BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257C07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 190,560,186 - 190,724,606
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsh2a
Upstream geneEsrrg, 9330162B11Rik
Downstream geneKctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307, Cenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257C07.bB6Ng01-257C07.g
ACCGA062917GA062918
length1,1311,103
definitionB6Ng01-257C07.b B6Ng01-257C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(190,723,499 - 190,724,606)(190,560,186 - 190,561,304)
sequence
gaattctggacaggaaagaagcagagtctcactagaggctagtgagtggt
cagtcgggagggacggtggaggctagctgagggtggcagaaccagagggg
gctgttaatggcacctggaagtgacatcagagcaaaaatgtgtaagaact
gatggtattcaaagagttctgcactacaagctatgccataatgcacagac
ctgagcattctgctcaatagtgctgtggacagatgggaatgtaactcatt
tactcaattgctgcttagctggcagaaagagactaccatcacctcagaca
accaagagcaatgtcctgggaggaaggcctgaaaacctttacaacgctgt
gtccgacaaaacacctattattattagtattagtactttagaaaagagga
gtttcagccaggttcccgtgtgatgactctatgtccagcaaccaaagcat
atgtacatgtgctctaaccatctagttgtggtggaatagcctagattgtt
tggttggctctgggagttttttcataatccatggattttgggagcagcct
tatccacttttgcagagtacctcagcataatgacctagtaaatagcctat
gtctgtgtacaggaaagcaaccctaatgagatccagtgacctgtacataa
agacatagaagtaggaggtgccatcctgggaagaagaggtccagagggaa
tggcaggaggtaagaggacaacaggtgtgactatgatcacaacacattgt
atgctttatgtgcaacaggcaagctgaagagggagtggcctggcgagtca
tgttctctgctgcaagagtggtataaatgtcacaaaagtaagccaacacc
tgccgtttgtgtgtaagccctgttccacgggatgaacccatacctgccac
aattgttggcatgagaacctgtagtcacaggtcacaggcccaagctacat
ggacacaggatgcatgactccgtgttttattgtcacagccatatattatg
ctctctcaagcctcattaaagaaacttcttgttttgtagtagatggtagt
taacacagagacctacaatggggacgagaacacaattgaacaagaaacta
gaggatgccttattctctctaaatggaatat

gaattcccacctctctgatctcattcctcaccaggtcccttcccatcatc
agaacgaaccacactctggcttagctaggaagttcttcaggaagctgcct
gtctactctcttgctggcctgaatctgagttgaaataagcatactcgtgg
cagctacttctaggtctgtgcagataaaaaaacttgagttggggcaatct
gagtagaattctgagactaaacgtcaaggacaccttttttctacactgga
acttgaaacagtggccactaattttattcaagtaatggagggactggaga
ggaagttcagttgatagtgcttgcctgacatgcaggaatccctggcttta
atccaagaaggaagaataaatgggggtgtccaaggcaggtagagacaaga
gggtcagaagttcaaggccgcctttaattatctagtaagtaattgcctaa
gcctcatcaacagctggggttaaaggcaggatgtgtttctttttcttaac
attcaaaatacatggcacaagtctttgtagtgtgagaccatttgttttca
tcagtccctatttgtaagtccaaaaatgttcagcctacttttcccctaaa
gtggggcatctcatcagtctgggagggaactgtaaataagccctcagagg
gctcagaagggatgggtgcatacggcctgctccatacgctaccttcatca
gccctgacagtagccaggcctccccttcctgctggtgacccacagctccc
agctcccaaggaacaagctcagtccgcactgctgtccgctgtgttgggac
attgggacaccacgacaaaccttgcccctggacccacccacttcccctag
gaacctgggggaattgcctttgggacctaccccaatcctcatagatggta
aaaaccacggatgctaaagacctttctgtgaaactcggaagtatttgcat
ccctctcccccccccccgcccccccaggctggcacgtgcttaatatcccc
tcactgctacagtgcttgaagtgtaacagatagtgtgtactgcactgttc
agcaaaaatgagaaaaaaacagtcagataccagatgccgtaatttttcga
aat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_190723499_190724606
seq2: B6Ng01-257C07.b_63_1178 (reverse)

seq1  ATATTCCATTTAGAGATAA----GCATCCTCTAGTTTCTTGTTCAA-TGT  45
      |||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTCCATTTAGAGAGAATAAGGCATCCTCTAGTTTCTTGTTCAATTGT  50

seq1  G-TCTCGT-CCCATTGTAGGTCTCTGTGTTAACTACCATCTACTACAAA-  92
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTCTCGTCCCCATTGTAGGTCTCTGTGTTAACTACCATCTACTACAAAA  100

seq1  -CAGAAGTTTCTTTAATGAGGCTTGAGAGAGCATAATATATGGCTGTGAC  141
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTTTCTTTAATGAGGCTTGAGAGAGCATAATATATGGCTGTGAC  150

seq1  AATAAAACACGGAGTCATTGCATCCTGTGTCCATGTAGCTTGGGCCTGTG  191
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACACGGAGTCA-TGCATCCTGTGTCCATGTAGCTTGGGCCTGTG  199

seq1  ACCTGTGACTACAGGTTCTCATGCCAACAATTGTGGCAGGTATGGGTTCA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGACTACAGGTTCTCATGCCAACAATTGTGGCAGGTATGGGTTCA  249

seq1  TCCCGTGGAACAGGGCTTACACACAAACGGCAGGTGTTGGCTTACTTTTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTGGAACAGGGCTTACACACAAACGGCAGGTGTTGGCTTACTTTTG  299

seq1  TGACATTTATACCACTCTTGCAGCAGAGAACATGACTCGCCAGGCCACTC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTATACCACTCTTGCAGCAGAGAACATGACTCGCCAGGCCACTC  349

seq1  CCTCTTCAGCTTGCCTGTTGCACATAAAGCATACAATGTGTTGTGATCAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCAGCTTGCCTGTTGCACATAAAGCATACAATGTGTTGTGATCAT  399

seq1  AGTCACACCTGTTGTCCTCTTACCTCCTGCCATTCCCTCTGGACCTCTTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACCTGTTGTCCTCTTACCTCCTGCCATTCCCTCTGGACCTCTTC  449

seq1  TTCCCAGGATGGCACCTCCTACTTCTATGTCTTTATGTACAGGTCACTGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGATGGCACCTCCTACTTCTATGTCTTTATGTACAGGTCACTGG  499

seq1  ATCTCATTAGGGTTGCTTTCCTGTACACAGACATAGGCTATTTACTAGGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTAGGGTTGCTTTCCTGTACACAGACATAGGCTATTTACTAGGT  549

seq1  CATTATGCTGAGGTACTCTGCAAAAGTGGATAAGGCTGCTCCCAAAATCC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCTGAGGTACTCTGCAAAAGTGGATAAGGCTGCTCCCAAAATCC  599

seq1  ATGGATTATGAAAAAACTCCCAGAGCCAACCAAACAATCTAGGCTATTCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTATGAAAAAACTCCCAGAGCCAACCAAACAATCTAGGCTATTCC  649

seq1  ACCACAACTAGATGGTTAGAGCACATGTACATATGCTTTGGTTGCTGGAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAACTAGATGGTTAGAGCACATGTACATATGCTTTGGTTGCTGGAC  699

seq1  ATAGAGTCATCACACGGGAACCTGGCTGAAACTCCTCTTTTCTAAAGTAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTCATCACACGGGAACCTGGCTGAAACTCCTCTTTTCTAAAGTAC  749

seq1  TAATACTAATAATAATAGGTGTTTTGTCGGACACAGCGTTGTAAAGGTTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTAATAATAATAGGTGTTTTGTCGGACACAGCGTTGTAAAGGTTT  799

seq1  TCAGGCCTTCCTCCCAGGACATTGCTCTTGGTTGTCTGAGGTGATGGTAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCTTCCTCCCAGGACATTGCTCTTGGTTGTCTGAGGTGATGGTAG  849

seq1  TCTCTTTCTGCCAGCTAAGCAGCAATTGAGTAAATGAGTTACATTCCCAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTGCCAGCTAAGCAGCAATTGAGTAAATGAGTTACATTCCCAT  899

seq1  CTGTCCACAGCACTATTGAGCAGAATGCTCAGGTCTGTGCATTATGGCAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCACAGCACTATTGAGCAGAATGCTCAGGTCTGTGCATTATGGCAT  949

seq1  AGCTTGTAGTGCAGAACTCTTTGAATACCATCAGTTCTTACACATTTTTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTAGTGCAGAACTCTTTGAATACCATCAGTTCTTACACATTTTTG  999

seq1  CTCTGATGTCACTTCCAGGTGCCATTAACAGCCCCCTCTGGTTCTGCCAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATGTCACTTCCAGGTGCCATTAACAGCCCCCTCTGGTTCTGCCAC  1049

seq1  CCTCAGCTAGCCTCCACCGTCCCTCCCGACTGACCACTCACTAGCCTCTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTAGCCTCCACCGTCCCTCCCGACTGACCACTCACTAGCCTCTA  1099

seq1  GTGAGACTCTGCTTCTT  1108
      |||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTCTGCTTCTT  1116


seq1: chr1_190560186_190561304
seq2: B6Ng01-257C07.g_69_1171

seq1  GAATTCCCACCTCTCTGATCTCATTCCTCACCAGGTCCCTTCCCATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACCTCTCTGATCTCATTCCTCACCAGGTCCCTTCCCATCATC  50

seq1  AGAACGAACCACACTCTGGCTTAGCTAGGAAGTTCTTCAGGAAGCTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAACCACACTCTGGCTTAGCTAGGAAGTTCTTCAGGAAGCTGCCT  100

seq1  GTCTACTCTCTTGCTGGCCTGAATCTGAGTTGAAATAAGCATACTCGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTCTCTTGCTGGCCTGAATCTGAGTTGAAATAAGCATACTCGTGG  150

seq1  CAGCTACTTCTAGGTCTGTGCAGATAAAAAAACTTGAGTTGGGGCAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTTCTAGGTCTGTGCAGATAAAAAAACTTGAGTTGGGGCAATCT  200

seq1  GAGTAGAATTCTGAGACTAAACGTCAAGGACACCTTTTTTCTACACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAATTCTGAGACTAAACGTCAAGGACACCTTTTTTCTACACTGGA  250

seq1  ACTTGAAACAGTGGCCACTAATTTTATTCAAGTAATGGAGGGACTGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAACAGTGGCCACTAATTTTATTCAAGTAATGGAGGGACTGGAGA  300

seq1  GGAAGTTCAGTTGATAGTGCTTGCCTGACATGCAGGAATCCCTGGCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTCAGTTGATAGTGCTTGCCTGACATGCAGGAATCCCTGGCTTTA  350

seq1  ATCCAAGAAGGAAGAATAAATGGGGGTGTCCAAGGCAGGTAGAGACAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGAAGGAAGAATAAATGGGGGTGTCCAAGGCAGGTAGAGACAAGA  400

seq1  GGGTCAGAAGTTCAAGGCCGCCTTTAATTATCTAGTAAGTAATTGCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGAAGTTCAAGGCCGCCTTTAATTATCTAGTAAGTAATTGCCTAA  450

seq1  GCCTCATCAACAGCTGGGGTTAAAGGCAGGATGTGTTTCTTTTTCTTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATCAACAGCTGGGGTTAAAGGCAGGATGTGTTTCTTTTTCTTAAC  500

seq1  ATTCAAAATACATGGCACAAGTCTTTGTAGTGTGAGACCATTTGTTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAATACATGGCACAAGTCTTTGTAGTGTGAGACCATTTGTTTTCA  550

seq1  TCAGTCCCTATTTGTAAGTCCAAAAATGTTCAGCCTACTTTTCCCCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCCTATTTGTAAGTCCAAAAATGTTCAGCCTACTTTTCCCCTAAA  600

seq1  GTGGGGCATCTCATCAGTCTGGGAGGGAACTGTAAATAAGCCCTCAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCATCTCATCAGTCTGGGAGGGAACTGTAAATAAGCCCTCAGAGG  650

seq1  GCTCAGAAGGGATGGGTGCATACGGCCTGCTCCATACGCTACCTTCATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAGGGATGGGTGCATACGGCCTGCTCCATACGCTACCTTCATCA  700

seq1  GCCCTGACAGTAGCCAGGCCTCCCCTTCCTGCTGGTGACCCACAGCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGACAGTAGCCAGGCCTCCCCTTCCTGCTGGTGACCCACAGCTCCC  750

seq1  AGCTCCCAAGGAACAAGCTCAGTCCGCACTGCTGTCCGCTGTGTTGGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCAAGGAACAAGCTCAGTCCGCACTGCTGTCCGCTGTGTTGGGAC  800

seq1  ATTGGGACACCACGACAAACCTTGCCCCTGGACCCACCCACTTCCCCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGACACCACGACAAACCTTGCCCCTGGACCCACCCACTTCCCCTAG  850

seq1  GAACCTGGGGGAATTGCCTTTGGGACCTACCCCAATCCTCATAGATGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGGGGGAATTGCCTTTGGGACCTACCCCAATCCTCATAGATGGTA  900

seq1  AAAACCACGGATGCTAAAGACCTTTCTGTGAAACTCGGAAGTATTTGCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACGGATGCTAAAGACCTTTCTGTGAAACTCGGAAGTATTTGCAT  950

seq1  CCCCTCT-CCCCCCCCCCGCCCCCCCAGGCTGGCACGTGCTTAAATAATC  999
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  -CCCTCTCCCCCCCCCCCGCCCCCCCAGGCTGGCACGTGCTTAA--TATC  997

seq1  CCCTCACTGCTTACAGTGCTTTGGAAGGTGTAAACAGGAATAGTTGTTGT  1049
      |||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||  |||||   |||
seq2  CCCTCACTGC-TACAGTGCTT--GAA-GTGT-AACAG--ATAGT--GTGT  1038

seq1  ACTGCACTGTTCAGGGAAAAAAATGAGAAAAAAAACAGGTTCAG-TACCA  1098
      ||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||  |||| |||||
seq2  ACTGCACTGTTCAG---CAAAAATGAG-AAAAAAACAG--TCAGATACCA  1082

seq1  GATGCTGTTATTTTTCTAAAT  1119
      ||||| || ||||||| ||||
seq2  GATGCCGTAATTTTTCGAAAT  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |