BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258P03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 31,742,662 - 31,864,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666056
Upstream geneEG624138, LOC100040699, Phf3, EG638995, Ptp4a1, EG435615, LOC669402, EG435616, 4931428L18Rik, LOC666020, Gluld1, 4930521A18Rik, EG226957, EG624262, LOC624275
Downstream geneLOC100041238, Khdrbs2, EG408191
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258P03.bB6Ng01-258P03.g
ACCGA064254GA064255
length1,1351,070
definitionB6Ng01-258P03.b B6Ng01-258P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,742,662 - 31,743,819)(31,863,057 - 31,864,135)
sequence
gaattccacatataattatacacataaacacacacaacattcacatgcat
gtgtgtctaaacacatatatacatgaatacacataacatatataaatact
actcacatacatttttatagtctaatatatacagtttctatttactagag
aaaaatagtatttgtctaacttccactactgcatttctcaaatcctagat
gtcacggattgattaagatcttattaaacatgacttgtgtgtcagaatcg
ggtcaggcatttattaacatattcttaatattctcaaaaaattctgggag
tatctgtgaaactataagtgtactttataaactaccaacaggtccatctt
ttctttaccactcttatgtagtactttcaggaatgggcacaaaaattact
caaagaacattttctgaaaagtaggaaacatctctgaggacctagcttca
agttagattttattctaattgtttcaaaaataagtaaatgttttaggtaa
tgtatatattctttgggtttattctgttacacctttaaacaaggctgata
gatgttgagttgataatctgataatggagaattgatgttcactaatccag
tgttgtgagctggctataggcttcttctaatcaagccccaactttaccat
ttcttaggctctatgccctaattacttacttattgaatgaattattccat
tcagtttctgatatagatacttcccaaatttttccacatttcaaacttta
tttattcaaattaatttatttcacaaaagagtaatatattaatatagaca
ccatcactaaacttcccttacagaccagggatctgcaactgaagttggct
gtaggtaccttgccctgtagctgttaaacataagtgttgtgagctcctca
taaggccggtggccagggcacagtcaactctttaaaatggctccttaagt
tggatttacaaaactggagggaaagttaatgctttcaaaggcatcacttt
gtcttctctattcacattttatacattataagagaagagaaacataaagg
ggatccagtgcatactttgttgtagtgcattgtttataactataaataaa
gtaacaaacttgtgcattagcagtattctcactga
gaattcacttcaattctggctgaaggaattctaagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagaaagaaatctcataaca
ggaagcaactgtaagtttgaggtggaataattatgatcaattttataccc
atctttcttttgcctgagtcttcaaactgtgattagttaaataacatgct
tgagagttatgtgcattaagataataaagccatttccatcctgagagggt
atttgatagaattaaatacgatgaagtctgggtaagtatttgaaaatgca
gtgctcattatttttaattgagaatttatttctttgagtaaccttcccat
ttagccctcaaaatcatgttcttcaatccatttagctggttttaaaattc
attatacagtgatcaggatgaccatggtaatattctatgtatgtctgata
tttcttcttaggaaccgctcaatgggtgataactttttctgtttgaaata
gactatgttgttcatcagacagatttatcctttgtgttgtttgcatattt
ttacctccattggaaaattatgttgaaaacagttcttttatttcacaatc
cctctggttcctccaatcccttcccctcttccgcaggattccccaagctc
tgcttaatgtttggttttaagtctcggcatctgtttctataagttgctga
atgaagccactttgttgacagttgtgctacgcacctgtctacaaatatag
cagaatatcattaatagtgtcagggtgggcttctcattacatgggtctca
atctgggccagttactttttggtcctttcctcaaattcttttccatcatt
acccctgcacatcttgtaggcaggacaatttgtgagcttaagatttgtgg
ctgggttagtgtccgagtccctccattggaagtcttgcattggaagtcta
caggagatcagttcatgctctgtattccccattactagagtcttagctag
ctccctccccctcattctactacctgggtcatagagctcatagaacctga
ctgtacagagaacaaacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_31742662_31743819
seq2: B6Ng01-258P03.b_44_1178

seq1  GAATTCCACATATAATTATACACATAAACACACACAACATTCACATGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATATAATTATACACATAAACACACACAACATTCACATGCAT  50

seq1  GTGTGTCTAAACACATATATACATGAATACACATAACATATATAAATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTAAACACATATATACATGAATACACATAACATATATAAATACT  100

seq1  ACTCACATACATTTTTATAGTCTAATATATACAGTTTCTATTTACTAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACATACATTTTTATAGTCTAATATATACAGTTTCTATTTACTAGAG  150

seq1  AAAAATAGTATTTGTCTAACTTCCACTACTGCATTTCTCAAATCCTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGTATTTGTCTAACTTCCACTACTGCATTTCTCAAATCCTAGAT  200

seq1  GTCACGGATTGATTAAGATCTTATTAAACATGACTTGTGTGTCAGAATCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGGATTGATTAAGATCTTATTAAACATGACTTGTGTGTCAGAATCG  250

seq1  GGTCAGGCATTTATTAACATATTCTTAATATTCTCAAAAAATTCTGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGCATTTATTAACATATTCTTAATATTCTCAAAAAATTCTGGGAG  300

seq1  TATCTGTGAAACTATAAGTGTACTTTATAAACTACCAACAGGTCCATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGAAACTATAAGTGTACTTTATAAACTACCAACAGGTCCATCTT  350

seq1  TTCTTTACCACTCTTATGTAGTACTTTCAGGAATGGGCACAAAAATTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACCACTCTTATGTAGTACTTTCAGGAATGGGCACAAAAATTACT  400

seq1  CAAAGAACATTTTCTGAAAAGTAGGAAACATCTCTGAGGACCTAGCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACATTTTCTGAAAAGTAGGAAACATCTCTGAGGACCTAGCTTCA  450

seq1  AGTTAGATTTTATTCTAATTGTTTCAAAAATAAGTAAATGTTTTAGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTTTATTCTAATTGTTTCAAAAATAAGTAAATGTTTTAGGTAA  500

seq1  TGTATATATTCTTTGGGTTTATTCTGTTACACCTTTAAACAAGGCTGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTCTTTGGGTTTATTCTGTTACACCTTTAAACAAGGCTGATA  550

seq1  GATGTTGAGTTGATAATCTGATAATGGAGAATTGATGTTCACTAATCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGAGTTGATAATCTGATAATGGAGAATTGATGTTCACTAATCCAG  600

seq1  TGTTGTGAGCTGGCTATAGGCTTCTTCTAATCAAGCCCCAACTTTACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAGCTGGCTATAGGCTTCTTCTAATCAAGCCCCAACTTTACCAT  650

seq1  TTCTTAGGCTCTATGCCCTAATTACTTACTTATTGAATGAATTATTCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGGCTCTATGCCCTAATTACTTACTTATTGAATGAATTATTCCAT  700

seq1  TCAGTTTCTGATATAGATACTTCCCAAATTTTTCCACATTTCAAACTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCTGATATAGATACTTCCCAAATTTTTCCACATTTCAAACTTTA  750

seq1  TTTATTCAAATTAATTTATTTCACAAAAGAGTAATATATTAATATAGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAAATTAATTTATTTCACAAAAGAGTAATATATTAATATAGACA  800

seq1  CCATCACTAAACTTCCCTTACAGACCAGGGATCTGCAACTGAAGTTGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACTAAACTTCCCTTACAGACCAGGGATCTGCAACTGAAGTTGGCT  850

seq1  GTAGGTACCTTGCCCTGTAGCTGTTAAACATAAGTGTTGTGAGCTCCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTACCTTGCCCTGTAGCTGTTAAACATAAGTGTTGTGAGCTCCTCA  900

seq1  TAAGGCCGGTGGCCAGGGCACAGTCAACTCTTTAAAATGGCTCCTTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCCGGTGGCCAGGGCACAGTCAACTCTTTAAAATGGCTCCTTAAGT  950

seq1  TGGATTTAACAAAAACTGGAGGGAAAGTTAATGCTTTCAAAAGGCAATCA  1000
      ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TGGATTTA--CAAAACTGGAGGGAAAGTTAATGCTTTC-AAAGGC-ATCA  996

seq1  CTTTGTCTTCTCTATTCACATTTTATACAATTATAAAGAGAAAGAGGAAA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||
seq2  CTTTGTCTTCTCTATTCACATTTTATAC-ATTAT-AAGAG-AAGA-GAAA  1042

seq1  CATAAAGGGGGATCCAAGTGCATACTTTGTTGTAAGTTGCAATTGTTTAT  1100
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||||||
seq2  CATAAA-GGGGATCC-AGTGCATACTTTGTTGTA--GTGC-ATTGTTTAT  1087

seq1  AAATTAATAAAATAAAAAGTAAACAAAACTTGTGCCCAATAAGCAGTATT  1150
      || |  ||||   | |||||||   ||||||||||   || |||||||||
seq2  AACT--ATAA---ATAAAGTAA--CAAACTTGTGC---ATTAGCAGTATT  1127

seq1  CTCACTGA  1158
      ||||||||
seq2  CTCACTGA  1135

seq1: chr1_31863057_31864135
seq2: B6Ng01-258P03.g_67_1136 (reverse)

seq1  CATGTTTGTTCTCTGGTTAACAGTTCAGTTTCTATGAGCCTCTATGGACC  50
      |||||||||||||||    |||| |||| ||||||||| |||||| ||||
seq2  CATGTTTGTTCTCTG---TACAG-TCAGGTTCTATGAG-CTCTAT-GACC  44

seq1  CAGGGTAGTAGGAATGAGGGGGAGGGAGCTAGCTAAGACTCCTAGTAATG  100
      || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CA-GGTAGTA-GAATGAGGGGGAGGGAGCTAGCTAAGACT-CTAGTAATG  91

seq1  GGGAATACAGAGCATGAACTGATCTCCTGTAGACTTCCAATGCAAGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATACAGAGCATGAACTGATCTCCTGTAGACTTCCAATGCAAGACTT  141

seq1  CCAATGGAGGGACTCGGACACTAACCCAGCCACAAATCTTAAGCTCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGAGGGACTCGGACACTAACCCAGCCACAAATCTTAAGCTCACAA  191

seq1  ATTGTCCTGCCTACAAGATGTGCAGGGGTAATGATGGAAAAGAATTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCTGCCTACAAGATGTGCAGGGGTAATGATGGAAAAGAATTTGAG  241

seq1  GAAAGGACCAAAAAGTAACTGGCCCAGATTGAGACCCATGTAATGAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGACCAAAAAGTAACTGGCCCAGATTGAGACCCATGTAATGAGAAG  291

seq1  CCCACCCTGACACTATTAATGATATTCTGCTATATTTGTAGACAGGTGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCTGACACTATTAATGATATTCTGCTATATTTGTAGACAGGTGCG  341

seq1  TAGCACAACTGTCAACAAAGTGGCTTCATTCAGCAACTTATAGAAACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAACTGTCAACAAAGTGGCTTCATTCAGCAACTTATAGAAACAGA  391

seq1  TGCCGAGACTTAAAACCAAACATTAAGCAGAGCTTGGGGAATCCTGCGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGAGACTTAAAACCAAACATTAAGCAGAGCTTGGGGAATCCTGCGGA  441

seq1  AGAGGGGAAGGGATTGGAGGAACCAGAGGGATTGTGAAATAAAAGAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGAAGGGATTGGAGGAACCAGAGGGATTGTGAAATAAAAGAACTG  491

seq1  TTTTCAACATAATTTTCCAATGGAGGTAAAAATATGCAAACAACACAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAACATAATTTTCCAATGGAGGTAAAAATATGCAAACAACACAAAG  541

seq1  GATAAATCTGTCTGATGAACAACATAGTCTATTTCAAACAGAAAAAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCTGTCTGATGAACAACATAGTCTATTTCAAACAGAAAAAGTTA  591

seq1  TCACCCATTGAGCGGTTCCTAAGAAGAAATATCAGACATACATAGAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCATTGAGCGGTTCCTAAGAAGAAATATCAGACATACATAGAATAT  641

seq1  TACCATGGTCATCCTGATCACTGTATAATGAATTTTAAAACCAGCTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGTCATCCTGATCACTGTATAATGAATTTTAAAACCAGCTAAAT  691

seq1  GGATTGAAGAACATGATTTTGAGGGCTAAATGGGAAGGTTACTCAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAAGAACATGATTTTGAGGGCTAAATGGGAAGGTTACTCAAAGAA  741

seq1  ATAAATTCTCAATTAAAAATAATGAGCACTGCATTTTCAAATACTTACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCTCAATTAAAAATAATGAGCACTGCATTTTCAAATACTTACCC  791

seq1  AGACTTCATCGTATTTAATTCTATCAAATACCCTCTCAGGATGGAAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCATCGTATTTAATTCTATCAAATACCCTCTCAGGATGGAAATGG  841

seq1  CTTTATTATCTTAATGCACATAACTCTCAAGCATGTTATTTAACTAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTATCTTAATGCACATAACTCTCAAGCATGTTATTTAACTAATCA  891

seq1  CAGTTTGAAGACTCAGGCAAAAGAAAGATGGGTATAAAATTGATCATAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGAAGACTCAGGCAAAAGAAAGATGGGTATAAAATTGATCATAAT  941

seq1  TATTCCACCTCAAACTTACAGTTGCTTCCTGTTATGAGATTTCTTTCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCACCTCAAACTTACAGTTGCTTCCTGTTATGAGATTTCTTTCTCT  991

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTAGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTAGA  1041

seq1  ATTCCTTCAGCCAGAATTGAAGTGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCAGCCAGAATTGAAGTGAATTC  1070