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACAAATACAATCTAATTGAAACATGACAGTAATACTGAATTG  650

seq1  CTGCAACCTCAATCTAAAGAAAACAATGGCTAGAAAACTCTGCCTTTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCTCAATCTAAAGAAAACAATGGCTAGAAAACTCTGCCTTTGGG  700

seq1  GAGAACTTGGGGGCAGTTATGGTTGTTACTGGTAAAACACAGAACCTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTGGGGGCAGTTATGGTTGTTACTGGTAAAACACAGAACCTAAG  750

seq1  AAATTTCAAACTCCCAATTAACTCTGTGCTCATTATTTTATCTTCTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCAAACTCCCAATTAACTCTGTGCTCATTATTTTATCTTCTATTT  800

seq1  AGTTTAA-GGAGACATCAGCATATCTCCAGTATTTTGGCTTAGGACATGT  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAGGGAGACATCAGCATATCTCCAGTATTTTGGCTTAGGACATGT  850

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTGTTTGTTTTCAAGGACATGTTT  899
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTG-TTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTGTTTG-TTTCAAGGACATGTTT  898

seq1  TTACATTATGAG-AAATTCCTAAAGATTTAAAAGTATG-CTTAGATTA-C  946
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  TTACATTATGAGAAAATTCCT-AAGATTTAAAAGTATGCCTTAGATTACC  947

seq1  CAAAACTATCTAACAG-CTGTATGG-CCAAAACTGTAAAATCCTAATCTT  994
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||  |||||
seq2  CAAAACTATCTAACAGCCTGTATGGCCCAAAACTGT--AATCCCTATCTT  995

seq1  ACAAAAGTTA-CTAACTTGTTATAAATTGTATAAAGGCAATTAAGAAATG  1043
      || ||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||  |||||||||
seq2  AC-AAAGTTACCTACCTTGTTAT-AATTGTATAAAGCCA--TAAGAAATG  1041

seq1  -ATACTGGTCAATAACCTTATAAATGATGAA-CTTTAATGTG-CACAGAA  1090
       |||||| ||||| ||| ||||| ||||||| ||| |||||| |||||||
seq2  AATACTGTTCAAT-ACCCTATAATTGATGAACCTTGAATGTGCCACAGAA  1090

seq1  ATTTTTGTAGCTATAATA  1108
      ||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTAGCTATAATA  1108