BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257E13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,466,005 - 187,595,257
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Downstream geneLOC677785, Lyplal1, Tgfb2, Rrp15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257E13.bB6Ng01-257E13.g
ACCGA063024GA063025
length1,1851,156
definitionB6Ng01-257E13.b B6Ng01-257E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,594,094 - 187,595,257)(187,466,005 - 187,467,164)
sequence
gaattctagaagaaatatcaaaatatcctagggattgacctctgaggcaa
acaggtctggccttcaatattaggtgtgctaccatttattagctttgggg
tttgaggtaaattagttaaccttttctaacttgttgcccttcttagagtg
gctattcaaacccattgtcttgggccagtagaagctaaactaattgtctc
ccagtaactggttaaatgttgctccgagaagaccttagtctggaagacaa
ctttatagtccctttatgacactgtaaaatggggggtggggggacaaaag
gtcatactatagggcatttaggaggttgaatataatatattgtaactgct
actacactgccctgtacatagaaatgttctgcacaaactcatgaccattt
tcttcacttgtcttaacaccacacctacttattgcaacaagtgttaaaga
ttcactctgagaaaagacaattaaaatatctcatcaataatttcatgtcg
atggcataaccgcatgaccaacatgatagcacttgggtataatcaatgaa
ataaaatactgtgtgaattggtgcacagcatattttggaatacttactag
tgacttctgcataacaatgatcccacttcccatttcatatacgaattttt
gtcagacaaatttaagaatagtgctatttaacaactgaaacaacaaaggc
tccatgaaatattataatttgtcagacatgacaaattttctagtaatagt
ttttgtccacatattggctggaacttaatgatctttgtgctttatcatgt
ttatctcttcagtatctattgaatcactattctgcatatgtattaagggc
attgtaatttatacaggccaagtccttcattacactttatgtgatacata
ctgtgtacctctttgttttagatacaaatatctctgaatgtagaactctg
cctaacaataacagtatgggaaaagtagacagaataaatcaaaatatctc
tgcctaatgtacagaaataagacctgctatgtgtcatcagaaggacggcc
aagtgtaaatcgtgaacctttcctttagaattgccaaagaagaaacggag
tttctttaagtaaaaaatttctttccttcttggatttcaagaaaatttag
aaatgtgcagccacccaaggtaatttggttaaggt
cgcggaattctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctattgcactaggctttggaaacattggcaagtgaaatgtattcctg
ctcaaggatattcaattttgatagggggcttatggatcaagcaatcactg
ataaatacagagttgtacgtggtctgagatacagaagcagggtggtctga
gttgtgtgttaaagagaagctagttcagtttaagctcattttgctctagg
ggagggacctttgagtggaggtgtgaagtgcaaggagaactaatcttgat
gatggaagaatgttctactgggtgggaagatgacggagcagaacagtgtg
cagaaatggcacgtggccgaaggaaacacagcgtgctagaggtcctgaaa
gtccaacactttcaatgcaaagatgggagatggaagctgcgagaggagcc
caggaggcagctgagcagagccttcagggctatgcagggggttggatagt
tctccttagaggacatggatagaggctgtgcatgtacgtgcacgtgagag
gccaagtctttcacattcagactccatattttagagaacctgaccaggag
tagagacatgcatgcccgaggctgttcagggttctgcggtaaggaaggta
agatttagaggtagccagaatgaggatgccggtgttaaatatgaagagaa
gtagatgactgtgagagacatttgtactcttggagccagcaggatttggt
gatgcatagaaagcatggacgaggcctgtgataggtggacaagtttccac
gcaatcccagatacaagaaaggatcaataccaaatgaatgtgagtggctt
tgagttggatagatgcctatggaacttttaggatgacctgtccagtaatc
atttgatctctggggtataatatggggaagacttatccctgagagtgtga
atctgtaagtaatgatcgtagtatgggtctcctaatgcagatgatacgga
gacatgtagggtagcaggagttgacagtatgtatgttagagcataagaga
gggtaccagccaggatcattccacgaaggtagagagcctcttgcaccata
acattttccatcaaggcccattgatgatttagaagagaacagatctgaac
tgagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187594094_187595257
seq2: B6Ng01-257E13.b_45_1229 (reverse)

seq1  ACCTT-ACCAAATCAC---TGGTGGCTG--CATTTCTAAATTTTC-TGAA  43
      ||||| ||||||| ||    ||||||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTTAACCAAATTACCTTGGGTGGCTGCACATTTCTAAATTTTCTTGAA  50

seq1  CTC--AGA--GGAAGAAA-TTTTTAC-TAAAGAAACT-CGTT--CTCTTT  84
       ||  |||  | |||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||||
seq2  ATCCAAGAAGGAAAGAAATTTTTTACTTAAAGAAACTCCGTTTCTTCTTT  100

seq1  GGCAATCCTAA--GGAAGGTTCACGA-TTACACTTGGCCGTCCTTCTGAT  131
      |||||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTCTAAAGGAAAGGTTCACGATTTACACTTGGCCGTCCTTCTGAT  150

seq1  GACACATAGCAGGTC-TATTTCTGTACA-TAGGCAGAGATATTTTTGATT  179
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GACACATAGCAGGTCTTATTTCTGTACATTAGGCAGAGATA-TTTTGATT  199

seq1  TATTCTGTCTACTTTT-CCATACTGTTATTGTTAGGCAGAGTTCTACATT  228
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTCTACTTTTCCCATACTGTTATTGTTAGGCAGAGTTCTACATT  249

seq1  CAGAGATATTTGTATCTAAAACAAAGAGGTACACAGTATGTATCACATAA  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATATTTGTATCTAAAACAAAGAGGTACACAGTATGTATCACATAA  299

seq1  AGTGTAATGAAGGACTTGGCCTGTATAAATTACAATGCCCTTAATACATA  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAATGAAGGACTTGGCCTGTATAAATTACAATGCCCTTAATACATA  349

seq1  TGCAGAATAGTGATTCAATAGATACTGAAGAGATAAACATGATAAAGCAC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATAGTGATTCAATAGATACTGAAGAGATAAACATGATAAAGCAC  399

seq1  AAAGATCATTAAGTTCCAGCCAATATGTGGACAAAAACTATTACTAGAAA  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCATTAAGTTCCAGCCAATATGTGGACAAAAACTATTACTAGAAA  449

seq1  ATTTGTCATGTCTGACAAATTATAATATTTCATGGAGCCTTTGTTGTTTC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCATGTCTGACAAATTATAATATTTCATGGAGCCTTTGTTGTTTC  499

seq1  AGTTGTTAAATAGCACTATTCTTAAATTTGTCTGACAAAAATTCGTATAT  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTAAATAGCACTATTCTTAAATTTGTCTGACAAAAATTCGTATAT  549

seq1  GAAATGGGAAGTGGGATCATTGTTATGCAGAAGTCACTAGTAAGTATTCC  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGGAAGTGGGATCATTGTTATGCAGAAGTCACTAGTAAGTATTCC  599

seq1  AAAATATGCTGTGCACCAATTCACACAGTATTTTATTTCATTGATTATAC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGCTGTGCACCAATTCACACAGTATTTTATTTCATTGATTATAC  649

seq1  CCAAGTGCTATCATGTTGGTCATGCGGTTATGCCATCGACATGAAATTAT  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGCTATCATGTTGGTCATGCGGTTATGCCATCGACATGAAATTAT  699

seq1  TGATGAGATATTTTAATTGTCTTTTCTCAGAGTGAATCTTTAACACTTGT  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGATATTTTAATTGTCTTTTCTCAGAGTGAATCTTTAACACTTGT  749

seq1  TGCAATAAGTAGGTGTGGTGTTAAGACAAGTGAAGAAAATGGTCATGAGT  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAAGTAGGTGTGGTGTTAAGACAAGTGAAGAAAATGGTCATGAGT  799

seq1  TTGTGCAGAACATTTCTATGTACAGGGCAGTGTAGTAGCAGTTACAATAT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAGAACATTTCTATGTACAGGGCAGTGTAGTAGCAGTTACAATAT  849

seq1  ATTATATTCAACCTCCTAAATGCCCTATAGTATGACCTTTTGTCCCCCCA  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTCAACCTCCTAAATGCCCTATAGTATGACCTTTTGTCCCCCCA  899

seq1  CCCCCCATTTTACAGTGTCATAAAGGGACTATAAAGTTGTCTTCCAGACT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCATTTTACAGTGTCATAAAGGGACTATAAAGTTGTCTTCCAGACT  949

seq1  AAGGTCTTCTCGGAGCAACATTTAACCAGTTACTGGGAGACAATTAGTTT  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTTCTCGGAGCAACATTTAACCAGTTACTGGGAGACAATTAGTTT  999

seq1  AGCTTCTACTGGCCCAAGACAATGGGTTTGAATAGCCACTCTAAGAAGGG  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTACTGGCCCAAGACAATGGGTTTGAATAGCCACTCTAAGAAGGG  1049

seq1  CAACAAGTTAGAAAAGGTTAACTAATTTACCTCAAACCCCAAAGCTAATA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGTTAGAAAAGGTTAACTAATTTACCTCAAACCCCAAAGCTAATA  1099

seq1  AATGGTAGCACACCTAATATTGAAGGCCAGACCTGTTTGCCTCAGAGGTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTAGCACACCTAATATTGAAGGCCAGACCTGTTTGCCTCAGAGGTC  1149

seq1  AATCCCTAGGATATTTTGATATTTCTTCTAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTAGGATATTTTGATATTTCTTCTAGAATTC  1185

seq1: chr1_187466005_187467164
seq2: B6Ng01-257E13.g_69_1220

seq1  GAATTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  50

seq1  TATTGCACTAGGCTTTGGAAACATTGGCAAGTGAAATGTATTCCTGCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCACTAGGCTTTGGAAACATTGGCAAGTGAAATGTATTCCTGCTCA  100

seq1  AGGATATTCAATTTTGATAGGGGGCTTATGGATCAAGCAATCACTGATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATTCAATTTTGATAGGGGGCTTATGGATCAAGCAATCACTGATAA  150

seq1  ATACAGAGTTGTACGTGGTCTGAGATACAGAAGCAGGGTGGTCTGAGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGTTGTACGTGGTCTGAGATACAGAAGCAGGGTGGTCTGAGTTG  200

seq1  TGTGTTAAAGAGAAGCTAGTTCAGTTTAAGCTCATTTTGCTCTAGGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAAAGAGAAGCTAGTTCAGTTTAAGCTCATTTTGCTCTAGGGGAG  250

seq1  GGACCTTTGAGTGGAGGTGTGAAGTGCAAGGAGAACTAATCTTGATGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTTGAGTGGAGGTGTGAAGTGCAAGGAGAACTAATCTTGATGATG  300

seq1  GAAGAATGTTCTACTGGGTGGGAAGATGACGGAGCAGAACAGTGTGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGTTCTACTGGGTGGGAAGATGACGGAGCAGAACAGTGTGCAGA  350

seq1  AATGGCACGTGGCCGAAGGAAACACAGCGTGCTAGAGGTCCTGAAAGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCACGTGGCCGAAGGAAACACAGCGTGCTAGAGGTCCTGAAAGTCC  400

seq1  AACACTTTCAATGCAAAGATGGGAGATGGAAGCTGCGAGAGGAGCCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTCAATGCAAAGATGGGAGATGGAAGCTGCGAGAGGAGCCCAGG  450

seq1  AGGCAGCTGAGCAGAGCCTTCAGGGCTATGCAGGGGGTTGGATAGTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCTGAGCAGAGCCTTCAGGGCTATGCAGGGGGTTGGATAGTTCTC  500

seq1  CTTAGAGGACATGGATAGAGGCTGTGCATGTACGTGCACGTGAGAGGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGGACATGGATAGAGGCTGTGCATGTACGTGCACGTGAGAGGCCA  550

seq1  AGTCTTTCACATTCAGACTCCATATTTTAGAGAACCTGACCAGGAGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCACATTCAGACTCCATATTTTAGAGAACCTGACCAGGAGTAGA  600

seq1  GACATGCATGCCCGAGGCTGTTCAGGGTTCTGCGGTAAGGAAGGTAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCATGCCCGAGGCTGTTCAGGGTTCTGCGGTAAGGAAGGTAAGAT  650

seq1  TTAGAGGTAGCCAGAATGAGGATGCCGGTGTTAAATATGAAGAGAAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGTAGCCAGAATGAGGATGCCGGTGTTAAATATGAAGAGAAGTAG  700

seq1  ATGACTGTGAGAGACATTTGTACTCTTGGAGCCAGCAGGATTTGGTGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTGAGAGACATTTGTACTCTTGGAGCCAGCAGGATTTGGTGATG  750

seq1  CATAGAAAGCATGGACGAGGCCTGTGATAGGTGGACAAGTTTCCACGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAGCATGGACGAGGCCTGTGATAGGTGGACAAGTTTCCACGCAA  800

seq1  TCCCAGATACAAGAAAGGATCAATACCAAATGAATGTGAGTGGCTTTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATACAAGAAAGGATCAATACCAAATGAATGTGAGTGGCTTTGAG  850

seq1  TTGGATAGATGCCTATGGAACTTTTAGGATGACCTGTCCAGTAATCATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATAGATGCCTATGGAACTTTTAGGATGACCTGTCCAGTAATCATTT  900

seq1  GATCTCTGGGGTATAATATGGGGAAGACTTATCCCTGAGAGTTGTGAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GATCTCTGGGGTATAATATGGGGAAGACTTATCCCTGAGAG-TGTGAATC  949

seq1  TGTAAGTAATGATCGTAGGTAT-GGTCTCCTAATGCAGATGATAAGGAGA  999
      ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTAAGTAATGATCGTA-GTATGGGTCTCCTAATGCAGATGATACGGAGA  998

seq1  CATGTAGGGTAAGGCAGGAGTTGACAGTATTGGTAATGTTAGAGCATAAG  1049
      |||||||||||  |||||||||||||||||  || |||||||||||||||
seq2  CATGTAGGGTA--GCAGGAGTTGACAGTAT--GT-ATGTTAGAGCATAAG  1043

seq1  AGAGGGTACCCAGGCCAAGGACCCATCCACAGAAGGTAGGAGAAGCTC-T  1098
      |||||||| ||||  | |||| |  ||||| ||||||| ||||  ||| |
seq2  AGAGGGTA-CCAG--CCAGGATCATTCCAC-GAAGGTA-GAGAGCCTCTT  1088

seq1  GCAACA-GACATTTTCAACCAAAGCCACTTGATGATTTAGAAGAG-ACAG  1146
      ||| ||  |||||||| | ||| |||  ||||||||||||||||| ||||
seq2  GCACCATAACATTTTCCATCAAGGCCCATTGATGATTTAGAAGAGAACAG  1138

seq1  ATCTGGACTGAGGA  1160
      ||||| ||||||||
seq2  ATCTGAACTGAGGA  1152